| Разработчики) | Проект Bioclipse |
|---|---|
| Первый выпуск | 17 ноября 2005 г . [1] |
| Стабильный выпуск | 2.6.2 (4 ноября 2016 г . ) [±] |
| Предварительный выпуск | 2.6.2 RC (15 апреля 2016 г. ) [±] |
| Тип | Хеминформатика , биоинформатика |
| Лицензия | Общественная лицензия Eclipse |
| Веб-сайт | www  |
Проект Bioclipse - это основанная на Java визуальная платформа с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики, основанная на платформе Eclipse Rich Client Platform (RCP). [2] Он получил функциональность сценариев в 2009 году. [3]
Как и любое приложение RCP, Bioclipse использует архитектуру подключаемых модулей, которая наследует базовые функции и визуальные интерфейсы от Eclipse, такие как справочная система, обновления программного обеспечения , настройки, кроссплатформенное развертывание и т. Д. Через свои подключаемые модули Bioclipse предоставляет функциональные возможности для химио- и биоинформатики, а также точки расширения, которые можно легко расширить с помощью других, возможно, проприетарных плагинов для обеспечения дополнительных функций.
Первый стабильный выпуск Bioclipse включает плагин Chemistry Development Kit (CDK) для обеспечения химиоинформатической базы данных, плагин Jmol для 3D-визуализации молекул и плагин BioJava для анализа последовательностей. Недавно была добавлена платформа R , использующая StatET, [4] и OpenTox. [5]
Bioclipse разработан в результате сотрудничества между Proteochemometric Group, Dept. Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University , Швеция, Christoph Steinbeck Group в Европейском институте биоинформатики и кафедрой аналитической химии в Leiden University , но также включает расширения, разработанные в других академических институтах. , включая Каролинский институт и Маастрихтский университет . [6] Разработка поддерживается Международной ассоциацией биоклипсов. [7]
Язык сценариев Bioclipse [ править ]
Язык сценариев Bioclipse (BSL) - это среда сценариев, в настоящее время основанная на JavaScript и Groovy . Он расширяет язык сценариев с помощью менеджеров, которые обертывают функциональность сторонних библиотек, как упоминалось выше. Таким образом, эти скрипты предоставляют средства для проведения анализов в Bioclipse, например, на MyExperiment .org. Bioclipse определяет ряд основных типов данных, которые поддерживают менеджеры, что позволяет использовать информацию между этими менеджерами.
Ссылки [ править ]
- ^ https://sourceforge.net/projects/bioclipse/files/bioclipse/
- ^ Ола Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Стефан Кун, Мартин Эклунд, Johannes Вагенер, П. Мюррей-Раст , Кристоф Стейнбек, Ярл ES Wikberg, Bioclipse: с открытым исходным кодом верстак для химио- и биоинформатики , BMC биоинформатика, 2007 , 8 . DOI : 10,1186 / 1471-2105-8-59
- ^ Ол Spjuth, Джонатан Alvarsson, Арвид Берг, Мартин Эклунд, Стефан Кун, Карл МАСАК, Gilleain Торранс, Johannes Вагенер, Egon L Willighagen, Christoph Стейнбек, и Ярл ES Wikberg, Bioclipse 2: скрипты интеграционная платформа для наук о жизни , BMC Биоинформатика, 2009 , 10 , DOI : 10,1186 / 1471-2105-10-397
- ^ Spjuth, O .; Георгиев, В .; Carlsson, L .; Alvarsson, J .; Berg, A .; Willighagen, E .; Викберг, JES; Эклунд, М. (2012). «Bioclipse-R: интеграция управления и визуализации данных науки о жизни со статистическим анализом» . Биоинформатика . 29 (2): 286–289. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts681 . PMC 3546796 . PMID 23178637 .
- ^ Willighagen, EL; Елязкова, Н .; Харди, Б .; Grafström, RC; Спют, О. (2011). «Вычислительная токсикология с использованием интерфейса прикладного программирования OpenTox и Bioclipse» . BMC Research Notes . 4 : 487. DOI : 10,1186 / 1756-0500-4-487 . PMC 3264531 . PMID 22075173 .
- ^ "Bioclipse Labs" . Архивировано из оригинала на 2011-07-20 . Проверено 2 февраля 2010 .
- ^ Университет Упсала Pressmedelanden: Dubbla utmärkelser för IT / bioteknik-системы архивации 8 августа 2007, в Wayback Machine
Внешние ссылки [ править ]
 | У Схолии есть тематический профиль для Bioclipse . |
