Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Стивен Зальцберг
Стивен Зальцберг ISMB 2018.jpg
Стивен Зальцберг на конференции интеллектуальных систем для молекулярной биологии (ISMB) в 2018 году
Родившийся
Стивен Ллойд Зальцберг

1960 (60–61 лет)
Альма-матерЙельский университет
Гарвардский университет
ИзвестенGLIMMER [1]
MUMmer [2]
Ассемблер AMOS [3]
Bowtie [4]
TopHat [5]
Супруг (а)Клаудиа Паше [6]
НаградыПремия Бена Франклина (2013)
Научная карьера
УчрежденияУниверситет Мэриленда, Колледж-Парк,
Институт геномных исследований,
Университет Джона Хопкинса
ТезисОбучение на вложенных обобщенных образцах  (1989)
ДокторантУильям Аарон Вудс [7]
Докторанты
Другие известные студентыОльга Троянская [8]
Интернет сайтsalzberg-lab .org

Стивен Ллойд Зальцберг (1960 г.р.) - американский вычислительный биолог и ученый-компьютерщик , заслуженный профессор Блумберга в области биомедицинской инженерии, информатики и биостатистики в Университете Джона Хопкинса. Он является членом Института генетической медицины Медицинской школы Джонса Хопкинса , где он также является директором Центра вычислительной биологии.

Образование [ править ]

Зальцберг учился на бакалавриате в Йельском университете, где в 1980 году получил степень бакалавра гуманитарных наук по английскому языку. В 1981 году он вернулся в Йель и получил степени магистра наук и магистра философии в области компьютерных наук в 1982 и 1984 годах. лет в стартапе, он поступил в Гарвардский университет , где получил докторскую степень. в области компьютерных наук в 1989 году. [9]

Карьера и исследования [ править ]

До прихода в медицинскую школу Джонса Хопкинса в 2011 году он был директором Центра биоинформатики и вычислительной биологии в Университете штата Мэриленд в Колледж-Парке , где он также был профессором компьютерных наук Хорвица . С 1998 по 2005 год он возглавлял отдел биоинформатики в Институте геномных исследований , одном из крупнейших мировых центров секвенирования генома, а до этого он был профессором информатики в Университете Джона Хопкинса . [6] [10]

В 2013 году Зальцберг получил премию Бенджамина Франклина [11] в области биоинформатики .

В 2014, 2015, 2016 и 2017 годах Зальцберг был выбран для включения в HighlyCited.com, рейтинг, составленный Институтом научной информации ученых, которые входят в 1% самых цитируемых в своей предметной области за предыдущие десять лет. Он также был выбран в этот список, когда он был впервые создан в 2001 году.

В марте 2015 года он был удостоен звания почетного профессора Bloomberg в Университете Джона Хопкинса за его достижения в качестве междисциплинарного исследователя и выдающиеся успехи в обучении нового поколения ученых. [12] Заслуга выдающихся профессоров Bloomberg была учреждена в 2013 году благодаря подарку Майкла Блумберга . [13] Salzberg проводит совместные встречи в Johns Hopkins Уайтинг инженерной школы , школы Джона Хопкинса медицины , и Джона Хопкинса школы общественного здравоохранения .

Зальцберг был выдающимся ученым в области биоинформатики и вычислительной биологии с 1990-х годов. Он внес большой вклад в алгоритмы поиска генов , особенно в программу GLIMMER [14] для поиска бактериальных генов, а также в несколько связанных программ для поиска генов у животных, растений и других организмов. Он также был лидером в исследованиях сборки генома и является одним из инициаторов проекта AMOS с открытым исходным кодом. Он был участником проекта генома человека [15], а также многих других проектов генома, включая геном малярии ( Plasmodium falciparum) и геном модельного растения Arabidopsis thaliana . В 2001–2002 годах он и его коллеги секвенировали сибирскую язву, которая использовалась во время атак 2001 года . Они опубликовали свои результаты в журнале Science в 2002 году. [16] Эти результаты помогли ФБР отследить источник атак до единственного флакона в Ft. Детрик во Фредерике, штат Мэриленд.

