 | |
| Сокращение | ФГЭД |
|---|---|
| Формирование | 1999 г. |
| Тип | НПО |
| Цель | Научный |
| Официальный язык | английский |
| Президент | Фрэнсис Уэллетт |
| Главный орган | Совет директоров |
| Веб-сайт | fged.org |
Общество функциональных генетических данных ( FGED ) (ранее известное как MGED Society ) - это некоммерческая международная организация биологов, компьютерных ученых и аналитиков, управляемая волонтерами, которая стремится способствовать биологическим и биомедицинским открытиям посредством интеграции данных. Подход FGED заключается в содействии обмену данными фундаментальных исследований, созданными в основном с помощью высокопроизводительных технологий, которые генерируют большие наборы данных в области функциональной геномики .
Члены FGED Society работают с другими организациями для поддержки эффективного обмена и воспроизводимости данных функциональной геномики; способствовать созданию стандартов и программных инструментов, использующих стандарты; и способствовать обмену высококачественными, хорошо аннотированными данными в сообществах медико-биологических наук и биомедицины .
Основанная в 1999 году как «Общество данных по экспрессии генов на микроматрицах (MGED)», эта организация в 2010 году изменила свое название на «Общество данных функциональной геномики», чтобы отразить тот факт, что она расширила сферу своей деятельности за пределы применения микроматриц ДНК для экспрессии генов. анализ с включением таких технологий, как высокопроизводительное секвенирование . [ необходима цитата ] Сфера деятельности FGED Society включает данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики, применительно к исследованиям экспрессии, связывания, модификации и других связанных приложений в масштабе генома.
История [ править ]
Общество FGED было образовано в 1999 году на встрече по базам данных экспрессии генов на микрочипах в знак признания необходимости установления стандартов для обмена и хранения данных экспериментов с ДНК-микрочипами . [ необходимая цитата ] Первоначально называвшееся "Общество MGED", общество начинало с фокусировки на микрочипах ДНК и данных экспрессии генов .
Оригинальный MGED общество было включено в 2002 году в качестве некоммерческой организации общественной пользы с титульными микрочипами экспрессией генов общества данных и получил статус постоянного призрения в 2007 году [ править ] Название MGED было юридически изменено в 2007 году до Microarray и экспрессии генов данных Общество, чтобы подчеркнуть более широкий кругозор.
В сентябре 2008 года Общество решило продвигать себя просто как Общество MGED, чтобы расширить сферу деятельности Общества за пределы технологии микрочипов и приложений экспрессии генов, но при этом сохранить признанную ценность названия MGED в сообществе. [ необходима цитата ]
В июле 2010 года общество проголосовало за изменение своего названия на «Общество функциональных геномных данных (FGED)», чтобы отразить его текущую миссию, которая выходит за рамки микрочипов и экспрессии генов и включает данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики, применяемой к исследованиям геномного масштаба. экспрессия генов, связывание , модификация (например, метилирование ДНК ) и другие связанные приложения. Об этом было официально объявлено 14 июля 2010 года на годовом собрании общества "MGED13". [1]
Президенты Общества FGED [ править ]
Члены правления и должностные лица Общества FGED избираются ежегодно в мае и начинают свою работу в июне. Президенты Общества FGED и сроки их полномочий следующие:
- Фрэнсис Уэллетт (2013 – настоящее время)
- Джон Квакенбуш (2011–2013)
- Крис Стокерт (2007–2011)
- Екатерина Болл (2003–2007)
- Алвис Брасма (1999–2003)
Членство [ править ]
Совет директоров и Консультативный совет FGED состоят из добровольцев из академических кругов, промышленности, правительства и журналов, представляющих собой срез тех, кто занимается разработкой, анализом, архивированием и публикацией в области функциональной геномики. Хотя формального членства нет, участники ежегодных собраний FGED считаются частью сообщества FGED.
Стандарты [ править ]
На сегодняшний день FGED разработала ряд спецификаций стандартов, относящихся к экспериментам с ДНК-микрочипами. Эти стандарты разработаны для улучшения аннотаций, обмена данными и результатами таких экспериментов в сообществе медико-биологических исследователей.
