Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из рекомбинации Cre-Lox )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Рекомбинация Cre-Lox - это технология сайт-специфической рекомбиназы , используемая для выполнения делеций , вставок , транслокаций и инверсий.на определенных участках ДНК клеток. Это позволяет нацеливать модификацию ДНК на определенный тип клеток или запускать конкретный внешний стимул. Он реализован как в эукариотических, так и в прокариотических системах. Система рекомбинации Cre-lox оказалась особенно полезной, чтобы помочь нейробиологам изучать мозг, в котором сложные типы клеток и нейронные цепи объединяются для генерации познания и поведения. NIH Blueprint for Neuroscience Research создал несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Система состоит из одного фермента Cre-рекомбиназы , который рекомбинирует пару коротких целевых последовательностей, называемых последовательностями Lox . Эта система может быть реализована без добавления каких-либо дополнительных поддерживающих белков или последовательностей. Фермент Cre и исходный сайт Lox, называемый последовательностью LoxP , происходят от бактериофага P1 .

Размещение Lox-последовательностей надлежащим образом позволяет генам активироваться, подавляться или заменяться другими генами. На уровне ДНК можно проводить множество манипуляций. Активность фермента Cre можно контролировать так, чтобы он экспрессировался в конкретном типе клеток или запускался внешним стимулом, таким как химический сигнал или тепловой шок. Эти целевые изменения ДНК полезны при отслеживании клеточных клонов и когда мутанты являются летальными при глобальной экспрессии.

Система Cre-Lox очень похожа по действию и по использованию на систему рекомбинации FLP-FRT . [1]

История [ править ]

Рекомбинация Cre-Lox - это особый тип сайт-специфической рекомбинации, разработанный доктором Брайаном Зауэром и запатентованный DuPont, который действует как в митотических, так и в немитотических клетках и первоначально использовался для активации экспрессии генов в линиях клеток млекопитающих. [2] [3] [4] Впоследствии исследователи в лаборатории доктора Джейми Мартапродемонстрировали, что рекомбинация Cre-Lox может быть использована для удаления последовательностей хромосомной ДНК, фланкированных loxP, с высокой эффективностью в конкретных развивающихся Т-клетках трансгенных животных, при этом авторы предполагают, что этот подход можно использовать для определения функции эндогенных генов в определенных типах клеток, несмываемая метка предшественников в исследованиях определения судьбы клеток, индукция специфических хромосомных перестроек для биологического моделирования и моделирования болезни, а также определение роли ранних генетических повреждений в поддержании болезни (и фенотипа). [5]

Вскоре после этого исследователи в лаборатории профессора Клауса Раевски сообщили о производстве плюрипотентных эмбриональных стволовых клеток, несущих нацеленный ген loxP-фланкированный (флоксированный) ген ДНК-полимеразы. [6] Объединив эти достижения в сотрудничестве, лаборатории Drs. В 1994 году Март и Раевски сообщили, что рекомбинация Cre-lox может быть использована для условного нацеливания на гены. [7] Они обнаружили, что ≈50% гена ДНК-полимеразы бета было удалено в Т-клетках на основе блоттинга ДНК. Было неясно, имеет ли только один аллель в каждой Т-клетке или 50% Т-клеток 100% делецию в обоих аллелях. С тех пор исследователи сообщили о более эффективном мутагенезе условного гена Cre-Lox в развивающихся Т-клетках лабораторией Марта в 1995 году. [8] Неполная делецияCre-рекомбиназа нередко встречается в клетках, когда существуют две копии флоксованных последовательностей, и позволяет формировать и изучать химерные ткани. Было показано, что все типы клеток, испытанные на мышах, подвергаются трансгенной рекомбинации Cre.

Независимо от того, Джо З. Цзянь стал пионером в использовании системы Cre-loxP для манипулирования генами, зависящими от типа и региона клеток, во взрослом мозге, где могут существовать сотни различных типов нейронов, и почти все нейроны во взрослом мозге известны как пост -митотический. [9] Цзянь и его коллеги продемонстрировали, что Cre-опосредованная рекомбинация может происходить в постмитотических пирамидных нейронах переднего мозга взрослых мышей. [10]

Эти разработки привели к широкому использованию условного мутагенеза в биомедицинских исследованиях, охватывающих многие дисциплины, в которых он становится мощной платформой для определения функции генов в определенных типах клеток и в определенные периоды развития. В частности, четкая демонстрация его полезности в точном определении сложных взаимоотношений между конкретными клетками / цепями и поведением для исследований мозга [11] подтолкнула NIH к инициированию проекта NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre-driver для мыши в начале 2000 года. [12] [13] На сегодняшний день проект NIH Blueprint for Neuroscience Research Cre создал несколько сотен линий мыши с драйверами Cre, которые в настоящее время используются мировым сообществом нейробиологов.

