Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Международный комитет по таксономии вирусов
Официальный логотип
Официальный логотип
СокращениеICTV
Формирование1966 ; 55 лет назад ( 1966 )
ЦельРегулирование таксономии вирусов
ПоляТаксономия
вирусология
Президент (2020–2023 гг.)
Мурило Зербини
Вице-президент (2020–2023 гг.)
Стюарт Сидделл
Головная организация
Международный союз микробиологических обществ , Отдел вирусологии
ПринадлежностиОбщество микробиологов
Wellcome
Интернет сайтговорить .ictvonline .org Отредактируйте это в Викиданных

Международный комитет по таксономии вирусов ( ICTV ) разрешает и организует таксономическую классификацию и классификатор для вирусов . [1] [2] [3] ICTV разработала универсальную таксономическую схему для вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, наименования и классификации каждого вируса, поражающего живые организмы. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами- вирусологами . [4] ICTV был сформирован и управляется Отделом вирусологии Международного союза микробиологических обществ . [5]Детальная работа, такая как определение границ видов внутри семейства, обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам. [2]

История [ править ]

Международная классификация вирусов - это группа, созданная в 1966 году для стандартизации именования вирусов. Группа была переименована в Международный комитет по таксономии вирусов в 1975 г. [ править ]

В 1971 году классификация ICTV вирусов, поражающих позвоночных, включала 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы.

Организационная структура [ править ]

Организация разделена на исполнительный комитет, который включает в себя избранные роли с фиксированным сроком, и шесть подкомитетов, каждый из которых далее делится на многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, посвященных таксономии. определенного таксона, например отряда или семейства. Эту структуру можно представить следующим образом: [6]

Исполнительный комитет
  • Президент
  • Вице-президент
  • Секретари
  • Бизнес-секретарь
  • Секретарь по предложениям
  • Секретарь данных
  • Председатели - должности: 6 (по одному на каждый подкомитет)
  • Избранные члены - позиций: 8
Подкомитеты
  • Подкомитет по вирусам ДНК и ретровирусам животных - исследовательские группы: 18
  • Подкомитет по дцРНК и оцРНК-вирусов животных - исследовательские группы: 22
  • Подкомитет по ssRNA + Viruses - исследовательские группы: 15
  • Подкомитет по бактериальным и архейным вирусам - исследовательские группы: 19
  • Подкомитет по грибковым и протистовым вирусам - исследовательские группы: 11
  • Подкомитет по вирусам растений - исследовательские группы: 22

Цели [ править ]

Цели Международного комитета по таксономии вирусов:

  1. Разработать международно согласованную таксономию вирусов.
  2. Установить согласованные на международном уровне названия для вирусных таксонов.
  3. Сообщать вирусологам о принятых решениях относительно классификации и номенклатуры вирусов путем проведения встреч и публикации отчетов.
  4. Поддерживать официальный указатель согласованных названий таксонов вирусов.
  5. Изучить влияние вирусов в современном обществе и их поведение.

Принципы номенклатуры [ править ]

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV:

  • Стабильность
  • Избегать или отклонять использование имен, которые могут вызвать ошибку или путаницу
  • Чтобы избежать ненужного создания имен

Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка измененную версию стандартной системы биологической классификации . Он распознает только порядок таксонов , семейство, подсемейство, род и вид. Если неясно, как классифицировать вид в род, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как не присвоенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются без ранга. Также, по состоянию на 2005 год, есть последовательности GenBank , отнесенные к 3142 «видам», которые не учитываются в отчете ICTV (однако из-за того, как работает GenBank, фактическое количество подходящих видов, вероятно, значительно меньше). [2] Ожидается, что количество неидентифицированных вирусных последовательностей только увеличится, поскольку скорость секвенирования вируса резко возрастет. [2]

ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента их создания в 1962 году. Например, все роды и семейства, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться с 2005 года. [2]

Название и изменение таксонов [ править ]

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также по установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются Исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV проводятся консультации.

Название таксона не имеет официального статуса до тех пор, пока оно не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. Если для таксона не предложено подходящее название, он может быть одобрен, а название не определено до принятия приемлемого международного названия, когда оно предложено и принято ICTV. Названия не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, исключает членов, которые однажды могут принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов.

Правила для таксонов [ править ]

Виды [ править ]

Название вида должно состоять из как можно меньшего числа слов, но не должно состоять только из имени хозяина и слова вирус . Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. Цифры, буквы или их комбинации могут использоваться как видовые эпитеты, где такие числа и буквы уже широко используются. Однако новые обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации не приемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов. Если существует серия цифр или букв, она может быть продолжена.

Genera [ править ]

Род вирусов - это группа родственных видов, которые обладают некоторыми важными свойствами и часто отличаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - вирус . Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типового вида .

