Брадиризобиум | |
---|---|
Поперечный разрез корневого клубенька сои ( Glycine max 'Essex'). Bradyrhizobium japonicum заражает корни и устанавливает азотфиксирующий симбиоз. Это изображение с большим увеличением показывает часть клетки с одиночными бактероидами в симбиосомах. | |
Научная классификация | |
Царство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Приказ: | |
Семья: | |
Род: | Брадиризобиум Иордания 1982 |
Типовой вид | |
Bradyrhizobium japonicum | |
Виды [5] | |
| |
Синонимы | |
|
Bradyrhizobium - это род грамотрицательных почвенных бактерий , многие из которых связывают азот. Фиксация азота - важная часть азотного цикла . Растения не могут использовать атмосферный азот (N 2 ); они должны использовать азотные соединения, такие как нитраты .
Характеристики [ править ]
Виды Bradyrhizobium - это грамотрицательные палочки (палочковидные) с одним субполярным или полярным жгутиком . Это обычные почвенные микроорганизмы, которые могут образовывать симбиотические отношения с бобовыми видами растений, где они фиксируют азот в обмен на углеводы из растения. Как и другие ризобии , многие представители этого рода обладают способностью фиксировать атмосферный азот в формах, легко доступных для использования другими организмами. Брадиризобии также являются основными компонентами микробных сообществ лесных почв, штаммы которых, выделенные из этих почв, обычно не способны к фиксации азота или клубенькованию. [7] Они медленно растут в отличие от Rhizobium.виды, которые считаются быстрорастущими ризобиями. В жидкой среде видам Bradyrhizobium требуется 3–5 дней для создания умеренного помутнения и 6–8 часов для увеличения популяции в два раза. Как правило, они лучше всего растут при использовании пентоз в качестве источников углерода. [8] Некоторые штаммы (например, USDA 6 и CPP) способны аэробно окислять окись углерода. [9]
Нодуляция [ править ]
Формирование узелков [ править ]
Клубеньки - это наросты на корнях бобовых растений, где обитают бактерии. Корни растений выделяют в ризосферу аминокислоты и сахара . Ризобии продвигаются к корням и прикрепляются к корневым волоскам . Затем растение выделяет флаваноиды , которые вызывают экспрессию генов nod в бактериях. Экспрессия этих генов приводит к выработке ферментов, называемых узловыми факторами, которые инициируют завивание корневых волос.. Во время этого процесса ризобии скручиваются вместе с корневыми волосками. Ризобии проникают в клетки корневых волосков с помощью инфекционной нити, которая проникает через корневые волоски в основной корень. Это заставляет инфицированные клетки делиться и образовывать узелок. Теперь ризобии могут начать азотфиксацию.
Nod гены [ править ]
Известно, что с нодуляцией связано более 55 генов. [10] NodD имеет важное значение для экспрессии других NOD генов. [11] Двумя разными генами nodD являются: nodD 1 и nodD 2 . Для успешной нодуляции нужен только nodD 1 . [10]
Фиксация азота [ править ]
Bradyrhizobium и другие ризобии берут атмосферный азот и превращают его в аммиак (NH 3 ) или аммоний (NH 4 + ). Растения не могут использовать атмосферный азот; они должны использовать комбинированную или фиксированную форму элемента. После того, как фотосинтез , фиксация азота (или поглощение) является наиболее важным процессом для роста и развития растений. [12] Уровни уреидного азота в растении коррелируют с количеством фиксированного азота, потребляемого растением. [13]
Гены [ править ]
Nif и fix - важные гены, участвующие в азотфиксации у видов Bradyrhizobium . Гены Nif очень похожи на гены, обнаруженные у Klebsiella pneumoniae , свободноживущего диазотрофа . Гены, обнаруженные у брадиризобий, имеют сходные функции и структуру с генами, обнаруженными у K. pneumoniae . Гены Fix важны для симбиотической азотфиксации и были впервые обнаружены у видов ризобий. В NIF и починки гены находятся в по меньшей мере двух различных кластеров на хромосоме . Кластер I содержит большинство генов азотфиксации. Кластер II состоит из трехисправить гены, расположенные рядом с генами nod . [14]
