23S рибосомная РНК

В этой статье отсутствует информация о правильных Rfam-боксах: LSU_rRNA_archaea, LSU_rRNA_bacteria. Пожалуйста, разверните статью, чтобы включить эту информацию. Более подробная информация может быть на странице обсуждения . ( Декабрь 2020 г. )

Было предложено разделить эту статью на новую статью под названием Псевдоузел домена G (G12) 23S рибосомной РНК . ( Обсудить ) ( декабрь 2020 )

Псевдоузел домена G (G12) 23S рибосомальной РНК
Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности PK-G12rRNA
Идентификаторы
Символ	PK-G12rRNA
Рфам	RF01118
Прочие данные
Тип РНК	Джин ; рРНК
Домен (ы)	Бактерии
ТАК	SO: 0001263
Структуры PDB	PDBe

Трехмерное изображение рибосомы. Это вид трехмерного расположения 23S и 5S рРНК в субъединице 50S рибосомы Escherichia coli на основе криоэлектронной микроскопической реконструкции . ^[1]

23S рРНК является 2904 нтом длиной (в кишечной палочке ) компонентом большой субъединицы ( 50S ) бактериальной / Архейской рибосомы. Активность рибосомной пептидилтрансферазы находится в домене V этой рРНК, и этот домен является наиболее распространенным сайтом связывания антибиотиков, которые ингибируют трансляцию. Хорошо известный член этого класса антибиотиков, хлорамфеникол , действует путем ингибирования образования пептидной связи, причем недавние исследования трехмерной структуры показали, что два разных сайта связывания зависят от вида рибосомы. Линезолид и хинупристин-далфопристинтакже связываются с 23S рРНК, и между этими антибиотиками была продемонстрирована перекрестная резистентность. ^{[ необходима цитата ]} По сравнению с генами 16S рРНК, гены 23S рРНК обычно имеют более высокие вариации последовательности, включая инсерции и / или делеции. ^[2]

Эукариотическим гомологом рРНК 23S LSU является рибосомная РНК 28S с областью, заполненной рибосомной РНК 5.8S . ^[3]

Функции 23S рРНК [ править ]

В общем, рРНК выполняет важную функцию пептидилтрансферазы, стимулирующее ядро рибосомы играет роль в конфигурации пептидной связи. И пептидил-тРНК, и аминоацил-тРНК важны для синтеза белка и ответа транспептидации. Однако позиции 23S рРНК, которые представляют собой G2252, A2451, U2506 и U2585, имеют важную функцию для связывания тРНК в сайте P большой субъединицы рибосомы. Эти модифицирующие нуклеотиды в сайте P могут ингибировать связывание пептидил-тРНК, а также остаются модификациями U2555, вмешивающимися в перенос пептидил-тРНК на пуромицин. Кроме того, химическая модификация половины этих положений G2251, G2253, A2439 и U2584 не может предотвратить связывание тРНК. Пептидил-тРНК из 50s субъединиц, которая связывается с сайтом P, сохраняет восемь положений 23S рРНК от химической модификации. С другой стороны,23S рРНК влияет на мутации роста клеток. Мутации A1912G, A1919G и Ψ1917C обладают сильными фенотипами роста и препятствуют трансляции, в то время как мутация A1916G имеет простой фенотип роста и приводит к дефекту 50S-субъединиц.^[4]

См. Также [ править ]

Мотив 23S метил РНК
LSU рРНК

Ссылки [ править ]

^ Мюллер Ф, Соммер I, Баранов П., Матадин Р., Штольдт М., Вёнерт Дж., Герлах М., Ван Хеель М., Бримакомб Р. (2000). «Трехмерное расположение 23 S и 5 S рРНК в 50 S рибосомной субъединице Escherichia coli на основе криоэлектронно-микроскопической реконструкции с разрешением 7,5 Å». J Mol Biol . 298 (1): 35–59. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3635 . PMID 10756104 .
^ Pei A, Носа CW, Chokshi P, Blaser MJ, Ян L, Rosmarin DM, Pei Z (5 мая 2009). «Разнообразие генов 23S рРНК в отдельных геномах прокариот» . PLOS ONE . 4 (5): e5437. DOI : 10.1371 / journal.pone.0005437 . PMC 2672173 . PMID 19415112 .
^ Дорис, Стивен М .; Smith, Deborah R .; Beamesderfer, Julia N .; Рафаэль, Бенджамин Дж .; Натансон, Джудит А .; Герби, Сьюзан А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и доменно-специфические последовательности в 23S – 28S рибосомной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики» . РНК . 21 (10): 1719–1730. DOI : 10,1261 / rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID 26283689 .
↑ Long KS, Munck C, Andersen TM, Schaub MA, Hobbie SN, Bottger EC, Vester B (9 августа 2010 г.). «Мутации в 23S рРНК в центре пептидилтрансферазы и их связь с линезолидным связыванием и перекрестной резистентностью» . Противомикробные препараты и химиотерапия . 54 (11): 4705–4713. DOI : 10,1128 / AAC.00644-10 . PMC 2976117 . PMID 20696869 .

Внешние ссылки [ править ]

Страница для 23S_ribosomal_RNA в Rfam
Запись псевдоснования для псевдоузла 23S рибосомной РНК (PKB00148)

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid10756104-1] Мюллер Ф, Соммер I, Баранов П., Матадин Р., Штольдт М., Вёнерт Дж., Герлах М., Ван Хеель М., Бримакомб Р. (2000). «Трехмерное расположение 23 S и 5 S рРНК в 50 S рибосомной субъединице Escherichia coli на основе криоэлектронно-микроскопической реконструкции с разрешением 7,5 Å». J Mol Biol . 298 (1): 35–59. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3635 . PMID 10756104 .

[2] Pei A, Носа CW, Chokshi P, Blaser MJ, Ян L, Rosmarin DM, Pei Z (5 мая 2009). «Разнообразие генов 23S рРНК в отдельных геномах прокариот» . PLOS ONE . 4 (5): e5437. DOI : 10.1371 / journal.pone.0005437 . PMC 2672173 . PMID 19415112 .

[3] Дорис, Стивен М .; Smith, Deborah R .; Beamesderfer, Julia N .; Рафаэль, Бенджамин Дж .; Натансон, Джудит А .; Герби, Сьюзан А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и доменно-специфические последовательности в 23S – 28S рибосомной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики» . РНК . 21 (10): 1719–1730. DOI : 10,1261 / rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID 26283689 .

[4] Long KS, Munck C, Andersen TM, Schaub MA, Hobbie SN, Bottger EC, Vester B (9 августа 2010 г.). «Мутации в 23S рРНК в центре пептидилтрансферазы и их связь с линезолидным связыванием и перекрестной резистентностью» . Противомикробные препараты и химиотерапия . 54 (11): 4705–4713. DOI : 10,1128 / AAC.00644-10 . PMC 2976117 . PMID 20696869 .

[1]