Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья о роде бактерий. Общий термин, включающий виды других родов, см . В разделе Rhizobia .

Ризобий
Штамм Rhizobium tropici BR816 на агаре TY.JPG
Rhizobium tropici на чашке с агаром .
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Alphaproteobacteria
Заказ:
Ризобиальные
Семья:
Rhizobiaceae
Род:
Ризобий

Франк 1889
Типовой вид
Rhizobium leguminosarum
Виды [1]

См. Текст.

Rhizobium является родом из грамотрицательных почвенных бактерий , которые фиксируют азот .Виды Rhizobium образуют эндосимбиотическую азотфиксирующую ассоциацию с корнями бобовых и Parasponia .

Бактерии колонизируют клетки растений в корневых клубеньках , где они превращают атмосферный азот в аммиак с помощью фермента нитрогеназы, а затем поставляют растениям органические азотистые соединения, такие как глутамин или уреиды . Растение, в свою очередь, снабжает бактерии органическими соединениями , образующимися в процессе фотосинтеза . [2] Эти взаимовыгодные отношения справедливы для всех ризобий , типичным примером которых является род Rhizobium . Ризобий также способен растворять фосфор. [3]

Таксон в значительной степени включил в себя роды Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium после фелогенетических исследований с конца 1990-х до начала 2000-х годов, когда было показано, что эти два рода не сильно отличаются от Rhizobium . Непонятный результат заключается в том, что Agrobacterium tumefaciens , ныне Rhizobium radiobacter , остается типовым видом Agrobacterium . [4] Разделение родов Rhizobiaceae остается неопределенным.

История [ править ]

Мартинус Бейеринк был первым, кто выделил и культивировал микроорганизм из клубеньков бобовых в 1888 году. Он назвал его Bacillus radicicola , который теперь помещен в Руководство по определяющей бактериологии Бергея под роду Rhizobium .

Исследование [ править ]

Rhizobium формирует симбиотические отношения с некоторыми растениями, такими как бобовые, превращая азот из воздуха в аммиак , который действует как естественное удобрение для растений. Текущие исследования проводятся микробиологами Службы сельскохозяйственных исследований, чтобы открыть способ использования биологической фиксации азота Rhizobium . Это исследование включает генетическое картирование различных видов ризобий с соответствующими им симбиотическими видами растений, такими как люцерна или соя. Цель исследования - повысить урожайность растений без использования удобрений. [5]

В молекулярной биологии Rhizobium также был идентифицирован как загрязнитель реагентов набора для экстракции ДНК и систем сверхчистой воды, что может привести к его ошибочному отображению в микробиоте или наборах метагеномных данных. [6] Присутствие азотфиксирующих бактерий в качестве загрязнителей может быть связано с использованием газообразного азота в производстве сверхчистой воды для подавления роста микробов в резервуарах для хранения. [7]

Виды [ править ]

