Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Чтобы узнать о других людях по имени Дэвид Бейкер, см. Дэвид Бейкер (значения) .
Дэвид Бейкер
Дэвид Бейкер на саммите Spark Plug Mountain, Вашингтон, 31 июля 2013 г.
Дэвид Бейкер на саммите Spark Plug Mountain, Вашингтон, 31 июля 2013 г.
Родившийся( 1962-10-06 )6 октября 1962 г. (58 лет)
Альма-матер
Известен
Супруг (а)Ханнеле Руохола-Бейкер
Награды
Научная карьера
Полякомпьютерный биолог
Учреждения
ДокторантРэнди Шекман
Другие научные консультантыДэвид Агард
ДокторантыРичард Бонно
Другие известные студентыБрайан Кульман , Таня Кортемме
Веб-сайтwww .bakerlab .org

Дэвид Бейкер (родился 6 октября 1962 в Сиэтле, штат Вашингтон [3] является американский биохимик и вычислительный биолог , который впервые методы прогнозирования и проектирования на трехмерные структуры из белков . Он Генриетта и Обри Дэвис Обеспеченный профессор биохимии и адъюнкт-профессор кафедры генома, биоинженерии, химической инженерии, информатики и физики в Вашингтонском университете . Он является директором Rosetta Commons, консорциума лабораторий и исследователей, которые разрабатывают программное обеспечение для прогнозирования и проектирования биомолекулярной структуры. аИсследователь из Медицинского института Говарда Хьюза и член Национальной академии наук США . Он также является директором Института дизайна белков Вашингтонского университета . [4]

Жизнь [ править ]

Бейкер закончил свою дипломную работу по биохимии в Калифорнийском университете в Беркли в лаборатории Рэнди Шекмана , где он преимущественно занимался транспортом белка и торговлей дрожжами . Он сделал свою докторскую работу с Дэвидом Agard из Калифорнийского университета в Сан - Франциско .

За свою работу по сворачиванию белков Бейкер получил Международную премию Саклера в области биофизики в 2008 году [5] и премию за прорыв в области наук о жизни 2021 года . [6]

Бейкер был избран членом Американской академии искусств и наук в 2009 году. [7] Он женат на Ханнеле Руохола-Бейкер , еще одном биохимике из UW. У них двое детей.

Карьера [ править ]

Группа Бейкера разработала алгоритм Rosetta для предсказания структуры белков ab initio , который был расширен до проекта распределенных вычислений под названием Rosetta @ Home [8] [9] и Foldit . [10] [11] Проект направлен на создание структурных моделей для белковых комплексов, а также отдельных полипептидных цепей. Группа специализируется на эксперименте по предсказанию структуры CASP с использованием методов ab initio , включая как ручные, так и автоматизированные варианты протокола Rosetta. [12] [13]

Члены его группы активны в области дизайна белков ; [14] они известны созданием белка, известного как Top7 , с совершенно новой складкой. [15]

Хотя в первую очередь он известен разработкой методов компьютерного прогнозирования структуры и функции белков, он также заинтересован в использовании вычислительных методов для экспериментальной оценки биологии; его лаборатория поддерживает активную группу экспериментальной биохимии. Он также входил в состав жюри по естественным наукам при вручении премии Infosys в 2016 году.

Появления [ править ]

В декабре 2018 года Бейкер выступил на конференции «Разработка антител и терапия» в Сан-Диего, Калифорния . [16]

В апреле 2019 года на TED2019 в Ванкувере, Канада , Бейкер выступил с докладом на TED под названием «5 проблем, которые мы можем решить, создав новые белки» . [17]

