Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Гаммапротеобактерии
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Класс:Гаммапротеобактерии
Garrity et al. 2005 г.
Заказы

Aeromonadales
Chromatiales
Enterobacterales
Legionellales
Pasteurellales
Vibrionales
Xanthomonadales

Класс Gammaproteobacteria принадлежит к типу Proteobacteria и включает около 250 родов, что делает его наиболее родовым таксоном прокариот. [1] К этому классу принадлежат несколько важных с медицинской, экологической и научной точек зрения групп бактерий. Он состоит из всех грамотрицательных микробов и является наиболее филогенетически и физиологически разнообразным классом протеобактерий. [2] Слово «гаммапротеобактерии» происходит от трех греческих слов: греческой буквы «гамма» (γ), означающей «изменчивый», слова «протеакос» (πρωτεκός) «маленькая палочка» и βακτήριον, что означает «бактерия», так что это означает « изменчивая палочка-бактерия ". Имя относится к Proteus,греческий бог моря, который мог менять свою форму. [3]Эти микроорганизмы могут жить в нескольких наземных и морских средах, в которых они играют различные важные роли, включая экстремальные условия, такие как гидротермальные источники . Обычно они имеют разные формы, такие как стержни, изогнутые стержни, кокки, спириллы и волокна [4], и включают свободноживущие бактерии, биопленкообразователи, комменсалы и симбионты [5], некоторые также обладают отличительной чертой биолюминесценции. [6] Метаболизм, обнаруженный у разных родов, очень отличается; существуют как аэробные, так и анаэробные (облигатные или факультативные) виды, хемолитоавтотрофы , хемоорганотрофы , фотоавтотрофы игетеротрофы . [7]

Филогения [ править ]

В настоящее время существует множество различных классификаций, основанных на разных подходах, таких как NCBI ( Национальный центр биотехнологической информации ), основанный на геноме, LPSN ( Список прокариотических названий, стоящих в номенклатуре ), База данных ARB-Silva [8] на основе рибосомной РНК или мультипротеиновый подход. Разобраться в филогенезе этого класса бактерий до сих пор очень сложно. [9]

Здесь сообщается о кладе, основанной на наборе из 356 семейств белков для класса Gammaproteobacteria.

Филогения гаммапротеобактерий
 

Бетапротеобактерии

 
Гаммапротеобактерии
 

Xanthomonadales

 
 
 

Chromatiales

 
 

Метилококк

 
 

Beggiatoa

 
 
 

Легионеллалес

 
 

Ruthia ,  Vesicomyosocius ,  Thiomicrospira ,  Dichelobacter ,  Francisella

 
 
 
 

Moraxellaceae ,  Alcanivorax

 
 
 

Сахарофаг

 
 
 

Oceanospirillaceae

 
 
 

Маринобактер

 
 

Pseudomonadaceae

 
 
 
 
 
 
 

Pseudoalteromonadaceae ,  Alteromonas ,  Idiomarinaceae

 
 
 

Shewanellaceae

 
 
 

Psychromonadaceae

 
 
 

Aeromonadales

 
 
 

Вибрионалес

 
 
 

Пастереллы

 
 

Enterobacterales

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Филогения Gammaproteobacteria после [10]. Не все отряды являются монофилетическими, поэтому показаны семейства или роды Pseudomonadales, Oceanospirillales и Alteromonadales. В случае одноэлементных порядков указывается род. (В бактериальной таксономии отряды имеют суффикс -ales, а семейства - -aceae.)

Ряд бактерий был описан как члены Gammaproteobacteria, но им еще не был присвоен отряд или семейство. Они включают бактерии из родов Alkalimarinus , Alkalimonas , Arenicella , Gallaecimonas , Ignatzschineria , Litorivivens , Marinicella , Methylohalomonas , Methylonatrum , Plasticicumulans , Pseudohongiella , Sedimenticola , Thiohalobacter , Thiohalomonas , Thiohalorhabdus , Thiolapillus иWohlfahrtiimonas . [11]

Значение и приложения [ править ]

Гаммапротеобактерии, особенно отряды Alteromonadales и Vibrionales , играют фундаментальную роль в морских и прибрежных экосистемах, поскольку они являются основными группами, участвующими в круговороте питательных веществ [12], и, несмотря на свою известность как патогены, они находят применение в огромном количестве областей, таких как биоремедиация. и биосинтез.

