Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья про профессора химии. Для художника см Хелен Берман .
Хелен Берман
Хелен Берман в 2008 году.
Хелен Берман в 2008 году.
Родившийся
Хелен Мириам Берман

1943 (77–78 лет)
Чикаго, Иллинойс
Альма-матер
Супруг (а)
  • Виктор Берман
  • Питер Янг (1976–1999)
ДетиДжейсон Ашер Янг [ необходима ссылка ]
Награды
Научная карьера
Поля
УчрежденияУниверситет Рутгерса
ТезисКристаллические структуры альфа-прайма и бета-D-маннита, галактикола, метил-альфа-D-глюкопиранозида и гидроксимочевины  (1967)
ДокторантДжордж А. Джеффри [ необходима ссылка ]
Другие научные консультантыБарбара Лоу , Дженни Гласкер
Интернет сайтrutchem .rutgers .edu / berman-helen-m

Хелен Мириам Берман - профессор химии и химической биологии в Совете управляющих Университета Рутгерса и бывший директор банка данных по белкам RCSB (одной из организаций-членов Всемирного банка данных по белкам ). Как структурный биолог, ее работа включает структурный анализ комплексов белок-нуклеиновая кислота и роль воды в молекулярных взаимодействиях. Она также является основателем и директором базы данных нуклеиновых кислот и руководила базой знаний по структурной геномике Инициативы по структуре белка. [1] [2] [3]

Предпосылки и образование [ править ]

Берман родился в Чикаго, штат Иллинойс, и вырос в Бруклине, штат Нью-Йорк. Ее отец, Дэвид Бернштейн, был врачом, а мать Дороти Бернштейн (урожденная Скупски) вела офисную практику отца. Вдохновленная своим трудолюбивым и ученым отцом, она интересовалась наукой в ​​юности и планировала стать ученым или врачом. Ее мать, которая активно участвовала в общественной и волонтерской работе, побуждала ее участвовать в общественной деятельности на протяжении всей ее жизни.

В старших классах Берман работал в лаборатории Ингрит Дейруп в Барнард-колледже . Дейруп призвал Бермана учиться у Барнарда в качестве бакалавра. Во время учебы в колледже она работала в лаборатории Колледжа врачей и хирургов Колумбийского университета с Барбарой Лоу . Там Берман узнал о кристаллографии , которая стала его страстью на всю жизнь. В 1964 году она окончила Barnard со степенью бакалавра химии.

После колледжа Берман поступила в аспирантуру Питтсбургского университета , место, которое она выбрала, потому что это было единственное место в стране с отделением кристаллографии и одно из немногих, где кристаллография предлагалась в качестве предмета. Там она работала с Джорджем А. Джеффри над структурой углеводов, получив докторскую степень. в 1967 г. Берман проработал еще два года в Питтсбургском университете в качестве постдокторского научного сотрудника.

Карьера [ править ]

В 1969 году Берман переехала в онкологический центр Fox Chase в Филадельфии, где она работала в лаборатории Дженни П. Гласкер , прежде чем начать свою собственную независимую исследовательскую программу в качестве преподавателя в 1973 году. В Fox Chase Берман заинтересовалась структурами нуклеиновых кислот. и в биоинформатике. Она знала, что логическая организация данных сделает их полезными для самых разных ученых.

В июне 1971 года Берман посетил симпозиум в лаборатории Колд-Спринг-Харбор , где несколько ученых согласились с тем, что данные о растущем числе белковых структур должны храниться в базе данных. [4] Эта встреча привела к созданию банка данных по белкам (PDB) в Брукхейвенской национальной лаборатории . [5] [6]

В 1989 году Берман переехала в Рутгерс, а в 1992 году вместе с другими учеными она стала соучредителем Базы данных нуклеиновых кислот (NDB) для сбора и распространения информации о структуре нуклеиновых кислот. [7] В Rutgers она продолжала изучать нуклеиновые кислоты, их взаимодействие с белками [8], а также исследовала структуру коллагена в сотрудничестве с Барбарой Бродски и Джорди Белла. [9] Она указана в качестве депонента 38 структур в PDB с 1992 по 2011 год, комплексов белок / нуклеиновая кислота и их компонентов (например, 1RUN, 3SSX, 2B1B), фрагментов коллагена (например, 1CGD, 1EI8) и других макромолекул. .