  • Rhizobium aegyptiacum Shamseldin et al . 2016 г.
  • Rhizobium aggregatum (Hirsch, Müller, 1986) Kaur et al . 2011 [8]
  • Rhizobium alamii Berge et al . 2009 г.
  • Rhizobium altiplani Baraúna et al . 2016 г.
  • Rhizobium alvei Sheu et al . 2015 г.
  • Rhizobium anhuiense Zhang et al . 2015 г.
  • Rhizobium azibense Mnasri et al . 2014 г.
  • Rhizobium azooxidifex Behrendt et al . 2016 г.
  • Rhizobium bangladeshense Harun-or Rashid et al . 2015 г.
    • симбиовар трехлистный
    • симбиовар Viciae
  • Rhizobium binae Harun-or Rashid et al . 2015 г.
  • Rhizobium calliandrae Rincón-Rosales et al . 2013
  • Rhizobium capsici Lin et al . 2015 г.
  • Rhizobium cauense Liu et al . 2015 г.
  • Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al . 2007 г.
  • Rhizobium daejeonense Quan et al . 2005 г.
  • Rhizobium ecuadorense Ribeiro et al . 2015 г.
  • Rhizobium endolithicum Parag et al . 2014 г.
  • Rhizobium endophyticum López-López et al . 2010 г.
  • Rhizobium etli Segovia et al . 1993 [9]
    • symbiovar mimosae
    • symbiovar phaseoli
  • Rhizobium fabae Tian et al . 2008 г.
  • Rhizobium flavum Gu et al . 2014 г.
  • Rhizobium freirei Dall'Agnol et al . 2013
  • Rhizobium gallicum Amarger et al . 1997 г.
    • symbiovar gallicum [10]
    • симбиовар восточный [11]
    • symbiovar phaseoli [10]
  • Rhizobium grahamii López-López et al . 2011 г.
  • Rhizobium hainanense Chen et al . 1997 г.
  • Rhizobium halophytocola Bibi et al . 2012 г.
  • Rhizobium halotolerans Diange and Lee 2013 [12]
  • Rhizobium indigoferae Wei et al . 2002 г.
  • Rhizobium jaguaris Rincón-Rosales et al . 2013
  • Rhizobium kunmingense Shen et al . 2010 г.
  • Rhizobium laguerreae Saïdi et al . 2014 г.
  • Rhizobium leguminosarum (Франк 1879) Франк 1889
    • симбиовар трехлистный
    • симбиовар Viciae
  • Rhizobium lemnae Kittiwongwattana & Thawai 2014 г.
  • Rhizobium lentis Harun-or Rashid et al . 2015 г.
  • Rhizobium leucaenae Ribeiro et al . 2011 г.
  • Rhizobium loessense Wei et al . 2003 г.
  • Rhizobium lusitanum Valverde et al . 2006 г.
  • " Candidatus Rhizobium massiliae" Greub et al . 2004 г.
  • Rhizobium mayense Rincón-Rosales et al . 2013
  • Rhizobium mesoamericanum López-López et al . 2011 г.
  • Rhizobium mesosinicum Lin et al . 2009 г.
  • Rhizobium Metallidurans Grison et al . 2015 г.
  • Rhizobium miluonense Gu et al . 2008 г.
  • Rhizobium mongolense Herr Baronn O. Vonn Berkum et al . 1998 [11]
  • Rhizobium multihospitium Han et al . 2008 г.
  • Rhizobium naphthalenivorans Kaiya et al . 2012 г.
  • Rhizobium oryzicola Zhang et al . 2015 г.
  • Rhizobium pakistanensis Khalid et al . 2014 г.
  • Rhizobium paranaense Dall'Agnol et al . 2014 г.
  • Rhizobium petrolearium Zhang et al . 2012 г.
  • Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 emend. Рамирес-Бахена и др . 2008 г.
  • Rhizobium phenanthrenilyticum Wen et al . 2011 г.
  • Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al . 2008 г.
    • симбиовар трехлистный [13]
    • симбиовар Viciae [13]
  • Rhizobium pongamiae Kesari et al . 2013 [14]
  • Rhizobium populi Rozahon et al . 2014 г.
  • Rhizobium qilianshanense Xu et al . 2013 [15]
  • Rhizobium rhizogenes (Riker et al . 1930) Young et al . 2001 г.
  • Rhizobium rhizoryzae Zhang et al . 2014 г.
  • Rhizobium rosettiformans Kaur et al . 2011 г.
  • Rhizobium selenitireducens corrig. Хантер и др . 2008 г.
  • Rhizobium smilacinae Zhang et al . 2014 г.
  • Rhizobium soli Yoon et al . 2010 г.
  • Rhizobium sophorae Jiao et al . 2014 г.
  • Rhizobium sophoriradicis Jiao et al . 2014 г.
  • Rhizobium straminoryzae Lin et al . 2014 г.
  • Rhizobium subbaraonis Ramana et al . 2013
  • Rhizobium sullae Squartini et al . 2002 г.
  • Rhizobium tarimense Turdahon et al . 2012 [16]
  • Rhizobium tibeticum Hou et al . 2009 г.
  • Rhizobium tropici Martínez-Romero et al . 1991 г.
  • Rhizobium tubonense Zhang et al . 2011 г.
  • Rhizobium vallis Wang et all . 2011 [17]
  • Rhizobium yanglingense Tan et al . 2001 [11]
  • Rhizobium yantingense Chen et al . 2015 г.

