Автор (ы) оригинала | Масатоши Ней , Судхир Кумар, Коитиро Тамура, Глен Стечер, Дэниел Петерсон, Николас Петерсон |
---|---|
Разработчики) | Государственный университет Пенсильвании |
Первый выпуск | 1993 |
Стабильный выпуск | 10.2.5 / 30 марта 2021 г . [1] |
Предварительный выпуск | 11.0.4 / 3 марта 2021 г . [1] |
Операционная система | Windows , OS X , Linux |
Платформа | x86 , x86-64 |
Доступно в | английский |
Тип | Биоинформатика |
Лицензия | Проприетарное бесплатное ПО |
Веб-сайт | www |
Molecular Evolutionary Genetics Analysis ( MEGA ) - это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев . Она включает в себя множество сложных методов и инструментов для phylogenomics и phylomedicine . Он лицензирован как бесплатное проприетарное программное обеспечение . Проект по разработке этого программного обеспечения был инициирован руководством Масатоши Неи в его лаборатории в Государственном университете Пенсильвании в сотрудничестве с его аспирантом Судхиром Кумаром и докторантом Коитиро Тамура.[2] Неи написал монографию (стр. 130), в которой обрисовал объем программного обеспечения и представил новые статистические методы, которые были включены в MEGA. Весь набор компьютерных программ был написан Кумаром и Тамурой. Тогда на персональных компьютерах не было возможности отправить монографию и программное обеспечение в электронном виде, поэтому они были доставлены по почте. С самого начала MEGA была задумана как простая в использовании и включающая только надежные статистические методы.
Версия 2 MEGA (MEGA2), соавтором которой является дополнительный исследователь Ингрид Якобсон, была выпущена в 2001 году. [3] Все компьютерные программы и файлы readme этой версии можно было отправлять в электронном виде благодаря достижениям в компьютерных технологиях. Примерно в это же время руководство проектом MEGA взяли на себя Кумар (ныне в Университете Темпл ) и Тамура (в настоящее время в Токийском столичном университете ). Монография « Анализ молекулярной эволюционной генетики» часто использовалась в качестве учебника для новых способов изучения молекулярной эволюции.
MEGA несколько раз обновлялась и расширялась, и в настоящее время все эти версии доступны на сайте MEGA. Последний выпуск, MEGA7, оптимизирован для использования в 64-битных вычислительных системах. MEGA существует в двух вариантах. Графический пользовательский интерфейс доступен как родная программа Microsoft Windows. Версия командной строки, MEGA-Computing Core (MEGA-CC), доступна для нативной кроссплатформенной работы. Метод широко используется и цитируется. Благодаря миллионам загрузок релизов MEGA цитируется в более чем 85 000 статей. Пятая версия цитировалась более 25 000 раз за 4 года. [4]
История выпусков [ править ]
Версия | Дата выпуска |
---|---|
1.0 | 1993 [2] |
1.1 | 1994 [6] |
2.0 | 2000 [3] |
2.1 | 2001 [3] |
3.0 | 2004 [7] |
4.0 | 2006 [8] |
4.1 | 2008 [8] |
5.0 | 2011 [9] |
5.1 | Октябрь 2012 г. [9] |
5.2 | Апрель 2013 [9] |
6.0 | Декабрь 2013 [4] |
7.0 | Январь 2016 [10] |
10.0 (Х) | Май 2018 [11] |
Особенности [ править ]
Построение выравнивания последовательности [ править ]
- Редактор выравнивания
- Множественное выравнивание последовательностей
- Редактор-просмотрщик файлов секвенсора (трассировки)
- Встроенный веб-браузер, выборка последовательности
Обработка данных [ править ]
- Обработка неоднозначных состояний: R, Y, T и т. Д.
- Расширенный формат MEGA для сохранения всех атрибутов данных
- Импорт данных из других форматов: Clustal, Nexus и др.
