Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Цифровое изображение 3-х плазмидных рестрикционных гидролизов, обработанных на 1% -ном (мас. / Об.) Агарозном геле, 3 вольт / см, окрашенном бромидом этидия. Маркер размера ДНК представляет собой коммерческую лестницу размером 1 т.п.н. Отмечается положение лунок и направление миграции ДНК.

Электрофорез в агарозном геле - это метод гель-электрофореза, используемый в биохимии , молекулярной биологии , генетике и клинической химии для разделения смешанной популяции макромолекул, таких как ДНК или белки, в матрице агарозы , одном из двух основных компонентов агара . Белки могут быть разделены по заряду и / или размеру ( изоэлектрический фокусирующий электрофорез в агарозе по существу не зависит от размера), а фрагменты ДНК и РНК - по длине. [1] Биомолекулы разделяются под действием электрического поля.для перемещения заряженных молекул через матрицу агарозы, и биомолекулы разделяются по размеру в матрице геля агарозы. [2]

Гель из агарозы легко отливать, имеет относительно меньше заряженных групп и особенно подходит для разделения ДНК в диапазоне размеров, который чаще всего встречается в лабораториях, что объясняет популярность его использования. Отделенную ДНК можно рассматривать с помощью красителя, чаще всего в УФ-свете, и фрагменты ДНК можно относительно легко экстрагировать из геля. Большинство используемых гелей агарозы растворены на 0,7–2% в подходящем буфере для электрофореза.

Свойства геля агарозы [ править ]

Отливка агарозного геля в лоток для гель-электрофореза.

Агарозном гель является трехмерный матрицей , составленной из спиральных молекул в агарозных суперспиральных пучках , которые объединяются в трехмерный структуры с каналами и порами , через которые могут проходить биомолекулы. [3] Трехмерная структура удерживается вместе водородными связями и поэтому может быть разрушена путем нагрева до жидкого состояния. Температура плавления отличается от температуры гелеобразования, в зависимости от источников агарозный гель имеет температуру гелеобразования 35–42 ° C и температуру плавления 85–95 ° C. Также доступны агарозы с низкой температурой плавления и гелеобразования, полученные путем химических модификаций.

Гель агарозы имеет большой размер пор и хорошую прочность геля, что делает его пригодным в качестве противоконвекционной среды для электрофореза ДНК и крупных белковых молекул. Размер пор 1% геля был оценен от 100 нм до 200-500 нм [4] [5], а его прочность геля позволяет гелям при разбавлении до 0,15% образовывать пластину для гель-электрофореза. [6] Гели с низкой концентрацией (0,1–0,2%), однако, хрупкие, и поэтому с ними трудно обращаться. Гель агарозы имеет меньшую разрешающую способность, чем гель полиакриламида, для ДНК, но имеет больший диапазон разделения и поэтому используется для фрагментов ДНК размером обычно 50–20 000 п.н. Предел разрешения для стандартного электрофореза в агарозном геле составляет около 750 кб, но разрешение более 6 мб возможно при электрофорезе в импульсном поле в геле.(PFGE). [7] Его также можно использовать для разделения крупных белков, и он является предпочтительной матрицей для гель-электрофореза частиц с эффективным радиусом более 5–10 нм. 0,9% -ный гель агарозы имеет достаточно большие поры для проникновения бактериофага Т4 . [6]

