Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Биологии Европейской сети Molecular ( EMBnet ) является международной научной сети и группы интересов , что цели повышения биоинформатики услуг путем объединения биоинформатики экспертиз и возможностей. [1] На 2011 год у EMBnet было 37 узлов в 32 странах. Узлы включают кафедры университетов, связанные с биоинформатикой , исследовательские институты и национальные поставщики услуг.

Операции [ править ]

Основная задача большинства узлов EMBnet - предоставить национальному научному сообществу доступ к банкам данных биоинформатики , специализированному программному обеспечению и достаточным вычислительным ресурсам и знаниям. EMBnet также работает в области обучения биоинформатике и разработке программного обеспечения . Примеры программного обеспечения, созданного членами EMBnet: EMBOSS , wEMBOSS, [2] UTOPIA .

EMBnet представляет широкую группу пользователей и тесно сотрудничает с производителями баз данных, такими как Европейский институт биоинформатики (EBI) EMBL , Швейцарский институт биоинформатики ( Swiss-Prot ), Мюнхенский информационный центр последовательностей белков (MIPS), чтобы обеспечить единый охват услуг по всей Европе . EMBnet зарегистрирован в Нидерландах как общественный фонд ( Stichting ).

С момента своего создания в 1988 году EMBnet превратилась из неформальной сети лиц, отвечающих за ведение биологических баз данных, в единственную всемирную организацию, объединяющую профессионалов в области биоинформатики для совместной работы в расширяющихся областях генетики и молекулярной биологии . Хотя EMBnet состоит преимущественно из академических узлов, она получает важное дополнительное измерение от своих промышленных участников. Успех EMBnet привлекает к участию все большее число организаций за пределами Европы .

EMBnet имеет проверенную инфраструктуру для организации учебных курсов, оказания технической помощи и помощи своим членам эффективно взаимодействовать и реагировать на быстро меняющиеся потребности биологических исследований так, как не может сделать ни один институт.

В 2005 году организация создала дополнительные типы узлов, чтобы разрешить более одного члена от страны. Новое название категории - «связанный узел».

Координация и организация [ править ]

EMBnet управляется Ежегодными Общими собраниями (AGM) и координируется исполнительным советом (EB), который наблюдает за деятельностью трех проектных комитетов:

  • Комитет по образованию и обучению (E&T). Образовательная поддержка включает серию курсов, организованных в странах-членах и на разных языках, комитет также работает над постоянной разработкой доступных в Интернете учебных материалов.
  • Комитет по рекламе и связям с общественностью (P&PR). Этот комитет отвечает за продвижение любого типа деятельности EMBnet, за рекламу продуктов и услуг, предоставляемых сообществом EMBnet, а также за предложение и разработку новых стратегий, направленных на повышение видимости EMBnet, а также за поддержание связей с общественностью с сообществами EMBnet. и связанные сети / общества.
  • Комитет технических менеджеров (TM). ПК TM обеспечивает помощь и практическую помощь участвующим узлам и их пользователям.

Достижения [ править ]

У EMBnet были первые серверы Gopher и World Wide Web в области биологии (CSC BioBox).

EMBnet была первой, кто предложил решения для ежедневного обновления баз данных с использованием Интернета (NDT), распределенных вычислений (HASSLE), а также эффективного просмотра и связывания баз данных (Sequence Retrieval System, SRS).

Проект Ping был создан как средство для непрерывного получения информации об эффективности сети по всей Европе .

EMBnet стремится бесплатно предоставлять пользователям новейшие программные алгоритмы (Extended GCG или EGCG [3] ) и продолжает разрабатывать современное общедоступное программное обеспечение ( EMBOSS ).

EMBER : европейский образовательный ресурс по мультимедийной биоинформатике. EMBER был финансируемым Европейским Союзом (ЕС) проектом, направленным на разработку набора мультимедийных образовательных инструментов по биоинформатике [4] . EMBER включает в себя автономное интерактивное веб-руководство по биоинформатике и эквивалентный автономный курс на компакт-диске .

