UTOPIA (инструменты биоинформатики)

Эта статья содержит контент, который написан как реклама . Пожалуйста, помогите улучшить его , удалив рекламный контент и неприемлемые внешние ссылки , а также добавив энциклопедический контент, написанный с нейтральной точки зрения . ( Май 2020 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

УТОПИЯ
Инструменты UTOPIA на Mac
Разработчики)	Стив Петтифер, Терри Аттвуд , Дэвид Парри-Смит, Д. Н. Перкинс, А. В. Пейн, А. Д. Мичи, Филлип У. Лорд, Дж. Н. Селли, Фил Макдермотт, Джеймс Марш, Джеймс Синнотт, Дэйв Торн, Бенджамин Бланделл
Написано в	C ++, Python
Операционная система	Linux, Mac и Windows
Веб-сайт	утопия .cs .manchester .ac .uk

UTOPIA ( Удобные инструменты для работы с приложениями информатики ) - это набор бесплатных инструментов для визуализации и анализа биоинформатических данных. Основанный на модели данных, основанной на онтологии , он содержит приложения для просмотра и сопоставления последовательностей белков , визуализации сложных молекулярных структур в 3D, а также для поиска и использования таких ресурсов, как веб-службы и объекты данных. ^[1]^[2]^[3]^[4] Есть два основных компонента: набор для анализа белков и документы UTOPIA.

Набор для анализа белков Utopia [ править ]

Пакет Utopia Protein Analysis - это набор интерактивных инструментов для анализа последовательности и структуры белка . Спереди находятся удобные и гибкие приложения визуализации, за кулисами - сложная модель, которая позволяет им работать вместе и скрывает большую часть утомительной работы по работе с форматами файлов и веб-службами . ^[1]

Документы Утопии [ править ]

Utopia Documents открывает новый взгляд на чтение научной литературы, сочетая удобство и надежность формата Portable Document Format (pdf) с гибкостью и мощью Интернета. ^[3]^[5]^[6]

История [ править ]

В период с 2003 по 2005 год работа по УТОПИЕЙ финансировалась через E-Science Северо - Западного центра , основанного в Университете Манчестера по инженерным и физическим научным исследованиям Совета , Великобритании Министерство торговли и промышленности , а также в Европейской молекулярной биологии сети (EMBnet) . С 2005 года работа продолжается в рамках Европейской сети передового опыта EMBRACE .

Инструмент UTOPIA CINEMA (Color INteractive Editor for Multiple Alignment), инструмент для выравнивания последовательностей , является последней инкарнацией программного обеспечения, первоначально разработанного в Университете Лидса для помощи в анализе рецепторов, связанных с G-белком (GPCR). ^[7] SOMAP, ^[8] Процедура множественного выравнивания, ориентированная на экран, была разработана в конце 1980-х годов для компьютерной операционной системы VMS , использовала монохромный текстовый видеотерминал VT100 и содержала контекстно-зависимую справку и раскрывающиеся меню задолго до этого. были стандартными функциями операционной системы.

За SOMAP последовал инструмент Unix под названием VISTAS ^[9] (визуализация структур и последовательностей), который включал возможность визуализации трехмерной молекулярной структуры и создания графиков и статистических представлений свойств последовательностей.

Первым инструментом под названием CINEMA ^[10], разработанным в Манчестерском университете, был апплет на основе Java, запускаемый через веб-страницы, который все еще доступен, но больше не поддерживается. Отдельная версия Java, названная CINEMA-MX, ^[11] также была выпущена, но больше не доступна.

A C ++ версия CINEMA, называется CINEMA5 была разработана на ранних стадиях в рамках проекта утопии и был выпущен в качестве автономного приложения выравнивания последовательностей. Теперь он был заменен версией инструмента, интегрированной с другими приложениями визуализации UTOPIA, и его название вернулось просто к CINEMA.

Ссылки [ править ]

