Еврофеном

Эта статья нуждается в дополнительных ссылках для проверки . Пожалуйста, помогите улучшить эту статью , добавив ссылки на надежные источники . Неисходный материал может быть оспорен и удален.
Найдите источники: «Еврофеном» — новости · газеты · книги · ученый · JSTOR ( март 2011 г. ) ( узнайте, как и когда удалить это шаблонное сообщение )

Europhenome ^[1]^[2] представляет собой ресурс для представления, поиска и анализа фенотипов мышей, которые были выявлены с помощью программ высокопроизводительного фенотипирования мышей ^[3] , таких как EUMODIC.

Проект EuroPhenome предоставляет доступ к необработанным и аннотированным данным фенотипирования мышей, полученным из первичных конвейеров, таких как EMPReSSlim, и вторичных процедур из специализированных центров. Интересующие мутанты могут быть идентифицированы путем поиска гена или предсказанного фенотипа.

Описание

EuroPhenome — это проект с открытым исходным кодом для разработки программной системы для сбора, хранения и анализа необработанных данных фенотипирования из стандартных операционных процедур, содержащихся в EMPReSS .

EuroPhenome в основном базируется в группе биоинформатики в MRC Harwell . Разработка EuroPhenome осуществляется в сотрудничестве с Helmholtz Zentrum München , институтом Wellcome Trust Sanger и Clinique de la Souris (Франция).

Первоначально EuroPhenome был разработан в рамках программы EUMORPHIA (Исследования мышей Европейского союза для общественного здравоохранения и промышленных приложений) для сбора и хранения экспериментальных данных фенотипирования, полученных на четырех фоновых штаммах ( C57BL/6J , C3H/HeBFeJ, BALB/cByJ и 129/SvPas). . EUMORPHIA был крупным проектом, состоящим из 18 исследовательских центров в 8 европейских странах, основной целью которого была разработка новых подходов к фенотипированию, мутагенезу и информатике для улучшения характеристик мышиных моделей для понимания молекулярной физиологии и патологии человека.

Текущая версия EuroPhenome собирает данные из проекта EUMODIC, а также программы генетики мышей Wellcome Trust Sanger Institute , проекта Немецкой мышиной клиники HMGU и CMHD. EUMODIC проводит первичную оценку фенотипа до 500 мутантных линий мышей, полученных из ЭС клеток, разработанных в рамках проекта EUCOMM, а также других линий. Линии с интересным фенотипом подлежат более тщательной оценке.

EUMODIC опирается на базу данных стандартизированных протоколов фенотипирования EMPReSS, разработанную в рамках проекта EUMORPHIA. Компания EUMODIC разработала серию этих экранов под названием EMPReSSslim, чтобы обеспечить всестороннее высокопроизводительное первичное фенотипирование большого количества мышей.

EuroPhenome аннотация феновариантов

Феноварианты аннотируются с использованием автоматизированного конвейера, который присваивает термин MP, если данные о мутанте статистически отличаются от исходных данных. Эти данные показаны в Phenomap и в шахте для инструмента-мутанта. Статистически значимый результат и последующая аннотация MP не обязательно означают истинный феновариант. Существуют и другие факторы, которые могли привести к такому результату, которые не были учтены при анализе. Пользователь несет ответственность за загрузку данных и использование своих экспертных знаний или дальнейшего анализа, чтобы решить, согласны они или нет.

Смотрите также

использованная литература

^ Мэллон, А.-М.; Блейк, А .; Хэнкок, Дж. М. (январь 2008 г.). «EuroPhenome и EMPReSS: онлайн-ресурс по фенотипированию мышей» . Исследование нуклеиновых кислот . 36 (База данных): D715–D718. doi : 10.1093/нар/gkm728 . ПВК 2238991 . PMID 17905814 .
^ Морган Х., Бек Т., Блейк А., Гейтс Х., Адамс Н., Дебузи Г., Леблан С., Ленггер С., Майер Х., Мелвин Д., Мезиан Х., Ричардсон Д., Уэллс С., Уайт Дж., Вуд Дж., де Анджелис М.Х., Браун С.Д., Хэнкок Дж.М., Мэллон А.М. (ноябрь 2010 г.). «EuroPhenome: хранилище высокопроизводительных данных фенотипирования мышей» . Исследование нуклеиновых кислот . 38 (База данных): D577-85. doi : 10.1093/nar/gkp1007 . ПВК 2808931 . PMID 19933761 .
^ Гейтс Х., Мэллон А.М., Браун С.Д. (декабрь 2010 г.). «Высокопроизводительное фенотипирование мышей». Методы . 53 : 394–404. doi : 10.1016/j.ymeth.2010.12.017 . PMID 21185382 .

внешняя ссылка

Официальный сайт
ЕВМОДИК
EMPRESSlim

[1] Мэллон, А.-М.; Блейк, А .; Хэнкок, Дж. М. (январь 2008 г.). «EuroPhenome и EMPReSS: онлайн-ресурс по фенотипированию мышей» . Исследование нуклеиновых кислот . 36 (База данных): D715–D718. doi : 10.1093/нар/gkm728 . ПВК 2238991 . PMID 17905814 .

[2] Морган Х., Бек Т., Блейк А., Гейтс Х., Адамс Н., Дебузи Г., Леблан С., Ленггер С., Майер Х., Мелвин Д., Мезиан Х., Ричардсон Д., Уэллс С., Уайт Дж., Вуд Дж., де Анджелис М.Х., Браун С.Д., Хэнкок Дж.М., Мэллон А.М. (ноябрь 2010 г.). «EuroPhenome: хранилище высокопроизводительных данных фенотипирования мышей» . Исследование нуклеиновых кислот . 38 (База данных): D577-85. doi : 10.1093/nar/gkp1007 . ПВК 2808931 . PMID 19933761 .

[3] Гейтс Х., Мэллон А.М., Браун С.Д. (декабрь 2010 г.). «Высокопроизводительное фенотипирование мышей». Методы . 53 : 394–404. doi : 10.1016/j.ymeth.2010.12.017 . PMID 21185382 .

[1]