Подсемейства [ править ]

Подсемейство - это группа родов, обладающих определенными общими признаками. Таксон должен использоваться только тогда, когда это необходимо для решения сложной иерархической задачи. Название подсемейства должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - virinae .

Семьи [ править ]

Семья - это группа родов, независимо от того, организованы они в подсемейства или нет, у которых есть общие черты друг с другом. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - viridae .

Заказы [ править ]

Орден - это группа семей с определенными общими персонажами. Название заказа должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - virales .

Правила для субвирусных агентов [ править ]

Правила, касающиеся классификации вирусов, также применяются к классификации вироидов . Формальным окончанием таксонов вироидов является слово viroid для видов, суффикс -viroid для родов, суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон необходим, и -viroidae для семейств.

Ретротранспозоны считаются вирусами по классификации и номенклатуре. Сателлиты и прионы не классифицируются как вирусы, но им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для специалистов в конкретных областях.

Правила орфографии [ править ]

  1. При формальном таксономическом использовании общепринятые названия порядков, семейств, подсемейств и родов вирусов выделяются курсивом, а первые буквы названий пишутся с большой буквы. [7]
  2. Названия видов напечатаны курсивом, первая буква первого слова написана с большой буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются собственными существительными или частями собственных существительных.
  3. В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.

Классификация вирусов, обнаруженных методом метагеномики [ править ]

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные из метагеномных данных, представляют собой настоящие вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, которые используются для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических подходов вирусологии. [8] [9]

Отчеты ICTV [ править ]

ICTV публикует отчеты по таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие с 1971 года (перечисленные ниже - «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года; [10] контент теперь находится в свободном доступе на веб-сайте ICTV. [11] Начиная с 2017 года, десятый отчет ICTV будет опубликован онлайн на веб-сайте ICTV [12], и к нему будет открыт свободный доступ, а отдельные главы будут обновляться на постоянной основе. Таксономия 2018 года доступна в Интернете [13], включая загружаемую электронную таблицу Excel всех признанных видов.

База данных ICTVdb [ править ]

ICTVdb - это база данных видов и изолятов, предназначенная для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально предназначалась для помощи таксономическим исследованиям. База данных классифицирует вирусы на основе их химических характеристик, геномного типа, репликации нуклеиновых кислот , болезней, векторов и географического распространения, а также других характеристик.

База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке Национального научного фонда США и спонсируется Американской коллекцией типовых культур . Он использует систему « Язык описания для таксономии» ( DELTA ), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный Австралийской организацией научных и промышленных исследований Австралийского Союза (CSIRO). DELTA может хранить самые разные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может преобразовывать данные DELTA в формат NEXUS. [14] Он также может обрабатывать большие входные данные и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

ICTVdB расширилась по концепции и возможностям, чтобы стать основным справочным и исследовательским инструментом; в 1999 г. он ежедневно получал более 30 000 онлайн-посещений со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов в Великобритании и США. [15]

В 2011 году ICTV решило приостановить проект и веб-сайт ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, на много лет устарела и что некоторая информация на сайте была неточной из-за проблем с тем, как база данных запрашивалась и обрабатывалась для поддержки естественного языка. вывод веб-сайта ICTVdb. ICTV начала обсуждение того, как лучше всего решить эти проблемы, но решила, что сроки для обновлений и исправления ошибок были достаточно длинными, и лучше было бы остановить сайт, а не увековечивать выпуск неточной информации. [ необходима цитата ] По состоянию на август 2013 года, база данных приостановлена. [3]Согласно некоторым мнениям, «ICTV следует также продвигать использование общедоступной базы данных для замены базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и следует публиковать выдержки из отчетов ICTV в этой базе данных, чтобы они были« открытыми ». Доступ'." [3]

См. Также [ править ]

  • Глоссарий научного нейминга
  • Классификация вирусов
  • Биоинформатика

Отчеты [ править ]