Полимер агарозы содержит заряженные группы, в частности пируват и сульфат . [8] Эти отрицательно заряженные группы создают поток воды в направлении, противоположном движению ДНК, в процессе, называемом электроэндосмосом (ЭЭО), и поэтому могут замедлять движение ДНК и вызывать размытие полос. Гели с более высокой концентрацией будут иметь более высокий электроэндосмотический поток. Поэтому агароза с низким EEO обычно предпочтительна для использования в электрофорезе нуклеиновых кислот в агарозном геле., но агароза с высоким EEO может использоваться для других целей. Более низкое содержание сульфатов в агарозе с низким EEO, особенно в агарозе с низкой температурой плавления (LMP), также полезно в тех случаях, когда ДНК, выделенная из геля, должна использоваться для дальнейших манипуляций, поскольку присутствие загрязняющих сульфатов может повлиять на некоторые последующие процедуры, такие как как лигирование, так и ПЦР . Однако агарозы с нулевым EEO нежелательны для некоторых применений, поскольку они могут быть получены путем добавления положительно заряженных групп, и такие группы могут влиять на последующие ферментативные реакции. [9] Электроэндосмос - причина, по которой агароза используется в качестве агаропектина, а не агаре.Компонент в агаре содержит значительное количество отрицательно заряженных сульфатных и карбоксильных групп. Удаление агаропектина в агарозе существенно снижает EEO, а также снижает неспецифическую адсорбцию биомолекул на гелевой матрице. Однако для некоторых применений, таких как электрофорез белков сыворотки, может быть желательным высокий EEO, и в используемый гель может быть добавлен агаропектин. [10]

Миграция нуклеиновых кислот в агарозном геле [ править ]

Основная статья: Гель-электрофорез нуклеиновых кислот

Факторы, влияющие на миграцию нуклеиновой кислоты в геле [ править ]

Гели препаратов плазмид обычно показывают основную полосу суперспиральной ДНК с другими более слабыми полосами на той же полосе. Обратите внимание, что обычно гель ДНК отображается с меньшими фрагментами ДНК ближе к дну геля. Это связано с тем, что исторически гели ДНК запускались вертикально, а меньшие фрагменты ДНК перемещались вниз быстрее.

На миграцию нуклеиновых кислот может влиять ряд факторов: размер пор геля (концентрация геля), размер ДНК, подвергаемой электрофорезу, используемое напряжение, ионная сила буфера и концентрация интеркалирующего красителя, такого как бромид этидия. если используется во время электрофореза. [11]

Молекулы меньшего размера перемещаются в геле быстрее, чем молекулы большего размера, а двухцепочечная ДНК движется со скоростью, которая обратно пропорциональна логарифму числа пар оснований. Однако это соотношение нарушается с очень большими фрагментами ДНК, и разделение очень больших фрагментов ДНК требует использования гель-электрофореза в импульсном поле (PFGE), который применяет переменный ток с двух разных направлений, и большие фрагменты ДНК разделяются по мере их переориентации. изменяющийся ток. [12]

Для стандартного электрофореза в агарозном геле более крупные молекулы лучше разделяются при использовании геля с низкой концентрацией, в то время как молекулы меньшего размера лучше разделяются при использовании геля с высокой концентрацией. Однако гель с высокой концентрацией требует более длительного времени работы (иногда дней).

На движение ДНК может влиять конформация молекулы ДНК, например, суперспиральная ДНК обычно движется быстрее, чем расслабленная ДНК, потому что она плотно скручена и, следовательно, более компактна. В препарате нормальной плазмидной ДНК может присутствовать несколько форм ДНК. [13] Гель-электрофорез плазмид обычно показывает отрицательную суперспиральную форму как основную полосу, в то время как разорванная ДНК (открытая круглая форма) и расслабленная закрытая круговая форма проявляются как второстепенные полосы. Скорость, с которой перемещаются различные формы, однако, может изменяться при использовании различных условий электрофореза [14], и на подвижность более крупной кольцевой ДНК может сильнее влиять размер пор геля, чем на линейную ДНК. [15]

Бромид этидия, который внедряется в кольцевую ДНК, может изменять заряд, длину, а также суперсильность молекулы ДНК, поэтому его присутствие в геле во время электрофореза может повлиять на ее движение. Например, положительный заряд бромистого этидия может уменьшить движение ДНК на 15%. [12] Электрофорез в агарозном геле можно использовать для разделения кольцевой ДНК с различной топологией суперспирализации. [16]

