Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
«Байроч» перенаправляется сюда. Для историка экономики см. Paul Bairoch .
Амос Байрох
SIB Bairoch.jpg
Амос Байрох
Родившийся( 1957-11-22 )22 ноября 1957 г. (63 года) [1]
Альма-матерЖеневский университет [2]
Известен
Награды
Научная карьера
Поля
УчрежденияШвейцарский институт биоинформатики
Интернет сайтвеб .expasy .org / groups / people / amos .html

Amos Bairoch (родился 22 ноября 1957) [1] является швейцарский bioinformatician [2] [6] [7] и профессор из биоинформатики на кафедре человеческого белка наук Университета Женевы , где он возглавляет группу CALIPHO [8] в Швейцарский институт биоинформатики (SIB) сочетание биоинформатики, курирования и экспериментальные усилия функционально характеризует человеческие белки. [9]

Его отцом был экономический историк Пол Байрох .

Образование [ править ]

Его первый проект в качестве доктора философии. студент является разработка PC / Gene, [10] MS-DOS программного обеспечения на основе пакета для анализа белков и нуклеотидных последовательностей. PC / Gene был коммерциализирован сначала швейцарской компанией (Genofit), затем Intelligenetics в США, которая позже была куплена Oxford Molecular. [ необходима цитата ]

Исследование [ править ]

Его основная работа [5] находится в области анализа последовательностей белков и, в частности, в разработке баз данных и программных инструментов для этой цели. Его самый важный вклад - это ввод человеческих знаний путем тщательного ручного аннотирования данных, связанных с белками. [11]

Во время работы над PC / Gene он начал разрабатывать аннотированную базу данных последовательностей белков, которая стала Swiss-Prot и впервые была выпущена в июле 1986 года. [12] С 1988 года это был совместный проект с группой Data Library Европейской молекулярной биологии. Лаборатория, впоследствии преобразованная в Европейский институт биоинформатики (EBI).

База данных Swiss-Prot является основным источником последовательностей белков в мире и является ключевым исследовательским инструментом как для биоинформатиков, так и для лабораторных ученых в очень широком диапазоне приложений. [13] Показателем его успеха является недавняя разработка UniProt, самого полного в мире каталога информации о белках. [14] UniProt - это центральный информационный ресурс о последовательностях и функциях белков, созданный путем объединения информации, содержащейся в базах данных Swiss-Prot , TrEMBL и American Protein Information Resource (PIR) .

В 1988 году он начал разрабатывать PROSITE , [15] база данных белковых семейств и доменов. Немного позже он создал ENZYME, [16] [17] [18] [19] [20] номенклатурную базу данных по ферментам, а также SeqAnalRef [21] библиографическую базу данных по анализу последовательностей. [22] [23]

В сотрудничестве с Роном Аппелем в августе 1993 года он инициировал создание первого WWW-сервера молекулярной биологии, ExPASy . [24] То, что задумывалось как прототип, быстро превратилось в крупный сайт, обеспечивающий доступ ко многим базам данных, частично или полностью созданным в Женеве, а также ко многим инструментам для анализа белков (протеомика).

В 1998 году вместе с коллегами в Женеве и Лозанне он был одним из основателей Швейцарского института биоинформатики SIB, чья миссия заключается в создании в Швейцарии центра передового опыта в области биоинформатики с упором на исследования, образование, услуги и разработки баз данных и инструментов. [25]

В ноябре 1997 года вместе с Роном Аппелем и Денисом Хохштрассером он основал GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), компанию, занимающуюся биологическими знаниями. В апреле 2000 г. указанные выше лица вместе с Кейт Роуз и Робин Оффорд основали GeneProt (Geneva Proteomics), высокопроизводительную протеомную компанию, которая прекратила свою деятельность в 2005 г. [26]

С 2009 года в рамках группы CALIPHO, возглавляемой им и Лиди Лейн, он участвует в разработке neXtProt [27] [28] [29] ресурса, который призван предоставить ученым- биологам широкий спектр знаний о все человеческие белки.

Он также участвует в разработке целлозавра - ресурса знаний о клеточных линиях.

Согласно Google Scholar [5] и Scopus , [6] В 2015 году его наиболее цитируемые рецензируемых статей в научных журналах были опубликованы в Nucleic Acids Research , [30] [31] [32] [33] [34] Биохимический журнал , [35] [36] Nature , [37] Брифинги по биоинформатике , [38] и база данных . [39]

Награды и награды [ править ]

Байрох был лауреатом Премии Фридриха Мишера 1993 года от Швейцарского общества биохимии, поощрительной премии Фонда Гельмута Хортена в 1995 году, премии Пера Эдмана в 2004 году, европейской премии Лациса в 2004 году, премии Отто Негели в 2010 году, премии HUPO за выдающиеся достижения в 2011 году. Proteomic Sciences. [40] награда за пионер протеомики EUPA 2013 [1], а в 2018 году награда ABRF .