Разнообразие [ править ]
Этот род бактерий может образовывать как специфические, так и общие симбиозы; [8] один вид Bradyrhizobium может быть способен клубеньковать только один вид бобовых, тогда как другие виды Bradyrhizobium могут быть способны клубеньковать несколько видов бобовых. Рибосомная РНК является высококонсервативной в этой группе микробов, что делает использование Bradyrhizobium чрезвычайно трудным в качестве индикатора видового разнообразия. Вместо этого использовалась гибридизация ДНК-ДНК , которая демонстрирует большее разнообразие. Однако фенотипических различий мало , поэтому названий названо не так много видов. [15]
Значение [ править ]
Зерновые бобовые культуры возделываются примерно на 1,5 млн км 2 земли в год. [12] Ежегодно фиксируется около 44–66 миллионов тонн азота во всем мире, что составляет почти половину всего азота, используемого в сельском хозяйстве. [16]
Bradyrhizobium также был идентифицирован как загрязнитель реагентов набора для экстракции ДНК и систем сверхчистой воды , что может привести к его ошибочному отображению в микробиоте или наборах метагеномных данных. [17] Присутствие азотфиксирующих бактерий в качестве загрязнителей может быть связано с использованием газообразного азота в производстве сверхчистой воды для подавления роста микробов в резервуарах для хранения. [18]
Заявление [ править ]
Брадиризобии фиксируют больше азота, чем растение может использовать. Избыточный азот остается в почве и доступен для других растений или более поздних культур. Урожайность бобовых культур может снизить потребность во внесении удобрений. Доступны коммерческие инокулянты Bradyrhizobium . Их можно наносить в виде торфа или жидкости непосредственно на семена перед посадкой.
Известные виды [ править ]
- Bradyrhizobium betae был выделен из опухолевидных деформаций корней сахарной свеклы; у них неизвестный симбиотический статус. [15]
- Bradyrhizobium elkanii , Bradyrhizobium diazoefficiens и Bradyrhizobium liaoningense вступают в симбиоз с соей. [15]
- Bradyrhizobium japonicum nodulates соевые бобы , вигна , маш бобы , и siratro . [15]
- Bradyrhizobium yuanmingense nodulates Lespedeza . [15]
- Bradyrhizobium canariense образует клубеньковые генистоидные бобовые, эндемичные для Канарских островов . Он также был обнаружен вклубеньках люпина и серраделлы в западной Австралии и на юге Африки. [15]
Ссылки [ править ]
- ^ a b c Серенато Клепа М., Ферраз Хелене Л.С., О'Хара Г., Хунгрия М. (2021 г.). « Bradyrhizobium agreste sp. Nov., Bradyrhizobium glycinis sp. Nov. И Bradyrhizobium diversitatis sp. Nov., Изолированные из очага биоразнообразия рода Glycine в Западной Австралии» . Int J Syst Evol Microbiol . DOI : 10.1099 / ijsem.0.004742 . PMID 33709900 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ a b c d e f Parte, АК "Bradyrhizobium" . LPSN .
- ^ а б Калита, М; Малек, В. (2010). «Микросимбионты Genista tinctoria из Польши - новые представители Bradyrhizobium japonicum bv. Genistearum». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (5): 252–9. DOI : 10.1016 / j.syapm.2010.03.005 . PMID 20452160 .
- ^ a b Иглшем А.Р., Эллис Дж. М., Эванс В. Р., Флейшман Д. Е., Хангрия М., Харди К. В. (1990). "Первый фотосинтетический N 2 -fixing Rhizobium : Характеристики". В Gresshoff PM, Koth LE, Stacey G, Newton WE (ред.). Азотфиксация: достижения и цели . Бостон, Массачусетс: Спрингер. С. 805–811. DOI : 10.1007 / 978-1-4684-6432-0_69 . ISBN 978-1-4684-6434-4.
- ^ «Список прокариотических имен со стоящим в номенклатуре - Bradyrhizobium » . Проверено 20 июля 2010 года .
