Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Xanthomonadales
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Гаммапротеобактерии
Семьи
Синонимы
  • Lysobacterales Christensen and Cook 1978 г.

В Xanthomonadales являются бактериальная порядок в гамма-протеобактерии . Они являются одной из крупнейших групп бактериальных фитопатогенов , укрывающих такие виды, как Xanthomonas citri , Xanthomonas euvesicatoria , Xanthomonas oryzae и Xylella fastidiosa . [1] [2] [3] [4] [5] Эти бактерии поражают важные сельскохозяйственные растения, включая томаты, бананы, цитрусовые, рис и кофе. Многие виды в отряде также являются патогенами человека. Виды в пределах рода Stenotrophomonas обладают множественной лекарственной устойчивостью условно-патогенных. патогены , вызывающие внутрибольничные инфекции у пациентов с иммунодефицитом . [6] [7]

Характеристики [ править ]

В Xanthomonadales являются грамотрицательные , каталаза положительный, не- споровые формирования облигатных аэробов . [8] Члены отряда представляют собой прямые стержни без протезов . В то время как некоторые члены отряда неподвижны, другие виды в отряде подвижны посредством жгутиков . Stenotrophomonas это единственный род способен восстановления нитратов в пределах Xanthomonadales .

Таксономия [ править ]

В Xanthomonadales состоит из 28 правомерно названных родов среди двух семейств: Xanthomonadaceae и Rhodanobacteraceae . [9] [10] [11] Xanthomonadaceae состоит из 13 родов в то время как Rhodanobacteraceae состоят из 14 родов. Семейства можно отличить друг от друга на основе консервативных сигнатурных инделей, обнаруженных среди множества белков, специфичных для каждого семейства. [10] Эти индели проводятся параллельно с филогеномным анализом, который выявляет две отдельные клады, которые, по-видимому, эволюционно расходятся. Lysobacterales и Lysobacteraceaeявляются более ранними синонимами Xanthomonadales и Xanthomonadaceae соответственно. [10] [12]

Филогенетическая позиция [ править ]

В Xanthomonadales ранние дивергентов бактерий внутри гамма-протеобактерии , и часто используются для корневой филогенетических деревьев , созданных для класса. [13] До недавнего времени Xanthomonodales порядок был включительно семей Xanthomonadaceae , Algiphilaceae , Solimonadaceae , Nevskiaceae и Sinobacteraceae . Однако не было обнаружено никаких молекулярных сигнатур , включающих все семейства. [10] Организмы были таксономически перегруппированы таким образом, что Xanthomonadales включала Xanthomonadaceae., которая позже разделилась на две семьи. Разделение соответствовало CSI, которые были найдены специально для всех членов измененного порядка Xanthomonadales , обеспечивая поддержку принятой в настоящее время таксономии. Все остальные виды были перенесены в Nevskiales , которые не имеют общих CSI с Xanthomonadales , но остаются близкими родственниками внутри Gammaproteobacteria . [10] Cardiobacteriales , Chromatiales , Methylococcales , Legionellales и Thiotrichales также являются глубокими ветвящимися отрядами, которые филогенетически соседствуют с Xanthomonadales.и члены Невскиалеса . [10] [13] Nevskiales гаваней порядка одной семьи ( Salinisphaeraceae ) и шесть родов: Alkanibacter , Fontimonas , Hydrocarboniphaga , Nevskia , Solimonas и Steroidobacter . [10] Личинки Wohlfahrtiimonas chitiniclastica и Ignatzschineria - это два вида, которые исторически считались членами семейства Xanthomonadaceae . Однако они не передают сохраненные подписи членам семьи илиОтряд Xanthomonodales . [10] Эти виды образуют глубокое разветвление внутри соседних Gammaproteobacteria и являются монофилетическими с представителями Cardiobacteriales . Таким образом, эти виды в настоящее время обозначены как incartae sedis .

