Sinorhizobium / Ensifer - это род азотфиксирующих бактерий ( ризобий ), три из которых ( Sinorhizobium meliloti , [21] [22] Sinorhizobium medicae [23] и Sinorhizobium fredii [24] [25] ) были секвенированы.
Sinorhizobium | |
---|---|
Штамм Sinorhizobium fredii USDA257 на чашке с агаром . | |
Научная классификация | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | Sinorhizobium / Ensifer Chen et al . 1988 / Касида 1982 |
Типовой вид | |
Sinorhizobium fredii / Ensifer adhaerens | |
Виды [17] [18] [19] [20] | |
|
Этимология
Sinorhizobium - это сочетание средневекового латинского sino (что означает «Китай»), греческого rhizo (что означает «корень») и нового латинского bios (что означает «жизнь»). Таким образом, родовое название означает «бактерия, живущая в корне в Китае». [17] [8] Другое название происходит от нового латинского термина ensifer , что означает «несущий меч» или «меченосец». [3]
Правильное имя
Название Ensifer было опубликовано в 1982 году, а название Sinorhizobium было опубликовано в 1988 году. В соответствии с правилами Бактериологического кодекса (редакция 1990 года) Международного комитета по систематике прокариот (ICSP) более старое название ( Ensifer ) имеет приоритет. [26] В ответ на запрос о перемещении единственного сохранившегося вида Ensifer ( Ensifer adhaerens ) в Sinorhizobium , был сформирован специальный подкомитет ICSP для оценки запроса. В конечном итоге было решено, что Энсифер сохранил приоритет и что все виды Sinorhizobium должны быть переданы роду Ensifer . [27] [28] Однако оба термина продолжают использоваться в опубликованной научной литературе, причем Sinorhizobium является более распространенным. [29]
Устаревшие виды
Были описаны два вида, которые с тех пор были переклассифицированы в существующие виды: Sinorhizobium morelense (ныне Ensifer adhaerens ) [26] [30] и Sinorhizobium xinjiangense (ныне Sinorhizobium fredii [31] [32]), хотя существует некоторое несогласие [15] [33 ] ] ).
Филогения
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [17] [18] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [34], а филогения основана на выпуске LTP на основе 16S рРНК 106 на The All-Species проекта Living Tree [35]
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Рекомендации
- ^ a b Огасавара М., Сузуки Т., Муто I, Аннапурна К., Арора Н.К., Нишимура Ю., Махешвари Д.К. (2003). « Sinorhizobium indiaense sp. Nov. И Sinorhizobium abri sp. Nov., Выделенные из тропических бобовых, Sesbania rostrata и Abrus precatorius , соответственно». Симбиоз . 34 (1): 53–68.
- ^ a b Поскольку никакие типовые штаммы не были представлены в международные коллекции культур, они в настоящее время не признаны действительными видами.
- ^ а б Касида Л.Е. (1982). « Ensifer adhaerens gen. Nov., Sp. Nov .: бактериальный хищник бактерий в почве» . Int J Syst Bacteriol . 32 (3): 339–345. DOI : 10.1099 / 00207713-32-3-339 . Архивировано из оригинала на 2012-07-12.
- ^ Толедо I, Льорет Л., Мартинес-Ромеро Э. (март 2003 г.). « Sinorhizobium americanus sp. Nov., Новый вид Sinorhizobium, нодулирующий местные виды Acacia в Мексике». Систематическая и прикладная микробиология . 26 (1): 54–64. DOI : 10.1078 / 072320203322337317 . PMID 12747410 .
- ^ а б Ник Дж., Де Ладжуди П., Эардли Б. Д., Суомалайнен С., Паулин Л., Чжан Х, Гиллис М., Линдстрем К. (октябрь 1999 г.). « Sinorhizobium arboris sp. Nov. И Sinorhizobium kostiense sp. Nov., Изолированные с бобовых деревьев в Судане и Кении» . Международный журнал систематической бактериологии . 49 (Pt. 4): 1359–68. DOI : 10.1099 / 00207713-49-4-1359 . PMID 10555313 .
- ^ Ле Кере А, Так Н., Гелот Х.С., Лавир С., Мейер Т., Чапульо Д., Рати С., Сакрухи И., Роша Г., Ромер М., Северак Д. (2017). «Геномная характеристика Ensifer aridi , предлагаемого нового вида азотфиксирующих ризобий, извлеченных из пустынь Азии, Африки и Америки» . BMC Genomics . 18 (1): 85. DOI : 10,1186 / s12864-016-3447-у . PMC 5237526 . PMID 28088165 .
- ^ Ринкон-Росалес Р., Льорет Л., Понсе Е., Мартинес-Ромеро Е. (январь 2009 г.). «Ризобии с разной симбиотической эффективностью образуют клубеньки Acaciella angustissima в Мексике, включая Sinorhizobium chiapanecum sp. Nov., Который имеет общие симбиотические гены с Sinorhizobium mexicanum » . FEMS Microbiology Ecology . 67 (1): 103–17. DOI : 10.1111 / j.1574-6941.2008.00590.x . PMC 2784085 . PMID 19120461 .