В 1998 году Берман и Филип Борн вместе соревновались и выиграли контракт на Банк данных белков, и база данных была перемещена из Брукхейвена под эгиду Исследовательского сотрудничества в области структурной биоинформатики (RCSB), которое в настоящее время является результатом сотрудничества между Рутгерсом и Калифорнийским университетом. Сан Диего. Вместе с коллегами Берман переработал систему управления данными, добавил новые пользовательские инструменты и сделал базу данных доступной для поиска. [10] С 2003 года архивом PDB управляет всемирный банк данных Protein Data Bank (wwPDB), партнерство, основанное Берманом, которое состоит из организаций, которые действуют как центры хранения, обработки и распределения данных PDB - RCSB, PDBe в Европе и PDBj в Японии. [11]В 2006 году банк данных BioMagResData (BMRB) для структур ядерного магнитного резонанса (ЯМР) [12] стал четвертым членом wwPDB. [13] По состоянию на июль 2018 г., NDB содержит более 9600 структур нуклеиновых кислот, а PDB - более 142 000 макромолекулярных структур.

Также под руководством RCSB весной 2008 года была запущена база знаний по структурной геномике Инициативы структуры белка (PSI), которая представляет собой постоянно обновляемый портал для данных исследований и других ресурсов, полученных в результате усилий PSI. [14]

Берман также был активен в научном сообществе, занимая пост президента Американской кристаллографической ассоциации в 1988 году, консультировал как Национальные институты здравоохранения, так и Национальный научный фонд, а также работал в редакционных советах нескольких журналов. Ее работы широко публиковались в рецензируемых научных журналах . [8] [9] [15] [16] [17]

Берман был исполнительным продюсером и создателем документального сериала Target Zero, в котором основное внимание уделяется медицинским, а также социальным аспектам лечения и профилактики ВИЧ. [18] В трех короткометражных фильмах переплетаются истории реальных пациентов, интервью с ведущими врачами, медицинскими работниками и учеными; и современная молекулярная анимация. Эти отчеты освещают сложную историю борьбы с эпидемией ВИЧ и показывают постоянную потребность в сострадательном, ориентированном на пациента уходе и истинном понимании на клеточном уровне науки, лежащей в основе методов лечения. [19]

Почести и награды [ править ]

  • Достижения женщины из Нью-Джерси (1993)
  • Сотрудник Американской ассоциации развития науки (1996).
  • Премия "Выдающаяся женщина-ученый", Ассоциация женщин в науке , Нью-Йоркское отделение (1999)
  • Заслуженный лектор, Sigma Xi : The Scientific Research Society (2007–2009) [20]
  • Премия за выдающиеся заслуги перед биофизическим обществом (2000 г.) [1]
  • Член Биофизического общества (2001) [21]
  • Премия М. Дж. Бюргера, Американская кристаллографическая ассоциация (2006 г.) [22]
  • Премия выпускникам химического факультета Питтсбургского университета (2010 г.)
  • Член Американской кристаллографической ассоциации (2011 г.) [2]
  • Премия Карла Брандена от Белкового общества (2012)
  • Премия ДеЛано в области вычислительной биологии Американского общества биохимии и молекулярной биологии (2013 г.) [23]
  • Премия Бенджамина Франклина за открытый доступ в науках о жизни (2014 г.)

Личная жизнь [ править ]

Берман была замужем дважды: за инженером Виктором Берманом в 1960-х годах и за молекулярным биологом Питером Янгом с 1976 по 1999 год. От второго брака у нее есть сын Джейсон Ашер Янг (1979 г.р.), физик.

