Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Сравнение нескольких последовательностей по логарифмическому ожиданию
Оригинальный автор (ы)Роберт С. Эдгар
Разработчики)drive5
изначальный выпуск2004 ; 17 лет назад ( 2004 )
Стабильный выпуск
3.8.31 / 18 августа 2016 г . ; 4 года назад ( 18.08.2016 )
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Операционная системаLinux , macOS , Windows
ПлатформаIA-32 , x86-64
Доступно ванглийский
ТипМножественное выравнивание последовательностей
ЛицензияВсеобщее достояние
Интернет сайтwww .drive5 .com / Muscle

Множественная Последовательность Сравнение по логу-Ожидание ( МЫШЦЫ ) является компьютерной программой для множественного выравнивания последовательностей из белка и нуклеотидных последовательностей. Он лицензирован как общественное достояние . Этот метод был опубликован Робертом С. Эдгаром в двух статьях в 2004 году. В первой статье, опубликованной в Nucleic Acids Research , был представлен алгоритм выравнивания последовательностей. [1] Во второй статье, опубликованной в BMC Bioinformatics , представлены более технические детали. [2]

Алгоритм [ править ]

Алгоритм MUSCLE состоит из трех этапов: этап прогрессивного наброска , этап улучшенного прогрессивного и уточнения . На этапе прогрессивного наброска алгоритм производит предварительное множественное выравнивание, делая упор на скорость важнее точности. На улучшенной прогрессивной стадии расстояние Кимуры используется для переоценки двоичного дерева для создания чернового выравнивания, что, в свою очередь, обеспечивает более точное множественное выравнивание. На заключительном этапе уточнения уточняется улучшенное выравнивание, выполненное на втором этапе. В конце каждого этапа доступно несколько выравниваний. На первых двух этапах алгоритма временная сложность составляетO ( N 2 л + Н.Л. 2 ) , то сложность пространство является O ( N 2 + NL + L 2 ) . Этап уточнения добавляет к временной сложности еще один член, O ( N 3 L ) . [1] MUSCLE часто используется в качестве замены Clustal , поскольку обычно (но не всегда) дает лучшее выравнивание последовательностей в зависимости от выбранных параметров. Кроме того, MUSCLE значительно быстрее, чем Clustal, в большей степени для больших выравниваний. [1] [2]

Интеграция [ править ]

MUSCLE интегрирован в DNAstar программного обеспечения «s Lasergene, Geneious и MacVector и доступен в Sequencher , MEGA и UGENE как плагин . MUSCLE также доступен как веб-сервис через Европейскую лабораторию молекулярной биологии (EMBL) - Европейский институт биоинформатики (EBI). [3] По состоянию на сентябрь 2016 года две статьи, описывающие МЫШЦЫ, были процитированы более 19 000 раз. [4]

См. Также [ править ]

  • Программное обеспечение для выравнивания последовательностей
  • ДНАСТАР
  • Clustal
  • ProbCons
  • КАРТА
  • Т-КОФЕ
  • MAFFT

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Эдгар RC (2004). «МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой производительностью» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (5): 1792–97. DOI : 10.1093 / NAR / gkh340 . PMC  390337 . PMID  15034147 .
  2. ^ а б Эдгар RC (2004). «MUSCLE: метод множественного выравнивания последовательностей с уменьшенной временной и пространственной сложностью» . BMC Bioinformatics . 5 (1): 113. DOI : 10,1186 / 1471-2105-5-113 . PMC 517706 . PMID 15318951 .  
  3. ^ «МЫШЦЫ <Выравнивание множественных последовательностей <EMBL-EBI» . Проверено 1 сентября 2014 года .
  4. ^ "Роберт С. Эдгар - цитаты ученых Google" . Проверено 1 сентября 2016 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • Веб-сервер MUSCLE (EMBL-EBI)