Обзор [ править ]

Рекомбинация Cre-Lox включает нацеливание на определенную последовательность ДНК и ее сплайсинг с помощью фермента, называемого рекомбиназой Cre . Рекомбинация Cre-Lox обычно используется для предотвращения гибели эмбрионов, вызванной системной инактивацией многих генов. [14] [15] По состоянию на февраль 2019 года рекомбинация Cre – Lox является мощным инструментом и используется при моделировании трансгенных животных для связывания генотипов с фенотипами. [11] [16] [17]

Система Cre-lox используется в качестве генетического инструмента для управления событиями сайт-специфической рекомбинации в геномной ДНК. Эта система позволила исследователям манипулировать различными генетически модифицированными организмами для контроля экспрессии генов, удаления нежелательных последовательностей ДНК и изменения архитектуры хромосом.

Cre белок представляет собой сайт-специфическая ДНК - рекомбиназа , которые могут катализировать рекомбинацию ДНК между специфическими сайтами в молекуле ДНК. Эти сайты, известные как последовательности loxP , содержат сайты специфического связывания для Cre, которые окружают направленную коровую последовательность, где может происходить рекомбинация.

Диаграмма, описывающая, как сайты Lox71 и Lox66 могут быть использованы для объединения двух плазмид в одну непрерывную плазмиду.

Когда клетки, которые имеют сайты loxP в своем геноме, экспрессируют Cre, событие рекомбинации может происходить между сайтами loxP . Белки Cre-рекомбиназы связываются с первыми и последними 13 п.н. участками lox-сайта, образуя димер . Затем этот димер связывается с димером на другом сайте lox с образованием тетрамера . Сайты Lox являются направленными, и два сайта, соединенных тетрамером, ориентированы параллельно. Двухцепочечная ДНК разрезается по обоим сайтам loxP белком Cre. Затем нити соединяются с помощью ДНК-лигазы быстрым и эффективным процессом. Результат рекомбинации зависит от ориентации сайтов loxP . Для двух сайтов lox на одном плече хромосомы инвертированоСайты loxP вызовут инверсию промежуточной ДНК, тогда как прямое повторение сайтов loxP вызовет событие делеции. Если сайты loxP находятся на разных хромосомах, возможно, что события транслокации будут катализироваться Cre-индуцированной рекомбинацией. Две плазмиды могут быть объединены с использованием вариантов lox сайтов 71 и 66. [18]

Cre рекомбиназа [ править ]

Белок Cre (кодируемый локусом, первоначально названным «вызывает рекомбинацию», причем в некоторых источниках встречается «рекомбиназа циклизации») [19] [20], состоит из 4 субъединиц и двух доменов: более крупный карбоксильный ( С-концевой ) домен , и меньший амино ( N-концевой ) домен. Общий белок состоит из 343 аминокислот . Область С подобен по структуре к домену в интегразы семейства ферментов , выделенных из фага лямбда . Это также каталитический сайт фермента.

сайт loxP [ править ]

loxP (локус X-over P1) представляет собой сайт на бактериофаге P1, состоящий из 34 п.н.. Сайт включает асимметричную последовательность из 8 пар оснований, вариабельную, за исключением двух средних оснований, между двумя наборами симметричных последовательностей из 13 пар оснований. Точная последовательность указана ниже; «N» обозначает основания, которые могут варьироваться, а строчные буквы обозначают основания, которые были мутированы из дикого типа. Последовательности из 13 п.н. являются палиндромными, а спейсер из 8 п.н. - нет, что придает последовательности loxP определенное направление. Обычно сайты loxP попадают в пары для генетических манипуляций. Если два сайта loxP имеют одинаковую ориентацию, флоксовая последовательность (последовательность, фланкированная двумя сайтами loxP) вырезается; однако, если два сайта loxP находятся в противоположной ориентации, флоксовая последовательность инвертируется. Если существует флоксовая донорная последовательность, донорная последовательность может быть заменена исходной последовательностью. Эта техника называетсяОбмен кассет, опосредованный рекомбиназой, - очень удобный и экономящий время способ генетических манипуляций. Однако есть предостережение: реакция рекомбинации может происходить в обратном направлении, что делает замену кассеты неэффективной. Кроме того, вырезание последовательности может происходить в транс, а не в случае замены кассеты в цис . Мутанты loxP созданы, чтобы избежать этих проблем. [21]