MINSEQE [ править ]
Минимальная информация о высокопроизводительном эксперименте по секвенированию (MINSEQE) - это минимальный информационный стандарт содержания данных, который описывает важную информацию, необходимую для адекватного документирования высокопроизводительного эксперимента по секвенированию с целью интерпретации и воспроизведения результатов. [2]
MIAME [ править ]
MIAME (Minimal Information about a Microarray Experiment) - это стандарт содержания данных, который описывает важную информацию, необходимую для адекватного документирования эксперимента с ДНК-микрочипом с целью интерпретации и воспроизведения результатов. Это был первый опубликованный пример минимального информационного стандарта для высокопроизводительных экспериментов в науках о жизни и, как таковой, заложил основу для аналогичных стандартов в других областях биологии.
MAGE-OM и MAGE-TAB [ править ]
MAGE-OM (объектная модель экспрессии генов MicroArray) - это стандарт обмена данными и моделирования данных для использования при кодировании данных экспериментов с микрочипами с целью экспорта и импорта в программные инструменты и базы данных через файлы XML . MAGE-OM - это платформенно-независимая модель, реализованная в формате MAGE-ML на основе XML.
Новая версия, MAGE-TAB , была разработана для упрощения понимания и генерации производителями данных, поскольку она находится в формате (с разделителями табуляции ), который можно просматривать и редактировать с помощью широко доступного программного обеспечения для работы с электронными таблицами, такого как Microsoft Excel . [3]
Онтология MGED [ править ]
Онтология MGED (MO) предоставляет стандартную терминологию для описания компонентов эксперимента с ДНК-микрочипом. [4] Онтология для медико - биологических исследований (OBI) разрабатывается в качестве замены для МО. Доступно отображение терминов онтологии из MO в OBI. [5]
Ежегодное собрание [ править ]
Важным компонентом усилий Общества FGED было ежегодное собрание FGED для демонстрации передовых научных разработок и продвижения стандартов. [6]
С 1999 года Общество FGED проводит свои ежегодные собрания в разных местах по всему миру, координируя свои действия с местной научной организацией, которая предоставляет пространство для выступлений, стендовых сессий, семинаров и учебных занятий.
Прошедшие собрания Общества FGED [ править ]
Вот список дат ежегодных собраний и мест проведения прошлых собраний Общества FGED. [7] Все собрания с 2010 г. и ранее проводились под названием «Общество МГЭД».
| Дата | Место расположения |
|---|---|
| 20 июня 2013 г. | Сиэтл , Вашингтон, США [8] |
| 25 января 2012 г. | Бостон , Массачусетс, США [9] |
| 15 июля 2010 г. | Бостон , Массачусетс, США (совместно с ISMB ) |
| 8 октября 2009 г. | Феникс, Аризона , США |
| 5 сентября 2008 г. | Рива-дель-Гарда , Трентино, Италия |
| 5 сентября 2007 г. | Брисбен , Австралия |
| 10 сентября 2006 г. | Сиэтл , Вашингтон, США |
| 13 сентября 2005 г. | Берген , Норвегия |
| 10 сентября 2004 г. | Торонто , Канада |
| 5 сентября 2003 г. | Экс-ан-Прованс , Франция |
| 27 сентября 2002 г. | Plaza Heisei, Одайба , Токио, Япония |
| 31 марта 2001 г. | Стэнфордский университет , Калифорния, США |
| 27 мая 2000 г. | DKFZ и EMBL , Гейдельберг, Германия |
| 15 ноября 1999 г. | EBI , Кембридж, Великобритания |
См. Также [ править ]
- Минимальные информационные стандарты
- Консорциум геномных стандартов
Ссылки [ править ]
- ^ FGED_Society. «Важные новости: у MGED новое название: FGED - Functional Genomics Data Society» . Twitter . Проверено 10 августа 2010 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ Общество данных по функциональной геномике (июнь 2012 г.). «Минимум информации о высокопроизводительном эксперименте по SEQuencing» .
- ^ "Домашняя страница MAGE-TAB" . Сайт ФГЭД . Проверено 31 июля 2012 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ "Часто задаваемые вопросы по онтологии MGED" . Сайт проекта МО . Проверено 23 ноября 2008 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ «Сопоставление терминов между МО и онтологией для биомедицинских исследований» . Рабочая группа MGED по онтологии . Проверено 10 августа 2010 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ «Список ежегодных собраний FGED» . Сайт ФГЭД . Проверено 2 апреля 2013 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ "Встречи общества FGED" . ФГЭД Общества . Дата обращения 2 августа 2016 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ «15-я Международная конференция FGED: Трансляционная геномика: применение геномики в клинической диагностике и лечении, 20–22 июня 2013 г.» . FGED.org . Проверено 24 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ «Передовые методы обмена данными и интеграции, 25–26 января 2012 г. (только по приглашению)» . FGED.org . Проверено 29 октября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
