Утечка кислых жидкостей и других загрязнителей из шахт часто катализируется кислотолюбивыми микроорганизмами ; это ацидофилы в кислых шахтах .
Ацидофилы присутствуют не только в экзотических средах, таких как Йеллоустонский национальный парк [3] или глубоководные гидротермальные источники. [4] Роды , такие как Acidithiobacillus и Leptospirillum бактерии и Thermoplasmatales архебактерий , присутствуют в syntrophic отношений в более приземленных средах бетонных канализационных труб [5] [6] и участвует в тяжелых металлов , содержащих, сернистых вод рек таких как Rheidol . [7]
Такие микроорганизмы ответственны за явление кислотного дренажа шахт (AMD) и, таким образом, важны как с экономической точки зрения, так и с точки зрения сохранения. [8] Контроль этих ацидофилов и их использование в промышленной биотехнологии показывает, что их эффект не обязательно должен быть полностью отрицательным. [1]
Использование ацидофильных организмов в горнодобывающей промышленности - это новый метод извлечения следов металлов путем биовыщелачивания , который предлагает решения для явления кислотного дренажа шахтных пород в горных выработках.
Введение [ править ]
Под воздействием кислорода (O 2 ) и воды (H 2 O) сульфиды металлов подвергаются окислению с образованием богатых металлами кислых стоков. Если pH достаточно низкий, чтобы преодолеть естественную буферную способность окружающих пород («эквивалент карбоната кальция» или « способность нейтрализовать кислоту »), окружающая территория может стать кислой, а также загрязненной высокими уровнями тяжелых металлов . [9] [10] Хотя ацидофилы занимают важное место в биогеохимических циклах железа и серы , сильнокислые среды в подавляющем большинствеантропогенная причина, в первую очередь возникающая при прекращении горных работ, в которых присутствуют сульфидные минералы, такие как пирит (дисульфид железа или FeS 2 ). [8]
Кислота шахтные может происходить в самой шахте, захваченное кучи ( в частности , угольной шахты портится от добычи угля ), или через какой - либо другой деятельности , которая обнажает сульфиды металлов при высокой концентрации, например, на крупных строительных площадках. [11] Бэнкс и др. [7] дают краткое изложение происходящих процессов:
- + + ⇌ + +
Влияние бактерий на дренаж кислых шахт [ править ]
Окисление сульфида металла (кислородом) происходит медленно без колонизации ацидофилами, особенно Acidithiobacillus ferrooxidans (синоним Thiobacillus ferrooxidans ). [12] Эти бактерии могут ускорять окисление пирита в 10 6 раз. [13] В этом исследовании предложена скорость, с которой A.ferrooxidans может окислять пирит, - это способность использовать двухвалентное железо для создания катализатора на основе трехвалентного железа :
- Fe 2+ + 1 / 4O 2 + H + → Fe 3+ + 1 / 2H 2 O
В указанных выше кислых условиях трехвалентное железо (Fe 3+ ) является более сильным окислителем, чем кислород, что приводит к более высокой скорости окисления пирита.
