Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Ризобиальные
Agrobacterium-tumefaciens.png
Agrobacterium (изображение СЭМ)
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Учебный класс:Alphaproteobacteria
Заказ:Rhizobiales
Kuykendall 2006
Семьи

См. Текст

Синонимы
  • Hyphomicrobiales Дуглас 1957

Rhizobiales являются порядок из грамотрицательных Alphaproteobacteria .

Ризобии , который фиксирует азот и симбиотические корни растений, появляются в нескольких различных семействах. Четыре семейства Bradyrhizobiaceae , Hyphomicrobiaceae , Phyllobacteriaceae и Rhizobiaceae содержат по крайней мере шесть родов азотфиксирующих, клубенько-бобовых и микросимбиотических бактерий. Примерами являются роды Bradyrhizobium и Rhizobium . Виды Methylocystaceae - метанотрофы ; они используют метанол (CH 3 OH) или метан (CH 4) как их единственные источники энергии и углерода. Другими важными родами являются патогены человека Bartonella и Brucella , а также Agrobacterium (полезные в генной инженерии ).

Таксономия [ править ]

Принятые семьи [ править ]

  • Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939 (Утвержденные списки 1980 г.) исправить. Brenner et al . 1993 г.
  • Beijerinckiaceae Garrity et al . 2006 г.
  • Bradyrhizobiaceae Garrity et al . 2006 г.
  • Brucellaceae Breed et al . 1957 г.
  • Cohaesibacteraceae Hwang and Cho 2008 исправляет. Gallego et al . 2010 г.
  • Mabikibacteraceae Choi et al. 2017 [1]
  • Hyphomicrobiaceae Babudieri 1950 г.
  • Methylobacteriaceae Garrity et al . 2006 г.
  • Methylocystaceae Bowman 2006 г.
  • Phyllobacteriaceae Mergaert and Swings 2006 г.
  • Rhizobiaceae Conn 1938 г.
  • Rhodobiaceae Garrity et al . 2006 г.
  • Roseiarcaceae Kulichevskaya и др . 2014 г.
  • Xanthobacteraceae Lee et al . 2005 г.

Временные семьи [ править ]

Эти семейства были предложены, но еще не опубликованы в соответствии с правилами Бактериологического кодекса .

  • " Aurantimonadaceae " Denner et al . 2003 г.
  • "Devosiaceae" Yarza et al . 2014 [2]
  • «Kaistiaceae» Ярза и др . 2014 [2]
  • "Labriaceae" Beck et al . 2015 [3]
  • "Lutibaculaceae" Yarza et al . 2014 [2]
  • "Methyloligellaceae" Yarza et al . 2014 [2]
  • "Methylopilaceae" Beck et al . 2015 [3]
  • "Pleomorphomonadaceae" Yarza et al . 2014 [2]
  • «Rhodomicrobiaceae» Yarza et al . 2014 [2]
  • "Stappiaceae" Yarza et al . 2014 [2]
  • "Thermopetrobacteraceae" Yarza et al . 2014 [2]

Роды incertae sedis [ править ]

Следующие роды принадлежат к Rhizobiales, но не были отнесены к семейству.

  • Альсбактер Бао и соавт . 2014 [4]
  • Amorphus Zeevi Ben Yosef et al . 2008 [5]
  • Bauldia Yee et al . 2010 [6]
  • Метилобревис Порошина и соавт . 2015 [7]
  • Methyloceanibacter Takeuchi et al . 2014 [8]
  • Метилолигелла Доронина и соавт . 2014 [9]
  • Васильева Йи и др . 2010 [6]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре [10] и Национальном центре биотехнологической информации [11], а филогения основана на полногеномных последовательностях. [12]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Бруцеллевые
 

Бруселла Мейер и Шоу 1920

 
 

Ochrobactrum Holmes et al. 1988 г.

 
 
Bartonellaceae

Bartonella Strong et al. 1915 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить . Brenner et al. 1993 г.

 
 
Филлобактерии
 
 

Mesorhizobium Jarvis et al. 1997 г.

 
 

Hoeflea Peix и др. 2005 г.

 
 
 

Chelativorans Доронина и др. 2010 г.

 
 
 
Rhizobiaceae
 
 
 
 

Rhizobium Frank 1889 (Утвержденные списки 1980 г.) исправить . Young et al. 2001 г.

 
 

Agrobacterium Conn 1942 (утвержденные списки 1980 г.) исправить . Sawada et al. 1993 г.

 
 
 
 

Sinorhizobium Chen et al . 1988 исправление . De Lajudie et al. 1994 г.

 
 

Энсифер Касида 1982

 
 
 
 

Candidatus Liberibacter corrig . Jagoueix et al. 1994 г.

 
 
 

Candidatus Hodgkinia McCutcheon et al. 2009 г.

 
 
 
Aurantimonadaceae
 

Aurantimonas Denner et al. 2003 исправление . Rathsack et al. 2011 г.

 
 

Фульвимарина Чо и Джованнони 2003 исправляют . Rathsack et al. 2011 г.