Повреждение ДНК из-за повышенного сшивания также снижает электрофоретическую миграцию ДНК в зависимости от дозы. [17] [18]

Скорость миграции ДНК пропорциональна приложенному напряжению, т. Е. Чем выше напряжение, тем быстрее движется ДНК. Однако разрешение больших фрагментов ДНК ниже при высоком напряжении. Подвижность ДНК также может изменяться в нестабильном поле - в поле, которое периодически меняется на противоположное, подвижность ДНК определенного размера может значительно снижаться при определенной частоте циклов. [4] Это явление может привести к инверсии полосы при гель-электрофорезе с инверсией поля (FIGE), в результате чего более крупные фрагменты ДНК перемещаются быстрее, чем более мелкие.

Аномалии миграции [ править ]

  • Гели "Smiley" - этот краевой эффект возникает, когда приложенное напряжение слишком велико для используемой концентрации геля. [19]
  • Перегрузка ДНК - перегрузка ДНК замедляет миграцию фрагментов ДНК.
  • Загрязнение - присутствие примесей, таких как соли или белки, может повлиять на движение ДНК.

Механизм миграции и отделения [ править ]

Отрицательный заряд фосфатного остова перемещает ДНК к положительно заряженному аноду во время электрофореза. Однако миграция молекул ДНК в растворе в отсутствие гелевой матрицы не зависит от молекулярной массы во время электрофореза. [4] [20] Таким образом, гелевая матрица отвечает за разделение ДНК по размеру во время электрофореза, и существует ряд моделей, объясняющих механизм разделения биомолекул в гелевой матрице. Широко распространена модель Огстона, в которой полимерная матрица рассматривается как сито. Глобулярный белок или случайная спиральДНК движется через соединенные между собой поры, и движение более крупных молекул с большей вероятностью будет затруднено и замедлено из-за столкновений с гелевой матрицей, поэтому в этом процессе просеивания можно разделить молекулы разных размеров. [4]

Однако модель Огстона не работает для больших молекул, в результате чего поры значительно меньше размера молекулы. Для молекул ДНК размером более 1 т.п.н. чаще всего используется модель рептации (или ее варианты). Эта модель предполагает, что ДНК может ползать «змееподобным» образом (отсюда и «рептация») через поры в виде удлиненной молекулы. Модель смещения рептаций применяется при более высокой напряженности электрического поля, в результате чего передний конец молекулы становится сильно смещенным в прямом направлении и тянет за собой остальную часть молекулы. [21] Однако флуоресцентная микроскопия окрашенных молекул в реальном времени показала более тонкую динамику во время электрофореза, при этом ДНК проявляла значительную эластичность, поскольку она попеременно растягивалась в направлении приложенного поля, а затем сжималась в шар или зацеплялась в U-образную форму. когда он зацепляется за полимерные волокна. [22] [23]

Общая процедура [ править ]

Детали эксперимента с электрофорезом в агарозном геле могут варьироваться в зависимости от методов, но большинство из них следует общей процедуре.

Воспроизвести медиа
Видео, показывающее сборку буровой установки и загрузку / спуск геля.

Литье геля [ править ]

Загрузка образцов ДНК в лунки агарозного геля с помощью многоканальной пипетки.

Гель готовят растворением порошка агарозы в подходящем буфере, таком как TAE или TBE, для использования в электрофорезе. [12] Агарозу диспергируют в буфере перед нагреванием до температуры, близкой к температуре кипения, но избегайте кипения. Расплавленной агарозе дают остыть в достаточной степени, прежде чем заливать раствор в гипс, так как гипс может деформироваться или треснуть, если раствор агарозы слишком горячий. Гребень помещается в гипс для создания лунок для загрузки образца, и гель должен полностью затвердеть перед использованием.

