Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с BowTie (выравниватель) )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Тетива
Автор (ы) оригиналаБен Лэнгмид
Коул Трапнелл
Михай Поп
Стивен Зальцберг
Разработчики)Бен Лэнгмид и др.,
Стабильный выпуск
Тетива1.3.0 / 22 июля 2020 г . ; 8 месяцев назад [1] ( 2020-07-22 )
Галстук-бабочка 22.4.2 / 5 октября 2020 г . ; 6 месяцев назад [2] ( 2020-10-05 )
РепозиторийБоути : GitHub .com / BenLangmead / Боути
Боути 2 : GitHub .com / BenLangmead / bowtie2
Написано вC ++
Операционная системаLinux
macOS
Windows
ТипБиоинформатика
Веб-сайтwww .bowtie-bio .sourceforge .net

Боути представляет собой программный пакет обычно используется для выравнивания последовательностей и анализа последовательности в биоинформатике . [3] Исходный код пакета распространяется бесплатно, а скомпилированные двоичные файлы доступны для платформ Linux , macOS и Windows . По состоянию на 2017 год статья Genome Biology, описывающая оригинальный метод Bowtie, была процитирована более 11000 раз. [3] Bowtie - это программное обеспечение с открытым исходным кодом, которое в настоящее время поддерживается Университетом Джона Хопкинса .

История [ править ]

Выравниватель последовательностей Bowtie был первоначально разработан Ben Langmead et al. в Университете Мэриленда в 2009 году. [3] Выравниватель обычно используется с короткими считываниями и большим эталонным геномом или для анализа всего генома . Bowtie продвигается как «сверхбыстрый, эффективный для памяти короткий выравниватель для коротких последовательностей ДНК ». Увеличение скорости Bowtie частично связано с реализацией преобразования Барроуза-Уиллера для выравнивания, которое уменьшает объем памяти (обычно до 2,2 ГБ для человеческого генома); [4] аналогичный метод используется в BWA [5] и SOAP2.[6] методы выравнивания. [4]

Bowtie проводит тщательный , жадный, рандомизированный поиск в глубину в пространстве возможных выравниваний. Поскольку поиск выполняется жадно, первое действительное выравнивание, обнаруженное Bowtie, не обязательно будет «лучшим» с точки зрения количества несоответствий или с точки зрения качества.

Bowtie используется в качестве средства выравнивания последовательностей рядом других связанных биоинформатических алгоритмов, включая TopHat , [7] Cufflinks [8] и пакет CummeRbund Bioconductor . [9]

Bowtie 2 [ править ]

16 октября 2011 года разработчики выпустили бета- форк проекта под названием Bowtie 2 . [10] В дополнение к преобразованию Барроуза-Уиллера Bowtie 2 также использует FM-индекс (аналогичный массиву суффиксов ), чтобы уменьшить объем памяти. Из-за своей реализации Bowtie 2 больше подходит для поиска более длинных выравниваний с зазорами по сравнению с исходным методом Bowtie. В Bowtie 2 нет верхнего предела длины чтения, и это позволяет выравниванию перекрывать неоднозначные символы в ссылке.

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Bowtie: сверхбыстрый выравниватель короткого чтения с эффективным использованием памяти» . bowtie-bio.sourceforge.net . Проверено 28 марта 2021 .
  2. ^ «Bowtie 2: быстрое и точное выравнивание чтения» . bowtie-bio.sourceforge.net . Проверено 28 марта 2021 .
  3. ^ a b c Лэнгмид, Бен; Коул Трапнелл; Михай Поп; Стивен Л. Зальцберг (4 марта 2009 г.). «Сверхбыстрое и эффективное с точки зрения памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека» (PDF) . Геномная биология . 10 (3): 10: R25. DOI : 10.1186 / GB-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 . Проверено 29 ноября 2013 года .    CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  4. ^ a b «Bowtie: сверхбыстрый выравниватель короткого чтения с эффективным использованием памяти - SourceForge» . Проверено 29 ноября 2013 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  5. ^ Ли, H .; Дурбин, Р. (18 мая 2009 г.). «Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера» . Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp324 . PMC 2705234 . PMID 19451168 .  
  6. ^ Li, R .; Yu, C .; Li, Y .; Lam, T.-W .; Ю, С.-М .; Kristiansen, K .; Ван Дж. (3 июня 2009 г.). «SOAP2: улучшенный сверхбыстрый инструмент для согласования краткого чтения» . Биоинформатика . 25 (15): 1966–1967. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp336 . PMID 19497933 . 
  7. ^ Trapnell, C .; Pachter, L .; Зальцберг, С.Л. (16 марта 2009 г.). «TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–1111. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .  
  8. ^ «CummeRbund - пакет R для постоянного хранения, анализа и визуализации RNA-Seq из вывода запонок» . Дата обращения 11 августа 2015 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  9. ^ Лэнгмид, Бен; Зальцберг, Стивен Л. (4 марта 2012 г.). «Быстрое выравнивание с пропуском чтения с Bowtie 2» . Методы природы . 9 (4): 357–359. DOI : 10.1038 / nmeth.1923 . PMC 3322381 . PMID 22388286 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница Bowtie на SourceForge
  • Bowtie 2 страница на SourceForge