13бп8bp13бп
ATAACTTCGTATA -NNNTANNN-TATACGAAGTTAT
Примеры альтернативных сайтов loxP [22]
ИмяОбласть распознавания 13bpСпейсерная область 8bpОбласть распознавания 13bp
Дикого типаATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTAT
lox 511ATAACTTCGTATAATGTATaCTATACGAAGTTAT
lox 5171ATAACTTCGTATAATGTgTaCTATACGAAGTTAT
lox 2272ATAACTTCGTATAAaGTATcCTATACGAAGTTAT
M2ATAACTTCGTATAАгааАккаTATACGAAGTTAT
M3ATAACTTCGTATAtaaTACCATATACGAAGTTAT
M7ATAACTTCGTATAАгаТАГААTATACGAAGTTAT
M11ATAACTTCGTATAcgaTAccaTATACGAAGTTAT
lox 71TACCGTTCGTATANNNTANNNTATACGAAGTTAT
lox 66ATAACTTCGTATANNNTANNNTATACGAACGGTA

Соединения Холлидея и гомологичная рекомбинация [ править ]

Во время генетической рекомбинации между двумя цепями ДНК образуется соединение Холлидея, а двухцепочечный разрыв в молекуле ДНК оставляет незащищенным конец 3'OH. Этой реакции способствует эндонуклеазная активность фермента. 5 'Фосфатные концы обычно являются субстратами для этой реакции, поэтому остаются протяженные 3' области. Эта 3 ​​'ОН-группа очень нестабильна, и нить, на которой она присутствует, должна найти свой комплемент. Поскольку гомологичная рекомбинация происходит после репликации ДНК, доступны две цепи ДНК, и, таким образом, 3'-группа ОН должна спариваться со своим комплементом, и это происходит с интактной цепью на другом дуплексе. Теперь произошла одна точка пересечения, которая называется промежуточным звеном Холлидея.

Конец 3'OH удлиняется (то есть добавляются основания) с помощью ДНК-полимеразы. Спаривание противоположных цепей - это то, что составляет событие кроссинговера или рекомбинации, которое является общим для всех живых организмов, поскольку генетический материал на одной цепи одного дуплекса спарен с одной цепью другого дуплекса и был удлинен ДНК-полимеразой. . Дальнейшее расщепление промежуточных продуктов Холлидея приводит к образованию гибридной ДНК.

Это дальнейшее расщепление или «ресолвация» осуществляется специальной группой ферментов, называемых резолвазами. RuvC - лишь одна из этих резолваз, выделенных из бактерий и дрожжей.

В течение многих лет считалось, что при образовании промежуточного звена Холлидея точка разветвления соединения (где нити пересекаются) будет располагаться в первом сайте расщепления. Миграция точки ветвления на второй сайт расщепления каким-то образом запускала бы вторую половину пути. Эта модель обеспечивает удобное объяснение строгого требования гомологии между рекомбинирующими сайтами, поскольку миграция ветвей остановится при несовпадении и не позволит произойти обмену второй цепью. Однако в последние годы эта точка зрения подверглась сомнению, и большинство современных моделей рекомбинации Int, Xer и Flp включают только ограниченную миграцию ветвей (1–3 пары оснований промежуточного звена Холлидея), сопряженную с событием изомеризации, которое отвечает за переключение специфичности расщепления цепи.

Рекомбинация для конкретного сайта [ править ]

Основная статья: Сайт-специфическая рекомбинация

Сайт-специфическая рекомбинация (SSR) включает определенные сайты для каталитического действия специальных ферментов, называемых рекомбиназами. Cre, или циклическая рекомбиназа, является одним из таких ферментов. Таким образом, сайт-специфическая рекомбинация представляет собой ферментно-опосредованное расщепление и лигирование двух определенных дезоксинуклеотидных последовательностей.

Ряд консервативных систем сайт-специфической рекомбинации был описан как у прокариотических, так и у эукариотических организмов. Как правило, эти системы используют один или несколько белков и действуют на уникальные асимметричные последовательности ДНК. Продукты рекомбинации зависят от относительной ориентации этих асимметричных последовательностей. Многие другие белки, помимо рекомбиназы, участвуют в регуляции реакции. Во время сайт-специфической рекомбинации ДНК, которая вызывает генетическую перестройку в таких процессах, как интеграция и удаление вируса, а также хромосомная сегрегация, эти ферменты рекомбиназы распознают специфические последовательности ДНК и катализируют реципрокный обмен цепями ДНК между этими сайтами.

