Автор (ы) оригинала | Бен Лэнгмид Коул Трапнелл Михай Поп Стивен Зальцберг |
---|---|
Разработчики) | Бен Лэнгмид и др., |
Стабильный выпуск | 2.3.5.1 / 16 апреля 2019 г . |
Репозиторий | |
Операционная система | Linux macOS Windows |
Размер | 14,7 МБ (Источник) |
Тип | Биоинформатика |
Интернет сайт | www |
Боути представляет собой программный пакет обычно используется для выравнивания последовательностей и анализа последовательности в биоинформатике . [1] Исходный код пакета распространяется бесплатно, а скомпилированные двоичные файлы доступны для платформ Linux , macOS и Windows . По состоянию на 2017 год статья Genome Biology, описывающая оригинальный метод Bowtie, была процитирована более 11000 раз. [1] Bowtie - это программное обеспечение с открытым исходным кодом, которое в настоящее время поддерживается Университетом Джона Хопкинса .
История [ править ]
Выравниватель последовательностей Bowtie был первоначально разработан Ben Langmead et al. в Университете Мэриленда в 2009 году. [1] Выравниватель обычно используется с короткими считываниями и большим эталонным геномом или для анализа всего генома . Bowtie продвигается как «сверхбыстрый, эффективный для памяти короткий выравниватель для коротких последовательностей ДНК ». Увеличение скорости Bowtie частично связано с реализацией преобразования Барроуза-Уиллера для выравнивания, которое уменьшает объем памяти (обычно до 2,2 ГБ для человеческого генома); [2] аналогичный метод используется в BWA [3] и SOAP2.[4] методы выравнивания. [2]
Bowtie проводит тщательный , жадный, рандомизированный поиск в глубину в пространстве возможных выравниваний. Поскольку поиск выполняется жадно, первое действительное выравнивание, обнаруженное Bowtie, не обязательно будет «лучшим» с точки зрения количества несоответствий или с точки зрения качества.
Bowtie используется в качестве выравнивателя последовательностей рядом других связанных биоинформатических алгоритмов, включая TopHat , [5] Cufflinks [6] и пакет CummeRbund Bioconductor . [7]
Bowtie 2 [ править ]
16 октября 2011 года разработчики выпустили бета- форк проекта под названием Bowtie 2 . [8] В дополнение к преобразованию Барроуза-Уиллера Bowtie 2 также использует FM-индекс (аналогичный массиву суффиксов ), чтобы уменьшить объем памяти. Из-за своей реализации Bowtie 2 больше подходит для поиска более длинных выравниваний с зазорами по сравнению с исходным методом Bowtie. В Bowtie 2 нет верхнего предела длины чтения, и это позволяет выравниванию перекрывать неоднозначные символы в ссылке.
Ссылки [ править ]
- ^ a b c Лэнгмид, Бен; Коул Трапнелл; Михай Поп; Стивен Л. Зальцберг (4 марта 2009 г.). «Сверхбыстрое и эффективное с точки зрения памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека» (PDF) . Геномная биология . 10 (3): 10: R25. DOI : 10.1186 / GB-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 . Проверено 29 ноября 2013 года .
- ^ a b «Bowtie: сверхбыстрый выравниватель короткого чтения с эффективным использованием памяти - SourceForge» . Проверено 29 ноября 2013 года .
- ^ Ли, H .; Дурбин, Р. (18 мая 2009 г.). «Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера» . Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp324 . PMC 2705234 . PMID 19451168 .
- ^ Li, R .; Yu, C .; Li, Y .; Lam, T.-W .; Ю, С.-М .; Kristiansen, K .; Ван Дж. (3 июня 2009 г.). «SOAP2: улучшенный сверхбыстрый инструмент для согласования краткого чтения» . Биоинформатика . 25 (15): 1966–1967. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp336 . PMID 19497933 .
- ^ Trapnell, C .; Pachter, L .; Зальцберг, С.Л. (16 марта 2009 г.). «TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–1111. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .
- ^ Трапнелл, Коул; Робертс, Адам ; Гофф, Верный; Pertea, Geo; Ким, Дэхван; Келли, Дэвид Р.; Пиментел, Гарольд; Зальцберг, Стивен Л; Ринн, Джон Л; Пахтер, Лиор (1 марта 2012 г.). «Дифференциальный анализ экспрессии генов и транскриптов в экспериментах с последовательностью РНК с TopHat и запонками» . Протоколы природы . 7 (3): 562–578. DOI : 10.1038 / nprot.2012.016 . PMC 3334321 . PMID 22383036 .
- ^ «CummeRbund - пакет R для постоянного хранения, анализа и визуализации RNA-Seq из вывода запонок» . Дата обращения 11 августа 2015 .
- ^ Лэнгмид, Бен; Зальцберг, Стивен Л. (4 марта 2012 г.). «Быстрое выравнивание с пропуском чтения с Bowtie 2» . Методы природы . 9 (4): 357–359. DOI : 10.1038 / nmeth.1923 . PMC 3322381 . PMID 22388286 .
Внешние ссылки [ править ]
- Страница Bowtie на SourceForge
- Bowtie 2 страница на SourceForge