ЛАМПЫ

В этой статье слишком много ссылок на первоисточники . Пожалуйста, улучшите это, добавив вторичные или третичные источники . ( Апрель 2012 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

Крупномасштабный атомно-молекулярный массивно-параллельный симулятор

Автор (ы) оригинала	Стив Плимптон, Эйдан Томпсон, Стэн Мур, Аксель Кольмейер
Разработчики)	Сандийские национальные лаборатории Темпл университет
Первый выпуск	1995 ; 26 лет назад ( 1995 )

Стабильный выпуск	03 марта 2020 г. / 7 августа 2019 г . ; 20 месяцев назад ( 2019-08-07 )

Репозиторий	github .com / lammps
Написано в	C ++
Операционная система	Кроссплатформенность : Linux , macOS , Windows
Платформа	x86 , x86-64
Размер	304 МБ
Доступно в	английский
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	Стандартная общественная лицензия GNU
Веб-сайт	лампы .sandia .gov

Large-scale Atomic / Molecular Massively Parallel Simulator ( LAMMPS ) - это программа молекулярной динамики от Sandia National Laboratories . ^[1] LAMMPS использует интерфейс передачи сообщений (MPI) для параллельной связи и является бесплатным программным обеспечением с открытым исходным кодом , распространяемым в соответствии с условиями Стандартной общественной лицензии GNU . ^[1]

LAMMPS был первоначально разработан в рамках Соглашения о совместных исследованиях и разработках (CRADA) между двумя лабораториями Министерства энергетики США и тремя другими лабораториями из компаний частного сектора. ^[1] По состоянию на 2016 год ^{[Обновить]}его обслуживают и распространяют исследователи из Sandia National Laboratories и Temple University . ^[1]

Особенности [ править ]

Для повышения эффективности вычислений LAMMPS использует списки соседей ( списки Верле ) для отслеживания ближайших частиц. Списки оптимизированы для систем с частицами, которые отталкиваются на коротких расстояниях, так что локальная плотность частиц никогда не становится слишком большой. ^[2]

На параллельных компьютерах LAMMPS использует методы пространственной декомпозиции для разделения области моделирования на небольшие трехмерные поддомены, одна из которых назначается каждому процессору. Процессоры передают и хранят информацию об атомах- призраках для атомов, граничащих с их субдоменом. LAMMPS наиболее эффективен (в смысле параллельных вычислений) для систем, частицы которых заполняют трехмерный прямоугольный прямоугольник с приблизительно однородной плотностью.

LAMMPS также позволяет ускоренно сочетать спин и молекулярную динамику. ^[3]

LAMMPS также связан со многими инструментами и механизмами анализа. ^[4]^[5]^[6]

См. Также [ править ]

Параллельные вычисления
Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Список бесплатных программных пакетов и пакетов с открытым исходным кодом

Ссылки [ править ]

^ a b c d "Симулятор молекулярной динамики LAMMPS" . Сандийские национальные лаборатории . Проверено 3 октября 2010 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
^ Плимптон, С. (1993-05-01). «Быстрые параллельные алгоритмы для ближней молекулярной динамики» . DOI : 10.2172 / 10176421 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
^ Транчида, Жюльен Гай; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (2018-09-01). «Объединенная магнитная спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно параллельной структуре: окончательный отчет LDRD» . DOI : 10.2172 / 1493836 . ОСТИ 1493836 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
^ Stukowski Александр (2009-12-15). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO - Open Visualization Tool». Моделирование и моделирование в материаловедении и инженерии . 18 (1): 015012. DOI : 10,1088 / 0965-0393 / 18/1/015012 . ISSN 0965-0393 .
^ «dSEAMS: отложенный структурный анализ для молекулярного моделирования». DOI : 10.1021 / acs.jcim.0c00031.s001 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
^ МакГиббон, Роберт Т; Бошамп, Кайл А; Schwantes, Christian R; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Swails, Джейсон М; Панде, Виджай С. (09.09.2014). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики» . Биофизический журнал . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101 / 008896 . DOI : 10.1016 / j.bpj.2015.08.015 . PMC 4623899 . PMID 26488642 .

Внешние ссылки [ править ]

Официальный веб-сайт

Эта статья о научном программном обеспечении - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[LAMMPS-1] "Симулятор молекулярной динамики LAMMPS" . Сандийские национальные лаборатории . Проверено 3 октября 2010 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )

[2] Плимптон, С. (1993-05-01). «Быстрые параллельные алгоритмы для ближней молекулярной динамики» . DOI : 10.2172 / 10176421 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )

[3] Транчида, Жюльен Гай; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (2018-09-01). «Объединенная магнитная спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно параллельной структуре: окончательный отчет LDRD» . DOI : 10.2172 / 1493836 . ОСТИ 1493836 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )

[4] Stukowski Александр (2009-12-15). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO - Open Visualization Tool». Моделирование и моделирование в материаловедении и инженерии . 18 (1): 015012. DOI : 10,1088 / 0965-0393 / 18/1/015012 . ISSN 0965-0393 .

[5] «dSEAMS: отложенный структурный анализ для молекулярного моделирования». DOI : 10.1021 / acs.jcim.0c00031.s001 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )

[6] МакГиббон, Роберт Т; Бошамп, Кайл А; Schwantes, Christian R; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Swails, Джейсон М; Панде, Виджай С. (09.09.2014). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики» . Биофизический журнал . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101 / 008896 . DOI : 10.1016 / j.bpj.2015.08.015 . PMC 4623899 . PMID 26488642 .

[1]