Зальцберг вместе с Дэвидом Липманом в 2003 году начал проект по секвенированию генома гриппа - проект по секвенированию и предоставлению доступа к геномам тысяч изолятов вируса гриппа. [17] [18]

Вскоре после появления секвенирования следующего поколения (NGS) в середине 2000-х исследовательская лаборатория Зальцберга и его сотрудники разработали набор высокоэффективных и точных программ для выравнивания последовательностей NGS с большими геномами и для сборки последовательностей из RNA-Seq. эксперименты. К ним относится набор «Tuxedo», включающий программы Bowtie , TopHat и Cufflinks, которые за годы, прошедшие с момента их публикации, цитировались десятки тысяч раз.

Зальцберг также активно выступал против лженауки и за преподавание эволюции в школах, а также был автором редакционных статей и появлялся в печатных СМИ по этой теме. Он ведет широко читаемую колонку в журнале Forbes [19] о науке, медицине и псевдонауке. Его работа в Forbes получила в 2012 году премию Роберта П. Баллеса в области критического мышления. [20] В 2018 году он был избран членом Американской академии искусств и наук .

Субъект был членом Кембриджской рабочей группы в 2014 году, что сигнализировало о тревоге в научном сообществе по поводу создания высокотрансмиссивных и заразных вирусов и вероятности их случайного распространения в лаборатории. [21] Его докторанты и докторантура исследователи включают Cole Trapnell , Бен Langmead , [7] и Ольгу Троянский .

Ссылки [ править ]

