Рибосомные частицы обозначаются в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . 60S субъединица является большой субъединицей эукариотических 80S рибосом . Он структурно и функционально связан с 50S субъединицу из 70S прокариотических рибосом . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Однако субъединица 60S намного больше, чем субъединица 50S прокариот, и содержит множество дополнительных белковых сегментов, а также сегменты экспансии рибосомной РНК .
Общая структура [ править ]
Характерные черты большой субъединицы, показанные ниже в «Коронном обзоре», включают центральный выступ (ЦП) и два стебля, названные в соответствии с их бактериальными белковыми компонентами (стебель L1 слева, если смотреть из интерфейса субъединицы и L7 / L12 справа). Существует три сайта связывания для тРНК : A-сайт, P-сайт и E-сайт (подробности см. В статье о трансляции белков ). Ядро субъединицы 60S образовано 28S рибосомной РНК (сокращенно 28S рРНК), которая гомологична прокариотической 23S рРНК , которая также вносит вклад в активный сайт ( центр пептидилтрансферазы , PTC) рибосомы. [2] [4]Ядро рРНК украшено десятками белков. На рисунке «Кристаллическая структура эукариотической рибосомной субъединицы 60S из T. thermophila » ядро рибосомной РНК представлено в виде серой трубки, а сегменты расширения показаны красным. Белки, которые имеют гомологи у эукариот, архей и бактерий, показаны синими лентами. Белки, общие только между эукариотами и археями, показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот, показаны красными лентами.
- Кристаллическая структура 60S субъединицы рибосомы эукариот T. thermophila
Субблок 60S, вид со стороны интерфейса субблока, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
Субблок 60S, вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
Рибосомные белки 60S [ править ]
В таблице «60S рибосомные белки» показаны отдельные белковые складки субъединицы 60S, окрашенные консервативным способом, как указано выше. Специфичные для эукариот удлинения, от нескольких остатков или петель до очень длинных альфа-спиралей и дополнительных доменов, выделены красным. [2]
Исторически сложилось так, что для рибосомных белков использовались разные номенклатуры. Например, белки были пронумерованы в соответствии с их миграционными свойствами в экспериментах с гель-электрофорезом . Следовательно, разные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, в то время как идентичные названия не обязательно обозначают гомологичные белки. В таблице «Рибосомные белки 60S» имеются перекрестные ссылки на названия человеческих рибосомных белков с гомологами дрожжей, бактерий и архей. [7] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомных белков (RPG) . [7]
| Структура (эукариотическая) [8] | H. sapiens [7] [9] | Универсальное имя [10] | Аминокислоты [11] | Сохранение [12] | S. cerevisiae [13] | Бактериальный гомолог ( E. coli ) | Архейский гомолог |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RPLP0 | uL10 | 318 | EAB | P0 | L10 | L10 | |
| RPL3 | uL3 | 404 | EAB | L3 | L3 | L3 | |
| RPL4 | uL4 | 428 | EAB | L4 | L4 | L4 | |
| RPL5 | uL18 | 298 | EAB | L5 | L18 | L18p | |
| RPL6 | eL6 | 289 | E | L6 | н / д | н / д | |
| RPL7 | uL30 | 254 | EAB | L7 | L30 | L30 | |
| RPL7A | eL8 | 267 | EA | L8 | н / д | L7Ae | |
| RPL8 | uL2 | 258 | EAB | L2 | L2 | L2 | |
| РПЛ9 | uL6 | 193 | EAB | L9 | L6 | L6 | |
| RPL10 | uL16 | 215 | EAB | L10 | L16 | L10e | |
| RPL11 | uL5 | EAB | L11 | L5 | L5 | ||
| RPL13 | eL13 | EA | L13 | н / д | L13e | ||
| RPL13A | uL13 | 204 | EAB | L16 | L13 | L13 | |
| RPL14 | eL14 | 221 | EA | L14 | н / д | L14e | |
| RPL15 | eL15 | 205 | EA | L15 | н / д | L15e | |
| RPL17 | uL22 | 185 | EAB | L17 | L22 | L22 | |
| RPL18 | eL18 | 189 | EA | L18 | н / д | L18e | |
| RPL18A | eL20 | 177 | EA | L20 | н / д | Lx | |
| RPL19 | eL19 | 197 | EA | L19 | н / д | L19 | |
| RPL21 | eL21 | 161 | EA | L21 | н / д | L21e | |
| RPL22 , RPL22L1 | eL22 | 129 | E | L22 | н / д | н / д | |
| RPL23 | uL14 | 141 | EAB | L23 | L14 | L14p | |
| RPL23A | uL23 | 157 | EAB | L25 | L23 | L23 | |
| RPL24 | eL24 | 158 | EA | L24 | н / д | L24e | |
| RPL26 | uL24 | 146 | EAB | L26 | L24 | L24 | |
| RPL27 | eL27 | 137 | E | L27 | н / д | н / д | |
| RPL27A | uL15 | 149 | EAB | L28 | L15 | L15 | |
| RPL28 | eL28 | E | не указано [2] [3] [14] | н / д | н / д | ||
| RPL29 | eL29 | E | L29 | н / д | н / д | ||
| RPL30 | eL30 | 116 | EA | L30 | н / д | L30e | |
| RPL31 | eL31 | 126 | EA | L31 | н / д | L31e | |
| RPL32 | eL32 | 136 | EA | L32 | н / д | L32e | |
| RPL34 | eL34 | 118 | EA | L34 | н / д | L34e | |
| RPL35 | uL29 | 124 | EAB | L35 | L29 | L29 | |
| RPL35A | eL33 | EA | L33 | н / д | L35Ae | ||
| RPL36 | eL36 | 106 | E | L36 | н / д | н / д | |
| RPL36A | eL42 | 107 | EA | L42 | н / д | L44e | |
| RPL37 | eL37 | 98 | EA | L37 | н / д | L37e | |
| RPL37A | eL43 | EA | L43 | н / д | L37Ae | ||
| RPL38 | eL38 | EA | L38 | н / д | L38e | ||
| RPL39 | eL39 | 52 | EA | L39 | н / д | L37Ae | |
| RPL40 | eL40 | 129 | EA | L40 | н / д | L40e |
См. Также [ править ]
- Эукариотическая малая рибосомная субъединица (40S)
Ссылки [ править ]
- ^ 60S + рибосома + субъединицы в Национальной медицинской библиотеке США по предметным заголовкам по медицинским предметам (MeSH)
- ^ а б в г Клинге, S; Фойгтс-Хоффманн, Ф; Лейбундгут, М; Арпагаус, S; Ban, N (2011). «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомной субъединицы в комплексе с фактором инициации 6». Наука . 334 (6058): 941–948. DOI : 10.1126 / science.1211204 . PMID 22052974 .