Концентрация геля влияет на разрешение разделения ДНК. Гель агарозы состоит из микроскопических пор, через которые проходят молекулы, и существует обратная зависимость между размером пор геля агарозы и концентрацией - размер пор уменьшается по мере увеличения плотности волокон агарозы. Высокая концентрация геля улучшает разделение более мелких молекул ДНК, в то время как снижение концентрации геля позволяет разделять большие молекулы ДНК. Этот процесс позволяет разделять фрагменты от 50 пар оснований до нескольких мега оснований в зависимости от используемой концентрации геля. [24] Концентрация измеряется по массе агарозы по отношению к объему использованного буфера (г / мл). Для стандартного электрофореза в агарозном геле 0,8% гель дает хорошее разделение или разрешение больших фрагментов ДНК размером 5–10 килобайт, а 2% гель дает хорошее разрешение для небольших фрагментов размером 0,2–1 килобайт. 1% гели часто используются для стандартного электрофореза. [25] Гели с высоким процентным содержанием часто бывают хрупкими и не могут схватываться равномерно, в то время как гели с низким процентным содержанием (0,1-0,2%) хрупкие и с ними нелегко обращаться. Гели агарозы с низкой температурой плавления (LMP) также более хрупкие, чем гель нормальной агарозы. Агароза с низкой температурой плавления может использоваться отдельно или одновременно со стандартной агарозой для разделения и выделения ДНК. [26] PFGE и FIGE часто выполняются с использованием гелей агарозы с высоким процентным содержанием.

Загрузка образцов [ править ]

Как только гель затвердеет, гребенку удаляют, оставляя лунки, куда можно загрузить образцы ДНК. Буфер для загрузки смешивают с образцом ДНК перед загрузкой смеси в лунки. Загрузочный буфер содержит плотное соединение, которым может быть глицерин, сахароза или фиколл , которое увеличивает плотность образца, так что образец ДНК может опуститься на дно лунки . [12] Если образец ДНК содержит остаточный этанол после его приготовления, он может выплыть из лунки. Загрузочный буфер также включает цветные красители, такие как ксилолцианол и бромфеноловый синий, используемые для контроля за ходом электрофореза. Образцы ДНК загружают с помощью пипетки .

Электрофорез [ править ]

Пластинка геля агарозы в резервуаре для электрофореза с полосами красителей, указывающими на прогресс электрофореза. ДНК движется к аноду.

Электрофорез в агарозном геле чаще всего проводят горизонтально в подводном режиме, когда пластинчатый гель полностью погружается в буфер во время электрофореза. Также возможно, но реже, проводить электрофорез как в вертикальном, так и в горизонтальном положении с гелем, приподнятым на ножках агарозы, с использованием подходящего устройства. [27] Буфер, используемый в геле, такой же, как рабочий буфер в резервуаре для электрофореза, поэтому электрофорез в подводном режиме возможен с гелем агарозы.

Для оптимального разрешения ДНК  размером более 2 т.п.н. при стандартном гель-электрофорезе рекомендуется от 5 до 8 В / см (расстояние в см относится к расстоянию между электродами, поэтому это рекомендуемое напряжение должно быть от 5 до 8, умноженное на расстояние между электроды в см). [14] Напряжение также может быть ограничено тем фактом, что оно нагревает гель и может вызвать плавление геля, если он работает под высоким напряжением в течение длительного периода, особенно если используемый гель представляет собой гель агарозы LMP. Слишком высокое напряжение может также снизить разрешение, а также вызвать появление полос для больших молекул ДНК. Слишком низкое напряжение может привести к расширению полосы для небольших фрагментов ДНК из-за дисперсии и диффузии. [28]

Поскольку ДНК не видна при естественном освещении, за ходом электрофореза следят с помощью цветных красителей. Ксилолцианол (светло-голубой цвет) объединяет большие фрагменты ДНК, в то время как бромфеноловый синий (темно-синий) объединяется с более мелкими фрагментами. Менее используемые красители включают Cresol Red и Orange G, которые мигрируют впереди бромфенолового синего. ДНК маркер также работать совместно для оценки молекулярной массы ДНК - фрагментов. Обратите внимание, однако, что размер кольцевой ДНК-подобной плазмиды нельзя точно измерить с помощью стандартных маркеров, если она не была линеаризована рестрикционным гидролизом ; в качестве альтернативы можно использовать маркер суперспиральной ДНК.

