Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Международный консорциум по фенотипированию мышей
Содержание
ОписаниеЭнциклопедия фенотипов мышей с нокаутом.
ОрганизмыМышь
Контакт
Первичное цитированиеБраун и Мур, 2012 [1]
Дата выпуска2011 г.
Доступ
Веб-сайтhttp://www.mousephenotype.org

International Mouse Фенотипирование Consortium (IMPC) является международной научной попыткой создать и охарактеризовать фенотип из 20000 мышей нокаута штаммов. [1] [2] [3] Созданный в сентябре 2011 года [1] консорциум состоит из более чем 15 исследовательских институтов на четырех континентах, финансируемых Национальным институтом здравоохранения , европейскими национальными правительствами и партнерскими организациями. [4]

Предполагается, что эта инициатива продлится 10 лет (до 2021 года) и будет сосредоточена на анализе гомозиготных мутантных мышей, созданных на изогенном фоне C57BL / 6 N Международным консорциумом по нокаутным мышам . Штаммы мышей характеризуются широким фенотипированием, которое направлено на раскрытие понимания болезней человека путем измерения эмбриональных, нервно-мышечных, сенсорных, сердечно-сосудистых, метаболических, респираторных, гематологических и неврологических параметров. [1] [5] Протоколы, используемые для оценки этих фенотипов, стандартизированы партнерами IMPC и доступны в IMPReSS. [5]

Штаммы мышей, созданные партнерами IMPC, хранятся в репозитории KOMP [6] и в Европейском архиве мутантных мышей. [7] Во многих случаях штаммы , несущие одну из двух типов аллелей будут заархивированы - нуль аллели используется в трубопроводе первичного IMPC фенотипирования и условный готовый аллель , что позволяет ткань ограничено нокаутов через Cre-Lox Рекомбинация и FLP-FRT рекомбинацию системы.

Фенотипические данные записываются в свободно доступных, с возможностью поиска онлайновой базы данных , [8] генерация , что было описано как «всеобъемлющей энциклопедия функции генов млекопитающих.» [1]

IMPReSS [ править ]

IMPReSS
Содержание
ОписаниеСтандартизированные протоколы фенотипирования мутантных линий мышей.
ОрганизмыМышь
Контакт
Первичное цитированиеБраун и Мур, 2012 [1]
Дата выпуска2012 г.
Доступ
Веб-сайтhttp://www.mousephenotype.org/impress

Международный ресурс стандартизованных скринингов по фенотипированию мышей (IMPReSS) координирует и представляет стандартизированные протоколы , которые используются клиниками по исследованию мышей для оценки биологических характеристик мутантных линий мышей. IMPReSS был запущен в 2011 году, чтобы помочь IMPC достичь своей цели по характеристике нокаутной линии мышей по каждому гену, и будет продолжать активно развиваться в течение десяти лет существования проекта. [1] IMPReSS, преемник EMPReSS, основан на концепции «фенотипического конвейера»: последовательности отдельных процедур, выполняемых на мыши в определенном возрасте и организованных таким образом, чтобы минимизировать влияние одной процедуры на другую. [9] [10] [11]Каждая процедура разбита на набор нескольких параметров, которые фиксируют как данные, так и метаданные. Параметры данных связаны с терминами биомедицинской онтологии , чтобы облегчить обмен данными и помочь в идентификации фенотипических мышиных моделей болезней человека. [12]

EMPReSS [ править ]

Европейский ресурс по фенотипированию мышей для стандартизированных скринингов (EMPReSS) [9], предшественник IMPReSS, разработал более 150 стандартизированных протоколов для характеристики мутантных линий мышей в европейских исследовательских институтах в рамках EUMODIC [13] и EUMORPHIA [14]. ] проекты. EMPReSS активно разрабатывался с 2002 г., пока не был заменен IMPReSS в 2011 г. Фенотипические данные, собранные с помощью протоколов EMPReSS, доступны на Europhenome .

Эмбрионально-смертельные нокаутные линии [ править ]

Около 30% всех нокаутов целевых генов у мышей приводят к эмбриональной или перинатальной смерти. [15] Эффекты этих мутаций не могут быть изучены на живых взрослых мышах, за исключением гетерозиготных мутантов. Однако систематические исследования эмбрионально-летальных нокаутов важны для понимания того, как эти гены влияют на развитие и выживание эмбрионов.

