MacVector коммерческое применение анализа последовательности для компьютеров Apple Macintosh , работающих под управлением Mac OS X . Он предназначен для использования молекулярными биологами для анализа, проектирования, исследования и документирования своих экспериментов в лаборатории. MacVector 18.1 - это универсальный двоичный файл, который может работать на компьютерах Mac Intel и Apple Silicon.
Разработчики) | MacVector, Inc. |
---|---|
Стабильный выпуск | 18.1 / 28 февраля 2021 г. |
Операционная система | macOS |
Платформа | Xcode |
Тип | Биоинформатика |
Лицензия | коммерческий |
Веб-сайт | macvector.com |
Функции
MacVector - это набор алгоритмов анализа последовательностей, связанных с различными редакторами последовательностей, включая редактор одиночных последовательностей, редактор множественного выравнивания последовательностей и редактор контигов. MacVector пытается использовать минимум окон и шагов для доступа ко всем функциям. Функции включают:
- Выравнивание последовательностей ( ClustalW , Muscle и T-Coffee ) и редактирование.
- Поиск подпоследовательностей и анализ открытых рамок считывания (ORF).
- Построение филогенетического дерева UPGMA , соединение соседей с помощью бутстрэппинга и деревьев консенсуса
- Поиск в базе данных в Интернете - поиск в общедоступных базах данных в NCBI, таких как Genbank , PubMed и UniProt .
- Выполните онлайн- поиск BLAST .
- Анализ белков.
- Сборка Contig и редактирование хроматограмм
- Выравнивание кДНК с геномными матрицами
- Создание точечных графиков соотношения ДНК к ДНК, от белка к белку и ДНК к белку.
- Анализ ограничений - поиск и просмотр сайтов ограничения доступа. Использует переваренные фрагменты для клонирования генов в векторы. Хранит историю переваренных фрагментов, что позволяет выполнять лигирование нескольких фрагментов.
- Дизайн праймеров для ПЦР - простой дизайн и тестирование праймеров. Также использует primer3
- Моделирование геля агарозы.
- CRISPR INDEL анализ.
В MacVector есть плагин сборки contig под названием Assembler, который использует phred , phrap , Bowtie , SPAdes, Velvet и перекрестное сопоставление .
Начиная с версии 13.0.1 MacVector использует Sparkle для обновления между выпусками.
История
MacVector был первоначально разработан IBI в 1994 году. [1] Он был приобретен компанией Kodak, а затем Oxford Molecular в 1996 году. [2] [3] Oxford Molecular была объединена с Accelrys в 2001 году. [4] Она была приобретена MacVector, Inc. 1 января 2007 г. [5]
Рекомендации
- ^ «MacVector: интегрированная программа анализа последовательности для Macintosh». Олсон С.А. Методы Мол биол . (1994) 25,195-201.
- ^ «Программное обеспечение для секвенирования ДНК - специальный рекламный раздел» . Наука . 7 июня 1996 г.
- ^ http://findarticles.com/p/articles/mi_hb197/is_/ai_n5566980# [ мертвая ссылка ]
- ^ «Об Accelrys, включая руководство компании, признание и новости» . Accelrys.com. 2009-05-04 . Проверено 26 июля 2012 .
- ^ «Акцелри - Дополнительные товары» . Accelrys.com. Архивировано из оригинала на 2008-06-07 . Проверено 24 июля 2012 .