Идентификаторы наук о жизни [1] [2] - это способ называть и находить фрагменты информации в сети. По сути, LSID - это уникальный идентификатор для некоторых данных, а протокол LSID определяет стандартный способ поиска данных (а также стандартный способ описания этих данных). Они немного похожи на DOI, используемые многими издателями.
LSID представлен как единое имя ресурса (URN) в следующем формате:
- urn: lsid :
: : [: ]
Однако пространство имен lsid: не зарегистрировано в Internet Assigned Numbers Authority (IANA), поэтому они не являются строго URN или URI. [3]
LSID могут быть разрешены в URL-адресах, например http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C
Споры по поводу использования LSID
LSID вызвали большой интерес как в биоинформатике, так и в сообществах биоразнообразия , причем последние продолжают использовать их как способ идентификации видов в глобальных каталогах. [4] Однако в последнее время, когда возросло понимание того, как HTTP URI может выполнять аналогичную задачу именования, [5] [6] использование LSID в качестве идентификаторов подверглось критике [7] как нарушение хорошей практики повторного использования веб-архитектуры. существующие схемы URI. [8] Тем не менее, явное отделение данных от метаданных; спецификация метода обнаружения нескольких мест для поиска данных; и способность обнаруживать несколько независимых источников метаданных для любого идентифицированного объекта были ключевыми частями LSID и его спецификации разрешения, которые не удалось успешно воспроизвести с помощью подхода, основанного только на HTTP.
World Wide Web предоставляет глобально распределенную структуру связи , которая имеет важное значение для почти всех научного сотрудничества, в том числе биоинформатики. Однако считалось, что существует несколько ограничений и недостатков, одним из которых была невозможность программно идентифицировать объекты с локальными именами, которые могут широко распространяться по сети. Этот предполагаемый недостаток ограничил бы нашу способность интегрировать несколько баз знаний, каждая из которых дает частичную информацию об общем домене, как это обычно наблюдается в биоинформатике. Идентификатор естествознания (LSID) и система разрешения LSID (LSRS) были разработаны для предоставления простых и элегантных решений этой проблемы, совместимых с семантической сетью и семантической сеткой следующего поколения , основанными на расширении существующих интернет-технологий. Однако недавно было указано, что некоторые из этих предполагаемых недостатков не присущи HTTP URI, и большая часть (хотя и не все) функциональных возможностей, предоставляемых LSID, может быть получена с использованием правильно созданных HTTP URI. [5]
Альтернативные идентификаторы организмов
Для организмов были предложены альтернативные идентификаторы, например система DOI . NamesforLife (N4L), частная компания, создала систему для применения DOI к организмам. Например, doi: 10.1601 / nm.3093 - это DOI для Escherichia coli , а doi: 10.1601 / tx.3093 - это соответствующий таксон. [9]
Смотрите также
Заметки
- ^ Кларк Т., Мартин С., Лифельд Т. Брифинги по биоинформатике 5.1: 59-70, 1 марта 2004 г.
- ^ Технологический отчет по спецификации идентификаторов наук о жизни OMG (LSID)
- ^ "GitHub - tdwg / wiki-archive: Архив вики TDWG" . 2018-11-15.
- ^ Эндрю С. Джонс, Ричард Дж. Уайт и Юэн Р. Орм, Определение и соотнесение биологических концепций в каталоге жизни. Журнал биомедицинской семантики 2011, 2: 7
- ^ a b Бут, Дэвид: «Преобразование новых схем URI или субсхем URN в HTTP»
- ^ Томпсон, Генри С .: «Прецедент, предлагающий компромисс для SWHCLS IG Best Practices», публично заархивированное электронное сообщение
- ^ Мендельсон, Ноа: «Мой разговор с Шоном Мартином о LSID», общедоступное электронное письмо в список рассылки W3C TAG 25 июля 2006 г.
- ^ W3C Архитектура всемирной паутины
- ^ Гаррити, Джордж М .; Лион, Екатерина (01.01.2003). «Перспективная биологическая номенклатура» . OMICS: журнал интегративной биологии . 7 (1): 31–33. DOI : 10.1089 / 153623103322006562 .
Внешние ссылки
- Проект разрешения LSID
- Полномочия по назначению и разрешению LSID от Техасского университета в Остине
- Позиция по LSID - размышления кого-то, кто участвует в реализации и развертывании LSID