- ^ а б Бен-Шем, А; Гарро; de Loubresse, N; Мельников, С; Дженнер, L; Юсупова, Г; Юсупов, М (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы с разрешением 3,0 Å». Наука . 334 (6062): 1524–1529. DOI : 10.1126 / science.1212642 . PMID 22096102 .
- ^ a b Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Мур, ПБ; Steitz, TA (август 2000 г.). «Полная атомная структура большой субъединицы рибосомы при разрешении 2,4 А». Наука . 289 (5481): 905–920. DOI : 10.1126 / science.289.5481.905 . PMID 10937989 .
- ^ Кейт, JH; Юсупов ММ; Юсупова, ГЗ; Эрнест, штат Теннесси; Ноллер, HF (сентябрь 1999 г.). «Рентгеновские кристаллические структуры функциональных комплексов 70S рибосом». Наука . 285 (5436): 2095–2104. DOI : 10.1126 / science.285.5436.2095 . PMID 10497122 .
- ^ Юсупов, ММ; Юсупова, ГЗ; Baucom, A; Либерман, К; Эрнест, штат Теннесси; Кейт, JH; Ноллер, HF (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при разрешении 5,5 А». Наука . 292 (5518): 883–896. DOI : 10.1126 / science.1060089 . PMID 11283358 .
- ^ а б в Накао, А; Йошихама, М; Кенмочи, Н. (2004). «РПГ: база данных генов рибосомных белков» . Nucleic Acids Res . 32 (90001): D168–70. DOI : 10.1093 / NAR / gkh004 . PMC 308739 . PMID 14681386 .
- ^ Структура 'Т. thermophila, белки из структур большой субъединицы PDBS 417, 4A19
- ^ Номенклатура согласно базе данных генов рибосомных белков применима к H. sapiens и T. thermophila.
- ↑ Ban, Nenad; Бекманн, Роланд; Кейт, Джейми HD; Динман, Джонатан Д; Дракон, Франсуа; Эллис, Стивен Р.; Лафонтен, Денис LJ; Линдаль, Лассе; Лиляс, Андерс; Липтон, Джеффри М; Макалир, Майкл А; Мур, Питер Б; Ноллер, Гарри Ф; Ортега, Хоакин; Пансе, Викрам Говинд; Рамакришнан, V; Spahn, Christian MT; Стейтц, Томас А; Чоржевский, Марек; Толлервей, Дэвид; Уоррен, Алан Дж; Уильямсон, Джеймс Р; Уилсон, Дэниел; Йонатх, Ада; Юсупов, Марат (2014). «Новая система наименования рибосомных белков» . Текущее мнение в структурной биологии . Elsevier BV. 24 : 165–169. DOI : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . ISSN 0959-440X . PMC 4358319 . PMID 24524803 .
- ^ Йошихама, Маки; Уэчи, Тамайо; Асакава, Шуичи; Кавасаки, Каухико (2002). «Гены рибосомных белков человека: секвенирование и сравнительный анализ 73 генов» . Геномные исследования . 12 (3): 379–390. DOI : 10.1101 / gr.214202 . PMC 155282 . PMID 11875025 .
- ^ EAB означает сохранен у эукариот, архей и бактерий, EA означает сохранен у эукариот и архей, а E означает белок, специфичный для эукариот.
- ^ Традиционно рибосомные белки называли в соответствии с их кажущейся молекулярной массой при гель-электрофорезе, что привело к различным названиям гомологичных белков у разных организмов. RPG предлагает унифицированную номенклатуру генов рибосомных белков, основанную на гомологии.
- ^ RPL28 не имеет обнаруживаемого гомолога в дрожжах
Внешние ссылки [ править ]
- База данных генов рибосомных белков (RPG)