Список программ для предсказания структуры белков

Использование внешних ссылок в этой статье может не соответствовать политикам или рекомендациям Википедии . Пожалуйста, улучшите эту статью , удалив лишние или неприемлемые внешние ссылки и преобразовав полезные ссылки, где это уместно, в сноски . ( Ноябрь 2014 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

Составляющие аминокислоты могут быть проанализированы для прогнозирования вторичной, третичной и четвертичной структуры белка.

В этом списке программного обеспечения для прогнозирования структуры белка обобщены известные используемые программные инструменты для прогнозирования структуры белка , включая моделирование гомологии , распределение белков , методы ab initio , прогнозирование вторичной структуры , а также прогнозирование трансмембранной спирали и сигнального пептида.

Список программного обеспечения [ править ]

Ниже приведен список, в котором программы разделяются в соответствии с методом, используемым для прогнозирования структуры.

Гомологическое моделирование [ править ]

Имя	Метод	Описание	Связь
RaptorX	удаленное обнаружение гомологии, 3D-моделирование белков, прогноз места связывания	Автоматизированный веб-сервер и загружаемая программа	сервер и скачать
Бискит	превращает внешние программы в автоматизированный рабочий процесс	Поиск BLAST , выравнивание T-Coffee и построение MODELLER	Сайт проекта
ESyPred3D	Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D моделирование	Автоматизированный веб-сервер	сервер
FoldX	Расчет энергии и протеиновый дизайн	Скачиваемая программа	скачать
Файра и Фирия2	Удаленное обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование, мульти-шаблоны, ab initio	Веб-сервер с менеджером заданий, автоматически обновляемой библиотекой складок, поиском генома и другими возможностями	сервер
HHpred	Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D моделирование	Интерактивный веб-сервер с возможностью справки	статья о загрузке сервера
МОДЕЛЛЕР	Удовлетворение пространственных ограничений	Автономная программа в основном на Фортране и Python	скачать сервер
CONFOLD	Удовлетворенность контактом и ограничениями на расстоянии	Автономная программа в основном на Фортране и Perl	скачать
MOE (молекулярная операционная среда)	Идентификация шаблона, использование нескольких шаблонов и учет других сред (например, исключенных объемов лигандов), моделирование петель, библиотеки ротамеров для конформаций боковой цепи, релаксация с использованием силовых полей MM.	Собственная платформа, поддерживается в Windows, Linux и Mac	сайт
Робетта	Моделирование гомологии Rosetta и сборка фрагментов ab initio с предсказанием домена Ginzu	Веб сервер	сервер
БХАГЕРАТ-H	Комбинация методов ab initio фолдинга и гомологии	Прогнозы третичной структуры белка	сервер
ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ	Локальное сходство / сборка фрагментов	Автоматизированный веб-сервер (на основе ProModII)	сервер
Ясара	Обнаружение шаблонов, выравнивание, моделирование, вкл. лиганды и олигомеры, гибридизация модельных фрагментов	Графический интерфейс или текстовый режим (кластеры)	Главная страница Результаты CASP8
AWSEM-Suite	Моделирование молекулярной динамики на основе шаблонов, оптимизированных за счет коэволюции оптимизированных складчатых ландшафтов ^[1]	Автоматизированный веб-сервер	сервер

Распознавание ниток / фальцовки [ править ]

Имя	Метод	Описание	Связь
RaptorX	Дистанционное обнаружение шаблонов, одно- и многопоточность, полностью отличающаяся от старой программы RAPTOR, разработанная той же группой, и намного лучше нее	Веб-сервер с менеджером заданий, автоматически обновляемая библиотека складок	сервер загрузки
HHpred	Обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D моделирование	Интерактивный веб-сервер с возможностью справки	статья о загрузке сервера
Файра и Фирия2	Удаленное обнаружение шаблонов, выравнивание, 3D-моделирование, мульти-шаблоны, ab initio	Веб-сервер с менеджером заданий, автоматически обновляемой библиотекой складок, поиском генома и другими возможностями	сервер

Предсказание структуры ab initio [ править ]

Имя	Метод	Описание	Связь
trRosetta	trRosetta - это алгоритм быстрого и точного предсказания структуры белка de novo. Он строит структуру белка, основанную на прямой минимизации энергии с помощью сдержанной розетты. Ограничения включают расстояние между остатками и распределения ориентации, предсказанные глубокой остаточной нейронной сетью.	Веб-сервер и исходные коды. На сворачивание белков с ~ 300 АК требуется около часа.	Сервер скачать
И-ТАССЕР	Повторная сборка структуры фрагмента потока	Он-лайн сервер для моделирования белков	Сервер скачать
Робетта	Моделирование гомологии Rosetta и сборка фрагментов ab initio с предсказанием домена Ginzu	Веб сервер	сервер
Rosetta @ home	Распределенная вычислительная реализация алгоритма Розетты	Скачиваемая программа	Главная страница
Морское ушко	Сворачивание молекулярной динамики	Программа	Пример

Прогнозирование вторичной структуры [ править ]

Подробный список программ можно найти в Списке программ предсказания вторичной структуры белков.

См. Также [ править ]

Список программ предсказания вторичной структуры белков
Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
Список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Белковый дизайн

Внешняя ссылка [ править ]

bio.tools , поиск дополнительных инструментов

Ссылки [ править ]

^ Джин, Шикай; Контессото, Винисиус Дж. Чен, Мингчен; Шафер, Николас П.; Лу, Вэй; Чен, Сюнь; Буэно, Карлос; Хаджитахери, Арья; Сировец, Брайан Дж; Давтян, Арам; Папоян, Гарегин А; Цай, Мин-Йе; Уолинс, Питер Джи (2 июля 2020 г.). «AWSEM-Suite: сервер прогнозирования структуры белка, основанный на оптимизированных ландшафтах складывания на основе шаблонов и улучшенных коэволюцией» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (W1): W25 – W30. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa356 . PMC 7319565 . PMID 32383764 .

[1] Джин, Шикай; Контессото, Винисиус Дж. Чен, Мингчен; Шафер, Николас П.; Лу, Вэй; Чен, Сюнь; Буэно, Карлос; Хаджитахери, Арья; Сировец, Брайан Дж; Давтян, Арам; Папоян, Гарегин А; Цай, Мин-Йе; Уолинс, Питер Джи (2 июля 2020 г.). «AWSEM-Suite: сервер прогнозирования структуры белка, основанный на оптимизированных ландшафтах складывания на основе шаблонов и улучшенных коэволюцией» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (W1): W25 – W30. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa356 . PMC 7319565 . PMID 32383764 .