Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Комплект для разработки химии
Бордовый шар и диаграмма псевдомолекулы палки, на которой написаны три буквы C, D и K.
Оригинальный автор (ы)Кристоф Стейнбек , Эгон Виллигхаген, Дэн Гезельтер
Разработчики)Проект CDK
изначальный выпуск11 мая 2001 г . ; 19 лет назад [1] ( 2001-05-11 )
Стабильный выпуск2.3 [2] (9 августа 2019 г . ; 18 месяцев назад ) [±] ( 2019-08-09 )
Предварительный выпуск2.2 [3] (30 октября 2018 г . ; 2 года назад ) [±] ( 2018-10-30 )
Репозиторийgithub .com / cdk / cdk
Написано вЯва
Операционная системаWindows , Linux , Unix , macOS
ПлатформаIA-32 , x86-64
Доступно ванглийский
ТипХемоинформатика , молекулярное моделирование , биоинформатика
ЛицензияLGPL 2.0
Интернет сайтCDK .github .io

Комплект для разработки химии ( CDK ) - это компьютерное программное обеспечение , библиотека на языке программирования Java для химиоинформатики и биоинформатики . [4] [5] Он доступен для Windows , Linux , Unix и macOS . Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, распространяемое по лицензии GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.

История [ править ]

CDK был создан Кристофом Стейнбеком , Эгоном Виллигхагеном и Дэном Гезельтером, в то время разработчиками Jmol и JChemPaint , для обеспечения общей кодовой базы 27–29 сентября 2000 года в Университете Нотр-Дам . Первый выпуск исходного кода был выпущен 11 мая 2011 года. [6] С тех пор более 100 человек внесли свой вклад в проект, [7] что привело к созданию богатого набора функций, как показано ниже. В период с 2004 по 2007 год CDK News был информационным бюллетенем проекта, все статьи которого доступны из публичного архива. [8] Из-за неустойчивой ставки взносов выпуск информационного бюллетеня был приостановлен.

CDK Новости
Языканглийский
Под редакцией  поЭгон Виллигхаген, Кристоф Стейнбек
Детали публикации
История2004-2007 гг.
Стандартные сокращения
ISO 4CDK Новости
Индексирование
ISSN1614-7553

Позже были введены модульное тестирование, проверка качества кода и проверка Javadoc . Раджарши Гуха разработал систему ночной сборки под названием Nightly, которая до сих пор работает в Уппсальском университете . [9] В 2012 году проект получил поддержку InChI Trust , чтобы стимулировать дальнейшее развитие. Библиотека использует JNI-InChI [10] для создания международных химических идентификаторов (InChI). [11] В апреле 2013 года Джон Мэйфилд (урожденный Мэй) пополнил ряды релиз-менеджеров CDK, чтобы руководить ветвью разработки. [12]

Библиотека [ править ]

CDK - это библиотека, а не пользовательская программа. Однако он был интегрирован в различные среды, чтобы сделать его функции доступными. CDK в настоящее время используется в нескольких приложениях, включая язык программирования R , [13] CDK-Taverna ( плагин для рабочей среды Taverna ), [14] Bioclipse , PaDEL, [15] и Cinfony. [16] Также существуют расширения CDK для Konstanz Information Miner ( KNIME ) [17] и для Excel , называемые LICSS ( [1] ). [18]

В 2008 году часть кода под лицензией GPL была удалена из библиотеки. Хотя эти фрагменты кода были независимы от основной библиотеки CDK, и авторское лево не использовалось, чтобы уменьшить путаницу среди пользователей, был создан экземпляр проекта ChemoJava. [19]

Основные особенности [ править ]

Хемоинформатика [ править ]

  • Редактор и генератор 2D молекул
  • Создание 3D-геометрии
  • обнаружение колец [20] [21]
  • поиск подструктуры с использованием точных структур и произвольной целевой спецификации Smiles (SMARTS), например языка запросов
  • Расчет дескриптора QSAR [22]
  • расчет отпечатков пальцев, включая отпечатки пальцев ECFP и FCFP [23]
  • расчет силового поля
  • множество форматов файлов ввода-вывода химических веществ , включая упрощенную систему ввода-вывода строк для молекул (SMILES), язык химической разметки (CML) и файл таблицы химических веществ (MDL)
  • генераторы структур [24]
  • Поддержка международного химического идентификатора через JNI-InChI

