T-Coffee ( Целевая функция согласованности на основе дерева для оценки выравнивания ) - это программное обеспечение для выравнивания множественных последовательностей, использующее прогрессивный подход. [1] Он генерирует библиотеку парных выравниваний, чтобы направлять множественное выравнивание последовательностей. Он также может комбинировать несколько ранее полученных выравниваний последовательностей, а в последних версиях может использовать структурную информацию из файлов PDB (3D-Coffee). Он имеет расширенные функции для оценки качества совмещения и некоторую способность определять наличие мотивов (Mocca). По умолчанию он производит выравнивание в формате aln ( Clustal ), но также может создавать форматы PIR, MSF и FASTA.. Поддерживаются наиболее распространенные форматы ввода ( FASTA , PIR ).
Разработчики) | Седрик Нотредам, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - Барселона |
---|---|
Стабильный выпуск | 13.45.0.4846264 / 15 октября 2020 г . |
Предварительный выпуск | 13.45.33.7d7e789 / 23 декабря 2020 г . |
Репозиторий | |
Операционная система | UNIX , Linux , MS-Windows , Mac OS X |
Тип | Инструмент биоинформатики |
Лицензия | GPL |
Веб-сайт | www |
Сравнение с другим программным обеспечением для центровки
Хотя вывод по умолчанию является форматом, подобным Clustal, он настолько отличается от вывода ClustalW / X, что многие программы, поддерживающие формат Clustal, не могут его прочитать; К счастью, ClustalX может импортировать выходные данные T-Coffee, поэтому простейшим решением этой проблемы обычно является импорт выходных данных T-Coffee в ClustalX, а затем их реэкспорт. Другая возможность - запросить строгий выходной формат Clustalw с опцией " -output=clustalw_aln
".
Важной особенностью T-Coffee является его способность комбинировать разные методы и разные типы данных. В последней версии T-Coffee можно использовать для объединения последовательностей и структур белков, последовательностей и структур РНК. Он также может запускать и комбинировать выходные данные наиболее распространенных пакетов выравнивания последовательностей и структур. Полный список см: tclinkdb.txt
T-Coffee поставляется вместе со сложной утилитой переформатирования последовательности под названием seq_reformat. Обширная документация доступна на t_coffee_technical.htm вместе с учебником t_coffee_tutorial.htm
Вариации
- М-Кофе
- специальный режим T-Coffee, который позволяет комбинировать результаты наиболее распространенных пакетов для выравнивания множественных последовательностей (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons и т. д.). Полученные выравнивания немного лучше, чем индивидуальные, но, что наиболее важно, программа указывает области выравнивания, с которыми согласуются различные пакеты. Области высокого согласия обычно хорошо согласованы.
- Экспрессо и 3D-кофе
- это специальные режимы T-Coffee, позволяющие комбинировать последовательность и структуры в выравнивании. Выравнивание на основе структуры может быть выполнено с использованием наиболее распространенных структурных выравнивателей, таких как TMalign, Mustang и sap.
- Р-Кофе
- специальный режим T-Coffee, позволяющий выравнивать последовательности РНК, используя информацию о вторичной структуре.
- PSI-Кофе
- выравнивает удаленно родственные белки, используя расширение гомологии (медленное и точное) [2] [3]
- ТМ-Кофе
- выравнивает трансмембранные белки с помощью расширения гомологии [4]
- Pro-Coffee
- выравнивает гомологичные промоторные области [5]
- Точный
- автоматически комбинировать наиболее точные режимы для ДНК, РНК и белков ( экспериментально! )
Оценка
- TCS
- ( Ядро T ransitive C onsistency S ) расширенная версия схемы оценки T-Coffee. [6] Он использует библиотеки попарного выравнивания T-Coffee для оценки сторонних MSA. Парные прогнозы могут быть произведены с использованием быстрых или медленных методов, что позволяет найти компромисс между скоростью и точностью. Было показано, что TCS приводит к значительно лучшим оценкам структурной точности и более точным филогенетическим деревьям по сравнению с «орлом или решкой», GUIDANCE, Gblocks и trimAl. [7]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ a b Notredame C, Хиггинс Д.Г. , Геринга Дж. (2008-09-08). «T-Coffee: новый метод быстрого и точного выравнивания множественных последовательностей». J Mol Biol . 302 (1): 205–217. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.4042 . PMID 10964570 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ а б Ди Томмазо П., Моретти С., Ксенариос I, Оробитг М., Монтаньола А., Чанг Дж. М., Тали Дж. Ф., Notredame C (июль 2011 г.). «T-Coffee: веб-сервер для множественного выравнивания последовательностей белков и РНК с использованием структурной информации и расширения гомологии» . Nucleic Acids Res . 39 (выпуск веб-сервера): W13–7. DOI : 10.1093 / NAR / gkr245 . PMC 3125728 . PMID 21558174 .
- ^ Кемена C, Notredame C (2009-10-01). «Предстоящие проблемы для нескольких методов выравнивания последовательностей в эпоху высокой производительности» . Биоинформатика . 25 (19): 2455–65. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp452 . PMC 2752613 . PMID 19648142 .
- ^ Чанг Дж. М., Ди Томмазо П., Тали Дж. Ф., Notredame C (28 марта 2012 г.). «Точное выравнивание множественных последовательностей трансмембранных белков с помощью PSI-Coffee» . BMC Bioinformatics . 13 : S1. DOI : 10.1186 / 1471-2105-13-S4-S1 . PMC 3303701 . PMID 22536955 .
- ^ Эрб I, Гонсалес-Валлинас-младший, Буссотти Дж., Бланко Э, Эйрас Э, Notredame C (апрель 2012 г.). «Использование данных ChIP-Seq для разработки метода множественного выравнивания промоторов» . Nucleic Acids Res . 40 (7): e52. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1292 . PMC 3326335 . PMID 22230796 .
- ^ Чанг, JM; Di Tommaso, P; Лефорт, В; Gascuel, O; Notredame, C (1 июля 2015 г.). «TCS: веб-сервер для оценки множественного выравнивания последовательностей и филогенетической реконструкции» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Н1): Н3-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkv310 . PMC 4489230 . PMID 25855806 .
- ^ Чанг, JM; Di Tommaso, P; Notredame, C (июнь 2014 г.). «TCS: Новая мера надежности множественного выравнивания последовательностей для оценки точности выравнивания и улучшения реконструкции филогенетического дерева» . Молекулярная биология и эволюция . 31 (6): 1625–37. DOI : 10.1093 / molbev / msu117 . PMID 24694831 .
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- Сервер T-Coffee Aligner
- Страница загрузки T-Coffee
- Техническая документация
- Руководство
- Список сторонних элайнеров, поддерживаемых T-Coffee