Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Это список известных программных систем, которые используются для визуализации макромолекул. [1]

В таблицах ниже указано, какие типы данных могут быть визуализированы в каждой системе:

Автономные системы [ править ]

ИмяДанныеЛицензияТехнологииЦитатыКомментарии
АмираEM MM MRI Optical SMI XRCСобственный [2]Windows, Linux, Mac[3]На основе OpenInventor / OpenGL; с упором на биологические и биомедицинские науки.
Аскалаф ДизайнерMM MD QMПроприетарныйC ++[4]Графика, построение моделей, молекулярная механика , квантовая химия .
AvizoEM MM MRI Optical SMI XRCСобственный [5]Windows, Linux, Mac[6]Avizo является производным от Amira и специализируется на материаловедении.
АвогадроMM XRC MDБесплатное ПО с открытым исходным кодом , GPLC ++ , Qt , расширяемый через модули Python
Cn3DБесплатное ПО с открытым исходным кодомАвтономная программа[7]В наборе инструментов NCBI C ++
ГабедитXRC MMБесплатное ПО с открытым исходным кодомC[8]
JmolБесплатное ПО с открытым исходным кодомJava- апплет или отдельная программа[9]Поддерживает расширенные возможности, такие как загрузка нескольких молекул с независимым движением, поверхностей и молекулярных орбиталей, визуализация полостей, симметрия кристаллов.
MDL ChimeСобственное , бесплатное использование, некоммерческое использование Плагин браузера C ++ только для Windows[10]Создавайте и визуализируйте молекулы и периодические системы (кристаллы, структуры, жидкости ...), оживляйте траектории, визуализируйте молекулярные орбитали, плотность, электростатический потенциал ... визуализируйте графики, такие как ИК, ЯМР, диэлектрические и оптические тензоры.
MoldenMM XRCПроприетарный , бесплатное использование для учебных заведений[11]
Молекулярная операционная среда (MOE)HM MD MM NA QM SMI XRCПроприетарныйWindows, Linux, OS X; Язык программирования SVLСоздавайте, редактируйте и визуализируйте небольшие молекулы, макромолекулы, комплексы белок-лиганд, кристаллические решетки, поверхности молекул и свойств. Платформа для обширного набора приложений для молекулярного моделирования / открытия лекарств.
МолекельMM XRCБесплатное ПО с открытым исходным кодом3D- апплет Java или отдельная программа
PyMOLXRC SMI EMс открытым исходным кодом , PythonPython[12]По словам автора, почти 1/4 всех опубликованных в научной литературе изображений трехмерных структур белка были сделаны с помощью PyMOL. [ необходима цитата ]
РасМолБесплатное ПО с открытым исходным кодом Автономная программа на языке C[13] [14] [15]
САМСОНММ МД СМИ МРТСвободныйWindows, Linux, Mac. C ++ (Qt)[16]Вычислительная нанонаука: науки о жизни, материалы и т. Д. Модульная архитектура, модули, названные элементами SAMSON.
СириусБесплатное ПО с открытым исходным кодом3D- апплет Java или отдельная программа
ScigressММ QMСобственный [17]Автономная программа[18]Редактируйте, визуализируйте и запускайте моделирование различных молекулярных систем.
СпартанскийММ QMСобственный [19]Автономная программа[20]Визуализируйте и редактируйте биомолекулы, извлекайте связанные лиганды из файлов PDB для дальнейшего вычислительного анализа, пакет полной молекулярной механики и квантово-химических расчетов с оптимизированным графическим интерфейсом пользователя.
UCSF ХимераXRC SMI EM MDСобственность , бесплатное использование в некоммерческих целях [21]Python[22] [23]Включает в себя средство просмотра одиночных / множественных последовательностей, выравнивание последовательностей на основе структуры, автоматическое перекрестное взаимодействие между последовательностью и структурой для комплексного анализа. [24]
VMDEM MD MMСобственное , бесплатное использование в некоммерческих целях [25]C ++[26] [27]
ЧТО, ЕСЛИHM XRCПроприетарное , условно-бесплатное ПО для ученыхFortran , C , OpenGL , автономный[28]Старомодный интерфейс; очень хорошее программное обеспечение для опытного биоинформатика; около 2000 вариантов, связанных со структурой белка; поставляется с описанием 500 страниц.
ЯСАРАHM ЯМР XRCСобственная ограниченная бесплатная версияC - сборка , Windows, Linux, Mac[29]Полнофункциональная программа молекулярного моделирования и моделирования, включая предсказание структуры и стыковку. Графический или текстовый режим (кластеры), интерфейс Python.