Цитаты [ править ]

По мере того, как процесс продолжается, мы приближаемся к точке, где будет секвенирован каждый геном, который можно секвенировать. [41]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d Lisacek, F .; Лейн, Л. (2014). «Премия пионера протеомики 2013: профессор Амос Байрох, Женевский университет, Швейцария» . Открытая протеомика EuPA . 2 : 34. DOI : 10.1016 / j.euprot.2013.12.002 .
  2. ^ a b "Домашняя страница Амоса Байроха" . ExPASy. Архивировано из оригинального 14 февраля 2014 года.
  3. ^ Bairoch, A .; Бекманн, Б. (1991). «Банк данных последовательности белков SWISS-PROT» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 Дополнение: 2247–2249. DOI : 10.1093 / NAR / 19.suppl.2247 . PMC 331359 . PMID 2041811 .  
  4. ^ Gasteiger, E .; Gattiker, A .; Hoogland, C .; Ivanyi, I .; Appel, RD; Байроч, А. (2003). «ExPASy: протеомный сервер для глубокого изучения и анализа белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3784–3788. DOI : 10.1093 / NAR / gkg563 . PMC 168970 . PMID 12824418 .  
  5. ^ a b c Публикации Амоса Байроха, проиндексированные Google Scholar
  6. ^ a b Публикации Амоса Байроха, проиндексированные библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  7. ^ Публикации Амоса Байроха из Europe PubMed Central
  8. ^ "Страница группы CALIPHO (Компьютерный анализ и лабораторные исследования белков человеческого происхождения) на веб-сайте SIB" . Архивировано из оригинального 20 апреля 2013 года .
  9. ^ «Байрох из SIB уйдет с поста директора Swiss-Prot, чтобы запустить новый ресурс человеческого белка» . GenomeWeb.com. Архивировано из оригинального 20 февраля 2012 года.
  10. ^ Мур, Дж .; Энгельберг, А .; Байроч А. (1988). «Использование PC / GENE для анализа белков и нуклеиновых кислот». Биотехнологии . 6 (6): 566–572. PMID 3273189 . 
  11. ^ Лима, Т .; Auchincloss, AH; Coudert, E .; Keller, G .; Michoud, K .; Rivoire, C .; Bulliard, V .; De Castro, E .; Lachaize, C .; Баратин, Д .; Phan, I .; Bougueleret, L .; Байроч, А. (2009). «HAMAP: База данных полностью секвенированных наборов микробных протеомов и вручную отобранных семейств микробных белков в UniProtKB / Swiss-Prot» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D471 – D478. DOI : 10.1093 / NAR / gkn661 . PMC 2686602 . PMID 18849571 .  
  12. ^ Bairoch, A. (2000). "Информативность в биоинформатике, невзгоды швейцарского биоинформатика в захватывающие времена!" . Биоинформатика . 16 (1): 48–64. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 16.1.48 . PMID 10812477 .  - исторический отчет Байроха.
  13. ^ Перссон, Б. (2000). «Биоинформатика в анализе белков». EXS . 88 : 215–231. DOI : 10.1007 / 978-3-0348-8458-7_14 . ISBN 978-3-0348-9576-7. PMID  10803381 .
  14. ^ Wu, CH; Apweiler, R .; Bairoch, A .; Натале, Д.А.; Баркер, WC; Boeckmann, B .; Ferro, S .; Gasteiger, E .; Huang, H .; Lopez, R .; Magrane, M .; Мартин, MJ; Mazumder, R .; О'Донован, К .; Редащи, Н .; Сузек, Б. (2006). «Универсальный ресурс белка (UniProt): расширяющаяся вселенная информации о белке» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): D187 – D191. DOI : 10.1093 / NAR / gkj161 . PMC 1347523 . PMID 16381842 .  
  15. ^ Hofmann, K .; Bucher, P .; Falquet, L .; Байроч А. (1999). «База данных PROSITE, ее состояние в 1999 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 215–219. DOI : 10.1093 / NAR / 27.1.215 . PMC 148139 . PMID 9847184 .  
  16. ^ Bairoch, A (2000). «База данных ENZYME в 2000 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 304–5. DOI : 10.1093 / NAR / 28.1.304 . PMC 102465 . PMID 10592255 .  
  17. ^ Bairoch, A (1999). «Банк данных ENZYME в 1999 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 310–1. DOI : 10.1093 / NAR / 27.1.310 . PMC 148167 . PMID 9847212 .  