Гаммапротеобактерии можно использовать в качестве элемента микробного топливного элемента (MFC) [13], который применяет их способность диссимилировать различные металлы. [14] Произведенная энергия может быть собрана как одна из самых экологически чистых и устойчивых систем производства энергии. [15] Они также используются в качестве биологических фильтров метана. [16]

Фототрофные пурпурные серные бактерии используются в процессах очистки сточных вод [17], и способность некоторых Gammaproteobacteria (например, рода Alcanivorax [18] ) к биологическому восстановлению нефти становится все более важной для разложения сырой нефти после разливов нефти. [19] Некоторые виды из семейства Chromatiaceae примечательны тем, что могут участвовать в производстве витамина B12 . [20] Еще одним применением некоторых Gammaproteobacteria является их способность синтезировать поли-b-гидроксиалканоат (PHA) [21], который представляет собой полимер, который используется в производстве биоразлагаемых пластиков.. Также многие виды гаммапротеобактерий способны генерировать вторичные метаболиты с антибактериальными свойствами. [22]

Экология [ править ]

Гаммапротеобактерии широко распространены и многочисленны в различных экосистемах, таких как почва, пресноводные озера и реки, океаны и соленые озера. Например, гаммапротеобактерии составляют около 6–20% (в среднем 14%) бактериопланктона в различных океанах; [23] плюс, текущие исследования показали их всемирное распространение в глубоководных и прибрежных отложениях. [24] В морской воде состав бактериального сообщества может определяться различными параметрами окружающей среды, такими как фосфор, общее содержание органического углерода, соленость и pH, [25] и чем выше pH почвы, тем выше относительная численность Alphaproteobacteria. , Бетапротеобактерии и гаммапротеобактерии. [26]Относительная численность бетапротеобактерий и гаммапротеобактерий также положительно коррелирует с концентрацией растворенного органического углерода (DOC), который является ключевым параметром окружающей среды, определяющим состав бактериального сообщества. [27] Гаммапротеобактерии также играют ключевую роль в фиксации темного углерода в прибрежных отложениях, которые являются крупнейшим поглотителем углерода на Земле, и большинство этих бактерий еще не культивировалось. [28] Глубоководная гидротермальная система - одна из самых экстремальных сред на Земле. Почти все вент-эндемичные животные сильно связаны с первичным продуцированием эндо- и / или эписимбиотических хемоавтотрофных микроорганизмов. [29]Анализ как симбиотических, так и свободноживущих микробных сообществ в различных глубоководных гидротермальных условиях выявил преобладание в биомассе представителей Gammaproteobacteria. [30]

Гаммапротеобактерии обладают широким разнообразием, метаболической универсальностью и функциональной избыточностью в гидротермальных отложениях, и они ответственны за важный круговорот органического углерода и процессы круговорота азота и серы. [31] Бескислородные гидротермальные жидкости содержат несколько восстановленных соединений, таких как H2, CH4, и восстановленные ионы металлов в дополнение к H2S. Было высказано предположение, что хемоавтотрофы, окисляющие сероводород и восстанавливающие кислород, потенциально поддерживают первичную продукцию в этих уникальных экосистемах. [32] В последние десятилетия было обнаружено, что отряды, принадлежащие к Gammaproteobacteria, такие как Pseudomonas,  Moraxella , способны разрушать различные типы пластмасс, и эти микробы могут играть ключевую роль в биоразложении пластмасс. [33]

Метаболизм [ править ]

В классе Gammaproteobacteria существует большое разнообразие метаболизма.

