Проект Протеом человека [1] ( ГЭС ) является результатом совместных усилий координируется организацией Human Протеом . [2] Его заявленная цель - экспериментальное наблюдение за всеми белками, производимыми последовательностями, транслируемыми из генома человека .
Содержание | |
---|---|
Описание | Характеристика всего протеома |
Типы данных захвачены | белковая последовательность, фосфорилирование, ацетилирование, гликозилирование |
Организмы | Homo sapiens |
Контакт | |
Исследовательский центр | Организация протеома человека |
Лаборатория | разные |
Первичное цитирование | PMID 22398612 |
Доступ | |
Веб-сайт | www www |
URL-адрес веб-службы | NextProt ОТДЫХ |
История
Организация Human Proteome Organization служила координирующим органом для многих длительных проектов исследований протеомики, связанных с конкретными тканями человека, представляющими клинический интерес, такими как плазма крови , [3] печень , [4] мозг [5] и моча . [6] Он также отвечал за проекты, связанные с конкретными технологиями [7] и стандартами [8], необходимыми для крупномасштабного исследования белков.
Структура и цели более крупного проекта, параллельного проекту « Геном человека» , обсуждались в научной литературе. [9] [10] [11] [12] [13] Результатом этой дискуссии и серии встреч на Всемирных конгрессах Организации по протеомам человека в 2009, 2010 и 2011 годах стало решение об определении проекта «Протеом человека». как состоящий из двух подпроектов, C-HPP и B / D-HPP. [14] C-HPP будет разделен на 25 групп, по одной на хромосому человека. B / D-HPP будет организован в группы по биологической значимости и значимости белков. [15]
Проекты и группы
Текущий набор рабочих групп перечислен ниже в порядке хромосомы, подлежащей изучению.
Хромосома | Лидер группы | Национальная принадлежность |
---|---|---|
1 | Пинг Сюй | Китай |
2 | Лиди Лейн | Швейцария |
3 | Такеши Кавамура | Япония |
4 | Ю Цзюй Чен | Тайвань |
5 | Петр Хорватович | Нидерланды |
6 | Кристоф Борхерс | Канада |
7 | Эдвард Найс | Австралия, Новая Зеландия |
8 | Пэнъюань Ян | Китай |
9 | Дже-Йоэль Чо | Сеул, Корея |
10 | Джошуа Лабаер | США |
11 | Чон Шин Ю | Корея |
12 | Рави Сирдешмук | Индия, Сингапур, Тайвань, Таиланд |
13 | Молодой Ки Пайк | Корея |
14 | Чарльз Пино | Франция |
15 | Жилберто Б. Домонт | Бразилия |
16 | Фернандо Корралес | Испания |
17 | Гилберт С. Оменн | США |
18 | Алексей Арчаков | Россия |
19 | Дьёрдь Марко-Варга | Швеция |
20 | Сициу Лю | Китай |
21 год | Альберт Зикманн | Германия |
22 | Ахилеш Пандей | США |
Икс | Ясуши Исихама | Япония |
Y | Гасем Хоссейни Салекде | Иран |
MT | Андреа Урбани | Италия |
Вычислительные ресурсы
Обработка данных, анализ и проверка результатов протеомики на основе МС / МС обеспечивает Эрик Дойч из Института системной биологии, Сиэтл, США ( PeptideAtlas ). Обработка данных, связанных с методами антител, координируется Калле фон Фейлитцен, Стокгольм, Швеция ( Атлас белков человека ). За общую интеграцию и информатику отчетности отвечает Лиди Лейн из SIB, Женева, Швейцария ( NeXtProt ). Все данные, созданные в рамках взносов HPP, хранятся в одном из репозиториев ProteomeXchange .