Механизм действия [ править ]

Модельный эксперимент в области генетики с использованием системы Cre-lox: последовательность преждевременной остановки, присутствующая у мышей, подвергшихся флоксированию, удаляется только из клеток, экспрессирующих рекомбиназу Cre, когда мышей скрещивают вместе.

Инициирование сайт-специфической рекомбинации начинается со связывания рекомбинационных белков с их соответствующими ДНК-мишенями. Отдельная рекомбиназа распознает и связывается с каждым из двух сайтов рекомбинации на двух разных молекулах ДНК или в одной и той же цепи ДНК. В данном конкретном участке ДНК гидроксильная группа тирозина в рекомбиназе атакует фосфатную группу в основной цепи ДНК с использованием механизма прямой переэтерификации . Эта реакция связывает белок рекомбиназы с ДНК через фосфо-тирозиновую связь. Это сохраняет энергию фосфодиэфирной связи, позволяя обратить реакцию вспять без участия высокоэнергетического кофактора.

Расщепление другой цепи также вызывает фосфотирозиновую связь между ДНК и ферментом. В обоих дуплексах ДНК связывание фосфатной группы с остатками тирозина оставляет 3'-группу ОН свободной в основной цепи ДНК. Фактически, комплекс фермент-ДНК представляет собой промежуточную стадию, за которой следует лигирование 3'-ОН-группы одной цепи ДНК с 5'-фосфатной группой другой цепи ДНК, которая ковалентно связана с остатком тирозина; то есть ковалентная связь между 5'-концом и остатком тирозина нарушена. Эта реакция синтезирует соединение Холлидея, о котором говорилось ранее.

Таким образом, противоположные нити ДНК соединяются вместе. Последующее расщепление и воссоединение заставляют цепи ДНК обмениваться своими сегментами. Белковые взаимодействия приводят к прямому обмену цепями. Энергия не нарушается, поскольку связь белок-ДНК компенсирует потерю фосфодиэфирной связи, которая произошла во время расщепления.

Сайт-специфическая рекомбинация также является важным процессом, который используют вирусы, такие как бактериофаги, для интеграции своего генетического материала в инфицированного хозяина. Вирус, называемый в таком состоянии профагом , достигает этого посредством интеграции и удаления. Точки, где происходят реакции интеграции и вырезания, называются сайтами прикрепления (att). Сайт attP на фаге обменивается сегментами с сайтом attB на бактериальной ДНК. Таким образом, они зависят от конкретного сайта и встречаются только на соответствующих сайтах att. Интегразы класс ферментов катализирует эту конкретную реакцию.

Эффективность действия [ править ]

Было показано, что два фактора влияют на эффективность удаления Cre на локальных парах. Во-первых, идентичность нуклеотидной последовательности в спейсерной области сайта lox. Сконструированные варианты lox, которые различаются по спейсерной области, имеют тенденцию к разной, но обычно более низкой эффективности рекомбинации по сравнению с loxP дикого типа, предположительно за счет влияния на образование и разрешение промежуточного продукта рекомбинации. [23]

Другой фактор - длина ДНК между парой локонов. Увеличение длины ДНК приводит к снижению эффективности рекомбинации Cre / lox, возможно, за счет регулирования динамики реакции. [24] [25] [26] Генетическое расположение флоксированной последовательности влияет на эффективность рекомбинации, а также, вероятно, влияя на доступность ДНК с помощью Cre-рекомбиназы . [26] Выбор драйвера Cre также важен, поскольку низкая экспрессия рекомбиназы Cre имеет тенденцию приводить к непараллельной рекомбинации. Непараллельная рекомбинация особенно проблематична при картировании судьбы.сценарий, при котором одно событие рекомбинации предназначено для манипулирования исследуемым геном, а другое событие рекомбинации необходимо для активации репортерного гена (обычно кодирующего флуоресцентный белок) для отслеживания происхождения клеток . [26] Неспособность активировать оба события рекомбинации одновременно затрудняет интерпретацию результатов картирования клеточных судеб .

