HomoloGene

Эта статья в значительной степени или полностью основана на одном источнике . Соответствующее обсуждение можно найти на странице обсуждения . Пожалуйста, помогите улучшить эту статью , добавив ссылки на дополнительные источники . Найти источники:  "HomoloGene"  -  новости  · газеты  · книги  · ученый  · JSTOR ( октябрь 2020 г. )

HomoloGene , инструмент Национального центра биотехнологической информации США (NCBI), представляет собой систему для автоматического обнаружения гомологов (сходство, связанное с происхождением от общего предка) среди аннотированных генов нескольких полностью секвенированных геномов эукариот. ^[1]

Обработка HomoloGene состоит из анализа белков поступающих организмов. Последовательности сравниваются с помощью blastp, затем сопоставляются и объединяются в группы с использованием таксономического дерева, построенного на основе сходства последовательностей, где сначала сопоставляются более близкие родственные организмы, а затем к дереву добавляются другие организмы. Выравнивания белков сопоставляются с соответствующими последовательностями ДНК, а затем могут быть рассчитаны метрики расстояния в виде молекулярных расстояний. Jukes and Cantor (1969) , отношение Ka / Ks .

Последовательности сопоставляются с использованием эвристического алгоритма для максимизации оценки глобально, а не локально, при двудольном сопоставлении (см. Полный двудольный граф ). Затем он вычисляет статистическую значимость каждого совпадения. Отсечки выполняются для каждой позиции, и значения Ks устанавливаются для предотвращения группирования ложных «ортологов» . «Паралоги» идентифицируются путем нахождения последовательностей, которые ближе к одному виду, чем к другим видам.

Входные организмы [ править ]

Metazoa [ править ]

Позвоночные [ править ]

Homo sapiens , Pan troglodytes , Mus musculus , Rattus norvegicus , Canis lupus familis , Bos taurus , Gallus gallus , Xenopus tropicalis , Danio rerio "

Беспозвоночные [ править ]

« Drosophila melanogaster , Anopheles gambiae , Caenorhabditis elegans »

Грибы [ править ]

« Saccharomyces cerevisiae , Schizosaccharomyces pombe , Kluyveromyces lactis , Eremothecium gossypii , Magnaporthe grisea , Neurospora crassa »

Растения [ править ]

Двудольные [ править ]

" Arabidopsis thaliana "

Однодольные [ править ]

" Орыза сатива "

Протиста [ править ]

" Plasmodium falciparum .

Интерфейс [ править ]

HomoloGene связан со всеми базами данных Entrez и основан на информации о гомологии и фенотипе этих ссылок:

• Информатика генома мышей (MGI),
• Информационная сеть по рыбкам данио (ZFIN),
• База данных генома Saccharomyces (SGD),
• Кластеры ортологичных групп (COG),
• FlyBase ,
• Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM)

В результате HomoloGene отображает информацию о генах, белках, фенотипах и консервативных доменах.

Ссылки [ править ]

Внешние ссылки [ править ]

Викиданные имеют свойство: HomoloGene ID (P593) (см. Использование )