Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Молекулярно-эволюционный генетический анализ
Белые заглавные буквы без засечек, обозначающие MEGA, каждая в отдельном квадрате, окрашены в красный цвет и три в черный цвет соответственно.
Версия 7 (2016 г.)
Автор (ы) оригиналаМасатоши Ней , Судхир Кумар, Коитиро Тамура, Глен Стечер, Дэниел Петерсон, Николас Петерсон
Разработчики)Государственный университет Пенсильвании
Первый выпуск1993 ; 28 лет назад ( 1993 )
Стабильный выпуск
10.2.5 / 30 марта 2021 г . ; 24 дня назад [1] ( 2021-03-30 )
Предварительный выпуск
11.0.4 / 3 марта 2021 г . ; 51 дней назад [1] ( 2021-03-03 )
Операционная системаWindows , OS X , Linux
Платформаx86 , x86-64
Доступно ванглийский
ТипБиоинформатика
ЛицензияПроприетарное бесплатное ПО
Веб-сайтwww .megasoftware .net

Molecular Evolutionary Genetics Analysis ( MEGA ) - это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев . Она включает в себя множество сложных методов и инструментов для phylogenomics и phylomedicine . Он лицензирован как бесплатное проприетарное программное обеспечение . Проект по разработке этого программного обеспечения был инициирован руководством Масатоши Неи в его лаборатории в Государственном университете Пенсильвании в сотрудничестве с его аспирантом Судхиром Кумаром и докторантом Коитиро Тамура.[2] Неи написал монографию (стр. 130), в которой обрисовал объем программного обеспечения и представил новые статистические методы, которые были включены в MEGA. Весь набор компьютерных программ был написан Кумаром и Тамурой. Тогда на персональных компьютерах не было возможности отправить монографию и программное обеспечение в электронном виде, поэтому они были доставлены по почте. С самого начала MEGA была задумана как простая в использовании и включающая только надежные статистические методы.

Версия 2 MEGA (MEGA2), соавтором которой является дополнительный исследователь Ингрид Якобсон, была выпущена в 2001 году. [3] Все компьютерные программы и файлы readme этой версии можно было отправлять в электронном виде благодаря достижениям в компьютерных технологиях. Примерно в это же время руководство проектом MEGA взяли на себя Кумар (ныне в Университете Темпл ) и Тамура (в настоящее время в Токийском столичном университете ). Монография « Анализ молекулярной эволюционной генетики» часто использовалась в качестве учебника для новых способов изучения молекулярной эволюции.

MEGA несколько раз обновлялась и расширялась, и в настоящее время все эти версии доступны на сайте MEGA. Последний выпуск, MEGA7, оптимизирован для использования в 64-битных вычислительных системах. MEGA существует в двух вариантах. Графический пользовательский интерфейс доступен как родная программа Microsoft Windows. Версия командной строки, MEGA-Computing Core (MEGA-CC), доступна для нативной кроссплатформенной работы. Метод широко используется и цитируется. Благодаря миллионам загрузок релизов MEGA цитируется в более чем 85 000 статей. Пятая версия цитировалась более 25 000 раз за 4 года. [4]

История выпусков [ править ]

Основные версии MEGA [5]
ВерсияДата выпуска
1.01993 [2]
1.11994 [6]
2.02000 [3]
2.12001 [3]
3.02004 [7]
4.02006 [8]
4.12008 [8]
5.02011 [9]
5.1Октябрь 2012 г. [9]
5.2Апрель 2013 [9]
6.0Декабрь 2013 [4]
7.0Январь 2016 [10]
10.0 (Х)Май 2018 [11]

Особенности [ править ]

Построение выравнивания последовательности [ править ]

  • Редактор выравнивания
  • Множественное выравнивание последовательностей
  • Редактор-просмотрщик файлов секвенсора (трассировки)
  • Встроенный веб-браузер, выборка последовательности

Обработка данных [ править ]

  • Обработка неоднозначных состояний: R, Y, T и т. Д.
  • Расширенный формат MEGA для сохранения всех атрибутов данных
  • Импорт данных из других форматов: Clustal, Nexus и др.
  • Исследователи данных
  • Визуальная спецификация доменов-групп

Раздел таблицы генетического кода [ править ]

  • Добавлять и редактировать пользовательские таблицы
  • Вычислить статистические атрибуты кодовой таблицы
  • Включите все известные кодовые таблицы

Механизм экспертов по субтитрам в реальном времени [ править ]

  • Создание подписей для матриц расстояний, филогении, тестов, сопоставлений
  • Копировать подписи во внешние программы

Встроенный редактор текстовых файлов [ править ]

  • Выделение-редактирование блока столбцов
  • Номера строк
  • Утилиты для форматирования последовательностей, обратного дополнения и т. Д.