Окрашивание и визуализация [ править ]

Гель с УФ-освещением: ДНК, окрашенная бромистым этидием, выглядит как светящиеся оранжевые полосы.

Как ДНК, так и РНК обычно визуализируются путем окрашивания бромидом этидия , который внедряется в основные бороздки ДНК и флуоресцирует в УФ-свете. Интеркаляция зависит от концентрации ДНК, и, таким образом, полоса с высокой интенсивностью будет указывать на большее количество ДНК по сравнению с полосой с меньшей интенсивностью. [12] Бромид этидия может быть добавлен к раствору агарозы до образования геля, или гель ДНК может быть окрашен позже после электрофореза. Обесцвечивание геля не обязательно, но может улучшить изображение. Доступны другие методы окрашивания; примерами являются SYBR Green , GelRed , метиленовый синий , бриллиантовый крезиловый синий , нильский синий.сульфат и кристаллический фиолетовый . [29] SYBR Green, GelRed и другие аналогичные коммерческие продукты продаются как более безопасные альтернативы бромиду этидия, поскольку в тесте Эймса было показано, что он обладает мутагенными свойствами , хотя канцерогенность бромистого этидия фактически не установлена. SYBR Green требует использования трансиллюминатора синего света. ДНК, окрашенную кристаллическим фиолетовым, можно рассматривать при естественном освещении без использования УФ-трансиллюминатора, что является преимуществом, однако он может не давать четкой полосы.

При окрашивании бромистым этидием гель просматривают с помощью ультрафиолетового (УФ) трансиллюминатора. Ультрафиолетовый свет возбуждает электроны в ароматическом кольце бромистого этидия, и как только они возвращаются в основное состояние, высвобождается свет, заставляя ДНК и комплекс бромида этидия флуоресцировать. [12] В стандартных трансиллюминаторах используются длины волн 302/312 нм (УФ-В), однако воздействие УФ-излучения на ДНК в течение всего 45 секунд может вызвать повреждение ДНК и повлиять на последующие процедуры, например, снижение эффективности трансформации , в пробирке транскрипции и ПЦР . [30] Следовательно, следует ограничить воздействие УФ-излучения на ДНК. Использование более высокой длины волны 365 нм (диапазон УФ-А) вызывает меньшее повреждение ДНК, но также дает гораздо более слабую флуоресценцию с бромидом этидия. Если в трансиллюминторе можно выбрать несколько длин волн, более короткая длина волны будет использоваться для захвата изображений, тогда как более длинная длина волны должна использоваться, если необходимо работать с гелем в течение любого продолжительного периода времени.

Устройство трансиллюминатора может также содержать устройства захвата изображения, такие как цифровая или поляроидная камера, которые позволяют снимать или печатать изображение геля.

Для гель-электрофореза белка полосы можно визуализировать с помощью окрашивания кумасси или серебром .

Вырезание ломтиков геля из агарозы. При использовании УФ-трансиллюминатора необходимо надевать защитное снаряжение.

Последующие процедуры [ править ]

Разделенные полосы ДНК часто используют для дальнейших процедур, и полосу ДНК можно вырезать из геля в виде среза, растворить и очистить. Однако загрязняющие вещества могут влиять на некоторые последующие процедуры, такие как ПЦР, и в некоторых случаях может быть предпочтительна агароза с низкой температурой плавления, поскольку она содержит меньше сульфатов, которые могут влиять на некоторые ферментативные реакции. Гели также можно использовать для блоттинга.

