Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Rhizobiaceae
Agrobacterium-tumefaciens.png
Agrobacterium tumefaciens, когда она начинает инфицировать клетку моркови
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Учебный класс:Alphaproteobacteria
Заказ:Ризобиальные
Семья:Rhizobiaceae
Conn 1938 г.
Рода [3]

Rhizobiaceae представляет собой семейство протеобактерий , содержащих несколько подгрупп , которые усиливают и затрудняют развитие растений. [4] Некоторые бактерии этого семейства используются для питания растений и вместе составляют ризобии . Другие бактерии, такие как Agrobacterium tumefaciens и A. rhizogenes, серьезно изменяют развитие растений , поскольку обладают способностью вызывать образование коронных галлов или волосатых корней на стебле. [4] Семья веками интересовала ученых своей способностью ассоциироваться с растениями и изменять их развитие. [4] Rhizobiaceae, как и все протеобактерии, грамотрицательные.. Они аэробны , а клетки обычно имеют палочковидную форму. [5] Многие виды Rhizobiaceae являются диазотрофами, которые способны связывать азот и являются симбиотическими с корнями растений.

Отношение к Agrobacterium [ править ]

Было признано, что Agrobacterium родственны Rhizobium . [6] Доказательства, подтверждающие ассоциацию, были получены путем филогенетических выводов на основе анализа последовательности 16S рДНК, показавшего, что роды не могут быть выделены как отдельные монофилетические клады. [6]

Проблема Agrobacterium и других родов, относящихся к Rhizobium, еще не решена, поскольку некоторые новые филогенетические данные предполагают, что субклады все еще могут быть созданы. [7] [1]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [3] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), [8], а филогения основана на выпуске 106 LTP на основе 16S рРНК, разработанном Проект "Живое дерево всех видов" [9]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Rhizobium lusitanum Valverde et al . 2006 г.

 
 

Rhizobium rhizogenes (Riker et al . 1930) Young et al . 2001 [13]

 
 

Agrobacterium rubi Hildebrand 1940 г.

 
 
 
 

Rhizobium multihospitium Han et al . 2008 г.

 
 

Rhizobium tropici Martínez-Romero et al . 1991 г.

 
 
 

Rhizobium miluonense Gu et al . 2008 г.

 
 
 
 

Rhizobium leguminosarum (Франк 1879) Франк 1889 (Утвержденные списки 1980) исправить . Рамирес-Бахена и др . 2008 [10]

 
 
 
 
 

Rhizobium endophyticum López-López et al . 2011 г.

 
 

Rhizobium tibeticum Hou et al . 2009 г.

 
 
 

Rhizobium etli Segovia et al . 1993 г.

 
 
 
 

Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 (Утвержденные списки 1980 г.) исправить . Рамирес-Бахена и др . 2008 г.

 
 

Rhizobium fabae Tian et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium hainanense Chen et al . 1997 г.

 
 
 
 

Arthrobacter viscosus Gasdorf et al . 1965 [18]

 
 

Rhizobium alamii Berge et al . 2009 г.

 
 

Rhizobium mesosinicum Lin et al . 2009 г.

 
 
 
 

Rhizobium sullae Squartini et al . 2002 г.

 
 
 

Rhizobium indigoferae Wei et al . 2002 г.

 
 
 

Rhizobium gallicum Amarger et al . 1997 г.

 
 

Rhizobium yanglingense Tan et al . 2001 г.

 
 
 

Rhizobium mongolense Van Berkum et al . 1998 г.

 
 

Rhizobium oryzae Peng et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium loessense Wei et al . 2003 г.

 
 
 

Rhizobium tubonense Zhang et al . 2011 г.

 
 
 
 
 
 

Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al . 2007 г.

 
 

Rhizobium soli Yoon et al . 2010 г.

 
 
 
 

Neorhizobium galegae Lindström 1989 г.

 
 

Neorhizobium vignae Ren et al . 2011 г.

 
 
 
 

Neorhizobium huautlense Wang et al . 1998 г.

 
 

Neorhizobium alkalisoli Lu et al . 2009 г.

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Aureimonas altamirensis (Jurado et al . 2006) Rathsack et al . 2011 [10] [11] [12]

 
 

Aureimonas frigidaquae (Kim et al . 2008) Rathsack et al . 2011 [11] [12]

 
 
 

Aureimonas ureilytica ( Weon et al . 2007) Rathsack et al . 2011 [11] [12]

 
 
 

Aurantimonas coralicida Denner et al . 2003 исправление . Rathsack et al . 2011. [10] [11]

 
 
 

Fulvimarina pelagi Чо и Джованнони 2003 исправляют . Rathsack et al . 2011 [10] [11]

 
 
 

Martelella mediterranea Rivas et al. 2005 [10] [11]

 
 
 

Allorhizobium undicola (de Lajudie et al . 1998) Young et al . 2001 [13]

 
 
 

Allorhizobium vitis (Офел и Керр, 1990) Young et al . 2001 [13]

 
 
 
 

Allorhizobium borbori Zhang et al . 2011 г.

 
 
 
 
 
 

Beijerinckia fluminensis Döbereiner and Ruschel 1958 [14]

 
 

Agrobacterium larrymoorei Bouzar and Jones 2001 г.