 
 
 
"Devosiaceae" [а]
 
 

Кукумибактер Хван и Чо, 2008 г.

 
 

Maritalea Hwang et al. 2009 г.

 
 
 

Pelagibacterium Xu et al. 2011 г.

 
 
 
«Pleomorphomonadaceae»
 

Amorphus Zeevi Ben Yosef et al. 2008 г.

 
 

Pleomorphomonas Hwang et al. 2009 [b]

 
 
 
"Kaistiaceae"

Kaistia Im et al. 2005 [c]

 
 
 
 
Bradyrhizobiaceae
 
 
 

Bradyrhizobium Иордания 1982 г.

 
 

Нитробактер Виноградский 1892

 
 
 

Rhodopseudomonas Czurda и Maresch 1937 г.

 
 
 
 

Олиготрофа Meyer et al. 1994 г.

 
 

Афипия Бреннер и др. 1992 г.

 
 
 
Xanthobacteraceae
 
 

Ancylobacter Raj 1983 г.

 
 

Старкея Келли и др. 2000 г.

 
 
 
 

Xanthobacter Wiegel и др. 1978 г.

 
 

Azorhizobium Dreyfus et al. 1988 г.

 
 
 
 
 
Метилобактерии
 

Methylobacterium Methylobacterium Patt et al. 1976 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить . Грин и Боусфилд, 1983

 
 

Микровирга Кансо и Пател, 2003 г.

 
 
 
Beijerinckiaceae
 
 
 

Methylocapsa Dedysh et al. 2002 г.

 
 

Methylocella Dedysh et al. 2000 исправление . Dunfield et al. 2003 г.

 
 
 

Beijerinckia Derx 1950

 
 
 

Methyloferula Воробьев и др. 2011 г.

 
 
Метилоцистовые
 

Methylosinus ( ех Whittenbury и др. , 1970) Bowman и др. 1993 г.

 
 

Methylocystis ( ех Whittenbury и др. , 1970) Bowman и др. 1993 исправление . Дедыш и др. 2007 г.

 
 
 
 
 
 
 
Hyphomicrobiaceae  pro parte

Hyphomicrobium Stutzer и Hartleb 1899

 
«Rhodomicrobiaceae» [d]

Rhodomicrobium Duchow and Douglas 1949 (утвержденные списки 1980 г.) исправить . Имхофф и др. 1984

 
 
 
Rhodobiaceae

Parvibaculum Schleheck et al. 2004 г.

 
 
 

Meganema Thomsen et al. 2006 [e]

 
 
 

Sphingomonas Yabuuchi и др. 1990 исправление . Yabuuchi et al. 1999 ( внешняя группа )

 
 

Magnetospirillum Schleifer et al. 1992 (внешняя группа)

 
 
 

Естественная генетическая трансформация [ править ]

Природная генетическая трансформация была сообщена в по меньшей мере три видов Rhizobiales: Agrobacterium tumefaciens , [13] Methylobacterium organophilum , [14] и Bradyrhizobium japonicum . [15] Естественная генетическая трансформация - это половой процесс, включающий передачу ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента путем гомологичной рекомбинации .

См. Также [ править ]

  • Lar1

Заметки [ править ]

  1. ^ Cucumibacter , Maritalea и Pelagibacterium в настоящее время включены в Hyphomicrobiaceae .
  2. ^ Pleomorphomonas в настоящее время включена в Methylocystaceae .
  3. ^ Kaistia в настоящее время включена в Rhizobiaceae .
  4. ^ Rhodomicrobium в настоящее время включен в Hyphomicrobiaceae .
  5. ^ Meganema в настоящее время входит в группу Methylobacteriaceae .

Ссылки [ править ]