Некоторые группы являются окислителями нитритов [34] и окислителями аммиака, как представители Nitrosococcus, за исключением  Nitrosococcus mobilis,  и они также являются облигатными  галофильными бактериями . [35]

Среди Gammaproteobacteria есть хемоавтотрофные окисляющие серу группы, такие как  Thiotrichales , которые встречаются в виде нитчатых сообществ микробных биопленок в мелководном газовом канале Tor Caldara в Тирренском море. [36] Более того, благодаря анализу гена 16S рРНК были обнаружены различные окислители сульфидов в классе Gammaporteobacteria, и наиболее важными из них являются Beggiatoa , Thioploca и Thiomargarita ; кроме того, большое количество сероводорода продуцируется сульфатредуцирующими бактериями в богатых органикой прибрежных отложениях. [37]

Морские гаммапротеобактерии также включают аэробные аноксигенные фототрофные бактерии (AAP), которые используют  бактериохлорофилл  для поддержки цепи переноса электронов. Считается, что они являются важным сообществом в океанах, а также широко распространены повсюду. [38]

Другой тип метаболизма, осуществляемый Gammaproteobacteria, - это окисление метана, осуществляемое по порядку  Methylococcales . Они метаболизируют метан как единственный источник энергии и очень важны в глобальном углеродном цикле . Их можно найти в любом месте, где есть источники метана, такие как запасы газа , почвы, сточные воды.    [39]

Пурпурные серные бактерии являются аноксигенными фототрофными окислителями железа, и они являются частью рода [40] Acidithiobacillus, но есть также два штамма Thiodictyon (порядок Chromatiales) - штамм L7 и штамм F4- и несколько видов в пределах рода Thermomonas (порядок Lysobacter ), которые осуществляют тот же метаболизм. [41]

В этом классе есть многочисленные роды облигатных и универсальных углеводородокластических бактерий . Облигатные углеводородокластические бактерии (OHCB) обладают способностью использовать углеводороды почти исключительно в качестве источника углерода, и до сих пор они были обнаружены только в морской среде. Роды, осуществляющие этот метаболизм, - это Alcanivorax , Oleiphilus, Oleispira , Thalassolitus , Cycloclasticus и Neptunomonas . Впоследствии, дополнительные виды , такие как Polycyclovorans , Algiphilus порядка Xanthomonadales и Porticoccus hydrocarbonoclasticusотряда Cellvibrionales, выделенных из фитопланктона. Группы аэробных «универсалом» углеводородные деструкторы могут использовать углеводороды и неуглеводородные субстраты в качестве источника углерода и энергии и являются членами в пределах родов Acinetobacter , Colwellia , Glaciecola , Halomonas , Marinobacter , Marinomonas , Methylomonas , Pseudoalteromonas , Pseudomonas , Rhodanobacter , Shewanella , Stenotrophomonas , и вибрион . [42]

Наиболее частый путь синтеза глюкозы среди членов Gammaporteobacteria - это цикл Кальвина – Бенсона – Бассама (CBB), но меньшая часть видов этого класса может использовать цикл rTCA . [43] Thioflavicoccus mobilis ( свободноживущие гаммапротеобактерии) и Candidatus Endoriftia persephone (симбионт гигантского трубчатого червя Riftia pachyptila ) представляют возможность использования цикла rTCA в дополнение к циклу CBB . Было показано, что некоторые виды Gammaproteobacteria могут одновременно экспрессировать два разных пути фиксации углерода. [44]

Симбиоз [ править ]

Симбиоз - это тесное и долгосрочное биологическое взаимодействие между двумя разными биологическими организмами. Большое количество гаммапротеобактерий способны вступать в тесный эндосимбиоз с различными видами. Доказательства этого можно найти в самых разных экологических нишах: на земле [45] [46] под землей [47] или глубоко на дне океана. [48] На суше сообщалось, что виды гаммапротеобактерий были изолированы от Robinia pseudoacacia [49] и других растений, [50] [51] в то время как в глубоком море гаммапротеобактерии, окисляющие серу, были обнаружены в гидротермальном дымоходе. ; [52]вступая в симбиотические отношения в глубоководных районах, хемолитотрофные микробы, окисляющие серу, получают дополнительные органические углеводороды в гидротермальных экосистемах. Некоторые Gammaproteobacteria являются симбиотическими с животными, спускающимися в геотермические океанические источники [53] , и, кроме того, Gammaproteobacteria могут иметь сложные взаимоотношения с другими видами, обитающими вокруг термальных источников [54], например, с креветками Rimicaris exoculata, живущими из гидротермальных источников на Срединно-Атлантический хребет.

