LigandScout — это компьютерное программное обеспечение , которое позволяет создавать трехмерные (3D) модели фармакофоров на основе структурных данных комплексов макромолекула — лиганд или на основе обучающих и тестовых наборов органических молекул. Он включает в себя полное определение трехмерных химических характеристик (таких как доноры водородных связей, акцепторы, липофильные области, положительно и отрицательно ионизируемые химические группы), которые описывают взаимодействие связанной небольшой органической молекулы ( лиганда ) и окружающего участка связывания макромолекулы . [1]Эти фармакофоры можно накладывать и накладывать друг на друга с помощью алгоритма выравнивания на основе сопоставления с образцом [2] , который основан исключительно на фармакофорных характерных точках, а не на химической структуре. Из такого наложения общие признаки могут быть интерполированы для создания так называемого фармакофора с общими признаками , который разделяет все общие взаимодействия нескольких сайтов связывания/лигандов, или расширен для создания так называемого фармакофора с объединенными признаками . Программное обеспечение было успешно использовано для прогнозирования новых ведущих структур при разработке лекарств , например, для прогнозирования биологической активности новых ингибиторов обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека ( ВИЧ ) . [3]