A.ferrooxidans - хемолитоавтотрофные бактерии из-за олиготрофной природы (низкая концентрация растворенного органического углерода) кислой среды и отсутствия у них освещения для фототрофии . [8] Даже когда в верховодках условиях, A.ferrooxidans могут выжить, если порода сохраняет влагу и шахта аэрацию. Фактически, в этой ситуации с микроорганизмами-первопроходцами ограничивающим фактором, вероятно, будет окружающий нейтральный pH окружающей среды , который подавляет рост многих ацидофилов. Однако благоприятные геохимическиебыстро развиваются условия с кислой поверхностью раздела между бактериями и минеральной поверхностью, а pH снижается до уровня, близкого к ацидофильному оптимуму. [13]
Процесс протекает через A.ferrooxidans, демонстрирующий уровень кворума для запуска кислотного дренажа шахт (AMD). При первой колонизации сульфидов металлов AMD отсутствует, и по мере того, как бактерии разрастаются в микроколонии , AMD остается отсутствующей, затем при определенном размере колонии популяция начинает производить измеримые изменения в химическом составе воды, и AMD усиливается. [13] Это означает, что pH не является четкой мерой ответственности шахты перед AMD; культивирование A.ferrooxidans (или других) дает определенное указание на будущую проблему AMD. [13]
К другим бактериям, также связанным с AMD, относятся Leptospirillum ferrooxidans , Acidithiobacillus thiooxidans и Sulfobacillus thermosulfidooxidans . [7]
Архейские ацидофилы [ править ]
Хотя протеобактерии демонстрируют впечатляющую устойчивость к кислотам, большинство из них сохраняют циркумнейтральную цитоплазму, чтобы избежать денатурации своих кислотолабильных компонентов клеток. [1] Археи, такие как Ferroplasma acidiphilum , окисляющие двухвалентное железо , имеют ряд внутриклеточных ферментов с оптимумом, аналогичным их кислой внешней среде. [14] Это может объяснить их способность выдерживать pH ниже 1,3. [15] Различие в клеточные мембраны в архебактерий по сравнению с бактериями может держать часть объяснения; эфирные липидычто ссылка изопрен , по сравнению с протеобактерий игровой ди-сложноэфирной связью, имеют центральное значение разности. [16] Несмотря на отсутствие клеточной стенки, F. acidiphilum клеточные мембраны содержат caldarchaetidylglycerol tetraether липиды, которые эффективно блокируют практически все протонный доступ, [14] Thermoplasma acidophilum также использует эти громоздкие изопреноидные ядер в фосфолипидный бислой . [17]
Возможно, что семейство Ferroplasmaceae действительно может быть более важным для AMD, чем текущая парадигма Acidithiobacillaceae. [14] С практической точки зрения это мало что меняет, поскольку, несмотря на бесчисленные физиологические различия между археями и бактериями, методы лечения останутся прежними; если pH поддерживается на высоком уровне, а вода и кислород запрещены для пирита, реакция будет незначительной. [7]
Выделение из солфатарных почв двух видов Picrophilus архей P.oshimae и P.torridus примечательно их рекордно низкой выживаемостью при pH 0 [18], что указывает на то, что могут остаться другие микроорганизмы AMD, которые работают при еще более низком уровне. pH. Хотя неизвестно, что род Picrophilus участвует в AMD, [19] представляет интерес его крайняя ацидофильная активность, например, его протон-устойчивые липосомы , которые могут присутствовать в ацидофилах AMD. [20]
Взаимодействие с шахтерским сообществом [ править ]
Предварительно могут быть примеры синтрофии между ацидофильными видами и даже междоменного сотрудничества между археями и бактериями. Один муталистический пример - вращение железа между видами; Хемолитотрофы, окисляющие железо, используют железо в качестве донора электронов , а гетеротрофы, восстанавливающие железо, используют железо в качестве акцептора электронов. [8]
Другим более синергетическим поведением является более быстрое окисление двухвалентного железа при объединении A.ferrooxidans и Sulfobacillus thermosulfidooxidans в культуре с низким содержанием CO 2 . [21] S.thermosulfidooxidans является более эффективным окислителем железа, но обычно он подавляется низким поглощением CO 2 . A.ferrooxidans имеет более высокое сродство к газу, но более низкую скорость окисления железа, и поэтому может поставлять S.thermosulfidooxidans для взаимной выгоды.