Временной контроль [ править ]

Индуцибельная активация Cre достигается с помощью варианта CreER (рецептор эстрогена), который активируется только после доставки тамоксифена . [27] Это достигается путем слияния мутировавшего лиганд-связывающего домена рецептора эстрогена с рекомбиназой Cre, в результате чего Cre специфически активируется тамоксифеном. В отсутствие тамоксифена CreER приведет к перемещению мутированной рекомбиназы в цитоплазму. Белок будет оставаться в этом месте в инактивированном состоянии до тех пор, пока не будет введен тамоксифен. После введения тамоксифена он метаболизируется в 4-гидрокситамоксифен, который затем связывается с ER и приводит к транслокации CreER в ядро, где он затем может расщеплять сайты lox. [28]Важно отметить, что иногда флуоресцентные репортеры могут быть активированы в отсутствие тамоксифена из-за утечки нескольких молекул рекомбиназы Cre в ядро, что в сочетании с очень чувствительными репортерами приводит к непреднамеренному маркированию клеток. [29] CreER (T2) был разработан для минимизации тамоксифен-независимой рекомбинации и максимизации чувствительности к тамоксифену.

Условное отслеживание происхождения клеток [ править ]

Клетки изменяют свой фенотип в ответ на многочисленные стимулы окружающей среды и могут потерять экспрессию генов, обычно используемых для обозначения их идентичности, что затрудняет исследование вклада определенных типов клеток в заболевание. Поэтому исследователи часто используют трансгенных мышей, экспрессирующих CreER t2.рекомбиназа, индуцированная введением тамоксифена под контролем промотора гена, который маркирует определенный интересующий тип клеток, с Cre-зависимым репортером флуоресцентного белка. Рекомбиназа Cre сливается с мутантной формой рецептора эстрогена, которая связывает синтетический эстроген 4-гидрокситамоксифен вместо его природного лиганда 17β-эстрадиола. CreER (T2) находится в цитоплазме и может перемещаться в ядро ​​только после введения тамоксифена, что обеспечивает жесткий временный контроль рекомбинации. Кассета флуоресцентного репортера будет содержать промотор, обеспечивающий высокую экспрессию репортера флуоресцентного трансгена (например, промотор CAG), и стоп-кассету, фланкированную loxP, гарантируя, что экспрессия трансгена зависит от Cre-рекомбиназы и репортерной последовательности. После рекомбинации, вызванной Cre,стоп-кассета вырезается, позволяя репортерным генам специфически экспрессироваться в клетках, в которых экспрессия Cre управляется промотором-специфическим для клетки маркером. Поскольку удаление стоп-кассеты является постоянным, репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.репортерные гены экспрессируются во всем потомстве, продуцируемом исходными клетками, в которых когда-то был активирован Cre. Такое условное отслеживание клонов оказалось чрезвычайно полезным для эффективной и специфической идентификации клеток гладких мышц сосудов (VSMC) и клеток, производных от VSMC, и было использовано для тестирования эффектов на клетки, производные от VSMC и VSMC.in vivo. [30] [31] [32] [33] [34] [35]

Естественная функция системы Cre-lox [ править ]

P1 фагом является умеренным фаг , который вызывает либо лизогенный или литический цикл , когда он инфицирует бактерию. В литическом состоянии, как только вирусный геном вводится в клетку-хозяин, производятся вирусные белки, собираются вирионы, и клетка-хозяин лизируется для высвобождения фагов, продолжая цикл. В лизогенном цикле геном фага реплицируется с остальной частью бактериального генома и передается дочерним клеткам при каждом последующем делении клеток. Он может перейти в литический цикл более поздним событием, таким как УФ-излучение или голодание.

Такие фаги, как фаг лямбда, используют свои сайт-специфические рекомбиназы для интеграции своей ДНК в геном хозяина во время лизогении. С другой стороны, ДНК фага P1 существует в хозяине в виде плазмиды . Система Cre-lox выполняет несколько функций в фаге: она превращает ДНК фага в плазмиду, разделяет взаимосвязанные плазмидные кольца, чтобы они передавались обеим дочерним бактериям в равной степени, и может помочь поддерживать количество копий с помощью альтернативных способов репликации. [36]

ДНК фага P1 при высвобождении в хозяина из вириона имеет форму линейной двухцепочечной молекулы ДНК. Фермент Cre нацелен на сайты loxP на концах этой молекулы и циклизует геном. Это также может иметь место в отсутствие системы Cre lox [37]с помощью других бактериальных и вирусных белков. Плазмида P1 относительно велика (≈90Kbp) и, следовательно, существует в небольшом количестве копий - обычно по одной на клетку. Если две дочерние плазмиды связаны между собой, одна из дочерних клеток хозяина потеряет плазмиду. Система рекомбинации Cre-lox предотвращает эти ситуации, разъединяя кольца ДНК, выполняя два события рекомбинации (связанные кольца -> одно слитое кольцо -> два несвязанных кольца). Также предполагается, что репликация по кругу с последующей рекомбинацией позволит плазмиде увеличить число копий, когда определенные регуляторы (repA) ограничивают. [36]

Реализация нескольких пар сайтов loxP [ править ]

Множественные варианты loxP, [38] в частности lox2272 и loxN, были использованы исследователями с комбинацией различных Cre действий (переходных или конститутивных) для создания системы « Brainbow », которая позволяет многократно окрашивать мозг мышей с помощью четырех флуоресцентных белков. .

