Дифференциальный дисплей (также называемый DDRT-PCR или DD-PCR ) - это лабораторный метод, который позволяет исследователю сравнивать и идентифицировать изменения в экспрессии генов на уровне мРНК между двумя или более образцами эукариотических клеток. [1] Это был наиболее часто используемый метод для сравнения профилей экспрессии двух образцов эукариотических клеток в 1990-х годах. [1] К 2000 году на смену дифференциальному отображению пришли подходы с ДНК-микрочипами . [2]
При дифференциальном отображении сначала вся РНК в каждом образце подвергается обратной транскрипции с использованием набора 3 ' «заякоренных праймеров » (с короткой последовательностью дезокситимидиновых нуклеотидов в конце) для создания библиотеки кДНК для каждого образца с последующей ПЦР. амплификация с использованием произвольных 3'-праймеров для амплификации цепи кДНК вместе с заякоренными 3'-праймерами для амплификации цепи РНК, идентичных тем, которые использовались для создания библиотеки; около сорока произвольных праймеров - оптимальное количество для транскрипции почти всей мРНК. Затем полученные транскрипты разделяются электрофорезом и визуализируются, чтобы их можно было сравнить. [1] Этот метод был подвержен ошибкам из-за того, что разные мРНК мигрировали в отдельные полосы, различия в менее распространенных мРНК, поглощаемых более многочисленными мРНК, [1] чувствительность к небольшим изменениям в условиях культивирования клеток и тенденция к амплификации 3'-фрагментов, а не к полному. мРНК и необходимость использования около 300 праймеров для захвата всей мРНК. [3] : 316–317 Впервые метод был опубликован в Science в 1992 году. [1] [4]
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d e Пил FV, младший; Герритсен, Мэн (сентябрь 2001 г.). «Методы профилирования генов и их применение в ангиогенезе и развитии сосудов» . Журнал патологии . 195 (1): 7–19. DOI : 10.1002 / path.888 . PMID 11568887 .
- ^ Пандей, А; Манн, М. (15 июня 2000 г.). «Протеомика для изучения генов и геномов». Природа . 405 (6788): 837–46. DOI : 10.1038 / 35015709 . PMID 10866210 .
- ^ Рис, Ричард Дж. (2004). Анализ генов и геномов . Чичестер: Вайли. ISBN 978-0-470-84380-2.
- ^ Лян, P; Парди, AB (14 августа 1992 г.). «Дифференциальный дисплей эукариотической матричной РНК с помощью полимеразной цепной реакции». Наука . 257 (5072): 967–71. PMID 1354393 .