- ^ а б Чен В. X., Ян Г. Х., Ли Дж. Л. (1988). «Численное таксономическое исследование быстрорастущих ризобий сои и предложение отнести Rhizobium fredii к Sinorhizobium gen. Nov» . Int J Syst Bacteriol . 38 (4): 392–397. DOI : 10.1099 / 00207713-38-4-392 . Архивировано из оригинала на 2013-05-03.
- ^ а б Ян Х, Ян Дж., Суй XH, Ван Э.Т., Чен В.X., Чжан XX, Чен В.Ф. (апрель 2016 г.). « Ensifer glycinis sp. Nov., Новый вид ризобий, ассоциированный с Glycine spp» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Pt 3): 2910–6. DOI : 10.1099 / ijsem.0.001120 . PMID 27125987 .
- ^ Мерабет С., Мартенс М., Махди М., Захия Ф., Си А., Ле Ру С., Домерг О, Купман Р., Бекки А., Марс М., Виллемс А., де Ладжуди П. (март 2010 г.). «Анализ мультилокусной последовательности изолятов корневых клубеньков из Lotus arabicus (Сенегал), Lotus creticus , Argyrolobium uniflorum и Medicago sativa (Тунис) и описание Ensifer numidicus sp. Nov. И Ensifer garamanticus sp. Nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Pt 3): 664–74. DOI : 10.1099 / ijs.0.012088-0 . PMID 19656922 .
- ^ Вэй Г.Х., Ван Э.Т., Тан З.Й., Чжу М.Э., Чен В.Х. (ноябрь 2002 г.). « Rhizobium indigoferae sp. Nov. И Sinorhizobium kummerowiae sp. Nov., Выделенные соответственно из Indigofera spp. И Kummerowia stipulacea » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 6): 2231–9. DOI : 10.1099 / 00207713-52-6-2231 . PMID 12508892 .
- ^ Рим С., Фернандес МП, Брунель Б., Норманд П., Клейет-Марель Дж. К. (октябрь 1996 г.). « Sinorhizobium medicae sp. Nov., Выделенный из однолетних видов Medicago » . Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 972–80. DOI : 10.1099 / 00207713-46-4-972 . PMID 8863426 .
- ^ а б в де Ладжуди П., Виллемс А., Горшок Б., Деветтинк Д., Маэстрожуан Г., Нейра М., Коллинз М. Д., Дрейфус Б., Керстерс К., Гиллис М. (1994). «Полифазная таксономия ризобий: исправление рода Sinorhizobium и описание Sinorhizobium meliloti comb. Nov., Sinorhizobium saheli sp. Nov. И Sinorhizobium teranga sp. Nov.» . Int J Syst Bacteriol . 44 (4): 715–733. DOI : 10.1099 / 00207713-44-4-715 . Архивировано из оригинала на 2008-08-29 . Проверено 1 сентября 2009 .
- ^ Льорет Л., Ормено-Оррилло Э, Ринкон Р., Мартинес-Ромеро Дж., Рогель-Эрнандес М.А., Мартинес-Ромеро Э. (июнь 2007 г.). « Ensifer mexicanus sp. Nov. Новый вид, клубящийся Acacia angustissima (Mill.) Kuntze в Мексике». Систематическая и прикладная микробиология . 30 (4): 280–90. DOI : 10.1016 / j.syapm.2006.12.002 . PMID 17293074 .
- ^ а б в Ван Ю.К., Ван Ф., Хоу BC, Ван Э.Т., Чен В.Ф., Суй XH, Чен В.X., Ли Й., Чжан И.Б. (октябрь 2013 г.). "Предложение Ensifer psoraleae sp. Nov., Ensifer sesbaniae sp. Nov., Ensifer morelense comb. Nov. И Ensifer americanum comb. Nov". Систематическая и прикладная микробиология . 36 (7): 467–73. DOI : 10.1016 / j.syapm.2013.05.001 . PMID 23759600 .
- ^ Li QQ, Wang ET, Chang YL, Zhang YZ, Zhang YM, Sui XH, Chen WF, Chen WX (август 2011 г.). « Ensifer sojae sp. Nov., Выделенный из корневых клубеньков Glycine max, выращенных на солончаковых почвах». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Pt 8): 1981–8. DOI : 10.1099 / ijs.0.025049-0 . PMID 20851917 .
- ^ а б в Euzéby JP. « Синоризобиум » . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 .
- ^ а б Euzéby JP. « Энсифер » . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 .
- ^ Балквилл Д.Л. (2005). " Энсифер Касида 1982, 343 ВП " . В Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, Schleifer KH (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 2: Протеобактерии, Часть C: Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. С. 354–361 . DOI : 10.1007 / 0-387-29298-5_87 . ISBN 978-0-387-24145-6.