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [9]

  • Rhodanobacteraceae
    • « Гинумелла »
    • Аквимонас
    • Chiayiivigra
    • Мегамонас
    • Докдонелла
    • Дайелла
    • Frateuria
    • Фульвимонас
    • Лютеибактер
    • Металлибактерии
    • Mizugakiibacter
    • Олейагримонас
    • Псевдофульвимонас
    • Роданобактер
    • Руда
    • Tahibacter
  • Xanthomonadaceae
    • Аренимонас
    • Денитратимонас
    • Kaistibacter
    • Лютеимонас
    • Лизобактер
    • Псевдоксантомонады
    • Rehaibacterium
    • Силанимонас
    • Стенотрофомонады
    • Термомонас
    • Vulcaniibacterium
    • Ксантомонады
    • Xylella

Ссылки [ править ]

  1. ^ да Силва А.С., Ферро Дж.А., Рейнах Ф.К. и др. (2002). «Сравнение геномов двух патогенов Xanthomonas с различными специфичностями хозяина». Природа . 417 (6887): 459–463. DOI : 10.1038 / 417459a . PMID  12024217 .
  2. ^ Ван Sluys М. де Оливейра MC, Монтейро-Vitorello CB и др. (2003). «Сравнительный анализ полных последовательностей генома штаммов Xylella fastidiosa, вызванных болезнью Пирса и пестролистным хлорозом цитрусовых» . J Bacteriol . 185 (3): 1018–26. DOI : 10.1128 / JB.185.3.1018-1026.2003 . PMC 142809 . PMID 12533478 .  
  3. ^ Ли БМ, Пак Й.Дж., Парк Д.С. и др. (2005). «Последовательность генома Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, возбудителя бактериального ожога риса» . Nucleic Acids Res . 33 (2): 577–586. DOI : 10.1093 / NAR / gki206 . PMC 548351 . PMID 15673718 .  
  4. ^ Райан Р.П., Ворхолтер Ф, Потнис Н. и др. (2005). «Патогеномика Xanthomonas: понимание взаимодействия бактерий и растений». Nat Rev Microbiol . 9 (5): 344–355. DOI : 10.1038 / nrmicro2558 . PMID 21478901 . 
  5. ^ Чен Дж, Се G, S Хан, Чертков О, Симс D, Civerolo EL (2010). «Последовательности полного генома двух штаммов Xylella fastidiosa (M12 и M23), вызывающих ожог листьев миндаля в Калифорнии» . J Bacteriol . 192 (17): 4534. DOI : 10,1128 / JB.00651-10 . PMC 2937377 . PMID 20601474 .  
  6. ^ Crossman LC, Gould VC, Dow JM и др. (2008). «Полный геном, сравнительный и функциональный анализ Stenotrophomonas maltophilia выявляет организм, сильно защищенный детерминантами лекарственной устойчивости» . Genome Biol . 9 (4): R74. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-4-R74 . PMC 2643945 . PMID 18419807 .  
  7. ^ Looney WJ, Нарита M, Mühlemann K (2009). «Stenotrophomonas maltophilia: появляющийся оппортунистический патоген человека». Lancet Infect Dis . 9 (5): 312–323. DOI : 10.1016 / S1473-3099 (09) 70083-0 . PMID 19393961 . 
  8. ^ Saddler GS, Брэдбери JF (2005) Орден III. Xanthomonadales ord. ноя В: Руководство Берджи по систематической бактериологии. С. 63-122. Eds Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, Boone, Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH Springer-: Остин.
  9. ^ а б Сэйерс; и другие. «Xanthomonadales» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 24 октября 2016 .
  10. ^ a b c d e f g h Наушад С., Адеолу М., Вонг С., Сохаил М., Шеллхорн Х. Э., Гупта Р. С. (2015). «Таксономическая основа на основе филогеномных и молекулярных маркеров для отряда Xanthomonadales: предложение о передаче семейств Algiphilaceae и Solimonadaceae в отряд Nevskiales ord. Nov. И создании нового семейства в отряде Xanthomonadales, семейства Rhodanobacteraceae fam. Nov. род Rhodanobacter и его ближайшие родственники ". Антони ван Левенгук . 107 (2): 467–485. DOI : 10.1007 / s10482-014-0344-8 . PMID 25481407 . 
  11. Перейти ↑ Oren A, Garrity GM (2015). «Список новых имен и новых комбинаций, ранее эффективно, но не действительно опубликованных». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (7): 2017–2025. DOI : 10.1099 / ijs.0.000317 .
  12. Перейти ↑ Christensen P, Cook F (1978). «Lysobacter, новый род неплодоносящих, скользящих бактерий с высоким соотношением оснований» . Int J Syst Evol Microbiol . 28 (3): 367–393. DOI : 10.1099 / 00207713-28-3-367 .
  13. ^ a b Кутиньо-Хименес AM, Мартинс-Пиньейро M, Лима WC, Мартин-Торнет A, Моралес OG, Menck CF (2010). «Эволюционное размещение Xanthomonadales на основе консервативных белковых сигнатурных последовательностей». Mol Phylogenet Evol . 54 (2): 524–34. DOI : 10.1016 / j.ympev.2009.09.026 . PMID 19786109 .