^ а б Петтифер, SR ; Синнотт-младший; Аттвуд, Т.К. (2004). «UTOPIA - удобные инструменты для работы с приложениями информатики» . Сравнительная и функциональная геномика . 5 (1): 56–60. DOI : 10.1002 / cfg.359 . PMC 2447318 . PMID 18629035 .
^ McDermott, P .; Sinnott, J .; Thorne, D .; Петтифер, С .; Эттвуд, Т. (2006). «Архитектура для визуализации и интерактивного анализа белков». Четвертая международная конференция по координированным и множественным представлениям в исследовательской визуализации (CMV'06) . п. 55. DOI : 10,1109 / CMV.2006.3 . ISBN 978-0-7695-2605-8.
^ a b Аттвуд, ТЗ ; Келл, ДБ ; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, SR ; Торн, Д. (2009). "Вызов международного спасения: объем знаний, потерянных в литературе и данных!" . Биохимический журнал . 424 (3): 317–333. DOI : 10.1042 / BJ20091474 . PMC 2805925 . PMID 19929850 .
^ Петтифер, С .; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Келл, ДБ ; Аттвуд, Т.К. (2009). «Визуализация биологических данных: семантический подход к интеграции инструментов и баз данных» . BMC Bioinformatics . 10 : S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19 . PMC 2697642 . PMID 19534744 .
^ Аттвуд, ТЗ ; Келл, ДБ ; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, SR ; Торн, Д. (2010). «Утопические документы: соединение научной литературы с данными исследований» . Биоинформатика . 26 (18): i568 – i574. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq383 . PMC 2935404 . PMID 20823323 .
^ Петтифер, С .; McDermott, P .; Marsh, J .; Thorne, D .; Villeger, A .; Аттвуд, Т.К. (2011). "Ceci n'est pas un hamburger: Моделирование и представление научной статьи" . Learned Publishing . 24 (3): 207. DOI : 10,1087 / 20110309 .
^ Vroling, B .; Thorne, D .; McDermott, P .; Attwood, TK ; Vriend, G .; Петтифер, С. (2011). «Интеграция специфической информации GPCR с полными текстами статей» . BMC Bioinformatics . 12 : 362. DOI : 10,1186 / 1471-2105-12-362 . PMC 3179973 . PMID 21910883 .
^ Парри-Смит, ди-джей; Аттвуд, Т.К. (1991). «SOMAP: новый интерактивный подход к выравниванию множественных последовательностей белков». Биоинформатика . 7 (2): 233. DOI : 10,1093 / биоинформатики / 7.2.233 . PMID 2059849 .
^ Перкинс, DN; Аттвуд, Т.К. (1995). «ВИСТАС: Пакет для визуализации структур и последовательностей белков». Журнал молекулярной графики . 13 (1): 73-75, 62. DOI : 10.1016 / 0263-7855 (94) 00013-I . PMID 7794837 .
^ Парри-Смит, ди-джей; Пейн, AWR; Michie, AD; Аттвуд, Т.К. (1998). «CINEMA - новый интерактивный редактор цвета для множественных выравниваний». Джин . 221 (1): GC57 – GC63. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1 . PMID 9852962 .
^ Лорд, PW; Селли, JN; Аттвуд, Т.К. (2002). «CINEMA-MX: модульный редактор множественного выравнивания» . Биоинформатика . 18 (10): 1402–1403. DOI : 10.1093 / биоинформатика / 18.10.1402 . PMID 12376388 .

[CaFG-1] а б Петтифер, SR ; Синнотт-младший; Аттвуд, Т.К. (2004). «UTOPIA - удобные инструменты для работы с приложениями информатики» . Сравнительная и функциональная геномика . 5 (1): 56–60. DOI : 10.1002 / cfg.359 . PMC 2447318 . PMID 18629035 .

[2] McDermott, P .; Sinnott, J .; Thorne, D .; Петтифер, С .; Эттвуд, Т. (2006). «Архитектура для визуализации и интерактивного анализа белков». Четвертая международная конференция по координированным и множественным представлениям в исследовательской визуализации (CMV'06) . п. 55. DOI : 10,1109 / CMV.2006.3 . ISBN 978-0-7695-2605-8.

[rescue-3] Аттвуд, ТЗ ; Келл, ДБ ; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, SR ; Торн, Д. (2009). "Вызов международного спасения: объем знаний, потерянных в литературе и данных!" . Биохимический журнал . 424 (3): 317–333. DOI : 10.1042 / BJ20091474 . PMC 2805925 . PMID 19929850 .

[viz-4] Петтифер, С .; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Келл, ДБ ; Аттвуд, Т.К. (2009). «Визуализация биологических данных: семантический подход к интеграции инструментов и баз данных» . BMC Bioinformatics . 10 : S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19 . PMC 2697642 . PMID 19534744 .

[udocs-5] Аттвуд, ТЗ ; Келл, ДБ ; McDermott, P .; Marsh, J .; Петтифер, SR ; Торн, Д. (2010). «Утопические документы: соединение научной литературы с данными исследований» . Биоинформатика . 26 (18): i568 – i574. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq383 . PMC 2935404 . PMID 20823323 .

[hamburger-6] Петтифер, С .; McDermott, P .; Marsh, J .; Thorne, D .; Villeger, A .; Аттвуд, Т.К. (2011). "Ceci n'est pas un hamburger: Моделирование и представление научной статьи" . Learned Publishing . 24 (3): 207. DOI : 10,1087 / 20110309 .

[gpcr-7] Vroling, B .; Thorne, D .; McDermott, P .; Attwood, TK ; Vriend, G .; Петтифер, С. (2011). «Интеграция специфической информации GPCR с полными текстами статей» . BMC Bioinformatics . 12 : 362. DOI : 10,1186 / 1471-2105-12-362 . PMC 3179973 . PMID 21910883 .

[somap-8] Парри-Смит, ди-джей; Аттвуд, Т.К. (1991). «SOMAP: новый интерактивный подход к выравниванию множественных последовательностей белков». Биоинформатика . 7 (2): 233. DOI : 10,1093 / биоинформатики / 7.2.233 . PMID 2059849 .

[vistas-9] Перкинс, DN; Аттвуд, Т.К. (1995). «ВИСТАС: Пакет для визуализации структур и последовательностей белков». Журнал молекулярной графики . 13 (1): 73-75, 62. DOI : 10.1016 / 0263-7855 (94) 00013-I . PMID 7794837 .

[cinema-10] Парри-Смит, ди-джей; Пейн, AWR; Michie, AD; Аттвуд, Т.К. (1998). «CINEMA - новый интерактивный редактор цвета для множественных выравниваний». Джин . 221 (1): GC57 – GC63. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1 . PMID 9852962 .

[cinemamx-11] Лорд, PW; Селли, JN; Аттвуд, Т.К. (2002). «CINEMA-MX: модульный редактор множественного выравнивания» . Биоинформатика . 18 (10): 1402–1403. DOI : 10.1093 / биоинформатика / 18.10.1402 . PMID 12376388 .

[1]