Базовый вызывающий это процесс назначения нуклеотидных к хроматограммы пиков или электрического тока изменяется в результате нуклеотидов , проходящих через нанопоры . Одной из компьютерных программ для выполнения этой работы является Phred base-call , которая широко используется как академическими, так и коммерческими лабораториями секвенирования ДНК из-за ее высокой точности определения базовых данных. [1]
Базовые вызовы для секвенирования Nanopore используют нейронные сети, обученные текущим сигналам, полученным из реальных данных секвенирования. [2]
Базовая точность вызова
Базовый вызов можно оценить по двум показателям: точность чтения и согласованная точность. Точность считывания относится к тому, насколько точно вызываемая база соответствует известному эталону. Точность консенсуса означает, насколько точна консенсусная последовательность по сравнению с перекрывающимися считываниями из одного и того же генетического локуса . [2]
Рекомендации
- ^ Рихтерих, Питер (1998-03-01). «Оценка ошибок в« сырых »последовательностях ДНК: исследование для проверки» . Геномные исследования . Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. 8 (3): 251–259. DOI : 10.1101 / gr.8.3.251 . ISSN 1088-9051 . PMC 310698 . PMID 9521928 .
- ^ а б Вик, Райан Р .; Джадд, Луиза М .; Холт, Кэтрин Э. (24.06.2019). «Производительность инструментов вызова нейронной сети для секвенирования Oxford Nanopore» . Геномная биология . ООО "Спрингер Сайенс энд Бизнес Медиа". 20 (1): 129. DOI : 10.1186 / s13059-019-1727-у . ISSN 1474-760X . PMC 6591954 . PMID 31234903 .