MAFFT

MAFFT
Разработчики)	Казутака Като

Стабильный выпуск	7.475 / 23 ноября 2020 г . ; 4 месяца назад ( 2020-11-23 )

Написано в	C
Операционная система	UNIX , Linux , Mac , MS-Windows
Тип	Инструмент биоинформатики
Лицензия	BSD ^[1]
Веб-сайт	mafft .cbrc .jp / выравнивание / программное обеспечение /

В биоинформатики , MAFFT (для м есколько в lignment с помощью F AST F ourier т ransform) это программа , используемая для создания нескольких выравнивания последовательности из аминокислот или нуклеотидов последовательностей. Опубликованная в 2002 году первая версия MAFFT использовала алгоритм, основанный на прогрессивном выравнивании , в котором последовательности были сгруппированы с помощью быстрого преобразования Фурье . ^[2] Последующие версии MAFFT добавили другие алгоритмы и режимы работы, ^[3]включая варианты более быстрого выравнивания большого числа последовательностей, ^[4] выравнивания с более высокой точностью, ^[5] выравнивания некодирующих последовательностей РНК , ^[6] и добавления новых последовательностей к существующим выравниваниям. ^[7]

Шаги по использованию MAFFT с другими программами для просмотра MSA

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

^ Базовое программное обеспечение MAFFT распространяется под лицензией BSD , а версии для Microsoft Windows под лицензией GNU General Public License . Некоторые дистрибутивы MAFFT содержат программное обеспечение под другими лицензиями https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
^ Като, Казутак; Мисава, Кадзухару; Кума, Кей-ичи; Мията, Такаши (2002). «MAFFT: новый метод быстрого совмещения множественных последовательностей, основанный на быстром преобразовании Фурье» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (14): 3059–66. DOI : 10.1093 / NAR / gkf436 . PMC 135756 . PMID 12136088 .
^ https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/algorithms/algorithms.html ^{[ требуется полная ссылка ]}
^ Като, K; То, Х (2006). «PartTree: алгоритм для построения приблизительного дерева из большого количества невыровненных последовательностей» . Биоинформатика . 23 (3): 372–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl592 . PMID 17118958 .
^ Като, K; Кума, К; Мията, Т; То, Х (2005). «Повышение точности программы множественного выравнивания последовательностей MAFFT». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике . 16 (1): 22–33. PMID 16362903 .
^ Като, Казутак; Тох, Хироюки (2008). «Повышенная точность множественного выравнивания нкРНК за счет включения структурной информации в структуру на основе MAFFT» . BMC Bioinformatics . 9 : 212. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-212 . PMC 2387179 . PMID 18439255 .
^ Като, Казутак; Фрит, Мартин С (2012). «Добавление невыровненных последовательностей в существующее выравнивание с использованием MAFFT и LAST» . Биоинформатика . 28 (23): 3144–6. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts578 . PMC 3516148 . PMID 23023983 .

Внешние ссылки [ править ]

Официальный сайт
Онлайн-сервер MAFFT
Сервер MAFFT в EBI
ClustalW / MAFFT / PRRN в GenomeNet
ClustalW / TCoffee / MAFFT в MyHits, SIB

Эта статья о биоинформатике незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Базовое программное обеспечение MAFFT распространяется под лицензией BSD , а версии для Microsoft Windows под лицензией GNU General Public License . Некоторые дистрибутивы MAFFT содержат программное обеспечение под другими лицензиями https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

[pmid12136088-2] Като, Казутак; Мисава, Кадзухару; Кума, Кей-ичи; Мията, Такаши (2002). «MAFFT: новый метод быстрого совмещения множественных последовательностей, основанный на быстром преобразовании Фурье» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (14): 3059–66. DOI : 10.1093 / NAR / gkf436 . PMC 135756 . PMID 12136088 .

[3] ttps://mafft.cbrc.jp/alignment/software/algorithms/algorithms.html ^{[ требуется полная ссылка ]}

[pmid17118958-4] Като, K; То, Х (2006). «PartTree: алгоритм для построения приблизительного дерева из большого количества невыровненных последовательностей» . Биоинформатика . 23 (3): 372–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl592 . PMID 17118958 .

[pmid16362903-5] Като, K; Кума, К; Мията, Т; То, Х (2005). «Повышение точности программы множественного выравнивания последовательностей MAFFT». Геномная информатика. Международная конференция по геномной информатике . 16 (1): 22–33. PMID 16362903 .

[pmid18439255-6] Като, Казутак; Тох, Хироюки (2008). «Повышенная точность множественного выравнивания нкРНК за счет включения структурной информации в структуру на основе MAFFT» . BMC Bioinformatics . 9 : 212. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-212 . PMC 2387179 . PMID 18439255 .

[pmid23023983-7] Като, Казутак; Фрит, Мартин С (2012). «Добавление невыровненных последовательностей в существующее выравнивание с использованием MAFFT и LAST» . Биоинформатика . 28 (23): 3144–6. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts578 . PMC 3516148 . PMID 23023983 .

[1]