В 2013 году IMPC опубликовал отчет Bloomsbury о фенотипировании эмбрионов мышей [15], в котором описывается стандартный процесс скрининга эмбрионально-летальных нокаутов у гомозиготных мутантов. В Великобритании их рекомендации составляют основу проекта DMDD (Расшифровка механизмов нарушений развития). [16]

См. Также [ править ]

  • Проект генетики мыши Сэнгер

Ссылки [ править ]

  1. ^ Б с д е е г Браун SD , Мур МВт (май 2012). «К энциклопедии функций генов млекопитающих: Международный консорциум по фенотипированию мышей» . Дис. Модели Mech . 5 (3): 289–92. DOI : 10,1242 / dmm.009878 . PMC  3339821 . PMID  22566555 .
  2. Перейти ↑ Brown SD , Moore MW (октябрь 2012 г.). «Международный консорциум по фенотипированию мышей: прошлые и будущие перспективы фенотипирования мышей» . Мамм. Геном . 23 (9–10): 632–40. DOI : 10.1007 / s00335-012-9427-х . PMC 3774932 . PMID 22940749 .  
  3. Перейти ↑ Morgan H, Simon M, Mallon AM (2012). «Доступ и интеллектуальный анализ данных из крупномасштабных проектов фенотипирования мышей». Int. Rev. Neurobiol . Международный обзор нейробиологии. 104 : 47–70. DOI : 10.1016 / B978-0-12-398323-7.00003-3 . ISBN 9780123983237. PMID  23195311 .
  4. ^ Шофилд PN, Hoehndorf R, Gkoutos GV (май 2012). «Генетические и фенотипические ресурсы мышей для генетики человека» . Гм. Мутат . 33 (5): 826–36. DOI : 10.1002 / humu.22077 . PMC 3473354 . PMID 22422677 .  
  5. ^ a b «Международный ресурс стандартных экранов IMPReSS по фенотипированию мышей» . Mousephenotype.org . Проверено 1 августа 2013 .
  6. ^ "Репозиторий проекта Knockout Mouse (КОМП)" . КОМП. 2010-08-01 . Проверено 1 августа 2013 .
  7. ^ "EMMA - Европейский архив мышиных мутантов" . Emmanet.org . Проверено 1 августа 2013 .
  8. ^ "IMPC | Международный консорциум фенотипирования мышей" . Mousephenotype.org . Проверено 1 августа 2013 .
  9. ^ а б "Императрица" . Empress.har.mrc.ac.uk. Архивировано из оригинала на 2011-03-20 . Проверено 1 августа 2013 .
  10. ^ Браун, SDM; Chambon, P .; Де Анжелис, MH; Евморфия, К. (2005). «EMPReSS: стандартизированные скрины фенотипа для функциональной аннотации генома мыши». Генетика природы . 37 (11): 1155. DOI : 10.1038 / ng1105-1155 . PMID 16254554 . 
  11. ^ Мэллон, А. -М .; Блейк, А .; Хэнкок, JM (2007). "EuroPhenome и EMPReSS: Интернет-ресурс по фенотипированию мышей" . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D715 – D718. DOI : 10.1093 / NAR / gkm728 . PMC 2238991 . PMID 17905814 .  
  12. ^ Чен, СК; Мунгалл, CJ; Gkoutos, GV; Doelken, SC; Köhler, S .; Ruef, BJ; Smith, C .; Westerfield, M .; Робинсон, ПН; Льюис, ЮВ; Schofield, PN; Смедли, Д. (2012). «MouseFinder: гены-кандидаты болезней по данным фенотипа мышей» . Мутация человека . 33 (5): 858–866. DOI : 10.1002 / humu.22051 . PMC 3327758 . PMID 22331800 .  
  13. ^ "Eumodic" . Eumodic. Архивировано из оригинала на 2011-07-04 . Проверено 1 августа 2013 .
  14. ^ «ЭВМОРФИЯ» . Архивировано из оригинального 3 -го июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  15. ^ а б Адамс, D; Baldock, R; Бхаттачарья, S; Копп, Эй Джей; Дикинсон, М; Грин, NDE; Хенкельман, М; Справедливость, M; Мохун, Т; Мюррей, SA; Pauws, E; Raess, M; Россант, Дж; Уивер, Т; Запад, Д. (май 2013 г.). «Отчет Bloomsbury о фенотипировании эмбрионов мышей: рекомендации семинара IMPC по скринингу эмбриональной летальности» . Модели и механизмы заболеваний . 6 (3): 571–579. DOI : 10,1242 / dmm.011833 . PMC 3634642 . PMID 23519032 .  
  16. ^ Мохун, Т; Адамс, диджей; Baldock, R; Бхаттачарья, S; Копп, Эй Джей; Хембергер, М; Houart, C; Hurles, ME; Робертсон, Э; Смит, JC; Уивер, Т; Венингер, Вт (май 2013 г.). «Расшифровка механизмов нарушений развития (DMDD): новая программа фенотипирования эмбриональных летальных мышей» . Модели и механизмы заболеваний . 6 (3): 562–566. DOI : 10,1242 / dmm.011957 . PMC 3634640 . PMID 23519034 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Расшифровка механизмов нарушений развития (МДДР)