Однако сообщество обладает разнообразием помимо бактерий и архей; приблизительно постоянный pH, присутствующий во время дренажа кислых шахт, создает достаточно стабильную среду с сообществом, которое охватывает ряд трофических уровней и включает облигатно ацидофильных эукариот, таких как грибы , дрожжи , водоросли и простейшие . [8]
Физиология и биохимия [ править ]
Ацидофилы демонстрируют широкий спектр адаптаций не только к переносимости, но и к процветанию в среде с экстремальным pH (определение ацидофилов - это организм, оптимум pH которого ниже pH 3). Принципиальным в них является необходимость поддержания большого градиента pH для обеспечения циркумнейтральной цитоплазмы (обычно, но не у видов Picrophilus). Археи уже обсуждались выше, и дополнительная информация об их и бактериальных адаптациях в основной форме представлена на рисунке . Чтобы уточнить фигуру, бактерии также используют блокировку протонов мембраны для поддержания высокого цитоплазматического pH, что является пассивной системой, поскольку даже не дышащие A.ferrooxidans демонстрируют это. [2]Ацидофилы также способны вытеснять протоны против градиента pH с помощью уникальных транспортных белков, что более сложно для умеренных и гипертермофилов; более высокая температура заставляет клеточные мембраны становиться более проницаемыми для протонов, что обязательно приводит к увеличению притока H + в отсутствие других мембранных изменений. [20]
Движущая сила протона [ править ]
Чтобы расти при низком pH, ацидофилы должны поддерживать градиент pH в несколько единиц pH через клеточную мембрану. [1] Ацидофилы используют сильную протонную движущую силу (PMF), вызванную градиентом pH через их клеточную мембрану, для производства АТФ . Большое количество энергии доступно ацидофилу через движение протонов через мембрану, но вместе с этим возникает и кислотность цитоплазмы. [1] Вместо этого ионы, такие как натрий, можно использовать в качестве заменяющего преобразователя энергии, чтобы избежать этого повышения pH ( АТФазы часто связаны с Na + , а не с H + ). [20]
Удаление везикул, содержащих H + [ править ]
В качестве альтернативы бактерии могут использовать везикулы, содержащие H +, чтобы избежать кислотности цитоплазмы (см. Рисунок ), но для большинства из них требуется, чтобы любой принятый H + после использования в цепи переноса электронов (ETC) был экструдирован . [1] Что касается ETC, адаптация к жизни в шахте заключается в использовании различных акцепторов электронов ETC для нейтралофилов; сера , мышьяк , селен , уран , железо и марганец в твердой форме [22], а не O 2 (чаще всего Fe при диссимиляционном восстановлении железа, часто при AMD).
Геномные адаптации [ править ]
Геномные адаптации также присутствуют, но не без осложнений, у таких организмов, как Thermoplasmatales archaea, которые одновременно являются ацидофильными и термофильными . Так , например, этот заказ выражает повышенную концентрацию пуриновых отработанных кодонов для термической стабильности, в то время как увеличение pyramidine кодонов в длинном открытых рамках считывания для защиты от кислотного стресса. [1] В более общем плане и предположительно для уменьшения вероятности мутации кислотного гидролиза все облигатные гиперацидофилы имеют укороченные геномы по сравнению с нейтралофильными микроорганизмами. Picrophilus torridus, например, имеет самую высокую плотность кодирования среди всех непаразитических аэробных микроорганизмов, живущих на органических субстратах. [23]
Улучшенный ремонт [ править ]
Ацидофилы также выигрывают от улучшенных систем репарации ДНК и белков, таких как шапероны, участвующие в рефолдинге белков . [1] P.torridus геном просто упоминается содержит большое число генов , связанные с ремонтными белками.
Приложения биотехнологии [ править ]
Биовосстановление - это основная биотехнологическая проблема, созданная ацидофилами AMD. Существует ряд методов борьбы с ВМД, некоторые из них неочищенные (например, повышение pH за счет известкования, удаление воды, связывание железа с органическими отходами) и некоторые менее эффективные (применение бактерицидов, биоконтроль с другими бактериями / архей, создание заболоченных территорий за пределами площадки, использование металлоиммобилизующих бактерий, гальваническое подавление). Доступен ряд других нейтрализующих агентов ( жидкие растворы на основе топливной золы , навоз крупного рогатого скота, сыворотка , пивные дрожжи ), многие из которых решают проблему удаления отходов из другой отрасли. [7]
По мере того, как запасы некоторых металлов сокращаются, изучаются другие методы извлечения, включая использование ацидофилов, в процессе, известном как биовыщелачивание . Хотя эти микроорганизмы (которые также могут включать грибки) медленнее, чем обычные методы, они позволяют с минимальными затратами эксплуатировать руды с очень низким содержанием. [24] Проекты включают добычу никеля с помощью A.ferrooxidans и Aspergillus sp. грибков [24] и удаления серы из угля с помощью Acidithiobacillus sp. . [25] Добыча может происходить на руднике, из потоков сточных вод (или из основного водотока, если загрязнение достигло этого уровня), в биореакторах или на электростанции (например, для удаления серы из угля перед сжиганием, чтобы избежать сернокислотного дождя. ).