- ^ Kuykendall LD, Hashem FM, Wang ET (2005). " Sinorhizobium Chen, Yan and Li 1988b, 396 VP исправить. De Lajudie, Willems, Pot, Dewettinck, Maestrojuan, Neyra, Collins, Dreyfus, Kersters and Gillis 1994, 732" . В Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, Schleifer KH (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 2: Протеобактерии, Часть C: Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. С. 358–361 . DOI : 10.1007 / 0-387-29298-5_88 . ISBN 978-0-387-24145-6.
- ^ Galibert F, Finan TM, Long SR, Puhler A, Abola P, Ampe F и др. (Июль 2001 г.). «Составной геном бобового симбионта Sinorhizobium meliloti ». Наука . 293 (5530): 668–72. DOI : 10.1126 / science.1060966 . PMID 11474104 .
- ^ "Страница NCBI генома для Sinorhizobium meliloti " . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ "Страница генома NCBI для Sinorhizobium medicae " . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ Schmeisser C, Liesegang H, Krysciak D, Bakkou N, Le Quéré A, Wollherr A, Heinemeyer I, Morgenstern B, Pommerening-Röser A, Flores M, Palacios R, Brenner S, Gottschalk G, Schmitz RA, Broughton WJ, Perret X , Strittmatter AW, Streit WR (июнь 2009 г.). « Штамм Rhizobium sp. NGR234 обладает замечательным количеством систем секреции» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (12): 4035–45. DOI : 10,1128 / AEM.00515-09 . PMC 2698369 . PMID 19376903 .
- ^ "Страница генома NCBI для Sinorhizobium fredii " . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ а б Янг Дж. М. (ноябрь 2003 г.). «Название рода Ensifer Casida 1982 имеет приоритет над Sinorhizobium Chen et al. 1988, а Sinorhizobium morelense Wang et al. 2002 является более поздним синонимом Ensifer adhaerens Casida 1982. Является комбинацией« Sinorhizobium adhaerens »(Casida 1982) Willems et al . 2003 законный? Запрос заключения » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 6): 2107–10. DOI : 10.1099 / ijs.0.02665-0 . PMID 14657154 .
- ^ Линдстрем К., Мартинес-Ромеро ME (2002). «Подкомитет Международного комитета по систематике прокариот по таксономии Agrobacterium и Rhizobium . Протокол заседания, 4 июля 2001 г., Гамильтон, Канада» (PDF) . Int J Syst Bacteriol . 52 (6): 2337. DOI : 10,1099 / ijs.0.02524-0 . Архивировано из оригинального (PDF) 29 сентября 2007 года . Проверено 6 августа 2009 года .
- ^ Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (август 2008 г.). «Название рода Sinorhizobium Chen et al. 1988 является более поздним синонимом Ensifer Casida 1982 и не сохраняется по сравнению с последним названием рода, а название вида« Sinorhizobium adhaerens »официально не опубликовано. Мнение 84» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Pt 8): 1973. DOI : 10,1099 / ijs.0.2008 / 005991-0 . PMID 18676490 .
- ^ Молодой JPW. (9 февраля 2013 г.). «Rhizobium: Написание о бактериях и их геномах» . WordPress .
- ^ Ван Э.Т., Тан З.Й., Виллемс А., Фернандес-Лопес М., Рейнхольд-Хурек Б., Мартинес-Ромеро Э. (сентябрь 2002 г.). « Sinorhizobium morelense sp. Nov., Бактерия, ассоциированная с Leucaena leucocephala , обладающая высокой устойчивостью ко многим антибиотикам». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 5): 1687–93. DOI : 10.1099 / ijs.0.01954-0 . hdl : 10261/109835 . PMID 12361275 .
- ^ Peng GX, Tan ZY, Wang ET, Reinhold-Hurek B, Chen WF, Chen WX (март 2002 г.). «Идентификация изолятов клубеньков сои в регионе Синьцзян как Sinorhizobium xinjiangense и генетическая дифференциация S. xinjiangense от Sinorhizobium fredii » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 2): 457–62. DOI : 10.1099 / 00207713-52-2-457 . PMID 11931157 .
- ^ Мартенс М., Давиндт П., Купман Р., Гиллис М., Де Вос П., Виллемс А. (январь 2008 г.). «Преимущества анализа мультилокусных последовательностей для таксономических исследований: тематическое исследование с использованием 10 генов домашнего хозяйства в роде Ensifer (включая бывший Sinorhizobium )» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Pt 1): 200–14. DOI : 10.1099 / ijs.0.65392-0 . PMID 18175710 .
- ^ Мартенс М., Делер М., Купман Р., Де Вос П., Гиллис М., Виллемс А. (март 2007 г.). «Анализ мультилокусной последовательности Энсифера и родственных таксонов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (Pt 3): 489–503. DOI : 10.1099 / ijs.0.64344-0 . PMID 17329774 .
- ^ " Sinorhizobium / Ensifer группа" . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 2 мая 2012 .
- ^ Проект "Живое дерево всех видов" . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 2 мая 2012 .
- ^ a b Это типовые виды для рода в зависимости от предпочтительного названия рода.