Программа UCSF DOCK была создана в 1980-х годах группой Ирвина «Тэка» Кунца и была первой стыковочной программой. [1] DOCK использует геометрические алгоритмы для предсказания способов связывания малых молекул. [2] [3] [4] Брайан К. Шойхет, Дэвид А. Кейс и Роберт Риццо являются разработчиками кода DOCK.
Автор (ы) оригинала | Брайан К. Шойхет, Дэвид А. Кейс, Роберт Риццо |
---|---|
Разработчики) | Калифорнийский университет в Сан-Франциско |
Первый выпуск | 1982 |
Стабильный выпуск | 3 ряд: 3,7; 6 серия: 6.7 / 12 февраля 2015 г . |
Написано в | ДОК 3: Фортран , C ДОК 6: C ++ , C, Фортран 77 |
Операционная система | ДОК 3: исходный код ДОК 6: Linux , macOS , Windows |
Платформа | x86 , x86-64 |
Размер | 100 МБ |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярный док |
Лицензия | Собственные : бесплатное программное обеспечение для учебных заведений , коммерческое ПО |
Веб-сайт | док |
Активно разрабатываются две версии программы стыковки: DOCK 6 и DOCK 3.
Методы отбора лигандов, используемые программой DOCK, включают.
- Жесткая стыковка: сопоставление форм, использование сфер, помещенных в карман, и выполнение двустороннего сопоставления между этими сферами и молекулой (все версии).
- Гибкий лиганд учитывается с использованием следующих методов: алгоритм, называемый привязкой и ростом (v4-v6), [2] и иерархическая стыковка баз данных (v3.5-3.7). [5] [6]
Механизм молекулярной динамики был реализован в DOCK v6 группой Дэвида А. Кейса в функции оценки AMBER Score . Эта способность учитывает гибкость рецептора и позволяет ранжировать по энергетическим ансамблям в расчетах стыковки. [4]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Кунц, ID; Blaney, JM; Оатли, SJ; Langridge, R; Феррин Т.Э. (1982). «Геометрический подход к взаимодействиям макромолекул-лиганд». Журнал молекулярной биологии . 161 (2): 269–88. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (82) 90153-X . PMID 7154081 .
- ^ а б Юинг, Т.Дж.; Макино, С; Skillman, AG; Кунц, И. Д. (2001). «DOCK 4.0: стратегии поиска для автоматического молекулярного стыковки гибких баз данных молекул». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 15 (5): 411–28. DOI : 10,1023 / A: 1011115820450 . PMID 11394736 .
- ^ Moustakas, DT; Lang, PT; Пегг, S; Петтерсен, Э; Кунц, ID; Brooijmans, N; Риццо, RC (2006). «Разработка и проверка модульной расширяемой стыковочной программы: DOCK 5». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 20 (10–11): 601–19. DOI : 10.1007 / s10822-006-9060-4 . PMID 17149653 .
- ^ а б Lang, PT; Brozell, SR; Мукерджи, S; Петтерсен, Э. Ф.; Meng, EC; Thomas, V; Риццо, RC; Дело, DA; и другие. (2009). «ДОК 6: Комбинирование методов для моделирования комплексов РНК – малые молекулы» . РНК . 15 (6): 1219–30. DOI : 10,1261 / rna.1563609 . PMC 2685511 . PMID 19369428 .
- ^ Лорбер, DM; Шойхет, Б.К. (1998). «Стыковка гибких лигандов с использованием конформационных ансамблей» . Protein Sci . 7 (4): 938–950. DOI : 10.1002 / pro.5560070411 . PMC 2143983 . PMID 9568900 .
- ^ Лорбер, DM; Шойчет, Б.К. (2005). «Иерархическая стыковка баз данных множественных конформаций лигандов» . Curr Top Med Chem . 5 (8): 739–49. DOI : 10.2174 / 1568026054637683 . PMC 1364474 . PMID 16101414 .
Внешние ссылки
Официальный веб-сайт