  18. ^ Bairoch, А (1996). «Банк данных ENZYME в 1995 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (1): 221–2. DOI : 10.1093 / NAR / 24.1.221 . PMC 145615 . PMID 8594586 .  
  19. ^ Bairoch, A (1994). «Банк данных ENZYME» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (17): 3626–7. DOI : 10.1093 / NAR / 22.17.3626 . PMC 308334 . PMID 7937072 .  
  20. ^ Bairoch, А (1993). «Банк данных ENZYME» . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (13): 3155–6. DOI : 10.1093 / NAR / 21.13.3155 . PMC 309744 . PMID 8332535 .  
  21. ^ Bairoch, A. (1991). «SEQANALREF: Библиографическая справочная база данных анализа последовательностей» (PDF) . Компьютерные приложения в биологических науках (CABIOS) . 7 (2): 268. DOI : 10,1093 / биоинформатики / 7.2.268 . PMID 2059856 .  
  22. ^ Bairoch, A. (1991). «ПРОСТО: Словарь сайтов и паттернов в белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 Дополнение: 2241–2245. DOI : 10.1093 / NAR / 19.suppl.2241 . PMC 331358 . PMID 2041810 .  
  23. ^ Hulo, N .; Bairoch, A .; Bulliard, V .; Cerutti, L .; Cuche, BA; De Castro, E .; Lachaize, C .; Langendijk-Genevaux, PS; Сигрист, CJA (2007). «20 лет ПРОСТО» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D245 – D249. DOI : 10.1093 / NAR / gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .  
  24. ^ Аппель, RD; Bairoch, A .; Хохштрассер, Д.Ф. (1994). «Новое поколение средств поиска информации для биологов: пример WWW-сервера ExPASy». Направления биохимических наук . 19 (6): 258–260. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (94) 90153-8 . PMID 8073505 . 
  25. ^ Hoogland, C .; Mostaguir, K .; Appel, R .; Лисачек, Ф. (2008). «Созвездие World-2DPAGE для продвижения и публикации данных протеомики на основе геля через сервер ExPASy». Журнал протеомики . 71 (2): 245–248. DOI : 10.1016 / j.jprot.2008.02.005 . PMID 18617148 . 
  26. ^ «Без новых сделок, GeneProt закроет свои двери» . GenomeWeb.com. Архивировано из оригинального 11 февраля 2011 года.
  27. ^ Переулок, L; Argoud-Puy, G; Британ, А; Кузен, я; Duek, PD; Evalet, O; Гато, А; Gaudet, P; Глейз, А; Массело, А; Zwahlen, C; Байроч, А (2012). «Ne Xt Prot : платформа знаний о человеческих белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск БД): D76-83. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1179 . PMC 3245017 . PMID 22139911 .   
  28. ^ Gaudet, P; Мишель, Пенсильвания; Зан-Забал, М; Кузен, я; Duek, PD; Evalet, O; Гато, А; Глейз, А; Перейра, М; Тейшейра, Д; Zhang, Y; Пер., Л .; Байроч, А (2015). «База знаний neXtProt о человеческих белках: текущее состояние» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D764-70. DOI : 10.1093 / NAR / gku1178 . PMC 4383972 . PMID 25593349 .  
  29. ^ Gaudet, P; Argoud-Puy, G; Кузен, я; Duek, P; Evalet, O; Гато, А; Глейз, А; Перейра, М; Зан-Забал, М; Zwahlen, C; Байрох, А; Лейн, L (2013). «Ne Xt Prot : Организация знаний о белках в контексте протеомных проектов человека». Журнал протеомных исследований . 12 (1): 293–8. DOI : 10.1021 / pr300830v . PMID 23205526 .  
  30. ^ Bairoch, A .; Apweiler, R .; Wu, CH; Баркер, WC; Boeckmann, B .; Ferro, S .; Gasteiger, E .; Huang, H .; Lopez, R .; Magrane, M .; Мартин, MJ; Натале, Д.А.; О'Донован, К .; Редащи, Н .; Да, LS (2004). «Универсальный белковый ресурс (UniProt)» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (выпуск базы данных): D154 – D159. DOI : 10.1093 / NAR / gki070 . PMC 540024 . PMID 15608167 .  
  31. ^ Boeckmann, B .; Bairoch, A .; Apweiler, R .; Блаттер, MC; Estreicher, A .; Gasteiger, E .; Мартин, MJ; Michoud, K .; О'Донован, К .; Phan, I .; Pilbout, S .; Шнайдер, М. (2003). «База знаний о белках SWISS-PROT и дополнение к ней TrEMBL в 2003 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 365–370. DOI : 10.1093 / NAR / gkg095 . PMC 165542 . PMID 12520024 .  