Буферы [ править ]

В общем, идеальный буфер должен иметь хорошую проводимость, выделять меньше тепла и иметь долгий срок службы. [31] Существует ряд буферов, используемых для электрофореза в агарозе; общие для нуклеиновых кислот включают трис / ацетат / EDTA (TAE) и трис / борат / EDTA (TBE). Используемые буферы содержат ЭДТА для инактивации многих нуклеаз, для функционирования которых требуется двухвалентный катион. Борат в буфере TBE может быть проблематичным, поскольку борат может полимеризоваться и / или взаимодействовать с цис-диолами, такими как те, которые содержатся в РНК. TAE имеет самую низкую буферную емкость, но обеспечивает лучшее разрешение для ДНК большего размера. Это означает более низкое напряжение и больше времени, но более качественный продукт.

Было предложено множество других буферов, например борат лития (LB), изоэлектрический гистидин, буферы для согласованных продуктов pK и т.д .; в большинстве случаев предполагаемое объяснение - более низкий ток (меньше тепла) и / или согласованная подвижность ионов, что приводит к увеличению срока службы буфера. Трис-фосфатный буфер обладает высокой буферной способностью, но его нельзя использовать, если экстрагированная ДНК будет использоваться в реакции, чувствительной к фосфату. LB является относительно новым и неэффективен при разрешении фрагментов размером более 5 кб; Однако из-за его низкой проводимости можно использовать гораздо более высокое напряжение (до 35 В / см), что означает более короткое время анализа для обычного электрофореза. Разница в размере всего одной пары оснований может быть устранена в 3% агарозном геле со средой с чрезвычайно низкой проводимостью (1 мМ борат лития). [32]

В конкретных применениях можно использовать другую буферную систему, например, буферы барбитуровой кислоты-барбитурата натрия или трис- барбитурата можно использовать для электрофореза белков в агарозном геле, например, для обнаружения аномального распределения белков. [33]

Приложения [ править ]

  • Оценка размера молекул ДНК после переваривания рестрикционными ферментами , например, при рестрикционном картировании клонированной ДНК.
  • Анализ продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР), например, в молекулярно- генетической диагностике или генетическом дактилоскопировании.
  • Разделение фрагментов ДНК для извлечения и очистки.
  • Разделение рестриктированной геномной ДНК перед переносом по Саузерну или РНК перед переносом по Саузерну .
  • Разделение белков, например, скрининг белковых аномалий в клинической химии . [34]

Гели агарозы легко отливать и обрабатывать по сравнению с другими матрицами, а нуклеиновые кислоты химически не изменяются во время электрофореза. Образцы также легко восстанавливаются. После окончания эксперимента полученный гель можно хранить в полиэтиленовом пакете в холодильнике.

Электрофорез проводится в буферных растворах для уменьшения изменений pH из-за электрического поля, что важно, поскольку заряд ДНК и РНК зависит от pH, но слишком долгая работа может истощить буферную способность раствора. Кроме того, разные препараты генетического материала могут не мигрировать согласованно друг с другом по морфологическим или другим причинам.

История [ править ]

В середине-конце 1960-х годов было впервые обнаружено, что агароза и родственные ей гели являются эффективными матрицами для электрофореза ДНК и РНК. [35]

См. Также [ править ]

  • Гель-электрофорез
  • Иммунодиффузия , иммуноэлектрофорез
  • SDD-AGE
  • Нозерн-блот
  • Электрофорез в SDS-полиакриламидном геле
  • Саузерн-блот

Ссылки [ править ]