Что касается эндосимбионтов, у большинства из них отсутствуют многие семейные характеристики из-за значительного сокращения генома. [55] [56]

Патогены [ править ]

Гаммапротеобактерии включают несколько важных с медицинской и научной точки зрения групп бактерий, таких как семейства Enterobacteriaceae , Vibrionaceae и Pseudomonadaceae . К этому классу относится ряд патогенов человека, включая Yersinia pestis , Vibrio cholerae , Pseudomonas aeruginosa , Escherichia coli и некоторые виды Salmonella . Класс также содержит патогены растений, такие как Xanthomonas axonopodis pv. citri ( язвы цитрусовых ), Pseudomonas syringae pv. actinidiae ( вспышка Psa киви ) иXylella fastidiosa . В морской среде несколько видов этого класса могут инфицировать различные морские организмы, например виды рода Vibrio, поражающие рыб, креветок, кораллы или устрицы [57], и виды Salmonella, поражающие серых тюленей ( Halichoerus grypus ). [58] [59]

См. Также [ править ]

  • Бетапротеобактерии
  • Протеобактерии

Ссылки [ править ]

  1. ^ Гэррити GM, Белл JA, Lilburn TG. (2005). Класс III. Класс гаммапротеобактерий. Ноябрь. In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd edn, vol. 2 Springer: New York, стр. 1
  2. ^ Т. Гутьеррес - 2019 - Институт машиностроения, процессов и энергетики, Школа инженерии и физических наук, Университет Хериот-Ватт, Эдинбург, Великобритания
  3. ^ Stackebrandt E, Мюррей Р., Truper HG (июль 1988). «Proteobacteria classis nov., Название филогенетического таксона, включающего« пурпурные бактерии и их родственники » » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 38 (3): 321–5. DOI : 10.1099 / 00207713-38-3-321 .
  4. ^ Schulz HN, Brinkhoff T, Ferdelman TG, МОРСКОЙ MH, Teske A, Йоргенсен BB (апрель 1999). «Густые популяции гигантской серной бактерии в отложениях шельфа Намибии». Наука . 284 (5413): 493–5. Bibcode : 1999Sci ... 284..493S . DOI : 10.1126 / science.284.5413.493 . PMID 10205058 . 
  5. ^ Williams К.П., Gillespie JJ, Собрал BW, Nordberg EK, Снайдер EE, Shallom JM, Dickerman AW (май 2010). «Филогения гаммапротеобактерий» . Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. DOI : 10.1128 / JB.01480-09 . PMC 2863478 . PMID 20207755 .  
  6. ^ Манн CB (2019-11-26). Морская микробиология: экология и приложения . CRC Press. ISBN 978-0-429-59236-2.
  7. ^ «Протеобактерии | Микробиология» .
  8. ^ "Сильва" . www.arb-silva.de . Проверено 22 ноября 2020 .
  9. ^ Williams К.П., Gillespie JJ, Собрал BW, Nordberg EK, Снайдер EE, Shallom JM, Dickerman AW (май 2010). «Филогения гаммапротеобактерий» . Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. DOI : 10.1128 / JB.01480-09 . PMC 2863478 . PMID 20207755 .  
  10. ^ Williams К.П., Gillespie JJ, Собрал BW, Nordberg EK, Снайдер EE, Shallom JM, Dickerman AW (май 2010). «Филогения гаммапротеобактерий» . Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. DOI : 10.1128 / JB.01480-09 . PMC 2863478 . PMID 20207755 .  
  11. ^ «Классификация доменов и типов - Иерархическая классификация прокариот (бактерий) - Gammaproteobacteria » . Список имен прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 13 января 2017 года .
  12. ^ Evans FF, Иган S, Kjelleberg S (май 2008). «Экология секреции II типа у морских гаммапротеобактерий» . Экологическая микробиология . 10 (5): 1101–7. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01545.x . PMID 18218035 . 