В 80-е годы у Бермана диагностировали рак груди. Этот опыт сделал ее более сосредоточенной в своей жизни и карьере и заинтересовала в поддержке других женщин, которые сталкиваются с таким же диагнозом.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Публикации Хелен М. Берман, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ Demasters K: НА КАРТЕ; Банк, в котором находятся молекулы валюты . Нью-Йорк Таймс 2000-11-26. Проверено 22 октября 2008 г.
  3. ^ История Елены Бермана из Университета Рутгерса Управления по делам женщин в науке, технике и математике
  4. ^ Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии, вып. XXXVI (1972)
  5. ^ Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ, Meyer EF, Brice MD, Rodgers JR, Kennard O, Shimanouchi T, Tasumi M (1977). «Банк данных белков: компьютерный архивный файл для макромолекулярных структур». Журнал молекулярной биологии . 112 (3): 535–542. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (77) 80200-3 . PMID  875032 .
  6. Перейти ↑ Berman H (2008). «Банк данных о белках: историческая перспектива» . Acta Crystallographica . 64 (Pt 1): 88–95. Bibcode : 2008AcCrA..64 ... 88В . DOI : 10.1107 / S0108767307035623 . PMID 18156675 . 
  7. ^ О базе данных нуклеиновых кислот, архивированной 20 сентября 2008 г. на Wayback Machine
  8. ^ а б Бенофф Б., Ян Х., Лоусон К.Л., Паркинсон Г., Лю Дж., Блаттер Е., Эбрайт Ю.В., Берман Х.М., Эбрайт Р.Х. (2002). «Структурная основа активации транскрипции: комплекс CAP-αCTD-ДНК» . Наука . 297 (5586): 1562–1566. Bibcode : 2002Sci ... 297.1562B . DOI : 10.1126 / science.1076376 . PMID 12202833 . S2CID 17422837 .  
  9. ^ а б Белла Дж., Итон М, Бродский Б., Берман Х.М. (1994). «Кристаллическая и молекулярная структура коллагеноподобного пептида с разрешением 1,9 Å». Наука . 266 (5182): 75–81. Bibcode : 1994Sci ... 266 ... 75B . DOI : 10.1126 / science.7695699 . PMID 7695699 . 
  10. ^ Берман НМ, ВЕСТБРУК Дж, Фэн - J, G Гиллилэнд, Бхат Т.Н., Weissig Н, Shindyalov И.Н., Борн ПЭ (2000). «Банк данных о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 235–242. DOI : 10.1093 / NAR / 28.1.235 . PMC 102472 . PMID 10592235 .  
  11. ^ Berman HM, Henrick K, Накамура H (2003). «Представляем всемирный банк данных о белках». Структурная биология природы . 10 (12): 980. DOI : 10.1038 / nsb1203-980 . PMID 14634627 . S2CID 2616817 .  
  12. ^ Doreleijers, JF; Mading, S; Мазюк, Д; Соджорнер, К; Инь, L; Чжу, Дж; Маркли, JL; Ульрих, EL (2003). «База данных BioMag Res Bank с наборами экспериментальных ограничений ЯМР, соответствующих структурам более 1400 биомолекул, депонированных в Protein Data Bank». Журнал биомолекулярного ЯМР . 26 (2): 139–46. DOI : 10.1023 / а: 1023514106644 . PMID 12766409 . S2CID 13221156 .   
  13. ^ Берман HM; Хенрик К; Накамура H; Джон Л. Маркли JL (2007). «Всемирный банк данных о белках (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (выпуск базы данных): D301 – D303. DOI : 10.1093 / NAR / gkl971 . PMC 1669775 . PMID 17142228 .  
  14. ^ Kouranov А, Се L, де - ла - Крус J, Chen L, Уэстбрук J, Bourne PE, Берман HM (2006). «Информационный портал RCSB PDB по структурной геномике» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): D302 – D305. DOI : 10.1093 / NAR / gkj120 . PMC 1347482 . PMID 16381872 .  
  15. ^ Берман, HM; Олсон, В.К .; Беверидж, DL; Westbrook, J .; Gelbin, A .; Демени, Т .; Hsieh, SH; Шринивасан, АР; Шнайдер, Б. (1992). «База данных нуклеиновых кислот. Полная реляционная база данных трехмерных структур нуклеиновых кислот» . Биофизический журнал . 63 (3): 751–759. Bibcode : 1992BpJ .... 63..751B . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (92) 81649-1 . PMC 1262208 . PMID 1384741 .  
  16. ^ Берман, HM ; Westbrook, J .; Feng, Z .; Gilliland, G .; Bhat, T .; Weissig, H .; Шиндялов, И .; Борн, П. (2000). «Банк данных о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 235–242. DOI : 10.1093 / NAR / 28.1.235 . PMC 102472 . PMID 10592235 .  
  17. ^ Берман, HM ; Kleywegt, GJ ; Накамура, Н; Маркли, Дж. Л. (2012). «Банк данных о белках в 40 лет: размышления о прошлом для подготовки к будущему» . Структура . 20 (3): 391–6. DOI : 10.1016 / j.str.2012.01.010 . PMC 3501388 . PMID 22404998 .  
  18. ^ «Target Zero: официальный сайт» . targetzerofilm.org . Проверено 17 января 2021 года .
  19. ^ Posatko, Мэри (1 мая 2017). «Целевая ноль» . imdb.com . Проверено 17 января 2021 года .
  20. ^ Выдающиеся лекторы Sigma Xi
  21. ^ "Два выдающихся химика Рутгерса по имени Члены Биофизического Общества". Биомедицина
  22. ^ Rutgers Профессор Хелен М. Берман, чтобы получить престижную премию MJ Buerger, Rutgers News Release, 16 августа 2006 г. Архивировано 20 июля 2011 г., в Wayback Machine
  23. ^ «Берман признательна за ее усилия по устранению барьеров для доступа к данным» . Проверено 22 января 2015 года .