Сообщество EMBnet участвовало в создании рецензируемого журнала Briefings in Bioinformatics (BiB). BiB также была поддержана образовательным грантом от EMBnet.

Глобальная организация по биоинформатике обучению, образованию и подготовке кадров (КУБОК) была сформирована как некоммерческий фонд на ежегодной встрече EMBnet 2012. [5] [6]

Журнал [ править ]

EMBnet.journal
ДисциплинаБиоинформатика
Языканглийский
Под редакцией  поЭрик Бонгкам-Рудлофф
Детали публикации
История2010-настоящее время
Издатель
EMBnet
ЧастотаЕжеквартальный
Открытый доступ
да
Стандартные сокращения
ISO 4EMBnet.journal
Индексирование
ISSN2226-6089
Ссылки
  • Домашняя страница журнала
  • Онлайн доступ
  • Интернет-архив

С 1994 по 2009 год EMBnet издавал EMBnet.news . [7] Его основная цель заключалась в том, чтобы донести до сообщества пользователей информацию и отчеты о последних новостях и событиях в сети.

Основанный в 2010 году в качестве преемника EMBnet.news (с нумерацией объема продолжает бесперебойно), EMBnet.journal является рецензируемым открытым доступом научного журналом публикации оригинальных исследований и технических документов в области биоинформатики . [8] [9] Журнал содержит два основных раздела: один для исследовательских статей, обзоров и технических заметок, а другой - для нерецензируемых комментариев, репортажей, руководств пользователя, обучающей информации и новостей. EMBnet.journal также публикует материалы конференций и аннотации собраний в качестве приложений.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; Софья Косида; Киммо Маттила; Любос Клукар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20-летие EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни» . BMC Bioinformatics . 10 : S1. DOI : 10.1186 / 1471-2105-10-S6-S1 . PMC  2697632 . PMID  19534734 .
  2. ^ Мартин Сарачу; Марк Колет (2005). «wEMBOSS: веб-интерфейс для EMBOSS» . Биоинформатика . 21 (4): 540–541. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti031 . PMID 15388516 . 
  3. ^ «EGCG 8.0» . cmgm.stanford.edu .
  4. ^ TKAttwood; I.Selimas; Р. Буис; Р.Альтенбург; Р. Херцог; В.Ледент; В. Гита; П.Фернандес; I.Marques; М. Бругман (2005). «Отчет о проекте EMBER - европейском образовательном ресурсе по мультимедийной биоинформатике» . Электронный журнал Bioscience Education . 6–4 . Архивировано из оригинала на 2011-12-09 . Проверено 24 ноября 2011 .
  5. ^ "КУБОК | EMBnet" . www.embnet.org . Проверено 26 августа +2016 .
  6. ^ Этвуд, Тереза ​​К .; Бонгкам-Рудлофф, Эрик; Brazas, Michelle E .; Корпус, Мануэль; Годе, Паскаль; Льюиттер, Фрэн; Малдер, Никола; Palagi, Patricia M .; Шнайдер, Мария Виктория; ван Гельдер, Селия WG; Уэлч, Лонни (9 апреля 2015 г.). "GOBLET: Всемирная организация обучения, образования и подготовки в области биоинформатики" . PLOS Вычислительная биология . 11 (4): e1004143. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004143 . PMC 4391932 . PMID 25856076 .  
  7. ^ «Архивы» . journal.embnet.org .
  8. ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; Софья Косида; Киммо Маттила; Любос Клукар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20-летие EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни» . BMC Bioinformatics . 10 : S1. DOI : 10.1186 / 1471-2105-10-S6-S1 . PMC 2697632 . PMID 19534734 .  
  9. ^ Дублин, Мэтью. "EMBnet.news превращается в новый журнал биоинформатики" . genomeweb.com . Проверено 14 января 2013 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • EMBER
  • EMBnet.Journal