  13. ↑ Qian F, Morse DE (февраль 2011 г.). «Миниатюрные микробные топливные элементы». Тенденции в биотехнологии . 29 (2): 62–9. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2010.10.003 . PMID 21075467 . 
  14. ^ Горби Ю.А., Янина С., Маклин Дж. С., Россо К. М., Мойлес Д., Дохналкова А. и др. (Июль 2006 г.). «Электропроводящие бактериальные нанопроволоки, произведенные штаммом Shewanella oneidensis MR-1 и другими микроорганизмами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (30): 11358–63. Bibcode : 2006PNAS..10311358G . DOI : 10.1073 / pnas.0604517103 . PMC 1544091 . PMID 16849424 .  
  15. ↑ Hau HH, Gralnick JA (сентябрь 2007 г.). «Экология и биотехнология рода Shewanella». Ежегодный обзор микробиологии . 61 (1): 237–58. DOI : 10.1146 / annurev.micro.61.080706.093257 . PMID 18035608 . 
  16. ^ Розенберг E, Делонг EF, Лори EF, Stackebrandt E, Erko T, Thompson F, ред. (2014). Прокариоты: гаммапротеобактерии . Прокариоты (4-е изд.). Берлин Гейдельберг: Springer-Verlag. п. 434. ISBN 978-3-642-38921-4.
  17. ^ Кобаяши М, Michiharu Т, Tchan УТ (1973-08-01). «Обработка промышленных сточных вод и производство полезных побочных продуктов с помощью фотосинтетического бактериального метода» . Исследования воды . 7 (8): 1219–1224. DOI : 10.1016 / 0043-1354 (73) 90075-4 . ISSN 0043-1354 . 
  18. ^ Harayama S, Kishira Н, Касаи Y, Shutsubo К (август 1999 г.). «Биоразложение нефти в морской среде» . Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 1 (1): 63–70. PMID 10941786 . 
  19. ^ Касаи Y, Kishira Н, Syutsubo К, Harayama S (апрель 2001 г.). «Молекулярное обнаружение морских бактериальных популяций на пляжах, загрязненных в результате аварии танкера на Находке» . Экологическая микробиология . 3 (4): 246–55. DOI : 10,1046 / j.1462-2920.2001.00185.x . PMID 11359510 . 
  20. ^ Koppenhagen VB, Schlingmann G, Schaer W, Dresow. Му-молодой М., Везина С., Сингх К. (ред.). «Внеклеточные метаболиты фототрофных бактерий как возможные промежуточные звенья в биосинтезе витамина B12». Продукты брожения . Пергамон: 247–252. ISBN 978-0-08-025385-5.
  21. ↑ de la Haba RR, Sánchez-Porro C, Márquez MC, Ventosa A (апрель 2010 г.). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перенос Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius comb. Nov. И Salinicola halophilus nom. Nov., Соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Pt 4): 963–971. DOI : 10.1099 / ijs.0.014480-0 . PMID 19661506 . 
  22. ^ «Морские бактерии, связанные с морскими макроорганизмами: потенциальные противомикробные ресурсы - AMiner» . www.aminer.org . Проверено 20 ноября 2020 .
  23. ^ Broszat M, Nacke H, Blasi R, Siebe C, Huebner J, Daniel R, Grohmann E. 2014. Орошение сточными водами увеличивает численность потенциально вредных гаммапротеобактерий в почвах в долине Мескиталь, Мексика. Appl Environ Microbiol.
  24. ^ Bienhold С, Зингера л, Боэций А, Ramette А (2016-01-27). «Разнообразие и биогеография батиальных и глубинных бактерий морского дна» . PLOS ONE . 11 (1): e0148016. Bibcode : 2016PLoSO..1148016B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0148016 . PMC 4731391 . PMID 26814838 .  