Будущее техники [ править ]
AMD по-прежнему играет важную роль в реке Рейдол , и в ближайшем будущем потребуется дальнейшая очистка территории вокруг Аберистуита , где находятся 38 из 50 металлических рудников Уэльса, которые наиболее сильно загрязняют окружающую среду. [26] [27]
В 2007 году правительство Великобритании одобрило возврат к углю в качестве источника энергии [28], и добыча в Великобритании увеличивается (например, угольный разрез открытым способом в Ffos-y-fran , Merthyr Tydfil ). Потребуется большая профилактическая работа, чтобы избежать ВМД, связанной с последним поколением угольных шахт.
Быстрые и эффективные системы восстановления белков и ДНК являются многообещающими для использования в медицине человека, особенно в отношении рака и старения. Однако необходимы дальнейшие исследования, чтобы определить, действительно ли эти системы качественно различаются, и как это можно применить от микроорганизмов к человеку.
Как обсуждалось выше, ацидофилы могут иметь возможность использовать акцепторы электронов, отличные от кислорода. Johnson (1998) [8] указывает, что ранее отвергнутый факультативный анаэробизм ацидофилов может иметь серьезные последствия для контроля AMD. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы определить, насколько эффективны существующие методы блокирования кислорода в свете того факта, что реакция может продолжаться в анаэробных условиях.
См. Также [ править ]
- Микробный метаболизм
- Экстремофилы
- Кислотный шахтный дренаж
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d e f g h Бейкер-Остин, Крейг; Допсон, Марк (2007). «Жизнь в кислоте: гомеостаз PH у ацидофилов». Тенденции в микробиологии . 15 (4): 165–71. DOI : 10.1016 / j.tim.2007.02.005 . PMID 17331729 .
- ^ а б Апель, Вашингтон; Дуган, PR; Таттл, Дж. Х. (1980). «Образование аденозин-5'-трифосфата в везикулах Thiobacillus ferrooxidans с помощью градиентов ионов H +, сравнимых с таковыми в условиях окружающей среды» . Журнал бактериологии . 142 (1): 295–301. DOI : 10.1128 / JB.142.1.295-301.1980 . PMC 293951 . PMID 7372573 .
- ^ Джонсон, Д. Барри; Окибе, Наоко; Роберто, Франсиско Ф. (2003). «Новые термоацидофильные бактерии, выделенные из геотермальных источников в Йеллоустонском национальном парке: физиологические и филогенетические характеристики». Архив микробиологии . 180 (1): 60–8. DOI : 10.1007 / s00203-003-0562-3 . PMID 12802481 .
- ^ Пейдж, А .; Можжевельник, СК; Olagnon, M .; Ален, К .; Desrosiers, G .; Querellou, J .; Камбон-Бонавита, М.-А. (2004). «Микробное разнообразие, связанное с трубкой Paralvinella sulfincola и прилегающим субстратом на активной глубоководной вентиляционной трубе». Геобиология . 2 (4): 225–38. DOI : 10.1111 / j.1472-4677.2004.00034.x .
- ^ Vincke, E .; Boon, N .; Verstraete, W. (2001). «Анализ микробных сообществ на ржавых бетонных канализационных трубах? Тематическое исследование». Прикладная микробиология и биотехнология . 57 (5–6): 776–85. DOI : 10.1007 / s002530100826 . PMID 11778893 .
- ^ Brazelton, WJ; Шренк, Миссури; Келли, DS; Баросс, Дж. А. (2006). «Сообщества микроорганизмов, метаболизирующих метан и серу, доминируют в экосистеме гидротермальных полей затерянного города» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (9): 6257–70. DOI : 10,1128 / AEM.00574-06 . PMC 1563643 . PMID 16957253 .