 
 
 

Agrobacterium radiobacter Beijerinck and van Delden 1902 [15]

 
 
 
 

Rhizobium selenitireducens corrig . Хантер и др . 2008 г.

 
 

Rhizobium rosettiformans Kaur et al . 2011 г.

 
 
 
 
 

Rhizobium daejeonense Quan et al . 2005 г.

 
 
 
 
 

Rhizobium aggregatum (Hirsch, Müller, 1986) Kaur et al . 2011 г.

 
 

Pararhizobium capsulatum Hirsch and Müller 1986 [16]

 
 
 

Pararhizobium giardinii Amarger et al . 1997 г.

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Ensifer mexicanus Lloret et al . 2011 г.

 
 

Ensifer terangae (De Lajudie et al . 1994) Young 2003 [17]

 
 
 

Энсифер Сахели (Де Ладжуди и др . 1994) Янг 2003 [17]

 
 
 

Ensifer kostiensis (Ник и др ., 1999) Янг, 2003 г. [17]

 
 
 

Ensifer kummerowiae (Wei et al . 2002) Young 2003 [17]

 
 
 

Энсифер Фреди (Шолла и Элкан, 1984 г.) Янг, 2003 г. [17]

 
 

Sinorhizobium americanum corrig . Толедо и др . 2004 г.

 
 
 
 

Ensifer arboris (Ник и др . 1999) Янг 2003 [17]

 
 

Ensifer garamanticus Merabet и др . 2010 г.

 
 
 

Ensifer meliloti (Dangeard 1926) Янг 2003 [17]

 
 

Ensifer numidicus Merabet и др . 2010 г.

 
 
 
 

Ensifer adhaerens Casida 1982 [10]

 
 
 

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Мусави С.А., Виллемс А., Несме Икс, де Ладжуди П., Линдстрем К. (2015). «Пересмотренная филогения Rhizobiaceae: предложение о разграничении Pararhizobium gen. Nov. И 13 новых комбинаций видов». Syst Appl Microbiol . 38 (2): 84–90. DOI : 10.1016 / j.syapm.2014.12.003 . PMID  25595870 .
  2. ^ Kimes Н.Е., Лопес-Перес М, Flores-Феликс JD, Рамирес-Bahena МН, Игуаль Ю.М., Peix А, Родригес Валера Ж, Веласкес Е (2015). « Pseudorhizobium pelagicum gen. Nov., Sp. Nov., Выделенный из пелагической зоны Средиземноморья». Syst Appl Microbiol . 38 (5): 293–299. DOI : 10.1016 / j.syapm.2015.05.003 . PMID 26078205 . 
  3. ^ а б Дж. П. Эйзеби. «Proteobacteria (прокрутите вниз для Rhizobiaceae)» . LPSN . Архивировано из оригинала на 2013-01-27 . Проверено 2 мая 2012 .
  4. ^ a b c Spaink, Herman P .; Кондороси, Адам; Hooykaas, Пол (2012-12-06). Rhizobiaceae: молекулярная биология модельных бактерий, ассоциированных с растениями . Springer Science & Business Media. ISBN 9789401150606.
  5. ^ Гаррити, Джордж М .; Бреннер, Дон Дж .; Krieg, Noel R .; Стейли, Джеймс Т. (ред.) (2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 2: Протеобактерии, Часть C: Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. ISBN 978-0-387-24145-6 . 
  6. ^ а б Янг, JM; Kuykendall, LD; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Савада, Х. (1 января 2003 г.). «Классификация и номенклатура Agrobacterium и Rhizobium - ответ Фарранду и др. (2003)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (5): 1689–1695. DOI : 10.1099 / ijs.0.02762-0 . PMID 13130069 . 
  7. ^ Мусави С.А., Остерман Дж, Уохлберг Н, Nesme Х, Lavire С, колба л, Паулин л, де Lajudie P, Линдстром К (2014). «Филогения клады Rhizobium - Allorhizobium - Agrobacterium поддерживает определение Neorhizobium gen. Nov». Syst Appl Microbiol . 37 (3): 208–15. DOI : 10.1016 / j.syapm.2013.12.007 . PMID 24581678 . 
  8. ^ Сэйерс; и другие. «Ризобийные» . База данных таксономии NCBI . Проверено 2 мая 2012 .
  9. ^ Проект "Живое дерево всех видов" . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . SILVA RDB . Проверено 2 мая 2012 .
  10. ^ a b c d e f Это типовой вид для рода.
  11. ^ Б с д е е видов найдено в родах Aurantimonas , Aureimonas , Fulvimarina и Martelella все в настоящее время классифицируются в Aurantimonadaceae .
  12. ^ a b c Виды рода Aureimonas ранее относились к роду Aurantimonas .
  13. ^ a b c Эти виды ранее относились к роду Agrobacterium .
  14. ^ Beijerinckia fluminensis в настоящее время классифицируется как Beijerinckiaceae .
  15. ^ Это включает Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend 1907) Conn 1942.
  16. ^ Blastobacter capsulatus в настоящее время классифицируется как Bradyrhizobiaceae .
  17. ^ a b c d e f g Эти виды ранее относились к роду Sinorhizobium .
  18. ^ Arthrobacter viscosus в настоящее время классифицируется как Micrococcaceae . См. Arthrobacter .