  32. ^ Апвейлер, Р .; Attwood, TK ; Байроч, А .; Бейтман, А .; Бирни, Э .; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Кронинг, доктор медицины; Durbin, R .; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Jonassen, I .; Kahn, D .; Канапин, А .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Маркс, Б .; Малдер, штат Нью-Джерси; Оинн, ТМ; Pagni, M .; Слуга, F .; Sigrist, CJ; Здобнов, Э.М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации по семействам, доменам и функциональным сайтам белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 37–40. DOI : 10.1093 / NAR / 29.1.37 . ЧВК 29841 . PMID  11125043 .
  33. ^ Малдер, Нью-Джерси; Apweiler, R ; Attwood, TK ; Байрох, А ; Баррелл, Д.; Бейтман, А ; Биннс, Д; Бисвас, М; Брэдли, П.; Борк, П ; Bucher, P; Копли, Р.Р .; Courcelle, E; Дас, У; Дарбина, R ; Falquet, L; Флейшманн, В; Гриффитс-Джонс, S; Хафт, Д; Harte, N; Хуло, Н; Кан, Д; Канапин, А; Крестьянинова, М; Lopez, R; Letunic, I; Lonsdale, D; Silventoinen, V .; Орчард, ЮВ; Pagni, M .; Паньи, Марко; Peyruc, D .; Понтинг, CP ; Селенгут, JD; Слуга, F .; Sigrist, CJA; Vaughan, R .; Здобнов, Е.М. (2003). «База данных InterPro 2003 расширяет охват и предоставляет новые возможности» . Исследования нуклеиновых кислот .31 (1): 315–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkg046 . PMC  165493 . PMID  12520011 .
  34. ^ Малдер, Нью-Джерси; Apweiler, R ; Attwood, TK ; Байрох, А ; Бейтман, А ; Биннс, Д; Брэдли, П.; Борк, П ; Bucher, P; Cerutti, L; Копли, Р. Courcelle, E; Дас, У; Дарбина, R ; Флейшманн, В; Гоф, Дж ; Хафт, Д; Harte, N; Хуло, Н; Кан, Д; Канапин, А; Крестьянинова, М; Lonsdale, D; Lopez, R; Letunic, I; Мадера, М; Маслен, Дж; МакДауэлл, Дж; Митчелл, А; и другие. (2005). «ИнтерПро, прогресс и статус в 2005 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D201-5. DOI : 10.1093 / NAR / gki106 . PMC 540060 . PMID  15608177 .
  35. ^ Хенриссат, B; Байроч, А (1996). «Обновление классификации гликозилгидролаз на основе последовательностей» . Биохимический журнал . 316 (2): 695–6. DOI : 10.1042 / bj3160695 . PMC 1217404 . PMID 8687420 .  
  36. ^ Хенриссат, B; Байроч, А (1993). «Новые семейства в классификации гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей» . Биохимический журнал . 293 (3): 781–8. DOI : 10.1042 / bj2930781 . PMC 1134435 . PMID 8352747 .  
  37. ^ Freiberg, C .; Fellay, RM; Bairoch, A .; Бротон, WJ; Розенталь, А .; Перре, X. (1997). «Молекулярные основы симбиоза Rhizobium и бобовых». Природа . 387 (6631): 394–401. DOI : 10.1038 / 387394a0 . PMID 9163424 . S2CID 4336941 .  
  38. ^ Сигрист, CJ; Cerutti, L; Хуло, Н; Гаттикер, А; Falquet, L; Паньи, М; Байрох, А; Бухер, П. (2002). «ПРОФИЛЬ: документированная база данных, использующая шаблоны и профили в качестве дескрипторов мотивов» . Брифинги по биоинформатике . 3 (3): 265–74. DOI : 10.1093 / нагрудник / 3.3.265 . PMID 12230035 . 
  39. ^ Gaudet, P .; Байроч, А .; Филд, Д .; Sansone, S. -A .; Taylor, C .; Attwood, TK ; Бейтман, А .; Blake, JA; Bult, CJ; Cherry, JM; Чисхолм, Р.Л .; Cochrane, G .; Повар, CE; Eppig, JT; Гальперин М.Ю .; Джентльмен, Р .; Гобл, Калифорния ; Годжобори, Т .; Хэнкок, JM; Howe, DG; Иманиши, Т .; Kelso, J .; Ландсман, Д .; Льюис, ЮВ ; Karsch Mizrachi, I .; Orchard, S .; Уэллетт, лучшая подруга; Ranganathan, S .; Richardson, L .; Рокка-Серра, П. (2011). «На пути к BioDBcore: определяемая сообществом информационная спецификация для биологических баз данных» . База данных . 2011 : baq027.DOI : 10,1093 / базы данных / baq027 . PMC  3017395 . PMID  21205783 .
  40. ^ "Выдающиеся награды HUPO" . HUPO. Архивировано из оригинала на 5 июня 2013 года .
  41. ^ Waldrop, М. (2008). «Большие данные: Викиомика» . Природа . 455 (7209): 22–5. DOI : 10.1038 / 455022a . PMID 18769412 .