Консед


Consed [1] — программа для просмотра, редактирования и завершения сборки последовательностей ДНК . Первоначально разработанный для сборок последовательностей, созданных с помощью phrap , последние версии также поддерживают другие программы сборки последовательностей, такие как Newbler.

Consed изначально разрабатывался как инструмент для редактирования и доводки контигов для крупномасштабного секвенирования космидного дробовика в рамках проекта « Геном человека» . В центрах секвенирования генома Consed использовался для проверки сборок, созданных с помощью phrap , решения проблем сборки, таких как проблемы, вызванные очень идентичными повторами, и завершения таких задач, как подбор праймеров и закрытие пробелов. Разработка Consed продолжилась после завершения проекта « Геном человека» . Текущие версии Consed поддерживают очень большие проекты с миллионами операций чтения, что позволяет использовать более новые методы секвенирования, такие как секвенирование 454 и секвенирование Solexa . Consed также имеет расширенные инструменты для выполнения таких задач, как автоматический подбор грунтовки [2] .