Database Геном Таксономия (ГБДЦ) представляет собой интернет - база данных , которая содержит информацию о предлагаемой номенклатуры из прокариот , следуя phylogenomic подход , основанный на наборе консервативных белков. Помимо разделения парафилетических групп, этот метод также алгоритмически перераспределяет таксономические ранги , создавая новые имена в обоих случаях. [1] Информация об архее была добавлена в 2020 году вместе с классификацией видов, основанной на средней идентичности нуклеотидов. [2]
Содержание | |
---|---|
Описание | Предлагаемая номенклатура прокариот |
Контакт | |
Исследовательский центр | Австралийский центр экогеномики , Университет Квинсленда |
Авторы | Фил Хугенгольц, Мария Чувочина, Кристиан Ринке |
Первичное цитирование | PMID 30148503 |
Дата выпуска | 2018 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | https://gtdb.ecogenomic.org/ |
Разнообразный | |
Лицензия | CC BY-SA 4.0 |
Версия | 95.0 (17 июля 2020 г.) |
Политика курирования | смешанный |
Инструмент с открытым исходным кодом под названием GTDB-Tk доступен для классификации черновых геномов в иерархии GTDB. [3] Система GTDB через GTDB-Tk использовалась для каталогизации еще не названных бактерий в микробиоме кишечника человека и других метагеномных источниках. [4] [5]
Рекомендации
- ^ Парки, DH; Чувочина, М; Уэйт, DW; Ринке, С; Скаршевски, А; Chaumeil, PA; Гугенгольц, П. (ноябрь 2018 г.). «Стандартизированная бактериальная таксономия, основанная на филогении генома, существенно меняет древо жизни». Природа Биотехнологии . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101 / 256800 . DOI : 10.1038 / nbt.4229 . PMID 30148503 . S2CID 52093100 .
- ^ Парки, DH; Чувочина, М; Chaumeil, PA; Ринке, С; Mussig, AJ; Гугенгольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная таксономия от домена к виду для бактерий и архей» . Природа Биотехнологии . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . DOI : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .
- ^ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Парки, DH (15 ноября 2019 г.). «GTDB-Tk: набор инструментов для классификации геномов с помощью базы данных таксономии генома» . Биоинформатика . DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz848 . PMC 7703759 . PMID 31730192 .
- ^ Алмейда, Александр; Найфах, Стивен; Боланд, Мигель; Строцци, Франческо; Беракочеа, Мартин; Ши, Чжоу Джейсон; Поллард, Кэтрин С .; Сахарова, Екатерина; Парки, Донован Х .; Гугенгольц, Филипп; Сегата, Никола; Kyrpides, Nikos C .; Финн, Роберт Д. (20 июля 2020 г.). «Единый каталог из 204 938 эталонных геномов из микробиома кишечника человека» . Природа Биотехнологии . DOI : 10.1038 / s41587-020-0603-3 . PMID 32690973 .
- ^ Найфах, Стивен; Ру, Саймон; Сешадри, Рекха; Удвари, Даниэль; Варгезе, Неха; Шульц, Фредерик; У, Дунъин; Паез-Эспино, Дэвид; Чен, И-Мин; Huntemann, Марсель; Паланиаппан, Кришна; Ладау, Джошуа; Мукерджи, Супратим; Редди, ТБК; Нильсен, Торбен; Киртон, Эдвард; Фариа, Хосе П .; Edirisinghe, Janaka N .; Генри, Кристофер С .; Jungbluth, Sean P .; Чивиан, Дилан; Дехал, Парамвир; Wood-Charlson, Elisha M .; Аркин, Адам П .; Триндж, Сюзанна Дж .; Визель, Аксель; Войке, Таня; Маунси, Найджел Дж .; Иванова Наталья Н .; Kyrpides, Nikos C .; Элоэ-Фадрош, Эмили А. (9 ноября 2020 г.). «Геномный каталог микробиомов Земли» . Природа Биотехнологии . DOI : 10.1038 / s41587-020-0718-6 .
Смотрите также
- Филокод