Другой отчет, использующий две пары вариантов lox, но за счет регулирования длины ДНК в одной паре, приводит к стохастической активации генов с регулируемым уровнем разреженности. [24]

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ Turan S, Galla M, Ernst E, Qiao J, Voelkel C, Schiedlmeier B и др. (Март 2011 г.). «Рекомбиназа-опосредованная замена кассет (RMCE): традиционные концепции и текущие проблемы». Журнал молекулярной биологии . 407 (2): 193–221. DOI : 10.1016 / j.jmb.2011.01.004 . PMID  21241707 .
  2. ^ https://patents.google.com/patent/US4959317A/en . Отсутствует или пусто |title=( справка )
  3. Перейти ↑ Sauer B (июнь 1987). «Функциональная экспрессия системы сайт-специфической рекомбинации cre-lox в дрожжах Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная и клеточная биология . 7 (6): 2087–96. DOI : 10.1128 / mcb.7.6.2087 . PMC 365329 . PMID 3037344 .  
  4. Перейти ↑ Sauer B, Henderson N (июль 1988 г.). «Сайт-специфическая рекомбинация ДНК в клетках млекопитающих с помощью Cre-рекомбиназы бактериофага P1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 85 (14): 5166–70. Bibcode : 1988PNAS ... 85.5166S . DOI : 10.1073 / pnas.85.14.5166 . PMC 281709 . PMID 2839833 .  
  5. ↑ Orban PC, Chui D, Marth JD (август 1992). «Тканевая и сайт-специфическая рекомбинация ДНК у трансгенных мышей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (15): 6861–5. Bibcode : 1992PNAS ... 89.6861O . DOI : 10.1073 / pnas.89.15.6861 . PMC 49604 . PMID 1495975 .  
  6. ^ Gu H, Цзоу YR, Rajewsky K (июнь 1993). «Независимый контроль рекомбинации переключателей иммуноглобулинов в отдельных регионах переключения, подтвержденный посредством Cre-loxP-опосредованного нацеливания на гены». Cell . 73 (6): 1155–64. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90644-6 . PMID 8513499 . 
  7. ^ Gu H, Marth JD, Орбан PC, Mossmann H, Rajewsky K (июль 1994). «Делеция генного сегмента ДНК-полимеразы бета в Т-клетках с использованием нацеливания гена, специфичного к типу клеток». Наука . 265 (5168): 103–6. Bibcode : 1994Sci ... 265..103G . DOI : 10.1126 / science.8016642 . PMID 8016642 . 
  8. ^ Hennet T, Hagen FK, Tabak Л.А., Marth JD (декабрь 1995). «Т-клеточно-специфическая делеция полипептидного гена N-ацетилгалактозаминилтрансферазы путем сайт-направленной рекомбинации» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (26): 12070–4. Bibcode : 1995PNAS ... 9212070H . DOI : 10.1073 / pnas.92.26.12070 . PMC 40298 . PMID 8618846 .  
  9. ^ Цзянь JZ (2016). «Cre-Lox Neurogenetics: 20 лет разностороннего применения в исследованиях мозга и подсчете…» . Границы генетики . 7 : 19. DOI : 10,3389 / fgene.2016.00019 . PMC 4759636 . PMID 26925095 .  
  10. ^ Цзянь Дж. З., Чен Д. Ф., Гербер Д., Том С, Мерсер Э. Х., Андерсон Д. Д. и др. (Декабрь 1996 г.). "Нокаут гена, ограниченного субрегиональным и клеточным типом, в мозге мыши". Cell . 87 (7): 1317–26. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 81826-7 . PMID 8980237 . 
  11. ^ a b Цзянь JZ, Huerta PT, Tonegawa S (декабрь 1996 г.). «Существенная роль гиппокампа, зависимая от рецептора NMDA CA1 синаптической пластичности в пространственной памяти». Cell . 87 (7): 1327–38. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 81827-9 . PMID 8980238 . 
  12. ^ План NIH для нейробиологии: сеть драйверов Cre. http://www.neuroscienceblueprint.nih.gov/factSheet/CreDriver.htm
  13. ^ Проект мозга GENSAT, http://www.gensat.org/index.html
