MDL Chime - это бесплатный плагин, используемый веб-браузерами для отображения трехмерных структур молекул . [2] Он является частью линейки продуктов ISIS, приобретенной Symyx Technologies у научного издателя Elsevier в октябре 2007 года. Он основан на коде RasMol . [3]
Автор (ы) оригинала | Эльзевир |
---|---|
Разработчики) | Symyx Technologies |
Первый выпуск | 1996 (0.9 Beta) 1997 (1.0 Полная версия) [1] |
Стабильный выпуск | 2.6 SP7 / 31 июля 2007 г . |
Операционная система | Классическая Mac OS , Microsoft Windows |
Платформа | Internet Explorer , Mozilla Firefox |
Веб-сайт | http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/ |
Chime используется на большом количестве веб-сайтов по биохимии для визуализации макромолекул . Многие из этих сайтов связаны с Мировым индексом ресурсов молекулярной визуализации MolVisIndex.Org . Колокольчик также использовался до 2006 года в банке данных о белках для исследования хранящихся там структур.
Хотя Chime был доступен в 1996 году как в Windows 95, так и в классической версии Mac OS для браузеров Netscape и Internet Explorer , разработка Chime не последовала за переходом на Mac OS X для Mac, а поддержка браузеров на базе Windows, кроме Internet Explorer, была ограничена хотя он хорошо работает в Mozilla Firefox ). Одной из важных функций, добавленных в 1997 году, была возможность отображать спектроскопические данные в форме протоколов IUPAC JCAMP-DX. Помимо этого, большинство обновлений с тех пор приходилось на установочный пакет, который следовал за развитием Windows и Internet Explorer.
Chime в значительной степени был заменен Jmol , непатентованным приложением / апплетом молекулярной визуализации Java с открытым исходным кодом , которое поддерживало большую часть совместимости команд Chime при добавлении функций.
Особенностью Chime, которая еще не воспроизводится с Jmol, является расчет электростатического или гидрофобного потенциала для использования при окрашивании молекулярных поверхностей. Вместо этого Jmol полагается на эти данные, предоставляемые другими пакетами расчетов. Звонок предполагает определенный уровень расчета этих свойств.
Теперь Chime принадлежит Accelrys и был объединен с Discovery Studio .
Смотрите также
Рекомендации
- ^ https://www.umass.edu/microbio/chime/chimvers.htm
- ^ Дорланд, Лиз (2002). «Новости из Интернета: что нового в Chime?». J. Chem. Educ. 79 (7): 778. Bibcode : 2002JChEd..79..778D . DOI : 10.1021 / ed079p778 .
- ^ Ходжсон, Джон (1996). «GlaxoWellcome и MDL запутались в сети» . Природа Биотехнологии . 14 (6): 690. DOI : 10.1038 / nbt0696-690 . S2CID 32321207 .
Внешние ссылки
- Снимок экрана с курантами в действии .
- Accelrys Chime
- Chime Download [ постоянная мертвая ссылка ]
- Банк данных белков RCSB
- MolviZ.Org: Ресурсы молекулярной визуализации с богатым набором молекул
- Дублинский городской университет CHIME и Jmol Pages