TopHat - это инструмент биоинформатики с открытым исходным кодом для согласования производительности считываний секвенирования кДНК, созданных с помощью технологий транскриптомики (например, RNA-Seq ), с использованием сначала Bowtie, а затем сопоставления с эталонным геномом для обнаружения сайтов сплайсинга РНК de novo . [1] TopHat сопоставляет чтение RNA-Seq с геномами размером с млекопитающее. [2]
История [ править ]
TopHat был первоначально разработан в 2009 году Коулом Трапнеллом , Лиором Пачтером и Стивеном Зальцбергом на факультете математики Калифорнийского университета в Беркли и Центром биоинформатики и вычислительной биологии Университета Мэриленда в Колледж-Парке . [1] Позднее Трапнелл перешел на факультет геномных наук Вашингтонского университета . TopHat - это совместная работа Коула Трапнелла из Вашингтонского университета, Дэхвана Кима и Стивена Зальцберга из Центра вычислительной биологии Университета Джона Хопкинса, которые вместе в 2013 году также разработали TopHat2, который обеспечивает точное выравнивание транскриптомов.при наличии вставок, делеций и слияний генов. [3]
Использует [ редактировать ]
TopHat используется для выравнивания чтения из эксперимента RNA-Seq. Это алгоритм чтения-отображения, который сопоставляет чтение с эталонным геномом. Это полезно, потому что не нужно полагаться на известные места монтажа. [1] TopHat может использоваться с конвейером Tuxedo и часто используется с Bowtie .
Преимущества / недостатки [ править ]
Преимущества [ править ]
Когда TopHat только вышел, он был быстрее предыдущих систем. Было выполнено более 2,2 миллиона операций чтения в час процессора. Такая скорость позволила пользователю обработать весь эксперимент RNA-Seq менее чем за день, даже на стандартном настольном компьютере. [1] Вначале Tophat использует Bowtie для анализа считываний, но затем делает больше для анализа считываний, которые охватывают соединения экзон-экзон. Если вы используете TopHat для данных RNA-Seq, вы получите больше чтения, сопоставленное с эталонным геномом. [4]
Еще одно преимущество TopHat заключается в том, что ему не нужно полагаться на известные сайты сплайсинга при выравнивании считываний с эталонным геномом. [1]
Недостатки [ править ]
TopHat практически не требует обслуживания и поддержки, а также содержит программные ошибки, которые потребовали исправления стороннего программного обеспечения для постобработки. [5] Он был заменен HISAT2, который является более эффективным и точным и обеспечивает те же основные функции (сплайсинговое выравнивание считываний RNA-Seq). [2]
Новые протоколы теперь более эффективны по сравнению с TopHat, такие как запонки, STAR и limma.
См. Также [ править ]
- Bowtie (анализ последовательности)
- Список инструментов биоинформатики RNA-Seq
- Методы анализа микрочипов
- секвенирование следующего поколения
- РНК-Seq
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d e Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL (май 2009 г.). «TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–11. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .
- ^ a b "TopHat" . ccb.jhu.edu . Проверено 17 апреля 2018 .
- ^ Kim D, G Pertea, Trapnell C, H Pimentel, Kelley R, Salzberg SL (апрель 2013). «TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов» . Геномная биология . 14 (4): R36. DOI : 10.1186 / GB-2013-14-4-R36 . PMC 4053844 . PMID 23618408 .
- ^ "Bowtie & Tophat" . www.biostars.org . Проверено 24 апреля 2018 .
- ^ Brueffer C, Саал LH (май 2016). «TopHat-Recondition: постпроцессор для несопоставленных чтений TopHat» . BMC Bioinformatics . 17 (1): 199. DOI : 10,1186 / s12859-016-1058-х . PMC 4855331 . PMID 27142976 .
Внешние ссылки [ править ]
- Страница TopHat в Центре вычислительной биологии JHU