- ^ a b c d e Бэнкс, Дэвид; Младший, Пол Л .; Арнесен, Рольф-Тор; Iversen, Egil R .; Бэнкс, SB (1997). «Химия шахтной воды: хорошее, плохое и уродливое». Экологическая геология . 32 (3): 157–74. DOI : 10.1007 / s002540050204 .
- ^ Б с д е е Джонсон, D.Barrie (1998). «Биоразнообразие и экология ацидофильных микроорганизмов». FEMS Microbiology Ecology . 27 (4): 307–17. DOI : 10.1111 / j.1574-6941.1998.tb00547.x .
- ^ Миллс, Крис. «Роль микроорганизмов в кислотном осушении шахт» . ТехноМайн . Проверено 11 марта 2013 года .
- ^ Костиган, Пенсильвания; Брэдшоу, AD; Геммелл Р.П. (1981). «Рекультивация кислотных отвалов угольных шахт. I. Потенциал производства кислоты». Журнал прикладной экологии . 18 (3): 865–78. DOI : 10.2307 / 2402377 . JSTOR 2402377 .
- ^ Акчил, Ата; Колдас, Сонер (2006). «Кислотный дренаж шахт (AMD): причины, лечение и тематические исследования». Журнал чистого производства . 14 (12–13): 1139–45. DOI : 10.1016 / j.jclepro.2004.09.006 .
- ^ Келли, DP; Вуд, А.П. (2000). «Реклассификация некоторых видов Thiobacillus в недавно обозначенные роды Acidithiobacillus gen. Nov., Halothiobacillus gen. Nov. И Thermithiobacillus gen. Nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (2): 511–6. DOI : 10.1099 / 00207713-50-2-511 . PMID 10758854 .
- ^ a b c d Mielke, Randall E .; Pace, Danielle L .; Портер, Тим; Саутэм, Гордон (2003). «Критический этап в образовании кислого дренажа шахты: колонизация пирита Acidithiobacillus ferrooxidans в условиях нейтрального pH». Геобиология . 1 : 81–90. DOI : 10.1046 / j.1472-4669.2003.00005.x .
- ^ a b c Голышина, Ольга В .; Тиммис, Кеннет Н. (2005). «Ферроплазма и ее родственники, недавно обнаруженные археи без клеточной стенки, живущие в чрезвычайно кислой среде, богатой тяжелыми металлами» . Экологическая микробиология . 7 (9): 1277–88. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2005.00861.x . PMID 16104851 .
- ^ Голышина, О.В.; Пивоварова Т.А. Каравайко, Г.И.; Кондратьева, Т.Ф .; Moore, E .; Abraham, WR; Lunsdorf, H .; Тиммис, кн; Якимов ММ; Голышин П.Н. (2000). « Ferroplasma acidiphilum gen. Nov., Sp. Nov., Ацидофильный, автотрофный, окисляющий железо и железо мезофильный член семейства Ferroplasmaceae, не имеющий клеточной стенки. Nov., включающий отчетливую линию архей» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (3): 997–1006. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-997 . PMID 10843038 .
- ^ Альберс, Соня-Верена; ван де Фоссенберг, Джек LCM; Дриссен, Арнольд Дж. М.; Конингс, Вил Н. (2000). «Адаптация мембраны архей к тепловому стрессу» . Границы биологических наук . 5 : D813–20. DOI : 10.2741 / albers . PMID 10966867 .
- ^ Немото, Наоки; Шида, Ясуо; Шимада, Харуо; Осима, Тайро; Ямагиши, Акихико (2003). «Характеристика предшественника биосинтеза тетраэфирных липидов в термоацидофильных архее Thermoplasma acidophilum ». Экстремофилы . 7 (3): 235–43. DOI : 10.1007 / s00792-003-0315-х . PMID 12768455 .
