Modeller , часто стилизованный под MODELLER , представляет собой компьютерную программу, используемую для моделирования гомологии для создания моделей третичных структур белков и четвертичных структур (реже). [2] [3] Он реализует метод, вдохновленный спектроскопией ядерного магнитного резонанса белков (ЯМР белков), называемый удовлетворением пространственных ограничений , с помощью которого набор геометрических критериев используется для создания функции плотности вероятности для местоположения каждого атома. в белке. Метод основан на выравнивании входной последовательности.между целевой аминокислотной последовательностью, подлежащей моделированию, и матричным белком, структура которого была определена.
Автор (ы) оригинала | Андрей Сали |
---|---|
Разработчики) | Калифорнийский университет, Сан-Франциско , Accelrys |
Первый выпуск | 1989 |
Стабильный выпуск | 10.1 / 18 марта 2021 г . [1] |
Операционная система | Unix , Linux , macOS , Windows |
Платформа | x86 , x86-64 |
Доступно в | английский |
Тип | Гомология моделирование из белков |
Лицензия | Собственность : бесплатное программное обеспечение для академических некоммерческих организаций , коммерческое программное обеспечение |
Веб-сайт | www |
Программа также включает в себя ограниченные функции для первопринципной структуры предсказания из петлевых областей белков, которые часто сильно варьируют даже среди гомологичных белков и , таким образом , трудно предсказать с помощью моделирования гомологии.
Модельер был изначально написан и в настоящее время поддерживается Андреем Сали в Университете Калифорнии, Сан - Франциско . [4] Он работает в операционных системах Unix , Linux , macOS и Windows . Это бесплатное программное обеспечение для академического использования. Графические пользовательские интерфейсы (GUI) и коммерческие версии распространяются Accelrys . Веб-сервер для сравнительного моделирования структуры белков ModWeb основан на Modeller и других инструментах для автоматического моделирования структуры белков с возможностью депонирования полученных моделей в ModBase . В связи с популярностью Modeller, для MODELLER доступно несколько графических интерфейсов сторонних производителей:
- EasyModeller является бесплатным программным обеспечением и является одним из первых графических интерфейсов сторонних разработчиков для Modeller. [5] Последняя версия (EasyModeller 4.0) поддерживает операционные системы Linux и Windows .
- UCSF Chimera имеет простой интерфейс для Modeller.
- PyMod - это бесплатный плагин с открытым исходным кодом для PyMOL, который имеет комплексный интерфейс для Modeller. [6] [7] Он поддерживает Linux , Windows и macOS .
- MaxMod - это автономный графический интерфейс для MODELLER в Windows . [8]
Смотрите также
- Список программ для предсказания структуры белков
Рекомендации
- ^ "МОДЕЛЛЕР Новости" . salilab.or . Проверено 16 апреля 2021 .
- ^ Фисер А., Сали А. (2003). «Моделлер: создание и уточнение моделей структуры белков на основе гомологии». Высокомолекулярные кристаллографии, часть D . Meth. Энзимол . Методы энзимологии. 374 . С. 461–91. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (03) 74020-8 . ISBN 9780121827779. PMID 14696385 .
- ^ Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Фисер А., Санчес Р., Мело Ф, Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование белковой структуры генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291–325. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.29.1.291 . PMID 10940251 .
- ^ Сали А., Бланделл Т.Л. (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». J. Mol. Биол . 234 (3): 779–815. DOI : 10.1006 / jmbi.1993.1626 . PMID 8254673 .
- ^ Kuntal, BK, Aparoy, P., & Reddanna, P. (2010). EasyModeller: графический интерфейс для MODELLER. Примечания к исследованию BMC, 3 (1), 1.
- ^ Янсон Г., Чжан С., Прадо М.Г., Пайардини А. (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательностей белков и моделировании гомологии в PyMOL» . Биоинформатика . 33 (3): 444–446. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw638 . PMID 28158668 .
- ^ Брамуччи Э, Пайардини А, Босса Ф, Паскарелла С (2012). «PyMod: поиск сходства последовательностей, множественное выравнивание структуры последовательности и моделирование гомологии в PyMOL» . BMC Bioinformatics . 13 Дополнение 4: S2. DOI : 10.1186 / 1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726 . PMID 22536966 .
- ^ Парида Б.К., Панда ПК, Мисра Н., Мишра Б.К. (2015). «MaxMod: новый интерфейс к MODELLER, основанный на скрытой марковской модели, для улучшенного прогнозирования трехмерных моделей белков». Журнал молекулярного моделирования . 21 (2): 1–10. DOI : 10.1007 / s00894-014-2563-3 . PMID 25636267 . S2CID 30626573 .
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- ModWeb
- EasyModeller - графический интерфейс для Modeller.
- Интерфейс UCSF Chimera для Modeller
- PyMod - плагин PyMOL для Modeller
- MINT - графический интерфейс для Modeller
- MaxMod - автономный графический интерфейс для Modeller в Windows.