Президентские выборы были проведены на Коморских островах 16 апреля и 14 мая 2006 года. Поскольку настала очередь острова Анжуан стать президентом профсоюза, первичные выборы были проведены в Анжуане 16 апреля перед общенациональными выборами 14 мая. . Результатом стала победа Ахмеда Абдаллы Мохамеда Самби , получившего 58% голосов на общенациональных выборах.
Первые президентские выборы , проведенные в соответствии с новой конституцией, состоялись 10 марта и 14 апреля 2002 года. На предварительных выборах 10 марта, состоявшихся на острове Гранд-Комор , Азали Ассумани занял первое место из девяти кандидатов, набрав 39,81% голосов. Махамуд Мрадаби и Саид Али Кемаль также прошли квалификацию для участия во втором туре, набрав 15,69% и 10,68% соответственно. Однако Мрадаби и Кемаль утверждали, что во время предварительных выборов имели место нарушения, и решили бойкотировать выборы 14 апреля. В результате Азали Ассумани набрал примерно 80% голосов.
Конституционный суд страны допустил к участию в праймериз 2006 года в общей сложности четырнадцать кандидатов. Однако один из утвержденных кандидатов, Антой Абду, отказался от участия до дня выборов.
После периода политической нестабильности, который начался в конце 1990-х годов и привел к (непризнанному) отделению Анжуана и Мохели , на референдуме в декабре 2001 года была одобрена новая конституция. Он создал союз полуавтономных островов , каждый со своей конституцией, президентом и собранием . Должность президента профсоюза, который является главой государства и правительства, меняется между тремя островами каждые четыре года.
На острове проходят первичные выборы, на которых будет председательствовать профсоюз. Три кандидата, набравшие наибольшее количество голосов, затем участвуют в общенациональных выборах с простым большинством голосов , необходимым для победы.