- ^ Шлепер, C; Puehler, G; Хольц, я; Гамбакорта, А; Janekovic, D; Сантариус, U; Кленк, HP; Зиллиг, В. (1995). «Picrophilus gen. Ноябрь, сем. Ноябрь: новый аэробный, гетеротрофный, термоацидофильный род и семейство, включающее архей, способных расти при pH около 0» . Журнал бактериологии . 177 (24): 7050–9. DOI : 10.1128 / jb.177.24.7050-7059.1995 . PMC 177581 . PMID 8522509 .
- ^ Эдвардс, KJ; Bond, PL; Gihring, TM; Банфилд, Дж. Ф. (2000). «Архейский железоокисляющий крайний ацидофил, важный в кислотном дренаже». Наука . 287 (5459): 1796–9. Bibcode : 2000Sci ... 287.1796E . DOI : 10.1126 / science.287.5459.1796 . PMID 10710303 . S2CID 42049238 .
- ^ a b c Дриссен, A (1996). «Состав мембраны и ионная проницаемость у экстремофилов» . FEMS Microbiology Reviews . 18 (2–3): 139–48. DOI : 10.1016 / 0168-6445 (96) 00007-1 .
- ^ Кларк, DA; Норрис, PR (1996). " Acidimicrobium ferrooxidans gen. Nov., Sp. Nov .: Смешанное культурное окисление двухвалентного железа с видами Sulfobacillus" . Микробиология . 142 (4): 785–790. DOI : 10.1099 / 00221287-142-4-785 .
- ^ Рубуш, Шейн S .; Icopini, Gary A .; Brantley, Susan L .; Тянь, Мин (2006). «Кинетика ферментативного восстановления in vitro минеральных оксидов мембранными фракциями Shewanella oneidensis MR-1». Geochimica et Cosmochimica Acta . 70 (1): 56–70. Bibcode : 2006GeCoA..70 ... 56R . DOI : 10.1016 / j.gca.2005.08.020 .
- ^ Fütterer, O; Ангелов А; Лизеганг, Н; Gottschalk, G; Шлепер, К; Schepers, B; Док, C; Антраникян, Г; Либл, W (2004). «Последовательность генома Picrophilus torridus и ее значение для жизни около pH 0» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (24): 9091–6. Bibcode : 2004PNAS..101.9091F . DOI : 10.1073 / pnas.0401356101 . JSTOR 3372395 . PMC 428478 . PMID 15184674 .
- ^ a b Mohapatra, S .; Bohidar, S .; Pradhan, N .; Кар, РН; Шукла, LB (2007). «Микробное извлечение никеля из покрывающих хромитов Sukinda штаммов Acidithiobacillus ferrooxidans и Aspergillus ». Гидрометаллургия . 85 : 1–8. DOI : 10.1016 / j.hydromet.2006.07.001 .
- ↑ Рай, Чаранджит; Рейнерс, Джон П. (1988). «Микробное обессеривание углей организмами рода Pseudomonas». Прогресс биотехнологии . 4 (4): 225–30. DOI : 10.1002 / btpr.5420040406 .
- ↑ Environment Agency , 2002, в Pearce, NJG, Hartley, S., Perkins, WT, Dinelli, E., Edyvean, RGJ, Priestman, G., Bachmann, R. & Sandlands, L. (2007) Очищенные водоросли для биоремедиация шахтных вод в среднем уэльсе: результаты полевых испытаний проекта ЕС "BIOMAN" по окружающей среде жизнедеятельности. Симпозиум IMWA 2007: Вода в горнодобывающей среде, Кальяри, Италия, 27-31 мая.
- ^ Fuge, Рональд; Лэйдлоу, Ян М.С.; Перкинс, Уильям Т .; Роджерс, Керри П. (1991). «Влияние кислого дренажа шахты и грунта на качество воды в районе среднего Уэльса». Геохимия окружающей среды и здоровье . 13 (2): 70–5. DOI : 10.1007 / BF01734297 . PMID 24202839 .
- ^ Министерство торговли и промышленности (2007) Решение энергетической задачи: Белая книга по энергетике. С. 111-112. Проверено 27.02.08. Архивировано 11 марта 2009 г., Wayback Machine.