  25. Перейти ↑ Jiang H, Dong H, Ji S, Ye Y, Wu N (2007-09-26). «Разнообразие микробов в глубоководных морских отложениях в бассейне Цюндуннань в Южно-Китайском море». Геомикробиологический журнал . 24 (6): 505–517. DOI : 10.1080 / 01490450701572473 . S2CID 130552094 . 
  26. ^ Rousk Дж, Baath Е, Брукес ПК, Lauber CL, Lozupone С, Caporaso Ю.Г., Knight R, Фирер N (октябрь 2010 г.). «Почвенные бактериальные и грибковые сообщества через градиент pH в пахотной почве» . Журнал ISME . 4 (10): 1340–51. DOI : 10.1038 / ismej.2010.58 . PMID 20445636 . S2CID 205156612 .  
  27. ^ Li D, Sharp JO, Saikaly PE, Ali S, M Alidina, Alarawi MS, Keller S, Hoppe-Джонс C, Drewes JE (октябрь 2012). «Растворенный органический углерод влияет на состав и разнообразие микробного сообщества в управляемых системах пополнения водоносных горизонтов» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (19): 6819–28. DOI : 10,1128 / AEM.01223-12 . PMC 3457517 . PMID 22798375 .  
  28. ^ Hedges JI, Keil RG (апрель 1995). «Сохранение осадочного органического вещества: оценка и теоретический синтез». Морская химия . 49 (2–3): 81–115. DOI : 10.1016 / 0304-4203 (95) 00008-F .
  29. ^ Jeanthon C (февраль 2000). «Молекулярная экология микробных сообществ гидротермальных источников». Антони ван Левенгук . 77 (2): 117–33. DOI : 10.1023 / а: 1002463825025 . PMID 10768471 . S2CID 24324674 .  
  30. ^ Стюарт FJ, Ньютон IL, Кавано CM (сентябрь 2005). «Хемосинтетические эндосимбиозы: адаптации к кислородно-аноксическим интерфейсам». Тенденции в микробиологии . 13 (9): 439–48. DOI : 10.1016 / j.tim.2005.07.007 . PMID 16054816 . 
  31. ^ Бейкер BJ, Лазар CS, Teske А.П., Дик GJ (2015). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений» . Микробиом . 3 : 14. DOI : 10,1186 / s40168-015-0077-6 . PMC 4411801 . PMID 25922666 .  
  32. ^ Jannasch, HW, andMottl, MJ (1985). Геомикробиология глубоководных гидротермальных явлений. Наука 229, 717–725
  33. ^ soixanteseize (06.01.2015). «Исследуй, чтобы понять, делись, чтобы добиться изменений» . Фонд Тары Осеан . Проверено 22 ноября 2020 .
  34. ^ Хан С, Ли Х, Ло Х, Вэнь С, Чен В, Хуанг Q (2018). «На состав и разнообразие сообществ нитритокисляющих бактерий влияют режимы удобрений, но они не зависят от почвенных агрегатов в кислой субтропической красной почве» . Границы микробиологии . 9 : 885. DOI : 10,3389 / fmicb.2018.00885 . PMC 5951965 . PMID 29867799 .  
  35. ^ Сезар Мота, Дженнифер Риденур, Джаянг Ченг, Фрэнсис Л. де лос Рейес, Высокий уровень нитрифицирующих бактерий в реакторах с периодической аэрацией, очищающих сточные воды с высоким содержанием аммиака. FEMS Microbiology Ecology, Том 54, Выпуск 3, ноябрь 2005 г., страницы 391–400
  36. ^ Патвардхан S, Foustoukos Д.И., Джованнелли Д, Yücel М, Vetriani С (2018). «Гаммапротеобактерии во время колонизации мелководных газовых выходов» . Границы микробиологии . 9 : 2970. DOI : 10,3389 / fmicb.2018.02970 . PMC 6291522 . PMID 30574130 .  
  37. ^ Сабина Ленк, Джулия Арндс, Катрис Зерятке, Никулина Мусат, Рудольф Аманн и Марк Мусманн * Институт морской микробиологии Макса Планка, Celsiusstraße 1, 28359 Бремен, Германия. Новые группы Gammaproteobacteria катализируют окисление серы и фиксацию углерода в прибрежных и приливных отложениях. (2011)
