 | Ведущий раздел этой статьи может быть слишком коротким, чтобы адекватно резюмировать ключевые моменты . ( Февраль 2012 г. ) |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных консервативных доменов для функциональной аннотации белков. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Национальный центр биотехнологической информации |
| Авторы | Арон Марчлер-Бауэр |
| Первичное цитирование | Марчлер-Бауэр и др. (2013) [1] |
| Дата выпуска | 2003 г. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml |
База данные законсервированных домена ( CDD ) представляют собой базу данных хорошо аннотированных выравнивания множественной последовательности моделей и производные модели поиска в базах данных, для древних областей и полноразмерных белков. [1]
Философия [ править ]
Домены можно рассматривать как отдельные функциональные и / или структурные единицы белка. Фактически, эти две классификации довольно часто совпадают, и то, что обнаруживается как независимо сворачивающаяся единица полипептидной цепи, также несет определенную функцию. Домены часто идентифицируются как повторяющиеся (последовательность или структура) единицы, которые могут существовать в различных контекстах. В молекулярной эволюции такие домены могут быть использованы в качестве строительных блоков и могут быть рекомбинированы в различных схемах для модуляции функции белка. CDD определяет консервативные домены как повторяющиеся единицы в молекулярной эволюции, протяженность которых может быть определена с помощью анализа последовательности и структуры.
Цель проекта курирования сохраняемых доменов NCBI - предоставить пользователям базы данных понимание того, как закономерности сохранения остатков и расхождения в семействе связаны с функциональными свойствами, а также предоставить полезные ссылки на более подробную информацию, которая может помочь понять эту последовательность / структуру. / функциональные отношения. Для этого кураторы CDD включают следующие типы информации, чтобы дополнить и обогатить традиционные множественные выравнивания последовательностей, которые составляют основу доменных моделей: трехмерные структуры и консервативные основные мотивы, консервативные особенности / сайты, филогенетическая организация, ссылки на электронные литературные ресурсы.
Содержание [ править ]
Контент CDD включает вручную курируемые NCBI модели предметной области и модели предметной области, импортированные из ряда внешних исходных баз данных ( Pfam , SMART, COG, PRK, TIGRFAM ). Уникальность доменов, курируемых NCBI, заключается в том, что они используют информацию о трехмерной структуре для явного определения границ домена, выравнивания блоков, изменения деталей выравнивания и обеспечения понимания взаимосвязей последовательность / структура / функция. Модели, созданные вручную, организованы иерархически, если они описывают семейства доменов, которые явно связаны общим происхождением. Чтобы обеспечить неизбыточное представление данных, CDD объединяет похожие модели предметной области из различных источников в суперсемейства.
Поиск в базе данных [ править ]
Коллекция также является частью системы запросов и поиска Entrez NCBI, связанной с множеством других ресурсов. CDD обеспечивает аннотацию следов домена и консервативных функциональных сайтов на белковых последовательностях. Предварительно рассчитанная аннотация домена может быть получена для белковых последовательностей, отслеживаемых в системе Entrez NCBI, а коллекция моделей CDD может быть запрошена с новыми белковыми последовательностями через * «службу поиска CD» . Национальный центр биотехнологической информации США., или в * "Пакетный поиск компакт-дисков" . Национальный центр биотехнологической информации США., что позволяет вычислять и загружать аннотации для больших наборов белковых запросов.
Ссылки [ править ]
- ^ a b Marchler-Bauer, A .; Zheng, C .; Чицаз, Ф .; Дербишир, MK; Geer, LY; Geer, RC; Gonzales, NR; Gwadz, M .; Hurwitz, DI; Lanczycki, CJ; Лу, Ф .; Lu, S .; Марчлер, Г. Х .; Песня, JS; Thanki, N .; Ямасита, РА; Zhang, D .; Брайант, SH (2012). «CDD: консервативные домены и трехмерная структура белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D348 – D352. DOI : 10.1093 / NAR / gks1243 . PMC 3531192 . PMID 23197659 .
Внешние ссылки [ править ]
- «База данных сохраненных доменов (CDD) и группа ресурсов» . Национальный центр биотехнологической информации США.