  14. ↑ Shen J, Bronson RT, Chen DF, Xia W, Selkoe DJ, Tonegawa S (май 1997 г.). «Дефекты скелета и ЦНС у мышей с дефицитом пресенилина-1». Cell . 89 (4): 629–39. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 80244-5 . PMID 9160754 . 
  15. ^ Li Y, Erzurumlu RS, Chen C, Jhaveri S, Тонегава S (февраль 1994). «Связанные с усами нейронные паттерны не могут развиваться в ядрах тройничного ствола мозга мышей с нокаутом NMDAR1». Cell . 76 (3): 427–37. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90108-2 . PMID 8313466 . 
  16. ^ Feng R, Rampon C, Tang YP, Shrom D, Jin J, Kyin M и др. (Декабрь 2001 г.). «Недостаточный нейрогенез у мышей с нокаутом по пресенилину-1, специфичным для переднего мозга, связан со сниженным клиренсом следов гиппокампа». Нейрон . 32 (5): 911–26. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (01) 00523-2 . PMID 11738035 . 
  17. ^ "Cre-Lox Рекомбинация" .
  18. ^ Гесте AR, Прюитт SC (2007). «Скрининг дрожжевого двугибридного партнера по взаимодействию посредством создания меток двоичного взаимодействия in vivo, опосредованного Cre» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (21): e141. DOI : 10.1093 / NAR / gkm894 . PMC 2189736 . PMID 17986461 .  
  19. ^ "Циклизационная рекомбиназа [Escherichia coli] - Белок - NCBI" .
  20. ^ Штернберг N, Гамильтон D (август 1981). "Сайт-специфическая рекомбинация бактериофага P1. I. Рекомбинация между сайтами loxP". Журнал молекулярной биологии . 150 (4): 467–86. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (81) 90375-2 . PMID 6276557 . 
  21. ↑ Араки К., Араки М., Ямамура К. (февраль 1997 г.). «Направленная интеграция ДНК с использованием мутантных lox сайтов в эмбриональных стволовых клетках» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (4): 868–72. DOI : 10.1093 / NAR / 25.4.868 . PMC 146486 . PMID 9016639 .  
  22. ^ Missirlis PI, Smailus DE, Holt RA (апрель 2006 г.). «Высокопроизводительный скрининг, идентифицирующий последовательность и характеристики неразборчивости спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации» . BMC Genomics . 7 : 73. DOI : 10.1186 / 1471-2164-7-73 . PMC 1479339 . PMID 16595017 .  
  23. Перейти ↑ Lee G, Saito I (август 1998). «Роль нуклеотидных последовательностей спейсерной области loxP в Cre-опосредованной рекомбинации». Джин . 216 (1): 55–65. DOI : 10.1016 / s0378-1119 (98) 00325-4 . PMID 9714735 . 
  24. ^ a b Ван С.З., Лю Б.Х., Тао Х.В., Ся К., Чжан Ли (2009). «Генетическая стратегия для стохастической активации генов с регулируемой разреженностью (STARS)» . PLOS One . 4 (1): e4200. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.4200W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0004200 . PMC 2615212 . PMID 19145242 .  
  25. ^ Чжэн В, шалфей М, Sheppeard Е.А., Jurecic В, Брэдли А (январь 2000 г.). «Инженерия хромосом мыши с Cre-loxP: диапазон, эффективность и соматические приложения» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (2): 648–55. DOI : 10.1128 / mcb.20.2.648-655.2000 . PMC 85158 . PMID 10611243 .  
  26. ^ a b c Лю Дж, Виллет С.Г., Банкайтис Э.Д., Сюй Й., Райт CV, Гу G (июнь 2013 г.). «Непараллельная рекомбинация ограничивает репортеры на основе Cre-LoxP как точные индикаторы условной генетической манипуляции» . Бытие . 51 (6): 436–42. DOI : 10.1002 / dvg.22384 . PMC 3696028 . PMID 23441020 .  
  27. ^ Walrath JC, Хоуз JJ, Van Dyke T, Райли К. (2010). «Генно-инженерные модели мышей в исследованиях рака» . Достижения в исследованиях рака . 106 : 113–64. DOI : 10.1016 / S0065-230X (10) 06004-5 . ISBN 9780123747716. PMC  3533445 . PMID  20399958 .