Средство просмотра данных последовательности [ править ]

  • Экспорт данных
  • Выделение
  • Статистическая оценка количеств

Оценка паттернов нуклеотидных замен на основе MCL [ править ]

  • Матрица ставок 4x4
  • Коэффициенты переходно-трансверсии: k1, k2
  • Смещение скорости перехода-трансверсии: R

Проверка однородности схемы замещения [ править ]

  • Расстояние композиции
  • Индекс неравенства
  • Тест Монте-Карло

Методы оценки расстояния [ править ]

  • Нуклеотид за нуклеотидом
  • Синонимично-несинонимичные: кодон -по-кодону
  • Белковая дистанция
  • Расчеты расстояний
  • Расчеты разнесения последовательностей
  • Расчет отклонений

Тесты отбора [ править ]

  • Z-тест большой выборки
  • Точный тест Фишера
  • Тест нейтралитета Таджимы

Тест молекулярных часов [ править ]

  • Тест относительной скорости Таджимы

Методы создания деревьев [ править ]

  • Присоединение к соседу
  • Метод минимальной эволюции
  • UPGMA
  • Максимальная экономия
  • Максимальная вероятность
  • Филогенетический тест Bootstrap
  • Тест доверительной вероятности
  • Средство просмотра матрицы расстояний

Исследователи деревьев [ править ]

  • Филогенетический дисплей
  • Оценка времени расхождения
  • Редактирование дерева
  • Изменить размер дерева
  • Отображение нескольких деревьев

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b «История обновлений» . megasoftware.net . Проверено 19 апреля 2021 .
  2. ^ a b Кумар, С., К. Тамура и М. Ней (1993) MEGA: молекулярно-эволюционный генетический анализ. Вер. 1.0, Государственный университет Пенсильвании, Юниверсити-Парк, Пенсильвания.
  3. ^ a b c Кумар, С., К. Тамура, И.Б. Якобсен и М. Ней (2001) MEGA2: молекулярно-эволюционный генетический анализ. Вер. 2.0, Биоинформатика 17: 1244-1245.
  4. ^ а б Тамура, К., Стечер, Г., Петерсон, Д., Филипски, А., Кумар, С. (2013) MEGA6: молекулярно-эволюционный генетический анализ, версия 6.0. Мол. Биол. Evol. 30: 2725-2729.
  5. ^ «История обновлений MEGA» . MEGA: молекулярно-эволюционный генетический анализ . Проверено 20 июня 2013 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  6. ^ Кумар, С., К. Тамура и М. Ней (1994) MEGA: программное обеспечение для молекулярно-эволюционного генетического анализа для микрокомпьютеров. КАБИОС 10: 189-191.
  7. ^ Кумар, С., Тамура, К. и Nei, М. (2004) MEGA3: Молекулярная Эволюционная Генетика анализ. Краткий. Биоинформатика 5: 150-163.
  8. ^ а б Тамура, К., Дадли, Дж., Ней, М., Кумар, С. (2007) MEGA4: Анализ молекулярной эволюционной генетики. Мол. Биол. Evol. 24 (8): 1596-1599.
  9. ^ a b c Тамура, К., Петерсон, Д., Петерсон, Н., Стечер, Г., Неи, М., Кумар, С. (2011) MEGA5: Молекулярно-эволюционный генетический анализ с использованием максимального правдоподобия, эволюционного расстояния и Методы максимальной экономии. Мол. Биол. Evol. 28: 2731-2739.
  10. Перейти ↑ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Мол. Биол. Evol. 33 (7): 1870–1874.
  11. Перейти ↑ Kumar, S., Stecher, G., Li M., Knyaz C. & Tamura, K. (2018). MEGA X: молекулярно-эволюционный генетический анализ на вычислительных платформах. Мол. Биол. Evol. 35 (6): 1547-1549.