  • Вирусы, Международный комитет по номенклатуре; Уайлди, Питер (1971). Классификация и номенклатура вирусов . 1-й отчет. Из печати
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Феннер, Франк (1976). Классификация и номенклатура вирусов . 2-й отчет. ISBN 978-3805524186.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Мэтьюз, Ричард Эллис Форд; Секция вирусологии, Международная ассоциация микробиологических обществ (1979). Классификация и номенклатура вирусов . 3-й отчет. ISBN 978-3805505239.
  • Эллис, Ричард; Мэтьюз, Форд, ред. (1982). Классификация и номенклатура вирусов . 4-й отчет. Каргер. п. 199. ISBN 9783805535571.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Франки, Р.И. Б (1991). Классификация и номенклатура вирусов . 5-й отчет. ISBN 978-3211822869.
  • Мерфи, Фредерик А (1995). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 6-й отчет. ISBN 978-3211825945.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Ван Регенмортель, MH V; Fauquet, C.M; Епископ, DH L (2000). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 7-й отчет. ISBN 978-0123702005.
  • Fauquet, CM, ed. (2005). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 8-й отчет. Elsevier / Academic Press. ISBN 978-0080575483.
  • Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Эллиот; Адамс, Майкл Дж .; и др., ред. (2011). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 9-й отчет. Elsevier / Academic Press. п. 1338. ISBN 9780123846846.Также доступно в Интернете. [11]
  • 10-й (онлайн) отчет ICTV [12]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Король, Эндрю MQ; Lefkowitz, E .; Адамс, MJ; Карстенс, Е.Б. (2012). Классификация таксономии вирусов и номенклатура вирусов: Девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов . Эльзевир. ISBN 978-0-12-384684-6. Архивировано 10 декабря 2017 года . Проверено 13 апреля 2017 года .
  2. ^ a b c d e Фоке CM, Фаржетт D (2005). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3 142 неустановленных видов» . Virol. Дж . 2 : 64. DOI : 10,1186 / 1743-422X-2-64 . PMC 1208960 . PMID 16105179 .  
  3. ^ а б в Гиббс AJ (2013). «Вирусная таксономия нуждается в весенней чистке; эпоха ее исследований закончилась» . Virol. Дж . 10 : 254. DOI : 10,1186 / 1743-422X-10-254 . PMC 3751428 . PMID 23938184 .  
  4. ^ «Разнообразные банковские данные - Истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 года Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 года . Проверено 6 апреля 2018 .
  5. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинального 30 сентября 2007 года . Проверен 22 июнь 2 006 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  6. ^ "Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)" . talk.ictvonline.org . Проверено 17 сентября 2020 года .
  7. ^ Али, Мухаммед (2016). «На пути к единой номенклатуре вирусов растений» . Virologica Sinica . 31 (3): 197–198. DOI : 10.1007 / s12250-016-3741-5 . PMID 27052507 . 
  8. ↑ Simmonds P, Adams MJ, Benk M, Breitbart M , Brister JR, Carstens EB, Davison AJ, Delwart E, Gorbalenya AE, Harrach B, Hull R, King AMQ, Koonin EV, Krupovic M, Kuhn JH, Lefkowitz EJ, Nibert М.Л., Ортон Р., Русинк М.Дж., Сабанадзович С., Салливан МБ, Саттл Калифорния, Теш РБ, ван дер Влугт Р.А., Варсани А., Зербини FM (2017). «Консенсусное заявление: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF) . Обзоры природы микробиологии . 15 (3): 161–168. DOI : 10.1038 / nrmicro.2016.177 . PMID 28134265 . Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 года . Проверено 18 октября   2019 .
  9. ↑ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Harrach B, Harrison RL, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Mushegian AR, Nibert ML, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Siddell SG, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: успехи и перспективы» (PDF) . Архив вирусологии . 162 (5): 1441–1446. DOI : 10.1007 / s00705-016-3215-у . PMID 28078475 . Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 года . Проверено 17 сентября 2019 года .  
  10. ^ Король, Эндрю MQ; и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов . Лондон: Academic Press. ISBN 978-0123846846. Архивировано 11 сентября 2014 года . Проверено 9 декабря 2014 .
  11. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . talk.ictvonline.org . Архивировано 2 апреля 2019 года . Дата обращения 18 октября 2019 .
  12. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . talk.ictvonline.org . Архивировано 1 июля 2019 года . Дата обращения 18 октября 2019 .
  13. ^ "Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)" . talk.ictvonline.org . Архивировано 4 марта 2018 года . Дата обращения 18 октября 2019 .
  14. ^ Мэддисон DR, DL Своффорд, Мэддисон WP (декабрь 1997). «NEXUS: расширяемый формат файлов для систематической информации» . Syst. Биол . 46 (4): 590–621. DOI : 10.1093 / sysbio / 46.4.590 . PMID 11975335 . 
  15. ^ «Разнообразные банковские данные - Истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 года Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 года . Дата обращения 18 октября 2019 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • «История ICTVdB» (PDF) . Архивировано из оригинального (PDF) 7 сентября 2006 года . Источник +22 июня +2006 .
  • Ресурсный центр по вирусной биоинформатике
  • Гиббс, Адриан Дж (9 августа 2013 г.). «Вирусная таксономия нуждается в весенней чистке; эпоха ее исследований закончилась» . Вирусология . 10 : 254. DOI : 10,1186 / 1743-422X-10-254 . PMC  3751428 . PMID  23938184 . Резюме: Международный комитет по таксономии вирусов недавно изменил свое утвержденное определение вирусного вида, а также прекратил работу над своей базой данных с описанием вирусов.