- ^ Рамирес-Бахена, М.-Х .; Chahboune, R .; Peix, A .; Веласкес, Э. (2012). "Реклассификация Agromonas oligotrophica в род Bradyrhizobium как Bradyrhizobium oligotrophicum comb. Nov". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Pt 3): 1013–6. DOI : 10.1099 / ijs.0.041897-0 . PMID 22685107 .
- ^ VanInsberghe, Дэвид; Маас, Кендра; Карденас, Эрик; Страчан, Кэмерон; Халлам, Стивен; Мон, Уильям (2015). «Несимбиотические экотипы Bradyrhizobium преобладают на лесных почвах Северной Америки» . Журнал ISME . 9 (11): 2435–2441. DOI : 10.1038 / ismej.2015.54 . PMC 4611507 . PMID 25909973 .
- ^ а б П. Сомасегаран (1994). Справочник по ризобиям: методы бобово-ризобиальной технологии . Нью-Йорк: Springer-Verlag. С. 1–6, 167. ISBN 978-0-387-94134-9.
- ^ Гэри, Кинг (2003). «Молекулярный и культуральный анализ разнообразия аэробных окислителей монооксида углерода» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (12): 7257–7265. DOI : 10.1128 / aem.69.12.7257-7265.2003 . PMC 309980 . PMID 14660374 .
- ^ a b Стейси, Гэри (1995). « Генетика клубеньков Bradyrhizobium japonicum » . Письма о микробиологии FEMS . 127 (1–2): 1–9. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.1995.tb07441.x . PMID 7737469 .
- ^ Стейси, G; Sanjuan, J .; Лука, С .; Докендорф, Т .; Карлсон, Р.В. (1995). «Обмен сигналами в симбиозе Bradyrhizobium – соя». Биология и биохимия почвы . 27 (4–5): 473–483. DOI : 10.1016 / 0038-0717 (95) 98622-U .
- ^ a b Caetanoanolles, G (1997). «Молекулярная диссекция и улучшение симбиоза клубеньков у бобовых». Исследования полевых культур . 53 (1–3): 47–68. DOI : 10.1016 / S0378-4290 (97) 00022-1 .
- ^ van Berkum, P .; Sloger, C .; Вебер, Д. Ф.; Cregan, PB; Кейзер, HH (1985). «Взаимосвязь между фиксацией N и N 2 уреидов, надземным накоплением N, уменьшением ацетилена и массой конкреций в тепличных и полевых исследованиях с Glycine max (L.) Merr» . Plant Physiol . 77 (1): 53–58. DOI : 10,1104 / pp.77.1.53 . PMC 1064455 . PMID 16664027 .
- ^ Хеннек, Н (1990). «Гены фиксации азота, участвующие в симбиозе Bradyrhizobium japonicum – сои». Письма FEBS . 268 (2): 422–6. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (90) 81297-2 . PMID 2200721 .
- ^ a b c d e f Ривас, Рауль; Мартенс, Миет; Де Лажуди, Филипп; Виллемс, Энн (2009). «Анализ мультилокусной последовательности рода Bradyrhizobium ». Систематическая и прикладная микробиология . 32 (2): 101–10. DOI : 10.1016 / j.syapm.2008.12.005 . PMID 19201125 .
- ^ Альбертон, О; Кащук, Г; Венгрия, М. (2006). «Влияние выборки на оценку генетического разнообразия ризобий, связанных с соей и фасолью». Биология и биохимия почвы . 38 (6): 1298–1307. DOI : 10.1016 / j.soilbio.2005.08.018 .
- ^ Солтер, S; Кокс, М; Турек, Э; Калус, S; Куксон, Вт; Моффатт, М; Тернер, П; Parkhill, J; Ломан, N; Уокер, А (2014). «Загрязнение реагента может критически повлиять на анализ микробиома, основанный на последовательностях». bioRxiv 10.1101 / 007187 .
- ^ Кулаков, Л; Макалистер, М; Огден, К; Ларкин, М; О'Хэнлон, Дж. (2002). «Анализ бактерий, загрязняющих сверхчистую воду в промышленных системах» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (4): 1548–1555. DOI : 10,1128 / AEM.68.4.1548-1555.2002 . PMC 123900 . PMID 11916667 .