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [1] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [18], а филогения основана на выпуске 106 LTP на основе 16S рРНК от The All -Проект «Живое дерево видов» . [19]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Rhizobium lusitanum Valverde et al . 2006 г.

 
 

Rhizobium rhizogenes (Riker et al . 1930) Young et al . 2001 г.

 
 

Agrobacterium rubi Hildebrand 1940 г.

 
 
 
 

Rhizobium multihospitium Han et al . 2008 г.

 
 

Rhizobium tropici Martínez-Romero et al . 1991 г.

 
 
 

Rhizobium miluonense Gu et al . 2008 г.

 
 
 
 

Rhizobium leguminosarum (Франк 1879) Франк 1889 (Утвержденные списки 1980) исправить . Рамирес-Бахена и др . 2008 [20]

 
 
 
 
 

Rhizobium endophyticum López-López et al . 2011 г.

 
 

Rhizobium tibeticum Hou et al . 2009 г.

 
 
 

Rhizobium etli Segovia et al . 1993 г.

 
 
 
 

Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 (Утвержденные списки 1980 г.) исправить . Рамирес-Бахена и др . 2008 г.

 
 

Rhizobium fabae Tian et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium hainanense Chen et al . 1997 г.

 
 
 
 

Arthrobacter viscosus Gasdorf et al . 1965 [21]

 
 

Rhizobium alamii Berge et al . 2009 г.

 
 

Rhizobium mesosinicum Lin et al . 2009 г.

 
 
 
 

Rhizobium sullae Squartini et al . 2002 г.

 
 
 

Rhizobium indigoferae Wei et al . 2002 г.

 
 
 

Rhizobium gallicum Amarger et al . 1997 г.

 
 

Rhizobium yanglingense Tan et al . 2001 г.

 
 
 

Rhizobium mongolense Van Berkum et al . 1998 г.

 
 

Rhizobium oryzae Peng et al . 2008 г.

 
 
 

Rhizobium loessense Wei et al . 2003 г.

 
 
 

Rhizobium tubonense Zhang et al . 2011 г.

 
 
 
 
 
 

Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al . 2007 г.

 
 

Rhizobium soli Yoon et al . 2010 г.

 
 
 
 

Neorhizobium galegae Lindström 1989 г.

 
 

Neorhizobium vignae Ren et al . 2011 г.

 
 
 
 

Neorhizobium huautlense Wang et al . 1998 г.

 
 

Neorhizobium alkalisoli Lu et al . 2009 г.

 
 
 