  28. ^ Kristianto J, Johnson MG, Zastrow RK, Radcliff AB, Blank RD (июнь 2017 г.). «Спонтанная рекомбиназная активность Cre-ERT2 in vivo». Трансгенные исследования . 26 (3): 411–417. DOI : 10.1007 / s11248-017-0018-1 . PMID 28409408 . 
  29. ^ Альварес-Аснар А, Мартинес-Коррал я, Daubel Н, Betsholtz С, Макинен Т, Gaengel К (февраль 2020). «Линии Т2» . Трансгенные исследования . 29 (1): 53–68. DOI : 10.1007 / s11248-019-00177-8 . PMC 7000517 . PMID 31641921 .  
  30. ^ Харман ДЛ, Dobnikar л, Чэппелл Дж, Stokell Б.Г., Долби А, Фут К, и др. (Ноябрь 2019 г.). «Эпигенетическая регуляция гладкомышечных клеток сосудов с помощью диметилирования гистона H3, лизина 9, ослабляет индукцию целевого гена с помощью воспалительных сигналов» . Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов . 39 (11): 2289–2302. DOI : 10.1161 / ATVBAHA.119.312765 . PMC 6818986 . PMID 31434493 .  
  31. ↑ Chappell J, Harman JL, Narasimhan VM, Yu H, Foote K, Simons BD и др. (Декабрь 2016 г.). «Обширная пролиферация подмножества дифференцированных, но пластичных, гладкомышечных клеток срединных сосудов способствует формированию неоинтимы в моделях травм и атеросклероза у мышей» . Циркуляционные исследования . 119 (12): 1313–1323. DOI : 10,1161 / CIRCRESAHA.116.309799 . PMC 5149073 . PMID 27682618 .  
  32. ^ Сельдь BP, Hoggatt AM, Бурлак C, Offermanns S (2014). «Ранее дифференцированные клетки гладкой мускулатуры срединных сосудов способствуют формированию неоинтимы после повреждения сосудов» . Сосудистая клетка . 6 (1): 21. DOI : 10,1186 / 2045-824X-6-21 . PMC 4193961 . PMID 25309723 .  
  33. ^ Шанкман Л.С., Гомес Д., Черепанова О.А., Лосось М., Аленкар Г.Ф., Хаскинс Р.М. и др. (Июнь 2015 г.). «KLF4-зависимая фенотипическая модуляция гладкомышечных клеток играет ключевую роль в патогенезе атеросклеротических бляшек» . Природная медицина . 21 (6): 628–37. DOI : 10.1038 / nm.3866 . PMC 4552085 . PMID 25985364 .  
  34. ^ Альбарран-Хуарес J, Каур H, Гримм M, Offermanns S, Wettschureck N (август 2016). «Отслеживание происхождения клеток, вовлеченных в атеросклероз» . Атеросклероз . 251 : 445–453. DOI : 10.1016 / j.atherosclerosis.2016.06.012 . PMID 27320174 . 
  35. ^ Добникар Л., Тейлор А.Л., Чаппелл Дж., Олдах П., Харман Дж. Л., Оертон Э и др. (Ноябрь 2018 г.). «Связанные с заболеванием сигнатуры транскрипции, идентифицированные в отдельных гладкомышечных клетках из здоровых сосудов мыши» . Nature Communications . 9 (1): 4567. Bibcode : 2018NatCo ... 9.4567D . DOI : 10.1038 / s41467-018-06891-х . PMC 6212435 . PMID 30385745 .  
  36. ^ a b obocka MB, Rose DJ, Plunkett G, Rusin M, Samojedny A, Lehnherr H, et al. (Ноябрь 2004 г.). «Геном бактериофага Р1» . Журнал бактериологии . 186 (21): 7032–68. DOI : 10.1128 / JB.186.21.7032-7068.2004 . PMC 523184 . PMID 15489417 .  
  37. ^ Штернберга N, Гесс R (1983). «Молекулярная генетика бактериофага Р1». Ежегодный обзор генетики . 17 (1): 123–54. DOI : 10.1146 / annurev.ge.17.120183.001011 . PMID 6364958 . 
  38. ^ Livet Дж, Вайсман Т.А., Кан Н, Проект RW, Лу Дж, Беннис Р., и др. (Ноябрь 2007 г.). «Трансгенные стратегии комбинаторной экспрессии флуоресцентных белков в нервной системе». От редакции («Над головным мозгом»). Природа . 450 (7166): 56–62. Bibcode : 2007Natur.450 ... 56L . DOI : 10,1038 / природа06293 . PMID 17972876 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Введение в технологию Cre-lox от "Лаборатории Джексона"