Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
BacDive
BacDive logo.png
Содержание
Описаниеинформация о штаммах бактерий и архей
Типы данных
захвачены		метаданные
Контакт
Исследовательский центрИнститут Лейбница DSMZ - Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH
Основное цитированиеPMID  26424852
Дата выхода2012 г.
Доступ
Интернет сайтhttp://bacdive.dsmz.de/
URL-адрес веб-службыhttp://bacdive.dsmz.de/api/

Bac Dive ( база метаданных по разнообразию бактерий ) - это база метаданных бактерий, которая предоставляет связанную с штаммом информацию о биоразнообразии бактерий и архей .

Введение [ править ]

Bac Dive - это ресурс для различных типов метаданных, таких как таксономия, морфология, физиология, окружающая среда и молекулярная биология.[1] [2] [3] [4] [5] [6] Большинство данных аннотируются и курируются вручную. С выпуском в июле 2018 года Bac Dive предлагает информацию о 63669 штаммах. [7] База данных находится в ведении DSMZ института Лейбница - Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур GmbH и является частью de.NBI - Немецкой сети биоинформатической инфраструктуры.

Контент и особенности [ править ]

База данных [ править ]

Выпуск базы данных в июле 2018 г. охватывал более 600 различных полей данных, разделенных на категории «Название и таксономическая классификация», «Морфология и физиология», «Условия культивирования и роста», «Изоляция, отбор проб и информация об окружающей среде». «Применение и взаимодействие», «Молекулярная биология» и «Доступность штаммов». База данных содержит 712 958 записей, связанных с соответствующим штаммом и эталоном. [7] Данные получены из внутренних описаний коллекций культур, составленных экспертами сборников по штаммам и основной научной литературы.

Доступ к данным [ править ]

Доступ к данным можно получить либо через графический интерфейс, либо через веб-службу RESTful . Используя графический интерфейс, пользователь может выбирать между простым поиском для поиска в основных полях, таких как таксономия или идентификатор штамма, или пользователь может использовать расширенный поиск, который позволяет выполнять поиск в 130 полях данных и дает возможность выполнять сложные запросы путем объединения нескольких полей. . Данные можно загрузить в формате PDF (для отдельных штаммов) или в формате CSV для больших наборов данных (для нескольких штаммов). Через портал веб-сервисов можно получить доступ не только к контенту Bac Dive , но и к справочнику таксонов Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date .

Другие базы данных [ править ]

Для данных, которые не входят в компетенцию Bac Dive , предоставляются ссылки на другие базы данных, которые предоставляют данные, связанные с штаммом:

Ссылки [ править ]

  1. ^ Söhngen, C; Бойк, Б; Подставка, А; Gleim, D; Оверманн, Дж. (13 октября 2013 г.). "Bac Dive - База метаданных по разнообразию бактерий" . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск базы данных): D592 – D599. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1058 . PMC 3965005 . PMID 24214959 .  
  2. ^ Фернандес-Суарес, XM; Ригден, диджей; Гальперин М.Ю. (5 декабря 2013 г.). «Выпуск базы данных исследований нуклеиновых кислот 2014 г. и обновленная онлайн-коллекция базы данных молекулярной биологии NAR» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск базы данных): D1 – D6. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1282 . PMC 3965027 . PMID 24316579 .  
  3. ^ Cohan lab (23 октября 2015 г.). "База данных по разнообразию бактерий BacDive DSMZ" .
  4. ^ Абу-Джамус, Базель; Фа, Руи; Нанди, Асоке К. (2015). Интегративный кластерный анализ в биоинформатике . Джон Вили и сыновья. п. 448. ISBN 9781118906552.
  5. ↑ Жулин, И.Б. (1 августа 2015 г.). «Базы данных для микробиологов» . Журнал бактериологии . 197 (15): 2458–2467. DOI : 10.1128 / JB.00330-15 . PMC 4505447 . PMID 26013493 .  
  6. ^ Söhngen, C; Подставка, А; Бойк, Б; Gleim, D; Вецининова, А; Reimer, LC; Эбелинг, К; Пендаровски, C; Оверманн, Дж. (30 сентября 2015 г.). «Bac Dive - База метаданных по разнообразию бактерий в 2016 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (выпуск базы данных): D581 – D585. DOI : 10.1093 / NAR / gkv983 . PMC 4702946 . PMID 26424852 .  
  7. ^ а б Реймер, LC; Вецининова, А; Сарда Карбасс, Дж; Söhngen, C; Gleim, D; Эбелинг, К; Оверманн, Дж. (17 сентября 2018 г.). «Bac Dive в 2019 году: фенотипические данные бактерий для высокопроизводительного анализа биоразнообразия» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (выпуск базы данных): D631 – D636. DOI : 10.1093 / NAR / gky879 . PMC 6323973 . PMID 30256983 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Простой поиск на Bac Dive
  • Расширенный поиск на Bac Dive
  • Веб-сервисы в Bac Dive