- Исследователи данных
- Визуальная спецификация доменов-групп
Раздел таблицы генетического кода [ править ]
- Добавлять и редактировать пользовательские таблицы
- Вычислить статистические атрибуты кодовой таблицы
- Включите все известные кодовые таблицы
[ править ]
- Создание подписей для матриц расстояний, филогении, тестов, сопоставлений
- Копировать подписи во внешние программы
Встроенный редактор текстовых файлов [ править ]
- Выделение-редактирование блока столбцов
- Номера строк
- Утилиты для форматирования последовательностей, обратного дополнения и т. Д.
Средство просмотра данных последовательности [ править ]
- Экспорт данных
- Выделение
- Статистическая оценка количеств
Оценка паттернов нуклеотидных замен на основе MCL [ править ]
- Матрица ставок 4x4
- Коэффициенты переходно-трансверсии: k1, k2
- Смещение скорости перехода-трансверсии: R
Проверка однородности схемы замещения [ править ]
- Расстояние композиции
- Индекс неравенства
- Тест Монте-Карло
Методы оценки расстояния [ править ]
- Нуклеотид за нуклеотидом
- Синонимично-несинонимичные: кодон -по-кодону
- Белковая дистанция
- Расчеты расстояний
- Расчеты разнесения последовательностей
- Расчет отклонений
Тесты отбора [ править ]
- Z-тест большой выборки
- Точный тест Фишера
- Тест нейтралитета Таджимы
Тест молекулярных часов [ править ]
- Тест относительной скорости Таджимы
Методы создания деревьев [ править ]
- Присоединение к соседу
- Метод минимальной эволюции
- UPGMA
- Максимальная экономия
- Максимальная вероятность
- Филогенетический тест Bootstrap
- Тест доверительной вероятности
- Средство просмотра матрицы расстояний
Исследователи деревьев [ править ]
- Филогенетический дисплей
- Оценка времени расхождения
- Редактирование дерева
- Изменить размер дерева
- Отображение нескольких деревьев
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный веб-сайт
Ссылки [ править ]
- ^ a b «История обновлений» . megasoftware.net . Проверено 19 апреля 2021 .
- ^ a b Кумар, С., К. Тамура и М. Ней (1993) MEGA: молекулярно-эволюционный генетический анализ. Вер. 1.0, Государственный университет Пенсильвании, Юниверсити-Парк, Пенсильвания.
- ^ a b c Кумар, С., К. Тамура, И.Б. Якобсен и М. Ней (2001) MEGA2: молекулярно-эволюционный генетический анализ. Вер. 2.0, Биоинформатика 17: 1244-1245.
- ^ а б Тамура, К., Стечер, Г., Петерсон, Д., Филипски, А., Кумар, С. (2013) MEGA6: молекулярно-эволюционный генетический анализ, версия 6.0. Мол. Биол. Evol. 30: 2725-2729.
- ^ «История обновлений MEGA» . MEGA: молекулярно-эволюционный генетический анализ . Проверено 20 июня 2013 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ Кумар, С., К. Тамура и М. Ней (1994) MEGA: программное обеспечение для молекулярно-эволюционного генетического анализа для микрокомпьютеров. КАБИОС 10: 189-191.
- ^ Кумар, С., Тамура, К. и Nei, М. (2004) MEGA3: Молекулярная Эволюционная Генетика анализ. Краткий. Биоинформатика 5: 150-163.
- ^ а б Тамура, К., Дадли, Дж., Ней, М., Кумар, С. (2007) MEGA4: Анализ молекулярной эволюционной генетики. Мол. Биол. Evol. 24 (8): 1596-1599.
- ^ a b c Тамура, К., Петерсон, Д., Петерсон, Н., Стечер, Г., Неи, М., Кумар, С. (2011) MEGA5: Молекулярно-эволюционный генетический анализ с использованием максимального правдоподобия, эволюционного расстояния и Методы максимальной экономии. Мол. Биол. Evol. 28: 2731-2739.
- Перейти ↑ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Мол. Биол. Evol. 33 (7): 1870–1874.
- Перейти ↑ Kumar, S., Stecher, G., Li M., Knyaz C. & Tamura, K. (2018). MEGA X: молекулярно-эволюционный генетический анализ на вычислительных платформах. Мол. Биол. Evol. 35 (6): 1547-1549.