Веб-системы [ править ]

ИмяДанныеЛицензияТехнологииЦитатыКомментарии
EzMolММПроприетарный , бесплатное использованиеJavaScript, WebGL, 3Dmol.js[30]Этот инструмент, созданный поверх программы просмотра 3dmol.js, использует интерфейс в стиле мастера.

См. Также [ править ]

  • Визуализация биологических данных
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
  • Список систем визуализации микроскопии
  • Список программного обеспечения для биоинформатики с открытым исходным кодом
  • Молекулярная графика
  • Редактор молекул

Ссылки [ править ]

  1. ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, et al. (Март 2010 г.). «Визуализация макромолекулярных структур» . Методы природы . 7 (3 доп.): С42-55. DOI : 10.1038 / nmeth.1427 . PMC  7097155 . PMID  20195256 .
  2. ^ Коммерческая лицензия Amira
  3. ^ "Амира для жизни и биомедицинских наук" . 2019-02-28 . Проверено 28 февраля 2019 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  4. ^ "Аскалаф" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  5. ^ Коммерческая лицензия Avizo
  6. ^ "Avizo, программное обеспечение для трехмерной визуализации и анализа научных и промышленных данных" . 2018-09-26 . Проверено 5 августа 2010 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  7. ^ Ван Y, Гир LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (июнь 2000). «Cn3D: последовательность и структура представления для Entrez». Направления биохимических наук . 25 (6): 300–2. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9 . PMID 10838572 . 
  8. ^ "Gabedit Графический пользовательский интерфейс для пакетов вычислительной химии" .
  9. ^ «Jmol: программа для просмотра химических структур в 3D с открытым исходным кодом» . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  10. ^ "Chime Pro" . Symx . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  11. ^ "Molden - программа визуализации молекулярной и электронной структуры" .
  12. ^ "PyMOL Molecular Viewer" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  13. ^ Сейл RA, Милнер-White EJ (сентябрь 1995). «РАСМОЛ: биомолекулярная графика для всех». Направления биохимических наук . 20 (9): 374–376. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 89080-5 . PMID 7482707 . 
  14. ^ Bernstein HJ (сентябрь 2000). «Последние изменения в RasMol, рекомбинирование вариантов». Направления биохимических наук . 25 (9): 453–5. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 01606-6 . PMID 10973060 . 
  15. ^ "Домашняя страница для RasMol и OpenRasMol" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  16. ^ SAMSON Connect
  17. ^ Коммерческая лицензия Scigress
  18. ^ "Scigress" . fqs.pl . 12 сентября 2014 г.
  19. ^ Спартанская веб-страница
  20. ^ Spartan Tutorial & User's Guide ISBN 1-890661-38-4 
  21. ^ Лицензия UCSF Chimera
  22. ^ Pettersen EF, Годдард TD, Huang CC, Couch GS, Гринблатт DM, Мэн EC, Ferrin TE (октябрь 2004). «UCSF Chimera - система визуализации для поисковых исследований и анализа». Журнал вычислительной химии . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . DOI : 10.1002 / jcc.20084 . PMID 15264254 . S2CID 8747218 .   
  23. ^ "Химера UCSF" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  24. ↑ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (июль 2006 г.). «Инструменты для интегрированного анализа структуры последовательности с UCSF Chimera» . BMC Bioinformatics . 7 : 339. DOI : 10,1186 / 1471-2105-7-339 . PMC 1570152 . PMID 16836757 .  
  25. ^ Лицензия Visual Molecular Dynamics
  26. ^ Хамфри W, Dalke A, Schulten K (февраль 1996). «VMD: визуальная молекулярная динамика». Журнал молекулярной графики . 14 (1): 33–8, 27–8. DOI : 10.1016 / 0263-7855 (96) 00018-5 . PMID 8744570 . 
  27. ^ "VMD - визуальная молекулярная динамика" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  28. ^ "ЧТО ЕСЛИ домашняя страница" . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  29. ^ «ЯСАРА - еще одно научное приложение для искусственной реальности» . Проверено 24 сентября 2009 года .[ самостоятельно опубликованный источник? ]
  30. ^ Рейнольдс CR, ислам SA, Штернберг MJ (июль 2018). «EzMol: мастер веб-сервера для быстрой визуализации и создания изображений структур белков и нуклеиновых кислот» . Журнал молекулярной биологии . 430 (15): 2244–2248. DOI : 10.1016 / j.jmb.2018.01.013 . ЛВП : 10044/1/56880 . PMC 5961936 . PMID 29391170 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Шарич М. "Программы свободного молекулярного моделирования =" . Достаточно подробная, объективная и техническая оценка около 20 инструментов.
  • «Список PDB инструментов молекулярной графики» .
  • "Указатель ресурсов молекулярной визуализации" .
  • "Ресурсы молекулярной визуализации Эрика Марца" .