Биоинформатика [ править ]

  • обнаружение активного сайта белка
  • определение родственного лиганда [25]
  • идентификация метаболитов [26]
  • базы данных путей
  • 2D и 3D дескрипторы белков [27]

Общие [ править ]

  • Обертка Python ; см. Cinfony
  • Рубиновая обертка
  • активное сообщество пользователей

См. Также [ править ]

  • Bioclipse - инструмент для химио-биоинформатики на основе Eclipse – RCP
  • Голубой обелиск
  • JChemPaint - редактор , апплет и приложение 2D- молекул Java
  • Jmol - средство визуализации, апплет и приложение Java 3D
  • JOELib - Java-версия Open Babel , OELib
  • Список пакетов бесплатного и открытого программного обеспечения
  • Список программ для моделирования молекулярной механики

Ссылки [ править ]

  1. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  2. ^ "cdk / cdk: CDK 2.3". ZENODO . 2019-08-09. DOI : 10.5281 / zenodo.3364510 .
  3. ^ Мэйфилд, Джон; Виллигаген, Эгон; Удихара, Казуя; Рахман, Сайед Асад; Альварссон, Джонатан; Гражулис, Саулюс; Szisz, Daniel; Уильямсон, Марк Дж .; Кочев, Николай; Елязкова, Нина; Бах, Эрик; Берг, Арвид; Кларк, Алекс; Стефан, Ральф; Венк, Майкл; Стюкер, Оливер; Йёнссон, Клас; Бургун, Лайл; Кацубо, Дмитрий; Келер, Ули; Хармон, Сайрус (30 октября 2018 г.). «Cdk / Cdk: Cdk 2.2». Зенодо . DOI : 10.5281 / zenodo.1474247 .
  4. ^ Steinbeck, C .; Хан, YQ; Kuhn, S .; Horlacher, O .; Luttmann, E .; Виллигэген, EL (2003). «The Chemistry Development Kit (CDK): библиотека Java с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики» . Журнал химической информации и компьютерных наук . 43 (2): 493–500. DOI : 10.1021 / ci025584y . PMC 4901983 . PMID 12653513 .  
  5. ^ Willighagen, Egon L .; Мэйфилд, Джон В .; Альварссон, Джонатан; Берг, Арвид; Карлссон, Ларс; Елязкова, Нина; Кун, Стефан; Плюскал, Томаш; Рохас-Черто, Микель (06.06.2017). «The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, описание, молекулярные формулы и поиск субструктур» . Журнал химинформатики . 9 (1): 33. DOI : 10,1186 / s13321-017-0220-4 . ISSN 1758-2946 . PMC 5461230 . PMID 29086040 .   
  6. ^ http://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  7. ^ https://github.com/cdk/cdk/blob/master/AUTHORS.txt
  8. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/CDK%20News/
  9. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2013-05-24 . Проверено 5 августа 2013 .CS1 maint: archived copy as title (link)
  10. ^ http://jni-inchi.sourceforge.net/
  11. ^ Spjuth, O .; Berg, A .; Adams, S .; Виллигаген, EL (2013). «Применение InChI в хеминформатике с CDK и Bioclipse» . Журнал химинформатики . 5 (1): 14. DOI : 10,1186 / 1758-2946-5-14 . PMC 3674901 . PMID 23497723 .  
  12. ^ http://chem-bla-ics.blogspot.nl/2013/04/john-may-is-now-release-manager-of-cdk.html
  13. ^ Гуха, Р. (2007). «Функциональность химической информатики в R» . Журнал статистического программного обеспечения . 18 (5): 1–16. DOI : 10,18637 / jss.v018.i05 .
  14. ^ Kuhn, T .; Willighagen, EL; Зелесный, А .; Стейнбек, К. (2010). «CDK-Taverna: открытая рабочая среда для хеминформатики» . BMC Bioinformatics . 11 : 159. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-159 . PMC 2862046 . PMID 20346188 .  
  15. Перейти ↑ Yap, CW (2011). «PaDEL-дескриптор: программа с открытым исходным кодом для вычисления молекулярных дескрипторов и отпечатков пальцев». Журнал вычислительной химии . 32 (7): 1466–74. DOI : 10.1002 / jcc.21707 . PMID 21425294 . 