  38. ^ Cho JC, Stapels MD, Morris RM, Vergin KL, Schwalbach MS, Givan SA и др. (Июнь 2007 г.). «Гены полифилетического фотосинтетического реакционного центра у олиготрофных морских Gammaproteobacteria» . Экологическая микробиология . 9 (6): 1456–63. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01264.x . PMID 17504483 . 
  39. ^ Orata ФО, Майер-Колтхофф ДП, Соважо D, Штейн Л.Я. (2018). «Methylococcales) призывает к переклассификации членов на уровне родов и видов» . Границы микробиологии . 9 : 3162. DOI : 10,3389 / fmicb.2018.03162 . PMC 6315193 . PMID 30631317 .  
  40. ↑ Bryce C, Blackwell N, Schmidt C, Otte J, Huang YM, Kleindienst S и др. (Октябрь 2018 г.). «Микробное анаэробное окисление Fe (II) - Экология, механизмы и экологические последствия» . Экологическая микробиология . 20 (10): 3462–3483. DOI : 10.1111 / 1462-2920.14328 . PMID 30058270 . S2CID 51865641 .  
  41. ^ Сабрина Хедрих, Майкл Шломанн и Д. Барри Джонсон. Железоокисляющие протеобактерии. Школа биологических наук, Колледж естественных наук, Бангорский университет, Deiniol Road, Bangor LL57 2UW, UK 2 Междисциплинарный экологический центр, TU Bergakademie Freiberg, Leipziger Strasse 29, 09599 Freiberg, Германия. (2011)
  42. ^ Терри Дж. Макдженити, Таксономия, геномика и экофизиология микроорганизмов, разлагающих углеводороды, 2019 143-152; 181–189; 191-205.
  43. ^ Markert S, Arndt C, Felbeck H, Becher D, Sievert SM, Hügler M и др. (Январь 2007 г.). «Физиологическая протеомика некультивируемого эндосимбионта Riftia pachyptila» . Наука . 315 (5809): 247–50. Bibcode : 2007Sci ... 315..247M . DOI : 10.1126 / science.1132913 . hdl : 1912/1514 . PMID 17218528 . S2CID 45745396 .  
  44. ↑ Rubin-Blum M, Dubilier N, Kleiner M (январь 2019). «Генетические данные о двух путях фиксации углерода (цикл Кальвина-Бенсона-Бассема и обратный цикл трикарбоновых кислот) у симбиотических и свободноживущих бактерий» . мСфера . 4 (1). DOI : 10,1128 / mSphere.00394-18 . PMC 6315080 . PMID 30602523 .  
  45. ^ Karamipour N, Fathipour Y, Mehrabadi M (сентябрь 2016). «Гаммапротеобактерии как важные первичные симбионты в полосатом клопе Graphosoma Lineatum (Hemiptera: Pentatomidae)» . Научные отчеты . 6 (1): 33168. Bibcode : 2016NatSR ... 633168K . DOI : 10.1038 / srep33168 . PMC 5016839 . PMID 27609055 .  
  46. ^ Кикучи Y, Хосокава Т, никох Н, Fukatsu Т (февраль 2012). «Кишечные симбиотические бактерии клопов Eurydema rugosa и Eurydema dominulus (Heteroptera: Pentatomidae)». Прикладная энтомология и зоология . 47 (1): 1–8. DOI : 10.1007 / s13355-011-0081-7 . S2CID 14943700 . 
  47. ^ Танненбаум I, J Каур, Манн Р, Т Sawbridge, Rodoni В, С Спангенберг (август 2020). «Профилирование микробиома Lolium perenne: от семени к семени» . Фитобиомный журнал . 4 (3): 281–9. DOI : 10.1094 / PBIOMES-03-20-0026-R .
  48. ^ Breusing C, Schultz DT, Судек S, Уорден AZ, Young CR (сентябрь 2020). «Сборка генома с высокой степенью смежности хемосинтетического гаммапротеобактериального эндосимбионта трубчатого червя холодного оттока Lamellibrachia barhami» . Ресурсы молекулярной экологии . 20 (5): 1432–44. DOI : 10.1111 / 1755-0998.13220 . PMC 7540712 . 
  49. ^ Shiraishi A, Matsushita N, Hougetsu T (август 2010). «Клубеньковая саранча Gammaproteobacteria Pseudomonas sp. И Betaproteobacteria Burkholderia sp.». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (5): 269–74. DOI : 10.1016 / j.syapm.2010.04.005 . PMID 20542651 . 