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Euzéby JP. « Ризобиум » . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 .
  2. ^ Sawada H, Kuykendall LD, Young JM (июнь 2003). «Изменение представлений в систематике бактериальных азотфиксирующих симбионтов бобовых культур» . Журнал общей и прикладной микробиологии . 49 (3): 155–79. DOI : 10,2323 / jgam.49.155 . PMID 12949698 . 
  3. ^ Sridevi М, Малайя К. (март 2009). «Солюбилизация фосфатов штаммами Rhizobium» . Индийский журнал микробиологии . 49 (1): 98–102. DOI : 10.1007 / s12088-009-0005-1 . PMC 3450048 . PMID 23100757 .  
  4. ^ Young JM, Kuykendall Л.Д., Мартинес-Romero E Керр A, Sawada H (январь 2001). "Пересмотр Rhizobium Frank 1889 с исправленным описанием рода и включением всех видов Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 в качестве новых комбинаций: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola и R. vitis " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Pt 1): 89–103. DOI : 10.1099 / 00207713-51-1-89 . PMID 11211278 . 
  5. ^ «Чудесные коллекции микробов ускоряют открытия для защиты людей, растений и многого другого!» . Сельскохозяйственные исследования . Министерство сельского хозяйства США. Январь 2010 . Проверено 10 августа 2018 .
  6. ^ Salter SJ, Cox MJ, Turek EM, Calus ST, Cookson WO, Moffatt MF и др. (Ноябрь 2014 г.). «Загрязнение реагентов и лабораторий может серьезно повлиять на анализ микробиома на основе последовательности» . BMC Biology . 12 : 87. bioRxiv 10.1101 / 007187 . DOI : 10.1186 / s12915-014-0087-Z . PMC 4228153 . PMID 25387460 .   
  7. Перейти ↑ Kulakov LA, McAlister MB, Ogden KL, Larkin MJ, O'Hanlon JF (апрель 2002 г.). «Анализ бактерий, загрязняющих особо чистую воду в промышленных системах» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (4): 1548–55. DOI : 10,1128 / AEM.68.4.1548-1555.2002 . PMC 123900 . PMID 11916667 .  
  8. ^ ПРИМЕЧАНИЕ. Этот штамм ранее назывался Blastobacter aggregatus .
  9. ^ ПРИМЕЧАНИЕ: этот вид ранее был известен как R. leguminosarum sv. phaseoli .
  10. ^ a b Amarger N, Macheret V, Laguerre G (октябрь 1997 г.). «Rhizobium gallicum sp. Nov. И Rhizobium giardinii sp. Nov., Из клубеньков Phaseolus vulgaris» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (4): 996–1006. DOI : 10.1099 / 00207713-47-4-996 . PMID 9336898 . 
  11. ^ a b c Сильва С., Винуеса П., Эгиарте Л. Е., Соуза В., Мартинес-Ромеро Е. (ноябрь 2005 г.). «Эволюционная генетика и биогеографическая структура Rhizobium gallicum sensu lato, широко распространенного бактериального симбионта различных бобовых культур». Молекулярная экология . 14 (13): 4033–50. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2005.02721.x . PMID 16262857 . S2CID 16668742 .  
  12. ^ Diange Е.А., Ли С. (июнь 2013). «Rhizobium halotolerans sp. Nov., Выделенный из почвы, загрязненной хлорэтиленами». Современная микробиология . 66 (6): 599–605. DOI : 10.1007 / s00284-013-0313-х . PMID 23377488 . S2CID 17809044 .  
  13. ^ a b Marek-Kozaczuk M, Leszcz A, Wielbo J, Wdowiak-Wróbel S, Skorupska A (июнь 2013 г.). «Rhizobium pisi sv. Trifolii K3.22, несущий узловые гены кластера Rhizobium leguminosarum sv. Trifolii». Систематическая и прикладная микробиология . 36 (4): 252–8. DOI : 10.1016 / j.syapm.2013.01.005 . PMID 23507586 . 
  14. ^ Кесари В, Рамеш А.М., Rangan L (2013). «Rhizobium pongamiae sp. Nov. Из корневых клубеньков Pongamia pinnata» . BioMed Research International . 2013 : 165198. дои : 10,1155 / 2013/165198 . PMC 3783817 . PMID 24078904 .  
  15. ↑ Xu L, Zhang Y, Deng ZS, Zhao L, Wei XL, Wei GH (март 2013 г.). «Rhizobium qilianshanense sp. Nov., Новый вид, выделенный из корневого клубенька Oxytropis ochrocephala Bunge в Китае». Антони ван Левенгук . 103 (3): 559–65. DOI : 10.1007 / s10482-012-9840-х . PMID 23142858 . S2CID 18660422 .  
  16. ^ Turdahon M, Osman G, Hamdun M, Yusuf K, Abdurehim Z, Abaydulla G и др. (Июль 2013). «Rhizobium tarimense sp. Nov., Выделенный из почвы в древней реке Хийик» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Pt 7): 2424–2429. DOI : 10.1099 / ijs.0.042176-0 . PMID 23203621 . S2CID 19459097 .  
  17. ↑ Wang F, Wang ET, Wu LJ, Sui XH, Li Y, Chen WX (ноябрь 2011 г.). «Rhizobium vallis sp. Nov., Выделенный из клубеньков трех бобовых видов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Pt 11): 2582–2588. DOI : 10.1099 / ijs.0.026484-0 . PMID 21131504 . 
  18. ^ Сэйерс; и другие. « Группа ризобий / агробактерий » . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 2 мая 2012 .
  19. ^ Проект "Живое дерево всех видов" . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 2 мая 2012 .
  20. ^ Это типовой вид для рода.
  21. ^ Arthrobacter viscosus в настоящее время классифицируется как Micrococcaceae . См. Arthrobacter .

Внешние ссылки [ править ]

  • Текущие исследования Rhizobium leguminosarum в Норвичском исследовательском парке
  • Видео и комментарии о корневых клубеньках и ризобиях у белого клевера