  16. ^ О'Бойл, Noel M (2008). «Cinfony - объединение инструментов хеминформатики с открытым исходным кодом в общий интерфейс» . Центральный журнал химии . 2 (1): 24. DOI : 10,1186 / 1752-153X-2-24 . PMC 2646723 . PMID 19055766 .  
  17. ^ Beisken, S .; Meinl, T .; Wiswedel, B .; Де Фигейредо, LF; Бертольд, М .; Стейнбек, К. (2013). "KNIME-CDK: Химинформатика, управляемая рабочим процессом" . BMC Bioinformatics . 14 : 257. DOI : 10,1186 / 1471-2105-14-257 . PMC 3765822 . PMID 24103053 .  
  18. ^ Лоусон, КР; Лоусон, Дж. (2012). «LICSS - химическая таблица в Microsoft Excel» . Журнал химинформатики . 4 (1): 3. DOI : 10,1186 / 1758-2946-4-3 . PMC 3310842 . PMID 22301088 .  
  19. ^ ChemoJava
  20. ^ Бергер, Франциска; Фламм, Кристоф; Gleiss, Petra M .; Лейдольд, Йозеф; Стадлер, Питер Ф. (март 2004 г.). «Контрпримеры в восприятии химического кольца» . Журнал химической информации и компьютерных наук . 44 (2): 323–331. DOI : 10.1021 / ci030405d . PMID 15032507 . 
  21. ^ Мэй, Джон В; Стейнбек, Кристоф (2014). «Эффективное восприятие кольца для набора для разработки химии» . Журнал химинформатики . 6 (1): 3. DOI : 10,1186 / 1758-2946-6-3 . PMC 3922685 . PMID 24479757 .  
  22. ^ Steinbeck, C .; Hoppe, C .; Kuhn, S .; Флорис, М .; Guha, R .; Виллигаген, EL (2006). «Последние разработки пакета разработки химии (CDK) - java-библиотеки с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики» . Curr. Pharm. Des . 12 (17): 2111–20. DOI : 10,2174 / 138161206777585274 . ЛВП : 2066/35445 . PMID 16796559 . Архивировано из оригинала на 2011-07-25. 
    Guangli, M .; Юйю, К. (2006). «Прогнозирование проницаемости Caco-2 с использованием машины опорных векторов и набора для разработки химии» . J Pharm Pharm Sci . 9 (2): 210–21. PMID  16959190 .
  23. ^ Кларк, Алекс М; Саркер, Малабика; Экинс, Шон (2014). «Новые инструменты прогнозирования и визуализации целей, включающие молекулярные отпечатки пальцев с открытым исходным кодом для TB Mobile 2.0» . Журнал химинформатики . 6 : 38. DOI : 10,1186 / s13321-014-0038-2 . PMC 4190048 . PMID 25302078 .  
  24. ^ Peironcely, JE; Рохас-Черто, М .; Fichera, D .; Reijmers, T .; Coulier, L .; Faulon, JL; Ханкемайер, Т. (2012). «OMG: Открытый генератор молекул» . Журнал химинформатики . 4 (1): 21. DOI : 10,1186 / 1758-2946-4-21 . PMC 3558358 . PMID 22985496 .  
  25. ^ Bashton, M .; Нобели, I .; Торнтон, Дж. М. (2006). «Сопоставление доменов когнитивного лиганда для ферментов». Журнал молекулярной биологии . 364 (4): 836–52. DOI : 10.1016 / j.jmb.2006.09.041 . PMID 17034815 . 
  26. ^ Рохас-Черто, М .; Каспер, PT; Willighagen, EL; Vreeken, RJ; Hankemeier, T .; Реймерс, TH (2011). «Определение элементного состава на основе MSn» . Биоинформатика . 27 (17): 2376–2383. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr409 . PMID 21757467 . 
  27. ^ Руис-Бланко, Яссер Б; Пас, Уолдо; Грин, Джеймс; Марреро-Понсе, Йовани (2015). «ProtDCal: программа для вычисления универсальных числовых дескрипторов для последовательностей и 3D-структур белков» . BMC Bioinformatics . 16 : 162. DOI : 10,1186 / s12859-015-0586-0 . PMC 4432771 . PMID 25982853 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • CDK Wiki - сообщество вики
  • Планета CDK - блог планета
  • + Страница CDK
  • OpenScience.org