  50. Перейти ↑ Ghosh PK, De TK, Maiti TK (2015-04-01). «Производство аскорбиновой кислоты в корнях, клубеньках и Enterobacter spp. (Gammaproteobacteria), выделенных из корневых клубеньков бобовых Abrus precatorius L.». Биокатализ и сельскохозяйственная биотехнология . 4 (2): 127–134. DOI : 10.1016 / j.bcab.2014.11.006 .
  51. ^ Benhizia Y, Benhizia Н, Benguedouar А, Muresu R, Джакомини А, Squartini А (август 2004 г.). «Гамма-протеобактерии могут клубеньковать бобовые культуры рода Hedysarum». Систематическая и прикладная микробиология . 27 (4): 462–8. DOI : 10.1078 / 0723202041438527 . PMID 15368852 . 
  52. ^ Nunoura T, Takaki Y, Kazama H, Kakuta J, Shimamura S, Makita H и др. (2014-08-18). «Физиологические и геномные особенности новой сероокисляющей гаммапротеобактерии, принадлежащей к ранее некультивируемой симбиотической линии, изолированной из гидротермального источника» . PLOS ONE . 9 (8): e104959. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j4959N . DOI : 10.1371 / journal.pone.0104959 . PMC 4136832 . PMID 25133584 .  
  53. ↑ Holt JR (6 февраля 2013 г.). «Описание филума гаммапротеобактерий» . Университет Саскуэханна - веб-сайт курса систематической биологии . Проверено 17 апреля 2018 года .
  54. ^ Петерсен JM, Ramette A, C Лотт, Камбон-Бонавита М.А., Збинден M, N Dubilier (август 2010). «Двойной симбиоз жерловой креветки Rimicaris exoculata с нитчатыми гамма- и эпсилонпротеобактериями на четырех гидротермальных жерловых полях Срединно-Атлантического хребта» . Экологическая микробиология . 12 (8): 2204–18. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2009.02129.x . PMID 21966914 . 
  55. Перейти ↑ Shigenobu S, Watanabe H, Hattori M, Sakaki Y, Ishikawa H (сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома внутриклеточного бактериального симбионта тлей Buchnera sp. APS» . Природа . 407 (6800): 81–6. Bibcode : 2000Natur.407 ... 81S . DOI : 10.1038 / 35024074 . PMID 10993077 . S2CID 4405072 .  
  56. ^ Burke GR, Moran NA (2011). «Массивный геномный распад у Serratia symbiotica, недавно появившегося симбионта тлей» . Геномная биология и эволюция . 3 : 195–208. DOI : 10.1093 / GbE / evr002 . PMC 3056288 . PMID 21266540 .  
  57. ^ Evans FF, Иган S, Kjelleberg S (май 2008). «Экология секреции II типа у морских гаммапротеобактерий» . Экологическая микробиология . 10 (5): 1101–7. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01545.x . PMID 18218035 . 
  58. ^ Бэйли ДЛ, Фостер Г, Д Браун, штат Нью - Джерси Дэвисон, Coia JE, Ватсон E. и др. (Март 2016 г.). «Инфекция сальмонеллы у серых тюленей (Halichoerus grypus), дозорных видов морских млекопитающих: патогенность и молекулярное типирование штаммов сальмонелл по сравнению с изолятами человека и домашнего скота» . Экологическая микробиология . 18 (3): 1078–87. DOI : 10.1111 / 1462-2920.13219 . PMID 26768299 . 
  59. ^ Дэниелс Н.А., Маккиннон Л., Бишоп Р., Альтекруз С., Рэй Б., Хаммонд Р.М., Томпсон С., Уилсон С., Бин Н.Х., Гриффин П.М., Слуцкер Л. (май 2000 г.). «Инфекции Vibrio parahaemolyticus в США, 1973–1998» . Журнал инфекционных болезней . 181 (5): 1661–6. DOI : 10.1086 / 315459 . PMID 10823766 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Гаммапротеобактерии в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)