  1. ^ Kryndushkin DS, Александров И. М., Тер-Аванесян М.Д., Кушниров В.В. (декабрь 2003). «Агрегаты прионов [PSI +] дрожжей образованы небольшими полимерами Sup35, фрагментированными Hsp104» . Журнал биологической химии . 278 (49): 49636–43. DOI : 10.1074 / jbc.M307996200 . PMID  14507919 .
  2. ^ Sambrook J, DW Рассела (2001). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство, 3-е изд. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк.
  3. ^ Иосиф Sambrook; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . 1 (3-е изд.). п. 5.4. ISBN 978-0-87969-577-4.
  4. ^ a b c d Zimm BH, Levene SD (май 1992 г.). «Проблемы и перспективы теории гель-электрофореза ДНК» (PDF) . Ежеквартальные обзоры биофизики . 25 (2): 171-204. DOI : 10.1017 / s0033583500004662 . PMID 1518924 .  
  5. ^ Жан-Луи Виови (2000). «Электрофорез ДНК и других полиэлектролитов: физические механизмы». Обзоры современной физики . 72 (3): 813–872. Bibcode : 2000RvMP ... 72..813V . DOI : 10.1103 / RevModPhys.72.813 .
  6. ^ а б Филип Сервер (1983). «Гели агарозы: свойства и применение для электрофореза». Электрофорез . 4 (6): 375–382. DOI : 10.1002 / elps.1150040602 . S2CID 97819634 . 
  7. ^ Иосиф Sambrook; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . 1 (3-е изд.). п. 5.2–5.3. ISBN 978-0-87969-577-4.
  8. ^ «Приложение B: Физическая химия агарозы» (PDF) . Lonza Group .
  9. ^ Иосиф Sambrook; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . 1 (3-е изд.). п. 5.7. ISBN 978-0-87969-577-4.
  10. ↑ Керен, Дэвид (26 сентября 2003 г.). Белковый электрофорез в клинической диагностике . CRC Press. С. 7–8. ISBN 978-0340812136.
  11. ^ Г. Люкотт; Ф. Банейкс (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Вили-Блэквелл. п. 32. ISBN 978-0471188490.
  12. ^ Б с д е е Ли PY, Costumbrado J, Hsu CY, Ким YH (апрель 2012). «Электрофорез в агарозном геле для разделения фрагментов ДНК» . Журнал визуализированных экспериментов (62). DOI : 10.3791 / 3923 . PMC 4846332 . PMID 22546956 .  
  13. ^ Ричард Р. Синден (1994-11-24). Структура и функции ДНК . Academic Press Inc. стр. 97. ISBN 978-0126457506.
  14. ^ а б Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . 1 (3-е изд.). п. 5.5–5.6. ISBN 978-0-87969-577-4.
  15. ^ Aaij C, Borst P (май 1972). «Гель-электрофорез ДНК». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белков . 269 (2): 192–200. DOI : 10.1016 / 0005-2787 (72) 90426-1 . PMID 5063906 . 
  16. ^ Donald Voet; Джудит Г. Воет (1995). Биохимия (2-е изд.). Джон Вили и сыновья. С.  877–878 . ISBN 978-0471586517.
  17. ^ Blasiak Дж, Trzeciak А, Malecká-Панас Е, Drzewoski Дж, Wojewódzka М (август 2000 г.). «Генотоксичность этанола и ацетальдегида in vitro в лимфоцитах человека и клетках слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта». Токсикология in vitro . 14 (4): 287–95. DOI : 10.1016 / S0887-2333 (00) 00022-9 . PMID 10906435 . 
  18. Перейти ↑ Lu Y, Morimoto K (июль 2009 г.). «Связано ли обычное употребление алкоголя со снижением миграции электрофоретической ДНК в лейкоцитах периферической крови у мужчин японцев с дефицитом ALDH2?» . Мутагенез . 24 (4): 303–8. DOI : 10,1093 / mutage / gep008 . PMID 19286920 . 
  19. ^ Г. Люкотт; Ф. Банейкс (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Вили-Блэквелл. п. 41. ISBN 978-0471188490.
