Проект сворачивания протеома человека ( HPF ) - это совместная работа Нью-Йоркского университета ( лаборатория Бонно ), Института системной биологии (ISB) и Вашингтонского университета ( лаборатория Бейкера ) с использованием программного обеспечения Rosetta, разработанного Rosetta Commons.
На этапе 1 HPF применялось программное обеспечение Rosetta v4.2x для генома человека и 89 других геномов , начиная с ноября 2004 года. Этап 1 завершился в июле 2006 года. На этапе 2 HPF (HPF2) применяется программное обеспечение Rosetta v4.8x с более высоким разрешением, «полное уточнение атомов "режим, концентрирующийся на биомаркерах рака (белки, обнаруженные в значительно повышенных уровнях в раковых тканях), белках, секретируемых человеком, и малярии .
Фаза 1 RAN на двух распределенных вычислительных сетей: на United Devices ' grid.org , и на World Community Grid , в IBM филантропической инициативе. Фаза 2 проекта проходила исключительно в World Community Grid; он прекратил свое существование в 2013 году после более чем 9-летнего участия IBM. [1]
Институт системной биологии будет использовать результаты вычислений в рамках своих более крупных исследований.
Публикации [ править ]
Мальмстрём, Ларс; Риффл, Майкл; Штраус, Чарли Э.М.; Чивиан, Дилан; Дэвис, Триша Н .; Бейкер, Дэвид; Бейкер, Д. (2007), «Назначение суперсемейства для протеома дрожжей посредством интеграции предсказания структуры с генной онтологией» , PLoS Biology , 5 (4): e76, doi : 10.1371 / journal.pbio.0050076 , PMC 1828141 , PMID 17373854
См. Также [ править ]
- BOINC
- Складной @ дома
- Сложите его
- Проект протеома человека
- Список распределенных вычислительных проектов
Ссылки [ править ]
- ^ World Community Grid Post - Обновление HPF2, июнь 2013 г. , получено 14 июля 2015 г.
Внешние ссылки [ править ]