  1. ^ Зальцберг, SL; Делчер, AL; Kasif, S .; Уайт, О. (1998). «Идентификация микробных генов с использованием интерполированных марковских моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (2): 544–548. DOI : 10.1093 / NAR / 26.2.544 . PMC  147303 . PMID  9421513 .
  2. ^ Делчер, AL; Kasif, S .; Fleischmann, RD; Peterson, J .; Белый, O .; Зальцберг, SL (1999). «Выравнивание целых геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (11): 2369–2376. DOI : 10.1093 / NAR / 27.11.2369 . PMC 148804 . PMID 10325427 .  
  3. ^ Соммер, DD; Делчер, AL; Зальцберг, SL; Поп, М. (2007). «Minimus: быстрый и легкий ассемблер генома» . BMC Bioinformatics . 8 : 64. DOI : 10,1186 / 1471-2105-8-64 . PMC 1821043 . PMID 17324286 .  
  4. ^ Langmead, B .; Trapnell, C .; Поп, М .; Зальцберг, SL (2009). «Сверхбыстрое выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека с эффективным использованием памяти» . Геномная биология . 10 (3): R25. DOI : 10.1186 / GB-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 .  
  5. ^ Trapnell, C .; Pachter, L .; Зальцберг, SL (2009). «TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–1111. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .  
  6. ^ a b ccb.jhu.edu Краткий биоскетч
  7. ^ a b c Стивен Зальцберг в проекте « Математическая генеалогия»
  8. ^ Mullins, J .; Моррисон Маккей, Б. (2011). «Международное общество вычислительной биологии награждает Майкла Эшбернера и Ольгу Троянскую высшими наградами в области биоинформатики / вычислительной биологии за 2011 год» . PLOS Вычислительная биология . 7 (6): e1002081. Bibcode : 2011PLSCB ... 7E2081M . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002081 . PMC 3107244 . 
  9. ^ Зальцберг, Стивен Ллойд (1989). Обучение на вложенных обобщенных образцах (кандидатская диссертация). Гарвардский университет. ProQuest 303755625 . 
  10. ^ Передовая статья об эволюции и гриппе, Philadelphia Inquirer
  11. ^ «Стивен Зальцберг о микробных геномах, открытом доступе, прививках от гриппа и патентах на гены» .
  12. ^ «С выдающимися профессорами Bloomberg Джонс Хопкинс стремится к развитию сотрудничества между специальностями 2014» . 2014-02-17.
  13. ^ «Майкл Р. Блумберг выделяет 350 миллионов долларов Джонсу Хопкинсу на трансформационную академическую инициативу 2013» .
  14. ^ Делчер, А .; Harmon, D .; Kasif, S .; Белый, O .; Зальцберг, С. (1999). «Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (23): 4636–4641. DOI : 10.1093 / NAR / 27.23.4636 . PMC 148753 . PMID 10556321 .  
  15. ^ Вентер, JC ; Адамс, М .; Myers, E .; Li, P .; Mural, R .; Sutton, G .; Smith, H .; Yandell, M .; Evans, C .; Холт, РА; Gocayne, JD; Amanatides, P .; Ballew, RM; Huson, DH; Wortman, JR; Zhang, Q .; Кодира, CD; Чжэн, XH; Chen, L .; Скупски, М .; Subramanian, G .; Томас, PD; Zhang, J .; Габор Миклош, GL; Nelson, C .; Broder, S .; Clark, AG; Nadeau, J .; McKusick, VA; и другие. (2001). «Последовательность генома человека» . Наука . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode : 2001Sci ... 291.1304V . DOI : 10.1126 / science.1058040 . PMID 11181995 . 
  16. ^ Читать, TD; Зальцберг, С .; Поп, М .; Shumway, M .; Umayam, L .; Jiang, L .; Holtzapple, E .; Busch, J .; Smith, K .; Schupp, JM; Соломон, Д .; Keim, P .; Фрейзер, CM (2002). «Сравнительное секвенирование генома для открытия новых полиморфизмов у Bacillus anthracis». Наука . 296 (5575): 2028–2033. Bibcode : 2002Sci ... 296.2028R . DOI : 10.1126 / science.1071837 . PMID 12004073 . S2CID 15470665 .  
  17. ^ Ghedin, E .; Сенгамалай, штат Северная Каролина; Shumway, M .; Заборский, Дж .; Фельдблюм, Т .; Суббу, В .; Спиро, диджей; Sitz, J .; Ку, Х .; Болотов, П .; Дерновой, Д .; Татусова, Т .; Bao, Y .; Святой Георгий, К .; Taylor, J .; Липман, диджей; Фрейзер, СМ; Taubenberger, JK; Зальцберг, SL (2005). «Крупномасштабное секвенирование вируса гриппа человека раскрывает динамический характер эволюции вирусного генома» . Природа . 437 (7062): 1162–1166. Bibcode : 2005Natur.437.1162G . DOI : 10,1038 / природа04239 . PMID 16208317 . 
  18. ^ Холмс, ЕС; Ghedin, E .; Miller, N .; Taylor, J .; Bao, Y .; Святой Георгий, К .; Grenfell, BT; Зальцберг, SL; Фрейзер, СМ; Липман, диджей; Таубенбергер, Дж. К. (2005). «Полногеномный анализ вируса гриппа человека А выявляет множественные устойчивые клоны и реассортацию среди недавних вирусов H3N2» . PLOS Биология . 3 (9): e300. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030300 . PMC 1180517 . PMID 16026181 .  
  19. ^ Столбец Зальцберг по адресу Forbes
  20. ^ «Авторы-скептики Стивен Зальцберг и Джо Никелл получат премию Баллеса в области критического мышления» .
  21. ^ Бейкер, Николсон. (4 января 2021 г.). «Гипотеза лабораторной утечки. На протяжении десятилетий ученые подключали вирусы к сети в надежде предотвратить пандемию, а не вызвать ее. Но что, если…?». New York magazine, последнее обращение 18 января 2021 года.

Внешние ссылки [ править ]

  • genome.fieldofscience.com научный блог Зальцберга
  • Колонка Зальцберга в журнале Forbes
  • cs.duke.edu Duke Computer Science Colloquia Стивена Зальцберга - включает биографию
  • Программное обеспечение с открытым исходным кодом от лаборатории Зальцберга и других групп в Центре вычислительной биологии Хопкинса