  20. ^ Роберт В. Олд; Сэнди Б. Примроуз (27 сентября 1994). Принцип манипуляции генами - введение в генную инженерию (5-е изд.). Blackwell Scientific. п. 9 . ISBN 9780632037124.
  21. ^ Ли Чжу; Хун Ван (2009-03-02). «Глава 4 - Генетический анализ в миниатюрных системах электрофореза» . Инь Тянь, Вэй-Чэн; Finehout, Эрин (ред.). Микрофлюидика для биологических приложений . Springer. п. 125. ISBN 978-0-387-09480-9.
  22. Перейти ↑ Smith SB, Aldridge PK, Callis JB (январь 1989 г.). «Наблюдение за отдельными молекулами ДНК, подвергающимися гель-электрофорезу». Наука . 243 (4888): 203–6. Bibcode : 1989Sci ... 243..203S . DOI : 10.1126 / science.2911733 . PMID 2911733 . 
  23. Перейти ↑ Schwartz DC, Koval M (апрель 1989 г.). «Конформационная динамика отдельных молекул ДНК при гель-электрофорезе». Природа . 338 (6215): 520–2. Bibcode : 1989Natur.338..520S . DOI : 10.1038 / 338520a0 . PMID 2927511 . S2CID 4249063 .  
  24. ^ Magdeldin, Sameh (2012). Гель-электрофорез . InTech. С. 35–40.
  25. ^ «Электрофорез в агарозном геле (основной метод)» . Биологические протоколы . Проверено 23 августа 2011 года .
  26. ^ Fotadar U, Шапиро Л., Surks М.И. (февраль 1991). «Одновременное использование стандартной и легкоплавкой агарозы для разделения и выделения ДНК электрофорезом». Биотехнологии . 10 (2): 171–2. PMID 2059440 . 
  27. ^ Дэвид Фрайфельдер (1982). Физическая биохимия: приложения к биохимии и молекулярной биологии (2-е изд.). WH Freeman. С. 292–293. ISBN 978-0716714446.
  28. ^ «Раздел III: Загрузка и запуск ДНК в гелях агарозы» (PDF) . Lonza Group .
  29. ^ «ДНК раскрыта» (PDF) . Национальный центр биотехнологического образования . Университет Ридинга. Архивировано из оригинального (PDF) 04 марта 2012 года.
  30. ^ Gründemann D, Schömig E (ноябрь 1996). «Защита ДНК во время препаративного электрофореза в агарозном геле от повреждений, вызванных ультрафиолетом» (PDF) . Биотехнологии . 21 (5): 898–903. DOI : 10.2144 / 96215rr02 . PMID 8922632 . Архивировано из оригинального (PDF) 04 марта 2016 года . Проверено 3 июля 2013 .  
  31. ^ Самех Магдельдин, изд. (2012). Гель-электрофорез - принципы и основы . InTech. ISBN 978-953-51-0458-2.
  32. ^ Броуди JR, Керн SE (октябрь 2004). «История и принципы проводящих сред для стандартного электрофореза ДНК» (PDF) . Аналитическая биохимия . 333 (1): 1–13. DOI : 10.1016 / j.ab.2004.05.054 . PMID 15351274 . Архивировано из оригинального (PDF) 24 декабря 2012 года.  
  33. ^ Jeppsson JO, Лорел CB, Franzén B (апрель 1979). «Электрофорез в агарозном геле» . Клиническая химия . 25 (4): 629–38. DOI : 10.1093 / clinchem / 25.4.629 . PMID 313856 . 
  34. ^ GIOT, Жан-Франсуа (2010). «Электрофорез в агарозном геле: применение в клинической химии» (PDF) . Журнал медицинской биохимии . 29 : 9–14. DOI : 10.2478 / v10011-009-0033-8 . S2CID 94646249 .  
  35. ^ Гель-электрофорез нуклеиновой кислоты - краткий обзор и история , ThermoFisher Scientific

Внешние ссылки [ править ]

  • Как запустить гель ДНК или РНК
  • Анимация гель-анализа рестрикционных фрагментов ДНК
  • Видео и статья об электрофорезе в агарозном геле
  • Пошаговые фотографии запуска геля и извлечения ДНК
  • Электрофорез на соломинке!
  • Типичный метод из викиверситета
  • Создание камеры для гель-электрофореза