  1. ^ Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (1 января 2003 г.). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (ред.). «Таксономический конспект для семей». Рефераты NamesforLife . DOI : 10.1601 / tx.30673 .
  2. ^ a b c d e f g h База данных SILVA, выпуск 132. Дата обращения 18.05.2018. Видеть
    • Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO. (2013). «Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты» . Nucleic Acids Res . 41 (База данных): D590 – D596. DOI : 10.1093 / NAR / gks1219 . PMC  3531112 . PMID  23193283 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
    • Ярза П., Йилмаз П., Прюсс Е., Глёкнер Ф.О., Людвиг В., Шлейфер К. Х., Уитман В. Б., Эузеби Дж., Аманн Р., Росселло-Мора Р. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Nat Rev Microbiol . 12 (9): 635–45. DOI : 10.1038 / nrmicro3330 . hdl : 10261/123763 . PMID  25118885 . S2CID  21895693 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  3. ^ a b Бек, ЦАП; McTaggart, TL; Setboonsarng, U .; Воробьев, А .; Goodwin, L .; Шапиро, Н .; Woyke, T .; Калюжная, МГ; Lidstrom, ME; Чистосердова, Л. (2015). «Мультифилетическое происхождение метилотрофии у Alphaproteobacteria , на примере сравнительной геномики изолятов озера Вашингтон» . Экологическая микробиология . 17 (3): 547–54. DOI : 10.1111 / 1462-2920.12736 . PMID 25683159 . 
  4. Перейти ↑ Bao Z, Sato Y, Fujimura R, Ohta H. (2014). « Alsobacter metallidurans gen. Nov., Sp. Nov., Толерантная к таллию почвенная бактерия из отряда Rhizobiales». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 64 (Pt 3): 775–780. DOI : 10.1099 / ijs.0.054783-0 . PMID 24221990 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  5. ^ Zeevi бен Йосеф D, Бен-Дов E, Kushmaro A. (2008). « Amorphus coralli gen. Nov., Sp. Nov., Морская бактерия, выделенная из слизи кораллов, принадлежащая к отряду Rhizobiales» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 58 (12): 2704–2709. DOI : 10.1099 / ijs.0.65462-0 . PMID 19060044 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  6. ^ а б Йи Б., Эртли Дж. Э., Фуэрст Дж. А., Стейли Дж. Т.. (2010). Реклассификация полифилетического рода Prosthecomicrobium с образованием двух новых родов, Vasilyevaea gen. Nov. И Bauldia gen. Nov., С четырьмя новыми комбинациями: Vasilyevaea enhydra comb. Nov., Vasilyevaea mishustinii comb. Nov., Bauldia consociata comb. Bauldia litoralis comb. Nov " . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 60 (Pt 12): 2960–2966. DOI : 10.1099 / ijs.0.018234-0 . PMC 3052453 . PMID  20118292 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  7. ↑ Порошина М.Н., Троценко Ю.А., Доронина Н.В. (2015). " Methylobrevis pamukkalensis gen. Nov., Sp. Nov., Галотолерантный ограниченный факультативный метилотроф, выделенный из соленой воды" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 65 (4): 1321–1327. DOI : 10.1099 / ijs.0.000105 . PMID 25667389 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  8. ↑ Takeuchi M, Katayama T, Yamagishi T, Hanada S, Tamaki H, Kamagata Y, Oshima K, Hattori M, Marumo K, Nedachi M, Maeda H, Suwa Y, Sakata S. (2014). « Methyloceanibacter caenitepidi gen. Nov., Sp. Nov., Факультативно метилотрофная бактерия, выделенная из морских отложений вблизи гидротермального источника». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 64 (Pt 2): 462–468. DOI : 10.1099 / ijs.0.053397-0 . PMID 24096357 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  9. ^ Доронина Н.В., Порошина М.Н., Капаруллина Е.Н., Ежов В.А., Троценко Ю.А. (2013). « Methyloligella halotolerans gen. Nov., Sp. Nov. И Methyloligella solikamskensis sp. Nov., Две непигментированные галотолерантные облигатно-метилотрофные бактерии, изолированные из солевых сред Урала». Syst. Прил. Microbiol . 36 (3): 148–154. DOI : 10.1016 / j.syapm.2012.12.001 . PMID 23351489 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  10. ^ JP Euzéby. «Proteobacteria (прокрутите вниз для Rhizobiales)» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Архивировано из оригинала на 2013-01-27 . Проверено 2 мая 2012 .
  11. ^ "Rhizobiales" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 2 мая 2012 .
  12. ^ Свернутый из деревапостроенного Patric Архивированных 2016-03-15 в Wayback Machine . Дата доступа: 02.05.2012.
  13. ^ Demanèche S, Кей Е, Gourbière Р, Р Симонет (2001). «Естественная трансформация Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве» . Прил. Environ. Microbiol . 67 (6): 2617–21. DOI : 10,1128 / AEM.67.6.2617-2621.2001 . PMC 92915 . PMID 11375171 .  
  14. ^ O'Connor M, Wopat A, Hanson RS (1977). «Генетическая трансформация в Methylobacterium organophilum » . J. Gen. Microbiol . 98 (1): 265–72. DOI : 10.1099 / 00221287-98-1-265 . PMID 401866 . 
  15. ^ Райна JL, Моди В. В. (1972). «Связывание и трансформация дезоксирибонуклеата в Rhizobium japonicum » . J. Bacteriol . 111 (2): 356–60. DOI : 10.1128 / JB.111.2.356-360.1972 . PMC 251290 . PMID 4538250 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Kuykendall, LD, Dazzo, FB, 2005. Allorhizobium . В: Бреннер, Криг, Стейли и Гаррити (редакторы), Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, стр. 345–346.
  • Kuykendall, LD 2005 Род Azorhizobium . В: Бреннер, Криг, Стейли и Гаррити (редакторы), Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, стр. 505–506.
  • Kuykendall, LD 2005. Род Bradyrhizobium , семейство Bradyrhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 438–443.
  • Чен, WX, ET Wang и LD Kuykendall. 2005. Род Mesorhizobium , семейство Photobacteriaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 403–408.,
  • Kuykendall, LD, JM Young, E. Martínez-Romero, A. Kerr и H. Sawada. 2005. Род Rhizobium , сильно дивергентный род в пересмотренном семействе Rhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Спрингер-Верлаг, Нью-Йорк, Нью-Йорк, стр. 324–340.