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Дэвид Бейкер» . Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Архивировано из оригинального 2 -го августа 2018 года . Проверено 1 августа 2018 .
  2. ^ «Институт дизайна белков выиграл 45 миллионов долларов в рамках проекта Audacious Project TED» . 2019-04-17.
  3. ^ Хоуз, Лаура. «Белковый спорщик, серийный предприниматель и строитель сообщества». Новости химии и техники . 97 (30).
  4. ^ "UW создать Институт дизайна белков - Институт дизайна белков" . Проверено 14 января 2019 .
  5. ↑ Лейла Грей (24 ноября 2008 г.). «Биохимик из Вашингтонского университета Дэвид Бейкер получит Международную премию Саклера в области биофизики в 2008 году за открытия в области сворачивания белков» . Вашингтонский университет . Проверено 29 апреля 2013 года .
  6. ^ Премия за прорыв в области наук о жизни 2021
  7. ^ "Книга членов, 1780-2010: Глава B" (PDF) . Американская академия искусств и наук . Проверено 5 мая 2011 года .
  8. ^ Кастильо, Оскар; Мелин, Патрисия; Kacprzyk, Janusz, ред. (2018). Нечеткое логическое расширение нейронных и оптимизационных алгоритмов: теоретические аспекты и реальные приложения . Springer. п. 455. ISBN 9783319710075. Проверено 2 августа 2018 .
  9. ^ Бонно, Ричард; Ручински, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Порядок контактов и ab initio предсказание структуры белка» . Белковая наука . 11 (8): 1937–1944. DOI : 10.1110 / ps.3790102 . PMC 2373674 . PMID 12142448 .  
  10. Перейти ↑ Hand, E. (2010). «Гражданская наука: власть народа» . Природа . 466 (7307): 685–687. DOI : 10.1038 / 466685a . PMID 20686547 . 
  11. ^ Купер, S .; Khatib, F .; Treuille, A .; Barbero, J .; Lee, J .; Beenen, M .; Ливер-Фэй, А .; Baker, D .; Попович, З .; Игроки, Ф. (2010). «Прогнозирование структуры белка с помощью многопользовательской онлайн-игры» . Природа . 466 (7307): 756–760. Bibcode : 2010Natur.466..756C . DOI : 10,1038 / природа09304 . PMC 2956414 . PMID 20686574 .  
  12. ^ Dimaio, F .; Тервиллигер, ТС; Читать, RJ ; Wlodawer, A .; Oberdorfer, G .; Вагнер, У .; Валков, Э .; Алон, А .; Fass, D .; Axelrod, HL; Das, D .; Воробьев, СМ; Iwaï, H .; Поккулури, PR; Бейкер, Д. (2011). «Улучшенная молекулярная замена за счет оптимизации структуры белка с учетом плотности и энергии» . Природа . 473 (7348): 540–3. Bibcode : 2011Natur.473..540D . DOI : 10,1038 / природа09964 . PMC 3365536 . PMID 21532589 .  
  13. ^ Qian, B .; Raman, S .; Das, R .; Bradley, P .; Маккой, AJ; Читать, RJ ; Бейкер, Д. (2007). «Предсказание структуры высокого разрешения и проблема кристаллографической фазы» . Природа . 450 (7167): 259–64. Bibcode : 2007Natur.450..259Q . DOI : 10,1038 / природа06249 . PMC 2504711 . PMID 17934447 .  
  14. Рианна Циммер, Карл (26 декабря 2017 г.). «Ученые создают кустарные белки для вашего тела» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 2 августа 2018 .
  15. ^ Кульман, Брайан; Дантас, Гаутам; Иретон, Грегори С .; Варани, Габриэле; Стоддард, Барри Л .; Бейкер, Дэвид (21 ноября 2003 г.). «Дизайн новой глобулярной белковой складки с точностью до атомного уровня». Наука . 302 (5649): 1364–1368. Bibcode : 2003Sci ... 302.1364K . DOI : 10.1126 / science.1089427 . PMID 14631033 . S2CID 1939390 .  
  16. ^ "Разработка антител и терапия" .
  17. ^ «5 проблем, которые мы могли бы решить, создав новые белки» .

Внешние ссылки [ править ]

  • Онлайн-доклад Дэвида Бейкера: "Crowd Sourcing Protein Folding: Rosetta @ Home and FoldIt"
  • Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Введение в белковый дизайн»
  • Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Дизайн новых функций белков»