Текущее состояние
Обновления проекта Human Proteome Project регулярно публикуются, например, в Journal of Proteome Research (2014). [16] Метрики уровня достоверности, связанные с наблюдениями за белками, были опубликованы [17], как и «MissingProteinPedia». [18] [19]
Основываясь на сравнении девяти основных порталов аннотаций, мы получили разброс количества белков человека с 21 819 до 18 891 (по состоянию на 2017 год). [20]
Смотрите также
- BioPlex
- Атлас белков человека - базы данных белков
- NeXtProt
- Пептид Атлас
Рекомендации
- ^ Legrain, P. et al. Проект протеома человека: текущее состояние и будущее направление. Протеомика клеток Mol. 10: M111.009993 (2011).
- ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1-й Всемирный конгресс. Протеомика клеток Mol. 9: 651-752 (2002).
- ^ Omenn, GS et al. Обзор проекта HUPO Plasma Proteome Project. Протеомика . 5, 3226-45 (2005).
- ^ He, F. Проект протеома печени человека: план, прогресс и перспективы. Протеомика клеток Mol. 4, 1841-8 (2005).
- ^ Hamacher, M. et al. Проект HUPO Brain Proteome: к кодексу поведения. Протеомика клеток Mol. 7, 457 (2008).
- ^ Ямамото, Т., Лангхам, Р.Г., Ронко, П., Неппер, М.А. и Тонгбункерд, В. К стандартным протоколам и руководствам по протеомике мочи. Протеомика . 8, 2156-9 (2008).
- ^ Улен М. и Понтен Ф. Протеомика на основе антител для профилирования тканей человека. Протеомика клеток Mol. 4, 384-93 (2005).
- ^ Орчард, С. и др. Текущее состояние разработки протеомных стандартов. Эксперт Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).
- ^ Арчаков А, и др. Мастерская Московского проекта HUPO Human Proteome Project. Протеомика клеток Mol. 8: 2199-200 (2009).
- ^ Бейкер MS. Создание «практического» проекта протеома человека - следующий большой шаг в фундаментальной и клинической протеомике. Curr Opin Mol Ther. 2009 11: 600-2 (2009).
- ^ От редакции, Зов протеома человека. Нат методы. 7: 661 (2010).
- ^ Rabilloud T., et al. Является ли геноцентрический протеомный проект человека лучшим способом для протеомики служить биологии? Протеомика . 10: 3067-72 (2010).
- ^ От редакции. Геноцентрический проект по протеому человека. Протеомика клеток Mol. 9: 427-429 (2010).
- ^ Пайк, Ю.К., и др. Хромосомно-ориентированный проект человеческого протеома для характеристики наборов белков, закодированных в геноме. Nature Biotech.30: 221–3 (2012).
- ^ Aebersold R., et al. Проект человеческого протеома, основанный на биологии / болезнях (B / D-HPP): Обеспечение исследований белков для сообщества наук о жизни. J. Proteome Res . 12: 23–27 (2013).
- ^ Пайк Ю.К. и др. Полногеномная протеомика, хромосомно-ориентированный проект человеческого протеома (C-HPP), Часть II. J. Proteome Res . 13: 1–4 (2014).
- ^ Omenn GS. И др. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on Human Proteome and Guidelines for High Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14: 3452-60 (2015).
- ^ Хорватович П. и др. В поисках недостающих белков: обновление 2015 года о проекте «Хромосомно-ориентированный протеом человека». J Proteome Res. 15 июня (2015).
- ^ Бейкер, MS; и другие. (2017). «Ускорение поиска недостающих белков в протеоме человека» . Nature Communications . 8 . DOI : 10.1038 / ncomms14271 . PMC 5286205 .
- ^ Саутан, Кристофер (2017-04-07). «Последние ролики йо-йо: оценка канонического количества белка в организме человека» . F1000 Исследования . 6 : 448. DOI : 10,12688 / f1000research.11119.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 5428527 . PMID 28529709 .
Внешние ссылки
- Страница проекта ГЭС (www.hupo.org)
- Веб-сайт HPP (www.thehpp.org)
- Хромосомно-ориентированный веб-сайт HPP (www.c-hpp.org)
- Веб-сайт BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)